| 研究課題/領域番号 |
18K19223
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| 研究種目 |
挑戦的研究(萌芽)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
中区分40:森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野
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| 研究機関 | 東京都立大学 (2019-2020)
東京大学 (2018) |
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研究代表者 |
伊知地 稔 東京都立大学, 理学研究科, 客員研究員 (10633894)
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| 研究期間 (年度) |
2018-06-29 – 2021-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2020年度)
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| 配分額 *注記 |
6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
2019年度: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
2018年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
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| キーワード | 環境RNA / 全生物群集構造同時解析 / ロングリードシーケンシング / ディープショートリードシーケンシング / ロングリードシーケンス / キャプチャーシーケンス |
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| 研究成果の概要 |
原核生物のバクテリアから真核生物のクジラまで、全生物に共通の遺伝子（転写産物）を全長塩基配列解読により同時検出し、ある環境に生きる全ての生物を特定する手法を開発した。本手法は先行手法と比較し、生物分類や機能情報を高精度に推定でき、PCRによる遺伝子増幅に起因する多様性の偏りを改善できる。本手法は、抽出RNA中にはrRNAが豊富に存在しているので、PCRを介さずにRNAから必要な量のcDNAを逆転写だけで確保し、ロングリードシーケンサーで塩基配列を解読するという要素技術からなる。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
現在、自然環境に生息する動植物の種類を調査する方法として、環境DNAが注目されている。なぜなら、直接的に動植物を採集する必要が無いので、環境への悪影響が小さいと考えられているからだ。一方、環境DNAで使われている分析手法には改良すべき点がある。それは、魚類や昆虫類など、特定の分類群単位でしか同時に分析できない点である。本研究では、この点を改良し、原核生物のバクテリアから真核生物のクジラまで、全生物を同時に分析できる手法を開発した。
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