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液-液相分離によって核内に形成される液滴様構造体の空間・ゲノムマッピング

研究課題

研究課題/領域番号 18K19297
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
研究機関京都大学

研究代表者

白川 昌宏  京都大学, 工学研究科, 教授 (00202119)

研究期間 (年度) 2018-06-29 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
2020年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
2019年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
2018年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワード量子センシング / 光検出磁気共鳴 / 1分子観察 / ナノ粒子 / 光検出磁気共鳴法 / ナノダイヤモンド / 細胞内温度計測 / 細胞内粘度計測 / 高分解能イメージング / 液滴様構造体 / ODMR-FIONA / エピジェネティックス / 液液相分離 / 細胞分化
研究成果の概要

本研究はナノダイヤモンド粒子(FND)を分子プローブとして、光検出磁気共鳴法(ODMR)による量子センシングにより、細胞内の物性値を計測する手法の開発を目的とした。まずφ5-20 nm程度のNDを電子線照射し、窒素空孔センター(NVC)を生成する条件設定をした。続いて、FND粒子表面をコーティングや様々な化学修飾により、拡散、温度、pHなどの物性を10 nmオーダーの空間分解能で計測する手法を開発した。さらに生細胞内の局所温度やアクチンの運動を計測した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

FNDの光検出磁気共鳴法(ODMR)によって、生細胞内の高分子の動態、拡散性、温度、pHなどの様々な物理パラメータを高い空間分解能で量子センシングするという手法の開発を進めた。その達成には、窒素空孔センターが持つの光三重項電子のを用いた光超偏極技術と光学検出装置の作成といった電子・光工学技術に始まって、ソフトウェア技術、nmオーダーのFNDの調製や官能基の導入といった化学的技術、さらに物理学的理論、分子・細胞生物学の技術、といった広範な学問分野を要する。このような分野横断的な新規技術を開発したことは、学術的意義が高い。更に生物、医学的分野に適用が進めば、その社会的意義は計り知れない。

報告書

(4件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (11件)

すべて 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 5件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 3件)

  • [雑誌論文] Transient Diffusive Interactions with a Protein Crowder Affect Aggregation Processes of Superoxide Dismutase 1 β-Barrel2021

    • 著者名/発表者名
      Iwakawa Naoto、Morimoto Daichi、Walinda Erik、Leeb Sarah、Shirakawa Masahiro、Danielsson Jens、Sugase Kenji
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 125 号: 10 ページ: 2521-2532

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.0c11162

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural Dynamic Heterogeneity of Polyubiquitin Subunits Affects Phosphorylation Susceptibility2021

    • 著者名/発表者名
      Morimoto Daichi、Walinda Erik、Takashima Shingo、Nishizawa Mayu、Iwai Kazuhiro、Shirakawa Masahiro、Sugase Kenji
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 60 号: 8 ページ: 573-583

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.0c00619

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ユビキチン鎖の鎖長に依存した物性と分解2020

    • 著者名/発表者名
      森本 大智、白川 昌宏
    • 雑誌名

      生化学

      巻: 92 号: 1 ページ: 7-13

    • DOI

      10.14952/SEIKAGAKU.2020.920007

    • ISSN
      0037-1017
    • 年月日
      2020-02-25
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Quantitative monitoring of ubiquitination/deubiquitination reaction cycles by 18O-incorporation2020

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Yuka、Morimoto Daichi、Walinda Erik、Sugase Kenji、Shirakawa Masahiro
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 529 号: 2 ページ: 418-424

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2020.06.008

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nanodiamonds for bioapplications?specific targeting strategies2020

    • 著者名/発表者名
      Terada Daiki、Genjo Takuya、Segawa Takuya F.、Igarashi Ryuji、Shirakawa Masahiro
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      巻: 1864 号: 2 ページ: 129354-129354

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2019.04.019

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Visualizing protein motion in Couette flow by all-atom molecular dynamics2020

    • 著者名/発表者名
      Walinda Erik、Morimoto Daichi、Shirakawa Masahiro、Scheler Ulrich、Sugase Kenji
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      巻: 1864 号: 2 ページ: 129383-129383

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2019.06.006

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] High resolution protein 3D structure determination in living eukaryotic cells2019

    • 著者名/発表者名
      Tanaka, T., Ikeya, T., Kamoshida, H., Suemoto, Y., Mishima, M., Shirakawa, M., Guentert, P., Ito, Y.
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: in press 号: 22 ページ: 1-7

    • DOI

      10.1002/anie.201900840

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] An innate interaction between IL-18 and the propeptide that inactivates its precursor form2019

    • 著者名/発表者名
      Naotaka Tsutsumi, Ayumi Yokota, Takeshi Kimura, Zenichiro Kato, Toshiyuki Fukao, Masahiro Shirakawa, Hidenori Ohnishi & Hidehito Tochio
    • 雑誌名

      Scientific Reportsvolume

      巻: 9 号: 1 ページ: 6160-6160

    • DOI

      10.1038/s41598-019-42661-5

    • NAID

      120007006235

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Monodisperse Five-Nanometer-Sized Detonation Nanodiamonds Enriched in Nitrogen-Vacancy Centers2019

    • 著者名/発表者名
      Terada Daiki、Segawa Takuya F.、Shames Alexander I.、Onoda Shinobu、Ohshima Takeshi、O?sawa Eiji、Igarashi Ryuji、Shirakawa Masahiro
    • 雑誌名

      ACS Nano

      巻: 13 号: 6 ページ: 6461-6468

    • DOI

      10.1021/acsnano.8b09383

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Contribution of Coiled-Coil Assembly to Ca2+/Calmodulin-Dependent Inactivation of TRPC6 Channel and its Impacts on FSGS-Associated Phenotypes2019

    • 著者名/発表者名
      Polat Onur K.、Uno Masatoshi、Maruyama Terukazu、Tran Ha Nam、Imamura Kayo、Wong Chee Fah、Sakaguchi Reiko、Ariyoshi Mariko、Itsuki Kyohei、Ichikawa Jun、Morii Takashi、Shirakawa Masahiro、Inoue Ryuji、Asanuma Katsuhiko、Reiser Jochen、Tochio Hidehito、Mori Yasuo、Mori Masayuki X.
    • 雑誌名

      Journal of the American Society of Nephrology

      巻: 30 号: 9 ページ: 1587-1603

    • DOI

      10.1681/asn.2018070756

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] pH Nanosensor Using Electronic Spins in Diamond2019

    • 著者名/発表者名
      Fujisaku Takahiro、Tanabe Ryotaro、Onoda Shinobu、Kubota Ryou、Segawa Takuya F.、So Frederick T.-K.、Ohshima Takeshi、Hamachi Itaru、Shirakawa Masahiro、Igarashi Ryuji
    • 雑誌名

      ACS Nano

      巻: 13 号: 10 ページ: 11726-11732

    • DOI

      10.1021/acsnano.9b05342

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス

URL: 

公開日: 2018-07-25   更新日: 2022-01-27  

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