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設計したDNAナノスケール空間が生体分子の物性に与える影響とその機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 18KK0139
研究種目

国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))

配分区分基金
審査区分 中区分28:ナノマイクロ科学およびその関連分野
研究機関京都大学

研究代表者

遠藤 政幸  京都大学, 理学研究科, 特定准教授 (70335389)

研究分担者 多田隈 尚史  東京大学, 定量生命科学研究所, 協力研究員 (10339707)
鈴木 勇輝  東北大学, 学際科学フロンティア研究所, 助教 (50636066)
研究期間 (年度) 2018-10-09 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
18,070千円 (直接経費: 13,900千円、間接経費: 4,170千円)
2020年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2019年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2018年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
キーワードDNAナノテクノロジー / DNAオリガミ / 光ピンセット / 高速原子間力顕微鏡 / ナノ空間 / ナノ構造 / 酵素反応 / 転写反応 / グアニン四重鎖 / i-モチーフ
研究成果の概要

本研究では、ナノスケール空間が生体分子に与える影響と空間-分子間に働く相互作用の解明を目指した。DNAオリガミによって作成したナノ空間にグアニン四重鎖やi-モチーフを配置し、これらのDNA構造が大きく安定化されること、その原因が空間内の水分子の状態に由来することを明らかにした。また、ナノ空間内では二本鎖DNAは不安定化され、空間の化学修飾によって分子の安定性に影響が生じることも明らかにした。一方で、生体分子反応をナノ空間で制御する系の構築やDNAオリガミの機械的な制御も成功した。これらのナノ空間の物性の理解によって生体分子を制御するための大きな知見が得られた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究は、生体分子や構造に見られるナノスケールの空間が分子に与える影響と空間-分子間に働く相互作用の解明を目指した。空間を自由に設計できる技術と生体分子の安定性を一分子で計測する技術を組み合わせることで、これらの現象の一端を解明した。生体中は均一ではなく、構成される空間に偏りがあるため、これらの空間を使って反応の促進や減速を局所的に行っていることも考えられる。これは新たな知見であり、空間という環境要因によっても反応が制御できることを示している。本研究のナノ空間の物性の理解によって、空間に分子を配列することで生体分子反応を制御するなど新たな応用もできる。

報告書

(4件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (97件)

すべて 2021 2020 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (10件) 雑誌論文 (42件) (うち国際共著 18件、 査読あり 42件、 オープンアクセス 10件) 学会発表 (41件) (うち国際学会 13件、 招待講演 10件) 図書 (1件) 備考 (3件)

  • [国際共同研究] Kent State University(米国)

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  • [国際共同研究] Jinan University(中国)

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  • [国際共同研究] University of Bordeaux/Ecole Normale Supérieure/CEMIPAI(フランス)

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  • [雑誌論文] Nanoscopic observation of a DNA crystal surface and its dynamic formation and degradation using atomic force microscopy2021

    • 著者名/発表者名
      Eki Haruhiko、Abe Katsuhiko、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 57 号: 13 ページ: 1651-1654

    • DOI

      10.1039/d0cc07458f

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  • [雑誌論文] Corrigendum to article “Micro-homology intermediates: RecA’s transient sampling revealed at the single molecule level’’2021

    • 著者名/発表者名
      Lee Andrew J、Endo Masayuki、Hobbs Jamie K、Davies A Giles、Walti Christoph
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 49 号: 7 ページ: 4197-4197

    • DOI

      10.1093/nar/gkab220

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      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Short intrinsically disordered polypeptide-oligonucleotide conjugates for programmed self-assembly of nanospheres with temperature-dependent size controllability2021

    • 著者名/発表者名
      Wang Bin、Pan Rizhao、Zhu Weiping、Xu Yufang、Tian Ye、Endo Masayuki、Sugiyama Hiroshi、Yang Yangyang、Qian Xuhong
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 17 号: 5 ページ: 1184-1188

    • DOI

      10.1039/d0sm01817a

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      2020 実績報告書
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  • [雑誌論文] An RNA Triangle with Six Ribozyme Units Can Promote a Trans-Splicing Reaction through Trimerization of Unit Ribozyme Dimers2021

