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DNAナノ構造の階層的自己組織化による人工細胞核型分子ロボットの構築

研究課題

研究課題/領域番号 18K19834
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分62:応用情報学およびその関連分野
研究機関東京工業大学

研究代表者

瀧ノ上 正浩  東京工業大学, 情報理工学院, 准教授 (20511249)

研究期間 (年度) 2018-06-29 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
2019年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
2018年度: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
キーワードDNAナノテクノロジー / 分子ロボティクス / 人工細胞工学 / 生物物理学 / DNA液滴 / 人工細胞核 / 人工クロマチン / 人工核様体 / 分子ロボット / 人工細胞 / ソフトマター物理
研究成果の概要

DNAマイクロゲルの技術を応用して、人工的な細胞核様構造を作り、分子ロボットとするため、DNAマイクロゲル自己組織化技術に関して研究を実施した。DNAマイクロゲルは、化学合成の短鎖DNAで作製したY字型のDNAナノ構造を会合反応によりネットワーク状に集積させてゲル状にして作った。DNAがゲル粒子状態だけでなく液滴状態になることを発見した。DNA液滴の相転移や相分離の挙動の配列依存的な特性の制御に関する実験に成功した。外部からの分子刺激(タンパク質)によって、DNAゲルが相分離するパターンや分裂する現象などを示した。以上により、人工細胞核型分子ロボットの構築と制御の基礎が固まった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究により、通常、ゲル構造しか作らないと考えられていたDNAナノ構造が、ある条件下では、液-液相分離により、塩基配列でプログラムなDNA液滴(DNA droplet)を形成したり、粘弾性相分離によってポーラス状のカプセル構造を形成できることが分かった。また、タンパク質を集積させたり、タンパク質刺激によって構造を変化させたりすることができるため、分子センサーや人工オルガネラなどの新奇バイオナノテクノロジーの開拓に成功した。

報告書

(3件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (58件)

すべて 2020 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 1件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (45件) (うち国際学会 10件、 招待講演 18件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] ENS Paris/CNRS(フランス)

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Collective Ratchet Transport Generated by Particle Crowding under Asymmetric Sawtooth‐Shaped Static Potential2020

    • 著者名/発表者名
      Hayakawa Masayuki、Kishino Yusuke、Takinoue Masahiro
    • 雑誌名

      Advanced Intelligent Systems

      巻: - 号: 7 ページ: 2000031-2000031

    • DOI

      10.1002/aisy.202000031

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Surfactant concentration modulates the motion and placement of microparticles in an inhomogeneous electric field2020

    • 著者名/発表者名
      Masukawa Marcos K.、Hayakawa Masayuki、Takinoue Masahiro
    • 雑誌名

      RSC Advances

      巻: 10 号: 15 ページ: 8895-8904

    • DOI

      10.1039/d0ra00703j

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Photolithographic shape control of DNA hydrogels by photo-activated self-assembly of DNA nanostructures2020

    • 著者名/発表者名
      Kasahara Yu、Sato Yusuke、Masukawa Marcos K.、Okuda Yukiko、Takinoue Masahiro
    • 雑誌名

      APL Bioengineering

      巻: 4 号: 1 ページ: 016109-016109

    • DOI

      10.1063/1.5132929

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] DNA Origami Nanoplate‐Based Emulsion with Nanopore Function2019

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa Daisuke、Suzuki Yuki、Kurokawa Chikako、Ohara Masayuki、Tsuchiya Misato、Morita Masamune、Yanagisawa Miho、Endo Masayuki、Kawano Ryuji、Takinoue Masahiro
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 58 号: 43 ページ: 15299-15303

    • DOI

      10.1002/anie.201908392

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Creation of artificial cell-like structures promoted by microfluidics technologies2019

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Sato, Masahiro Takinoue
    • 雑誌名

      Micromachines

      巻: 10 号: 4 ページ: 216-216

    • DOI

      10.3390/mi10040216

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The Collective Transport of Microparticles under an Asymmetric Electric Field2019

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Hayakawa, Yusuke Kishino, Masahiro Takinoue
    • 雑誌名

      Proc. MEMS 2019

      巻: 1 ページ: 43-46

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 配列設計と相転移に基づいた DNA マイクロ構造の構築と制御2019

    • 著者名/発表者名
      佐藤 佑介, 瀧ノ上 正浩
    • 雑誌名

      化学とマイクロ・ナノシステム

      巻: 18 ページ: 24-27

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Controlled Construction of Stable Network Structure Composed of Honeycomb-Shaped Microhydrogels2018

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Hayakawa, Satoshi Umeyama, Ken Nagai, Hiroaki Onoe, Masahiro Takinoue
    • 雑誌名

      Life

      巻: 8 号: 4 ページ: 38-38

    • DOI

      10.3390/life8040038

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Electric control of microparticles based on surfactant adsorption: prospective actuation of soft robots2018

