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ゲノム上の距離が確率に変換される細胞系譜決定機構の存在を検証する

研究課題

研究課題/領域番号 18K19345
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分44:細胞レベルから個体レベルの生物学およびその関連分野
研究機関横浜市立大学

研究代表者

田村 智彦  横浜市立大学, 医学研究科, 教授 (50285144)

研究分担者 西山 晃  横浜市立大学, 医学部, 准教授 (80589664)
中林 潤  横浜市立大学, 先端医科学研究センター, 准教授 (80322733)
研究期間 (年度) 2018-06-29 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
2019年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
2018年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
キーワード細胞分化 / 確率論的制御 / クロマチン高次構造 / 造血細胞 / 確率論的モデル / 単核貪食細胞系 / エンハンサー / 細胞運命決定 / 確率論的機構
研究成果の概要

細胞分化では、鍵となる転写因子群が各系譜に特徴的な遺伝子発現パターンを確立する。確率論的な制御も存在すると考えられているが、これらの接点は未だ不明である。本研究では独自の仮説:「細胞運命決定には、ゲノム上の遺伝子-エンハンサー間の『距離』がクロマチン立体構造決定の『確率』に変換される」を検証した。クロマチンループ構造の形成確率は概ね距離に反比例したが、細胞種特異的に長大なループ構造も確認された。細胞種特異的なループ構造を転写因子遺伝子Irf8をモデルとして解析した結果、最遠位のエンハンサーが単球の分化には必要ない一方で、より少数しか産生されない樹状細胞の分化には必須であった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究の成果は血液学・免疫学の範疇を超えて、細胞分化の基本原理についての新たな概念を提案するものであり、生命科学から臨床医学に至るまで多くの分野に波及すると予想する。例えば、分化の異常を特徴とする白血病をはじめとする疾患の理解と治療法開発や再生医療などへの貢献が期待される。

報告書

(3件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (19件)

すべて 2020 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 3件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 1件、 招待講演 5件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] NICHD, NIH(米国)

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [雑誌論文] Cooperation of PU.1 With IRF8 and NFATc1 Defines Chromatin Landscapes During RANKL-Induced Osteoclastogenesis2019

    • 著者名/発表者名
      Izawa Naohiro、Kurotaki Daisuke、Nomura Seitaro、Fujita Takanori、Omata Yasunori、Yasui Tetsuro、Hirose Jun、Matsumoto Takumi、Saito Taku、Kadono Yuho、Okada Hiroyuki、Miyamoto Takeshi、Tamura Tomohiko、Aburatani Hiroyuki、Tanaka Sakae
    • 雑誌名

      Journal of Bone and Mineral Research

      巻: 34 号: 6 ページ: 1143

    • DOI

      10.1002/jbmr.3689

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書 2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Epigenetic control of early dendritic cell lineage specification by the transcription factor IRF8 in mice2019

    • 著者名/発表者名
      Kurotaki D, Kawase W, Sasaki H, Nakabayashi J, Nishiyama A, Morse HC Ⅲ, Ozato K, Suzuki Y, Tamura T
    • 雑誌名

      Blood

      巻: 133 号: 17 ページ: 1803-1813

    • DOI

      10.1182/blood-2018-06-857789

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 造血におけるシングルセル解析の進歩2019

    • 著者名/発表者名
      田村 智彦、黒滝 大翼
    • 雑誌名

      臨床血液

      巻: 60 号: 9 ページ: 1075-1083

    • DOI

      10.11406/rinketsu.60.1075

    • NAID

      130007724588

    • ISSN
      0485-1439, 1882-0824
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Decrypting DC development2019

    • 著者名/発表者名
      Guilliams Martin、Tamura Tomohiko
    • 雑誌名

      Nature Immunology

      巻: 20 号: 9 ページ: 1090-1092

    • DOI

      10.1038/s41590-019-0457-3

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際共著
  • [雑誌論文] Interferon stimulation creates chromatin marks and establishes transcriptional memory2018