    • 著者名/発表者名
      Akagi Junya、Yamada Takahiro、Hidaka Kumi、Fujita Yoshihiko、Saito Hirohide、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Matsumura Shigeyoshi、Ikawa Yoshiya
    • 雑誌名

      Applied Sciences

      巻: 11 号: 6 ページ: 2583-2583

    • DOI

      10.3390/app11062583

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      2020 実績報告書
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  • [雑誌論文] Mechanochemical Properties of DNA Origami Nanosprings Revealed by Force Jumps in Optical Tweezers2021

    • 著者名/発表者名
      Karna Deepak、Pan Wei、Pandey Shankar、Suzuki Yuki、Mao Hanbin
    • 雑誌名

      Nanoscale

      巻: 13 号: 18 ページ: 8425-8430

    • DOI

      10.1039/d0nr08605c

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      2020 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Chemo-mechanical Modulation of Cell Motions Using DNA Nanosprings2021

    • 著者名/発表者名
      Deepak Karna, Morgan Stilgenbauer, Sagun Jonchhe, Kazuya Ankai, Ibuki Kawamata, Yunxi Cui, Yaorong Zheng, Yuki Suzuki, Hanbin Mao
    • 雑誌名

      Bioconjugate Chemistry

      巻: 32 号: 2 ページ: 311-317

    • DOI

      10.1021/acs.bioconjchem.0c00674

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      2020 実績報告書
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  • [雑誌論文] Photocontrolled DNA Origami Assembly by Using Two Photoswitches2020

    • 著者名/発表者名
      Mishra Shubham、Park Soyoung、Emura Tomoko、Kumi Hidaka、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
    • 雑誌名

      Chemistry A European Journal

      巻: 27 号: 2 ページ: 778-784

    • DOI

      10.1002/chem.202004135

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      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Nucleosomes and Epigenetics from a Chemical Perspective2020

    • 著者名/発表者名
      Feng Yihong、Endo Masayuki、Sugiyama Hiroshi
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 22 号: 4 ページ: 595-612

    • DOI

      10.1002/cbic.202000332

    • NAID

      120006958091

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      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Direct Observation of Dynamic Interactions between Orientation‐Controlled Nucleosomes in a DNA Origami Frame2020

    • 著者名/発表者名
      Feng Yihong、Hashiya Fumitaka、Hidaka Kumi、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
    • 雑誌名

      Chemistry A European Journal

      巻: 26 号: 66 ページ: 15282-15289

    • DOI

      10.1002/chem.202003071

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      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA density-dependent uptake of DNA origami-based two-or three-dimensional nanostructures by immune cells2020

    • 著者名/発表者名
      Maezawa Tatsuoki、Ohtsuki Shozo、Hidaka Kumi、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Takahashi Yuki、Takakura Yoshinobu、Nishikawa Makiya
    • 雑誌名

      Nanoscale

      巻: 12 号: 27 ページ: 14818-14824

    • DOI

      10.1039/d0nr02361b

    • NAID

      120006879467

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      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] X-ray Crystal Structure of a Cyclic-PIP?DNA Complex in the Reverse-Binding Orientation2020

    • 著者名/発表者名
      Abe Katsuhiko、Hirose Yuki、Eki Haruhiko、Takeda Kazuki、Bando Toshikazu、Endo Masayuki、Sugiyama Hiroshi
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 142 号: 23 ページ: 10544-10549

    • DOI

      10.1021/jacs.0c03972

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      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Duplex DNA Is Weakened in Nanoconfinement2020

    • 著者名/発表者名
      Jonchhe Sagun、Pandey Shankar、Karna Deepak、Pokhrel Pravin、Cui Yunxi、Mishra Shubham、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Mao Hanbin
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 142 号: 22 ページ: 10042-10049

    • DOI

      10.1021/jacs.0c01978

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      2020 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] DNA Nanostructures for Targeted Antimicrobial Delivery2020

    • 著者名/発表者名
      Mela Ioanna、Vallejo‐Ramirez Pedro P.、Makarchuk Stanislaw、Christie Graham、Bailey David、Henderson Robert M.、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Kaminski Clemens F.
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 59 号: 31 ページ: 12698-12702