    • 著者名/発表者名
      Marcos Kunihiro Masukawa, Masayuki Hayakawa, Masahiro Takinoue
    • 雑誌名

      Proc. microTAS 2018

      巻: 1 ページ: 352-354

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA Origami Nanoplate-Based Emulsion with Designed Nanopore Function2018

    • 著者名/発表者名
      Daisuke Ishikawa, Yuki Suzuki, Chikako Kurokawa, Masayuki Ohara, Misato Tsuchiya, Masamune Morita, Miho Yanagisawa, Masayuki Endo, Ryuji Kawano, Masahiro Takinoue
    • 雑誌名

      ChemRxiv

      巻: 1 ページ: 1-27

    • DOI

      10.26434/chemrxiv.7046495.v1

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [学会発表] Cell-like molecular robots based on DNA-integrated microdroplets2019

    • 著者名/発表者名
      瀧ノ上 正浩
    • 学会等名
      Workshop on Membrane Biotechnology with Microfabrications
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Formation of DNA microdroplets with sequence-specificity by liquid-liquid phase separation of DNA nanostructures2019

    • 著者名/発表者名
      瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      Okinawa Colloids 2019
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] DNA microcapsules for cell-like molecular robots based on soft matter biophysics2019

    • 著者名/発表者名
      瀧ノ上 正浩
    • 学会等名
      Symposium on bioinspired design of advanced materials
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Molecular robotics based on microfluidic control of bio soft matter2019

    • 著者名/発表者名
      瀧ノ上 正浩
    • 学会等名
      DNA Nanotechnology Workshop
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Cell-like molecular robots built with DNA nanotechnology2019

    • 著者名/発表者名
      瀧ノ上 正浩
    • 学会等名
      "ELSI mini-symposium ? Primitive Compartments: Assembly Function and Evolution"
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNAナノテクノロジーによる細胞型分子ロボットの構築2019

    • 著者名/発表者名
      瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      群馬大学セミナー
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNAマイクロ液滴の液-液相分離の塩基配列制御 ~ナノ/マイクロマテリアルサイエンスの立場からのLLPS研究~2019

    • 著者名/発表者名
      瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      第3回LLPS研究会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 循環共生圏農工業におけるナノ・マイクロ生体分子ロボットの可能性2019

    • 著者名/発表者名
      瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      循環共生圏農工業研究推進体 キックオフシンポジウム
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNAの情報生命物理学による人工細胞・分子ロボットへの挑戦2019

    • 著者名/発表者名
      瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      情報社会とイノベーション(IS&I)研究会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] バイオソフトマター制御による人工細胞工学2019

    • 著者名/発表者名
      瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      第4回個体の中の細胞社会学ワークショップ
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Fabrication of Microfluidic Devices to Explore Size Control Ability of Droplets with a Small Volume Sample2019

    • 著者名/発表者名
      WU SHANGRU
    • 学会等名
      第6回サイボウニクス研究会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] DNAの液液相分離を利用した核酸センシングシステム構築2019

    • 著者名/発表者名
      津村希望
    • 学会等名
      第6回サイボウニクス研究会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Surfactant blends enable cargo delivery to microdroplet array and active w/o/w bacteria emulsion2019

    • 著者名/発表者名
      MASUKAWA Marcos Kunihiro
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会12.0
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 粘弾性相分離モデルの拡張によるDNAマイクロゲルのパターン形成の数値解析2019

    • 著者名/発表者名
      阪本哲郎
    • 学会等名
      第6回サイボウニクス研究会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Effect of surfactant on the electric manipulation of microparticles2019

    • 著者名/発表者名
      MASUKAWA Marcos Kunihiro
    • 学会等名
      化学とマイクロ・ナノシステム学会第40回研究会(CHEMINAS40)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 塩基配列設計に基づいたDNA液滴の構築と制御2019

    • 著者名/発表者名
      佐藤佑介
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会12.0
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] イオンチャネル機能を有する両親媒化DNAナノプレート集積カプセル2019

    • 著者名/発表者名
      石川 大輔
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会12.0
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Construction of hydrogel microcapsules by using phase separation of liquid-like DNA2019

    • 著者名/発表者名
      中島 裕司
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Dynamic system by liquid-liquid phase separation using DNA droplet2019

    • 著者名/発表者名
      佐藤佑介
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Simulation model and analysis of phase transition in DNA gel2019

    • 著者名/発表者名
      山本 陽大
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Porous microstructure formation of DNA droplet2019

    • 著者名/発表者名
      阪本 哲郎
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Construction of cell-inspired molecular robots based on microfluidics of bio soft matter2019

    • 著者名/発表者名
      瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      International Symposium on SSS Laser Processing (3S-LP)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Phase-separated DNA microdroplets controlled by base sequence information2019

