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質量分析ケムインフォマティクスによるエピメタボライトの同定と代謝制御機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 18K19155
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分37:生体分子化学およびその関連分野
研究機関東京農工大学 (2021)
国立研究開発法人理化学研究所 (2018-2020)

研究代表者

津川 裕司  東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授 (30647235)

研究期間 (年度) 2018-06-29 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
2020年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2019年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2018年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
キーワードシステムバイオロジー / メタボロミクス / リピドミクス / 質量分析 / インフォマティクス / エピメタボライト / ノンターゲット解析 / 質量分析インフォマティクス / メタボローム / データサイエンス / 構造推定 / LC-MS/MS / 組成式推定 / 代謝物クラス推定 / メタボローム解析 / 化合物同定
研究成果の概要

本研究では、既知代謝経路では定義できず酵素変化や非特異的な反応から生じるエピメタボライトといった新規代謝物の同定に向けた新たなノンターゲットメタボローム解析プラットホームの構築を行なった。本研究により行われたタンデムマススペクトル(MS/MS)の機械学習により、未同定スペクトルが「どのような代謝物クラスに由来するものか」を予測することが可能となった。また、脂質理論MS/MSスペクトルの開発により、合計117脂質クラスを同定ための基盤構築を行い、生体試料から8000種を超える脂質多様性を捉えることに成功した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究で構築した新たなMS/MS解釈論であるfragment set enrichment analysis (FSEA)は、過去に報告例が無いことはもちろん、既知構造とリファレンススペクトルの情報を必要としない全く新しい網羅的な化合物構造推定手法である。当該研究で構築される手法は疾患代謝研究だけでなく、腸内細菌叢を含めた微生物研究、および植物化学研究においても化合物構造決定の効率が飛躍的に向上し、全世界の代謝研究に貢献できると期待される。また、10万種を超えるとされる生命の脂質多様性を明らかにすることは、脂質異常症の背後に潜む動作原理を分子レベルで明らかにするための基礎的なデータを提供する。

報告書

(5件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (24件)

すべて 2021 2020 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (5件) 雑誌論文 (15件) (うち国際共著 9件、 査読あり 15件、 オープンアクセス 11件) 学会発表 (1件) (うち国際学会 1件) 備考 (3件)

  • [国際共同研究] UC Davis/University of Florida/UCSD(米国)

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Wageningen University & Research(オランダ)

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Czech Academy of Sciences(チェコ)

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Karolinska Institutet(スウェーデン)

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Wageningen University & Research/Laboratory of Genetics(オランダ)

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Metabolomics and complementary techniques to investigate the plant phytochemical cosmos2021

    • 著者名/発表者名
      Tsugawa Hiroshi、Rai Amit、Saito Kazuki、Nakabayashi Ryo
    • 雑誌名

      Natural Product Reports

      巻: 38 号: 10 ページ: 1729-1759

    • DOI

      10.1039/d1np00014d

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Global profiling of gut microbiota-associated lipid metabolites in antibiotic-treated mice by LC-MS/MS-based analyses2021

    • 著者名/発表者名
      Okahashi Nobuyuki、Ueda Masahiro、Yasuda Shu、Tsugawa Hiroshi、Arita Makoto
    • 雑誌名

      STAR Protocols

      巻: 2 号: 2 ページ: 100492-100492

    • DOI

      10.1016/j.xpro.2021.100492

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Food Lipidomics for 155 Agricultural Plant Products2021

    • 著者名/発表者名
      Matsuzawa Yuki、Higashi Yasuhiro、Takano Kouji、Takahashi Mikiko、Yamada Yutaka、Okazaki Yozo、Nakabayashi Ryo、Saito Kazuki、Tsugawa Hiroshi
    • 雑誌名

      Journal of Agricultural and Food Chemistry

      巻: 69 号: 32 ページ: 8981-8990

    • DOI

      10.1021/acs.jafc.0c07356

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Stage-specific de novo synthesis of very long chain dihydroceramides confers dormancy to Entamoeba parasites2021

    • 著者名/発表者名
      Fumika Mi-ichi Kazutaka Ikeda Hiroshi Tsugawa Sharmina Deloer Hiroki Yoshida Makoto Arita
    • 雑誌名

      mSphere

      巻: 6 号: 2 ページ: 00174-21

    • DOI

      10.1128/msphere.00174-21

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] OS-PCA: Orthogonal Smoothed Principal Component Analysis Applied to Metabolome Data2021

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Hiroyuki、Nakayama Yasumune、Tsugawa Hiroshi
    • 雑誌名

      Metabolites

      巻: 11 号: 3 ページ: 149-149

    • DOI

      10.3390/metabo11030149

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Chromosome-level genome assembly of Ophiorrhiza pumila reveals the evolution of camptothecin biosynthesis2021

    • 著者名/発表者名
      Rai Amit、Hirakawa Hideki、Nakabayashi Ryo、Kikuchi Shinji、Hayashi Koki、Rai Megha、Tsugawa Hiroshi、Nakaya Taiki、Mori Tetsuya、Nagasaki Hideki、Fukushi Runa、Kusuya Yoko、Takahashi Hiroki、Uchiyama Hiroshi、Toyoda Atsushi、Hikosaka Shoko、Goto Eiji、Saito Kazuki、Yamazaki Mami
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 405-405