    • DOI

      10.1002/anie.202002740

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      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Direct observation and analysis of TET-mediated oxidation processes in a DNA origami nanochip2020

    • 著者名/発表者名
      Xing Xiwen、Sato Shinsuke、Wong Nai-Kei、Hidaka Kumi、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 48 号: 8 ページ: 4041-4051

    • DOI

      10.1093/nar/gkaa137

    • NAID

      120006940295

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      2020 実績報告書 2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Catalytic RNA nano-objects formed by self-assembly of group I ribozyme dimers serving as unit structures2020

    • 著者名/発表者名
      Kiyooka Ryuji、Akagi Junya、Hidaka Kumi、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Matsumura Shigeyoshi、Ikawa Yoshiya
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: 130 号: 3 ページ: 253-259

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2020.04.010

    • NAID

      40022351575

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      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A photocaged DNA nanocapsule for delivery and manipulation in cells2020

    • 著者名/発表者名
      Feng Yihong、Tohgasaki Takeshi、Shitomi Yasuyuki、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
    • 雑誌名

      Methods in Enzymology

      巻: 641 ページ: 329-342

    • DOI

      10.1016/bs.mie.2020.04.045

    • ISBN
      9780128211564
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      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Viral RNA recognition by LGP2 and MDA5, and activation of signaling through step-by-step conformational changes2020

    • 著者名/発表者名
      Duic Ivana、Tadakuma Hisashi、Harada Yoshie、Yamaue Ryo、Deguchi Katashi、Suzuki Yuki、Yoshimura Shige H、Kato Hiroki、Takeyasu Kunio、Fujita Takashi
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 48 号: 20 ページ: 11664-11674

    • DOI

      10.1093/nar/gkaa935

    • NAID

      120006936359

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      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Large deformation of a DNA origami nanoarm through the cumulative actuation of tension-adjustable modules2020

    • 著者名/発表者名
      Yuki Suzuki, Ibuki Kawamata, Kohei Mizunom Satoshi Murata
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 59 号: 15 ページ: 6230-6234

    • DOI

      10.1002/anie.201916233

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      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Advances in DNA Origami?Cell Interfaces2019

    • 著者名/発表者名
      Mishra Shubham、Feng Yihong、Endo Masayuki、Sugiyama Hiroshi
    • 雑誌名

      ChemBioChem

      巻: 21 号: 1-2 ページ: 33-44

    • DOI

      10.1002/cbic.201900481

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      2020 実績報告書 2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Direct observation and analysis of the dynamics of the photoresponsive transcription factor GAL42019

    • 著者名/発表者名
      G. Raghavan, K. Hidaka, H. Sugiyama, M. Endo
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie, International Edition

      巻: 58 号: 23 ページ: 7626-7630

    • DOI

      10.1002/anie.201900610

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      2019 実施状況報告書 2018 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] DNA Origami Nanoplate‐Based Emulsion with Nanopore Function2019

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa Daisuke、Suzuki Yuki、Kurokawa Chikako、Ohara Masayuki、Tsuchiya Misato、Morita Masamune、Yanagisawa Miho、Endo Masayuki、Kawano Ryuji、Takinoue Masahiro
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 58 号: 43 ページ: 15299-15303

    • DOI

      10.1002/anie.201908392

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      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effects of Physical Damage in the Intermediate Phase on the Progression of Amyloid β Fibrillization2019

    • 著者名/発表者名
      Ryu Tashiro, Hiroaki Taguchi, Kumi Hidaka, Masayuki Endo, Hiroshi Sugiyama
    • 雑誌名

      Chem. Asian J.