    • 著者名/発表者名
      瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      アクティブマター研究会2019
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 化学振動反応の制御のためのドロップレットマイクロ流体デバイス2019

    • 著者名/発表者名
      瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      研究集会「生物学・化学・数理科学から見抜くリズム現象の本質」
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNAマイクロ構造における相転移と分子ロボティクスへの展開2019

    • 著者名/発表者名
      瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      日本学術会議「第4回理論応用力学シンポジウム」力学と新学術の融合
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] The Collective Transport of Microparticles under an Asymmetric Electric Field2019

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Hayakawa, Yusuke Kishino, Masahiro Takinoue
    • 学会等名
      The 32nd IEEE International Conference on Micro Electro Mechanical Systems (MEMS 2019)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] DNAナノ構造の自己集合と相転移による「DNA液滴」の創出と制御2019

    • 著者名/発表者名
      佐藤佑介, 阪本哲郎, 瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      第2回分子ロボティクス年次大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] DNAゲル-液滴-溶解のメカニズム解明を目指した数理モデルの構築2019

    • 著者名/発表者名
      山本陽大, 阪本哲郎, 佐藤佑介, 瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      第2回分子ロボティクス年次大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 機能性DNAゲルマイクロカプセルの構築2019

    • 著者名/発表者名
      中島裕司, 佐藤佑介, 瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      第2回分子ロボティクス年次大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] DNA液滴によるマイクロポーラス構造形成2019

    • 著者名/発表者名
      阪本 哲郎, 佐藤 佑介, 瀧ノ上 正浩
    • 学会等名
      第2回分子ロボティクス年次大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Manipulation of microparticles with electric fields modulated by surfactant as molecule-electrode interface2019

    • 著者名/発表者名
      MASUKAWA K. Marcos, 早川 雅之, 瀧ノ上 正浩
    • 学会等名
      第2回分子ロボティクス年次大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 光照射によるDNAハイドロゲル形成の空間的制御2019

    • 著者名/発表者名
      笠原 悠, 佐藤 佑介, 瀧ノ上 正浩
    • 学会等名
      第2回分子ロボティクス年次大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Artificial cell-like molecular robots based on DNA self-assembly2018

    • 著者名/発表者名
      瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      Earth-Life Science Institute (ELSI) Colloquium
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] DNA microgels and microdroplets toward artificial cell-like systems2018

    • 著者名/発表者名
      瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      Seminar of Laboratory Jean Perrin, University Pierre and Marie Curie (UPMC)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] DNA microgel/droplets technology toward artificial cells2018

    • 著者名/発表者名
      瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      Seminar of Prof. Simmel Lab., Technische Universitat Munchen
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 細胞型分子ロボットへ向けたDNAソフトマター物理学2018

    • 著者名/発表者名
      瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      新化学技術推進協会 電子情報技術部会 マイクロナノシステムと材料・加工分科会 講演会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 配列設計と相転移の制御によるDNA液滴の創出2018

    • 著者名/発表者名
      佐藤佑介, 瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会11.0
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 光照射によるDNAマイクロ構造体の形成と熱力学的特性の解析2018

    • 著者名/発表者名
      笠原悠, 佐藤佑介, 瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会11.0
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Electric control of microparticles based on surfactant adsorption: prospective actuation of soft robots2018

    • 著者名/発表者名
      MASUKAWAMarcos Kunihiro, 早川雅之, 瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      22nd International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] DNAナノ構造の相転移制御による情報を持つ液滴の創出2018

    • 著者名/発表者名
      佐藤佑介, 瀧ノ上正浩
    • 学会等名
      化学とマイクロ・ナノシステム学会 第38回研究会(CHEMINAS38)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Construction of DNA hydrogel microcapsules using water-in-oil droplet interface2018

    • 著者名/発表者名
      中島 裕司, 笠原 悠, 瀧ノ上 正浩
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Environment-dependent assembly of DNA nanostructures on phase-separated lipid bilayer membranes2018

    • 著者名/発表者名
      森田 雅宗, 瀧ノ上 正浩, 村田 智
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Analysis of the thermodynamic property of DNA microstructures formed by photo-irradiation2018

    • 著者名/発表者名
      笠原 悠, 瀧ノ上 正浩
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Numerical simulation of phase separation-based formation of cell nucleus-like DNA gel capsule2018

    • 著者名/発表者名
      阪本 哲郎, 森田 雅宗, 瀧ノ上 正浩
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Design and analysis of DNA network with consciousness based on integrated information theory2018

    • 著者名/発表者名
      渡邉 弘貴, 瀧ノ上 正浩
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [備考] 瀧ノ上研究室ホームページ

    • URL

      http://takinoue-lab.jp/

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [備考] 瀧ノ上研究室ホームページ

    • URL

      http://www.takinoue-lab.jp

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2018-07-25   更新日: 2021-02-19  

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