    • 著者名/発表者名
      Kamada Rui、Yang Wenjing、Zhang Yubo、Patel Mira C.、Yang Yanqin、Ouda Ryota、Dey Anup、Wakabayashi Yoshiyuki、Sakaguchi Kazuyasu、Fujita Takashi、Tamura Tomohiko、Zhu Jun、Ozato Keiko
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 115 号: 39

    • DOI

      10.1073/pnas.1720930115

    • NAID

      120006595508

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] 新規3’遠位エンハンサーによる Irf8遺伝子発現及び単核貪食細胞分化の制御2020

    • 著者名/発表者名
      村上紘一、佐々木悠、西山晃、黒滝大翼、川瀬航、関田洋一、中島秀明、木村透、田村智彦
    • 学会等名
      第24回造血器腫瘍研究会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] ゲノム規模解析で紐解く転写因子によるミエロイド細胞の分化系譜決定機構2020

    • 著者名/発表者名
      田村智彦
    • 学会等名
      横浜市立大学先端医科学研究センター共同利用・共同研究拠点「マルチオミックスによる遺伝子発現制御の先端医学共同尾研究拠点」シンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 新規3′エンハンサーによるIrf8発現と単核貪食細胞系分化の制御2019

    • 著者名/発表者名
      佐々木悠、西山晃、川瀬航、西村晃成、黒滝大翼、関田洋一、木村透、田村智彦
    • 学会等名
      第23回造血器腫瘍研究会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Epigenetic control of myeloid cell development by the transcription factor IRF82019

    • 著者名/発表者名
      Tamura T
    • 学会等名
      48th Annual Scientific Meeting - International Society for Experimental Hematology
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 新規3'遠位エンハンサーによる Irf8遺伝子発現と単核貪食細胞系分化のin vivoにおける制御2019

    • 著者名/発表者名
      佐々木悠、西山晃、村上紘一、黒滝大翼、関田洋一、木村透、田村智彦
    • 学会等名
      第81回日本血液学会学術集会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 転写因子IRF8によるミエロイド細胞の分化制御とその機構2019

    • 著者名/発表者名
      田村智彦
    • 学会等名
      第42回日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 新規3'エンハンサーによるIrf8発現と単核貪食細胞系分化の制御2019

    • 著者名/発表者名
      佐々木悠、西山晃、川瀬航、西村晃成、黒滝大翼、関田洋一、木村透、田村智彦
    • 学会等名
      第23回造血器腫瘍研究会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 自己免疫疾患SLEの病態理解と治療法開発2018

    • 著者名/発表者名
      田村智彦
    • 学会等名
      第10回炎症性腸疾患と免疫を語る会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 単核貪食細胞系におけるIrf8の発現に重要な新規エンハンサー領域の同定2018

    • 著者名/発表者名
      佐々木 悠、西山晃、黒滝大翼、関田洋一、木村透、田村智彦
    • 学会等名
      第80回日本血液学会学術集会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Stepwise and mutual activation of enhancers and promoters during cell differentiation2018

    • 著者名/発表者名
      Nishiyama A、Ban T、Fushimi K、Nakabayashi J、Kurotaki D、Tamura T
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] IRF5 as a potent target beyond type I interferons for the next stage SLE therapy2018

    • 著者名/発表者名
      Kikuchi M、Ban T、Sato GR、Manabe A、Yoshimi R、Yanai H、Taniguchi T、Ito S、Tamura T
    • 学会等名
      第47回日本免疫学会学術集会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [備考] 免疫学教室 | 横浜市立大学

    • URL

      https://www-user.yokohama-cu.ac.jp/~immunol/

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [備考] 横浜市立大学大学院医学研究科 免疫学教室

    • URL

      http://www-user.yokohama-cu.ac.jp/~immunol/

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書

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公開日: 2018-07-25   更新日: 2021-02-19  

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