      巻: 14 号: 23 ページ: 4140-4145

    • DOI

      10.1002/asia.201901193

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Translation-dependent unwinding of stem?loops by UPF1 licenses Regnase-1 to degrade inflammatory mRNAs2019

    • 著者名/発表者名
      Mino Takashi、Iwai Noriki、Endo Masayuki、Inoue Kentaro、Akaki Kotaro、Hia Fabian、Uehata Takuya、Emura Tomoko、Hidaka Kumi、Suzuki Yutaka、Standley Daron M、Okada-Hatakeyama Mariko、Ohno Shigeo、Sugiyama Hiroshi、Yamashita Akio、Takeuchi Osamu
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 47 ページ: 8838-8859

    • DOI

      10.1093/nar/gkz628

    • NAID

      120006708220

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Colloidal plasmonic DNA-origami with photo-switchable chirality in liquid crystals2019

    • 著者名/発表者名
      Liu Qingkun、Kuzyk Anton、Endo Masayuki、Smalyukh Ivan I.
    • 雑誌名

      Optics Letters

      巻: 44 号: 11 ページ: 2831-2831

    • DOI

      10.1364/ol.44.002831

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      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] A Photocaged DNA Nanocapsule for Controlled Unlocking and Opening inside the Cell2019

    • 著者名/発表者名
      Tohgasaki Takeshi、Shitomi Yasuyuki、Feng Yihong、Honna Saisei、Emura Tomoko、Hidaka Kumi、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
    • 雑誌名

      Bioconjugate Chemistry

      巻: 30 号: 7 ページ: 1860-1863

    • DOI

      10.1021/acs.bioconjchem.9b00040

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    • 査読あり
  • [雑誌論文] Direct observation of the double-stranded DNA formation through metal ion-mediated base pairing in the nanoscale structure2019

    • 著者名/発表者名
      X. Xing, Y. Feng, Z. Yu, K. Hidaka, F. Liu, A.Ono, H. Sugiyama, M. Endo
    • 雑誌名

      Chemistry - A European Journal

      巻: 25 号: 6 ページ: 1446-1450

    • DOI

      10.1002/chem.201805394

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    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Programming Rotary Motions with a Hexagonal DNA Nanomachine2019

    • 著者名/発表者名
      Yang Yangyang、Zhang Shiwei、Yao Shengtao、Pan Rizhao、Hidaka Kumi、Emura Tomoko、Fan Chunhai、Sugiyama Hiroshi、Xu Yufang、Endo Masayuki、Qian Xuhong
    • 雑誌名

      Chemistry - A European Journal

      巻: 25 号: 20 ページ: 5158-5162

    • DOI

      10.1002/chem.201900221

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    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] AFM-based single-molecule observation of the conformational changes of DNA structures2019

    • 著者名/発表者名
      Endo Masayuki
    • 雑誌名

      Methods

      巻: 169 ページ: 3-10

    • DOI

      10.1016/j.ymeth.2019.04.007

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  • [雑誌論文] Folding of single-stranded circular DNA into rigid rectangular DNA accelerates its cellular uptake2019

    • 著者名/発表者名
      Ohtsuki Shozo、Shiba Yukako、Maezawa Tatsuoki、Hidaka Kumi、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Takahashi Yuki、Takakura Yoshinobu、Nishikawa Makiya
    • 雑誌名

      Nanoscale

      巻: 11 号: 48 ページ: 23416-23422

    • DOI

      10.1039/c9nr08695a

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  • [雑誌論文] Direct Observation of the Formation and Dissociation of Double-Stranded DNA Containing G-Quadruplex/i-Motif Sequences in the DNA Origami Frame Using High-Speed AFM2019

    • 著者名/発表者名
      Endo Masayuki、Xing Xiwen、Sugiyama Hiroshi
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 2035 ページ: 299-308

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-9666-7_17

    • ISBN
      9781493996650, 9781493996667
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Oligomerization of a modular ribozyme assembly of which is controlled by a programmable RNA?RNA interface between two structural modules2019

    • 著者名/発表者名
      Tsuruga Ryusei、Uehara Narumi、Suzuki Yuki、Furuta Hiroyuki、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Matsumura Shigeyoshi、Ikawa Yoshiya
    • 雑誌名

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      巻: 128 号: 4 ページ: 410-415

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2019.04.003

    • NAID

      40022037139

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      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Using DNA Origami to Contextualize Direct Observations of Enzymes in Action2019