    • DOI

      10.1038/s41467-020-20508-2

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Elucidation of Gut Microbiota-Associated Lipids Using LC-MS/MS and 16S rRNA Sequence Analyses2020

    • 著者名/発表者名
      Yasuda Shu、Okahashi Nobuyuki、Tsugawa Hiroshi、Ogata Yusuke、Ikeda Kazutaka、Suda Wataru、Arai Hiroyuki、Hattori Masahira、Arita Makoto
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 23 号: 12 ページ: 101841-101841

    • DOI

      10.1016/j.isci.2020.101841

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A lipidome atlas in MS-DIAL 42020

    • 著者名/発表者名
      Tsugawa Hiroshi、Ikeda Kazutaka、Takahashi Mikiko、Satoh Aya、Mori Yoshifumi、Uchino Haruki、Okahashi Nobuyuki、Yamada Yutaka、Tada Ipputa、Bonini Paolo、Higashi Yasuhiro、Okazaki Yozo、Zhou Zhiwei、Zhu Zheng-Jiang、Koelmel Jeremy、Cajka Tomas、Fiehn Oliver、Saito Kazuki、Arita Masanori、Arita Makoto
    • 雑誌名

      Nature Biotechnology

      巻: 38 号: 10 ページ: 1159-1163

    • DOI

      10.1038/s41587-020-0531-2

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Feature-based molecular networking in the GNPS analysis environment2020

    • 著者名/発表者名
      Nothias Louis-Felix、Petras Daniel、Schmid Robin、Duhrkop Kai、Rainer Johannes、Sarvepalli Abinesh、Protsyuk Ivan、Ernst Madeleine、Tsugawa Hiroshi et al.
    • 雑誌名

      Nature Methods

      巻: 17 号: 9 ページ: 905-908

    • DOI

      10.1038/s41592-020-0933-6

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Metabolomics with 15N Labeling for Characterizing Missing Monoterpene Indole Alkaloids in Plants2020

    • 著者名/発表者名
      Nakabayashi Ryo、Mori Tetsuya、Takeda Noriko、Toyooka Kiminori、Sudo Hiroshi、Tsugawa Hiroshi、Saito Kazuki
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry

      巻: 92 号: 8 ページ: 5670-5675

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.9b03860

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Creating a Reliable Mass Spectral-Retention Time Library for All Ion Fragmentation-Based Metabolomics2019

    • 著者名/発表者名
      Tada Ipputa、Tsugawa Hiroshi、Meister Isabel、Zhang Pei、Shu Rie、Katsumi Riho、Wheelock Craig E.、Arita Masanori、Chaleckis Romanas
    • 雑誌名

      Metabolites

      巻: 9 号: 11 ページ: 251-251

    • DOI

      10.3390/metabo9110251

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Characterization of Lipid Profiles after Dietary Intake of Polyunsaturated Fatty Acids Using Integrated Untargeted and Targeted Lipidomics2019

    • 著者名/発表者名
      Naoe Satoko、Tsugawa Hiroshi、Takahashi Mikiko、Ikeda Kazutaka、Arita Makoto
    • 雑誌名

      Metabolites

      巻: 9 号: 10 ページ: 241-241

    • DOI

      10.3390/metabo9100241

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Mass Spectrometry Data Repository Enhances Novel Metabolite Discoveries with Advances in Computational Metabolomics2019

    • 著者名/発表者名
      Tsugawa Hiroshi、Satoh Aya、Uchino Haruki、Cajka Tomas、Arita Makoto、Arita Masanori
    • 雑誌名

      Metabolites

      巻: 9 号: 6 ページ: 119-119

    • DOI

      10.3390/metabo9060119

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A cheminformatics approach to characterize metabolomes in stable-isotope-labeled organisms2019

    • 著者名/発表者名
      Tsugawa Hiroshi、Nakabayashi Ryo、Mori Tetsuya、Yamada Yutaka、Takahashi Mikiko、Rai Amit、Sugiyama Ryosuke、Yamamoto Hiroyuki、Nakaya Taiki、Yamazaki Mami、Kooke Rik、Bac-Molenaar Johanna A.、Oztolan-Erol Nihal、Keurentjes Joost J. B.、Arita Masanori、Saito Kazuki
    • 雑誌名

      Nature Methods

      巻: 16 号: 4 ページ: 295-298

    • DOI

      10.1038/s41592-019-0358-2

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書 2018 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Advances in computational metabolomics and databases deepen the understanding of metabolisms2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Tsugawa
    • 雑誌名

      Current Opinion in Biotechnology

      巻: 54 ページ: 10-17

    • DOI

      10.1016/j.copbio.2018.01.008

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] PlaSMA: decoding plant specialized metabolome by the suite of mass spectrometry cheminformatics2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Tsugawa, Ryo Nakabayashi, Amit Rai, Tetsuya Mori, Yutaka Yamada, Hiroyuki Yamamoto, Makoto Arita, Masanori Arita, Kazuki Saito
    • 学会等名
      Metabolomics conference
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [備考] RIKEN PRIMe Computational Mass Spectrometry

    • URL

      http://prime.psc.riken.jp/compms/index.html

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [備考] Computational mass spectrometry

    • URL

      http://prime.psc.riken.jp/compms/index.html

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書 2019 実施状況報告書
  • [備考] Computational metabolomics

    • URL

      http://prime.psc.riken.jp/Metabolomics_Software/

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書

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公開日: 2018-07-25   更新日: 2023-01-30  

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