    • 著者名/発表者名
      Andrew J. Lee, Masayuki Endo, Jamie K. Hobbs, Christoph Walti
    • 雑誌名

      Imaging & Microscopy

      巻: 21 ページ: 42-44

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] 脂質膜表面におけるDNAオリガミの二次元自己集合化2019

    • 著者名/発表者名
      鈴木 勇揮, 遠藤 政幸, 杉山 弘
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 59 ページ: 103-105

    • NAID

      130007620404

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Decreased water activity in nanoconfinement contributes to the folding of G-quadruplex and i-motif structures2018

    • 著者名/発表者名
      S. Jonchhe, S. Pandey, T. Emura, K. Hidaka, M. A Hossain, P Shrestha, H. Sugiyama, M. Endo, H. Mao
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

      巻: 115 号: 38 ページ: 9539-9544

    • DOI

      10.1073/pnas.1805939115

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Construction of integrated gene logic-chip2018

    • 著者名/発表者名
      Takeya Masubuchi, Masayuki Endo, Ryo Iizuka, Ayaka Iguchi, Dong Hyun Yoon, Tetsushi Sekiguchi, Hao Qi, Ryosuke Iinuma, Yuya Miyazono, Shuichi Shoji, Takashi Funatsu, Hiroshi Sugiyama, Yoshie Harada, Takuya Ueda, Hisashi Tadakuma
    • 雑誌名

      Nat. Nanotechnol.

      巻: 13 号: 10 ページ: 933-940

    • DOI

      10.1038/s41565-018-0202-3

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Complexing DNA origami frameworks through sequential self-assembly based on directed docking2018

    • 著者名/発表者名
      Y. Suzuki, H. Sugiyama, M. Endo
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie, International Edition

      巻: 57 号: 24 ページ: 7061-7065

    • DOI

      10.1002/anie.201801983

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA Origami Scaffolds as Templates for Functional Tetrameric Kir3 K+ Channels2018

    • 著者名/発表者名
      Kurokawa Tatsuki、Kiyonaka Shigeki、Nakata Eiji、Endo Masayuki、Koyama Shohei、Mori Emiko、Tran Nam Ha、Dinh Huyen、Suzuki Yuki、Hidaka Kumi、Kawata Masaaki、Sato Chikara、Sugiyama Hiroshi、Morii Takashi、Mori Yasuo
    • 雑誌名

      Angew. Chem. Int. Ed. Engl.

      巻: 57 号: 10 ページ: 2586-2591

    • DOI

      10.1002/anie.201709982

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Direct Single-Molecule Observation of Mode and Geometry of RecA-Mediated Homology Search2018

    • 著者名/発表者名
      A. Lee, M. Endo, J. Hobbs, C. Walti
    • 雑誌名

      ACS Nano

      巻: 12 号: 1 ページ: 272-278

    • DOI

      10.1021/acsnano.7b06208

    • NAID

      120006491911

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Triggering nucleic acid nanostructure assembly by conditional kissing interactions2018

    • 著者名/発表者名
      L. Azema, S. Bonnet-Salomon, M. Endo, Y. Takeuchi, G. Durand, T. Emura, K. Hidaka, E. Dausse, H. Sugiyama, J.-J. Toulme
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 46 号: 3 ページ: 1052-1058

    • DOI

      10.1093/nar/gkx1267

    • NAID

      120006466621

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Environment-dependent self-assembly of DNA origami lattices on phase-separated lipid membranes2018

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Sato, Masayuki Endo, Masamune Morita, Masahiro Takinoue, Hiroshi Sugiyama, Satoshi Murata, Shin-ichiro M. Nomura, Yuki Suzuki
    • 雑誌名

      Advanced Materials Interfaces

      巻: 5 号: 14 ページ: 1800437-1800437

    • DOI

      10.1002/admi.201800437

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA Origami Nanomachine2018

    • 著者名/発表者名
      M. Endo, H. Sugiyama
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 23 号: 7 ページ: 1766-1766

    • DOI

      10.3390/molecules23071766

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Direct observation of dynamic movement of DNA molecules in DNA origami imaged using high-speed AFM2018

    • 著者名/発表者名
      M. Endo, H. Sugiyama
    • 雑誌名

      Methods in Molecular Biology

      巻: 1814 ページ: 213-224

    • DOI

      10.1007/978-1-4939-8591-3_13

    • ISBN
      9781493985906, 9781493985913
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Spatial and Temporal Regulation of Cellular Morphology using a Photo-Responsive Mechanical DNA Polymer2021

    • 著者名/発表者名
      S. Sethi, T. Emura, K. Hidaka, H. Sugiyama, M. Endo
    • 学会等名
      日本化学会第101春季年会(2021)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Photocontrolled assembly of DNA origami nanostructures using photoswitching molecules2021

    • 著者名/発表者名
      S. Mishra, S. Park, T. Emura, K. Hidaka, H. Sugiyama, M. Endo
    • 学会等名
      日本化学会第101春季年会(2021)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 逆配向型環状PIP-DNA複合体のX線結晶構造解析及び順配向型複合体との構造比較2021

    • 著者名/発表者名
      安倍克彦, 廣瀬優希, 浴晴彦, 竹田一旗, 遠藤政幸, 板東俊和, 杉山弘
    • 学会等名
      日本化学会第101春季年会(2021)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] DNAオリガミを用いたキネシン-1の空間配置が 輸送複合体の協調運動に与える影響の解析2020

    • 著者名/発表者名
      福本 紘大, 宮薗 侑也, 多田隈 尚史, 原田 慶恵
    • 学会等名
      日本分子生物学会 (第43回年会)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] キネシン分子の空間配置が輸送複合体の運動 に与える影響の評価2020

    • 著者名/発表者名
      福本 紘大, 宮薗 侑也, 多田隈 尚史, 原田 慶恵
    • 学会等名
      日本生物物理学会 (第58回年会)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Single-Molecule Observation and Analysis of the Dynamics of the Photoresponsive Transcription Factor2019

    • 著者名/発表者名
      G. Raghavan, K. Hidaka, H. Sugiyama, M. Endo
    • 学会等名
      The 46th International Symposium on Nucleic Acid Chemistry
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Investigation of physical properties of a confined nanospace using G-quadruplex and i-motif as a molecular probes2019

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Endo
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Characterization of DNA origami nanospace using G-quadruplex and i-motif structure2019

    • 著者名/発表者名
      M. Endo, S. Jonchhe, S. Pandey, T. Emura, K. Hidaka, H. Sugiyama, H. Mao
    • 学会等名
      Commemorative International Symposium of the Japan Society of Nucleic Acids Chemistry (CISNAC 2019), Kobe, Japan
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] DNAオリガミで構築する分子マシン2019

    • 著者名/発表者名
      遠藤 政幸
    • 学会等名
      分子モーター討論会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Designed DNA origami nanostructures for analysis and material applications2019

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Endo
    • 学会等名
      10th International Conference on Materials for Advanced Technologies (ICMAT2019), Singapore
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Characterization of DNA origami nanospace using G-quadruplex and i-motif structure as a molecular probe2019

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Endo
    • 学会等名
      Nucleic Acid Nanotechnology: from algorithmic design to biochemical applications (NANTECH 2019), Helsinki, Finland
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Investigation of physical properties of G-quadruplex and i-motif in a confined nanospace2019

    • 著者名/発表者名
      Masayuki Endo
    • 学会等名
      16th Annual Conference on Foundations of Nanoscience: Self-Assembled Architectures and Devices (FNANO19)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Oscillatory movement of a dynein-microtubule complex crosslinked with DNA-origami2019

    • 著者名/発表者名
      Shimaa A. Abdellatef, Hisashi Tadakuma, Yuichi Kondo, Kangmin Yan, Rofia Boudria, Kodai Fukumoto, Takashi Fujiwara, Hideo Higuchi, and Keiko Hirose
    • 学会等名
      64th Annual Meeting of Biophysical Society, San Diego Convention Center (San Diego, CA)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Dicer-2による二本鎖RNAプロセッシングの一分子解析2019

    • 著者名/発表者名
      永沼 政広, 多田隈 尚史, 泊 幸秀
    • 学会等名
      第42回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Reconstitution of kinesin-based transport complex using DNA origami2019

    • 著者名/発表者名
      Kodai Fukumoto, Yuya Miyazono, Hisashi Tadakuma, Yoshie Harada
    • 学会等名
      CBI学会2019年大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] How nano-space affects biological phenomena2019

    • 著者名/発表者名
      多田隈尚史
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Oscillatory movement of the dynein-microtubule complex crosslinked with DNA-origami2019

    • 著者名/発表者名
      Abdellatef Shimaa A., 多田隈 尚史, 近藤 雄一, 厳 康敏, 樋口 秀男, 広瀬 恵子
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Evaluating coordination between kinesin motors using DNA origami-based transport complex2019

    • 著者名/発表者名
      福本 紘大, 宮薗 侑也, 多田隈 尚史, 原田 慶恵
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 集積型遺伝子チップを用いた、転写の理解と制御2019

    • 著者名/発表者名
      多田隈尚史
    • 学会等名
      第92回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Protein integrated nano-chip for transcription analysis and regulation2019

    • 著者名/発表者名
      多田隈尚史
    • 学会等名
      第19回 日本蛋白質科学会年会 / 第71回 日本細胞生物学会大会 合同年次大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Cumulative deformation of a linear DNA origami nanoarm comprising tension-adjustable modules2019

    • 著者名/発表者名
      Yuki Suzuki, Ibuki Kawamata, Kohei Mizuno, Satoshi Murata
    • 学会等名
      Commemorative International Symposium of the Japan Society of Nucleic Acids Chemistry (CISNAC 2019), Kobe, Japan
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Reversible deformation of a linear DNA origami structure through the cumulative actuation of tension-adjustable modules2019

    • 著者名/発表者名
      Yuki Suzuki, Ibuki Kawamata, Kohei Mizuno, Satoshi Murata
    • 学会等名
      Nucleic Acid Nanotechnology: from algorithmic design to biochemical applications (NANTECH 2019), Helsinki, Finland
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Large deformation of a linear DNA origami beam via cumulative actuation of tension-adjustable modules2019

    • 著者名/発表者名
      Yuki Suzuki, Ibuki Kawamata, Kohei Mizuno, Satoshi Murata
    • 学会等名
      16th Annual Conference on Foundations of Nanoscience: Self-Assembled Architectures and Devices (FNANO19), Snowbird, UT, USA
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] DNA origami lattices self-assembled on lipid bilayer membranes2019

    • 著者名/発表者名
      Yuki Suzuki
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 光応答性転写因子GAL4のDNAナノ構造内での1分子観察2019

    • 著者名/発表者名
      G. Raghavan、日高 久美、杉山 弘、遠藤 政幸
    • 学会等名
      日本化学会第99春季年会(2019)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Direct observation of nucleosome in DNA frame using high-speed AFM2019

    • 著者名/発表者名
      Y. Feng, K. Hidaka, F. Hashiya, H. Sugiyama, M. Endo
    • 学会等名
      日本化学会第99春季年会(2019)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] DNAナノ空間の分子環境と生体分子の振る舞い2019

    • 著者名/発表者名
      遠藤 政幸
    • 学会等名
      第2回分子ロボティクス年次大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Cumulative deformation of a linear DNA origami structure consisting of tension-adjustable modules2019

    • 著者名/発表者名
      Yuki Suzuki, Kohei Mizuno, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata
    • 学会等名
      日本化学会第99回春季年会(2019)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Molecular Mechanism of Viral RNA Recognition and MDA5 Activation Through LGP22019

    • 著者名/発表者名
      Ivana Duic, Hisashi Tadakuma, Yoshie Harada, Shige H. Yoshimura, Takashi Fujita
    • 学会等名
      Keystone Symposia "Innate Immune Receptors: Roles in Immunology and Beyond"
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Construction of DNA origami base gene transcription nano chip2019

    • 著者名/発表者名
      Masubuchi T, Endo M, Iizuka R, Iguchi A, Hyun YD, Sekiguchi T, Qi H, Iinuma R, Miyazono Y, Shoji S, Funatsu T, Sugiyama H, Harada Y, Ueda T, Tadakuma H
    • 学会等名
      第2回分子ロボティクス年次大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Analysis of motility and structure of the dynein-microtubule complex: application of DNA-origami based tools for mehanobiology2019

    • 著者名/発表者名
      S.A. Abdellatef, H. Tadakuma, Y. Kondo, K. Fukumoto, K. Yan, H. Higuchi, K. Hirose
    • 学会等名
      3rd International Symposium on Nanoarchitectonics for Mechanobiology
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Surface Observation of Self-Assembled 3D DNA Crystals by Atomic Force Microscopy2018

    • 著者名/発表者名
      H. Eki, H. Sugiyama, M. Endo
    • 学会等名
      The 45th International Symposium on Nucleic Acid Chemistry
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 制限された空間でのグアニン四重鎖とi-モチーフ構造の物性の解明2018

    • 著者名/発表者名
      遠藤 政幸、S. Jonchhe、S. Pandey、江村 智子、日高 久美、H. Mohammad、P. Shrestha、杉山 弘、H. Mao
    • 学会等名
      第12回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Cumulative deformation of a linear DNA origami structure consisting of tension-adjustable modules2018

    • 著者名/発表者名
      Yuki Suzuki, Kohei Mizuno, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata
    • 学会等名
      The 45th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry (ISNAC2018)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Construction of integrated gene chip2018

    • 著者名/発表者名
      多田隈 尚史
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] DNAオリガミを用いた反応場制御2018

    • 著者名/発表者名
      多田隈尚史
    • 学会等名
      第394回情報計算化学生物(CBI)学会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Integrated gene logic-chip functioning in an artificial cell2018

    • 著者名/発表者名
      Masubuchi T, Endo M, Iizuka R, Iguchi A, Yoon DH, Sekiguchi T, Qi H, Iinuma R, Miyazono Y, Shoji S, Funatsu T, Sugiyama H, Harada Y, Ueda T and Tadakuma H.
    • 学会等名
      The 2nd Joint Australia-Japan/Japan-Australia Joint RNA meeting
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Integrated gene logic-chip functioning in an artificial cell2018

    • 著者名/発表者名
      Masubuchi T, Endo M, Iizuka R, Iguchi A, Yoon DH, Sekiguchi T, Qi H, Iinuma R, Miyazono Y, Shoji S, Funatsu T, Sugiyama H, Harada Y, Ueda T and Tadakuma H.
    • 学会等名
      CBI学会2018年大会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] ポリリジン残基の付加は、DNAオリガミへのSNAPf融合蛋白質の結合速度を向上させる2018

    • 著者名/発表者名
      Kodai Fukumoto, Yuya Miyazono, Hisashi Tadakuma, Yoshie Harada
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Motility and structure of the dynein-microtubule complex crosslinked with DNA-origami2018

    • 著者名/発表者名
      Shimaa A. Abdellatef, Hisashi Tadakuma, Yuichi Kondo, Kangmin Yan, Hideo Higuchi, Keiko Hirose
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] ゼロモード導波路(ZMW)を用いた生体分子複合体の定量分析2018

    • 著者名/発表者名
      Kimiko Nakao, Hisashi Tadakuma, Yong-Woon Han, Yoshie Harada
    • 学会等名
      第56回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [図書] 核酸科学ハンドブック2020

    • 著者名/発表者名
      日本核酸化学会、杉本 直己
    • 総ページ数
      576
    • 出版者
      講談社
    • ISBN
      9784065207864
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考] 京都大学理学研究科 DNAナノテクノロジーグループ

    • URL

      http://kuchem.kyoto-u.ac.jp/chembio/top_page_j.html

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [備考] 京都大学大学院理学研究科 DNAナノテクノロジーグループ

    • URL

      http://kuchem.kyoto-u.ac.jp/chembio/top_page_j.html

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [備考] 京都大学 DNAナノテクノロジーグループ

    • URL

      http://kuchem.kyoto-u.ac.jp/chembio/top_page_j.html

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書

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公開日: 2018-10-12   更新日: 2022-01-27  

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