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固体高分解能NMRを用いた不完全な配列を有するナノ構造体の構造解析

研究課題

研究課題/領域番号 18KK0397
研究種目

国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(A))

配分区分基金
研究分野 生体関連化学
研究機関公益財団法人高輝度光科学研究センター (2023)
兵庫県立大学 (2020-2022)
奈良先端科学技術大学院大学 (2018-2019)

研究代表者

長尾 聡  公益財団法人高輝度光科学研究センター, 散乱・イメージング推進室, テニュアトラック研究員 (30452535)

研究期間 (年度) 2019 – 2024
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
15,600千円 (直接経費: 12,000千円、間接経費: 3,600千円)
キーワードタンパク質 / アミノ酸同位体標識 / NMR / 天然変性タンパク質 / XFEL / 結晶構造解析 / アミノ酸選択的同位体標識 / 分子間相互作用解析 / 固液界面 / 和周波発生分光測定 / ナノ構造体 / 高分解能構造解析 / 固体NMR / ナノディスク / 膜タンパク質 / 脂質膜 / タンパク質超分子 / 不完全配列 / 構造解析
研究実績の概要

タンパク質の機能は動的かつ多様であり、それらの発現機構の理解や化学的な制御には、生体分子の動的な状態とその構造変化を高い分解能で観察することが必要不可欠である。本研究では、タンパク質の動的な構造の変化とそれによってもたらされる集合状態の変化を捉える手法の開発を行っている。本年度は、光によって時計タンパク質等の発現制御を行う光応答性タンパク質のNMRによる構造解析を行った。また、シトクロムP450における酵素反応中間体構造のX線結晶構造解析も行った。
クリプトクロムは光によって時計タンパク質等を制御するタンパク質であり、クラミドモナス由来のクリプトクロムは約500残基の構造領域とC末端側の約100残基の天然変性領域を有するタンパク質である。さらに、光受容部位としてFADを持ち、生理的な機能をもつとされる光還元状態を維持するには嫌気状態の維持が不可欠であるため、NMR測定としては難易度の高い測定試料である。本研究では、疎水性アミノ酸残基の側鎖メチル基を選択的に13C同位体標識し、さらにNMRシグナルの高感度化のため2H同位体標識をクリプトクロムに対して行った。試料はグローブボックス中の嫌気環境下で調製し、NMR測定前後で吸収スペクトルでクリプトクロムの光受容状態を確認した。様々な二次元NMRスペクトルにおいて、クリプトクロムの構造領域および天然変性領域の先鋭化されたシグナルを検出することに成功し、天然変性領域の一部に暗状態と明状態で違いが観測された。
また、シトクロムP450の微結晶をX線自由電子レーザー(XFEL)で構造解析し、これまで捕捉されていなかった酸化反応直前の酸素型中間体構造を明らかにした。本成果は国際会議で発表し、投稿論文としても次年度に投稿予定である。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

本研究課題の重要な点として、不完全な配列を有するナノ構造体の構造解析に有効な固体高分解能NMR解析を行うための日本ー米国間の国際共同研究体制を構築することが挙げられる。本年度は、研究代表者の所属機関の変更により、研究環境の再構築が必要となった。そこで、前所属機関の兵庫県立大学の研究グループに加え、徳島大学のNMR研究グループとの共同研究を開始し、高分子量のタンパク質の高感度測定が可能な研究体制を構築した。これにより、タンパク質の同位体標識の技術とその測定法の連携が可能となった。一方で、今年度の前半は昨年度から続いていた新型コロナウィルスの世界的な感染拡大に伴う渡航の制限などから国際共同研究の推進が困難であった。以上の点より、本年度の進捗状況はやや遅れていると判断した。

今後の研究の推進方策

令和6年度は共同研究体制を構築している兵庫県立大と徳島大学の研究グループと継続して進める。また、固体高分解能NMRについては、大阪大学蛋白質研究所の固体高分解能NMRを利用した共同研究を進め、他に米国ウィスコンシン大学のNMR-FAMに異動したミシガン大学での共同研究者と国際共同研究を進める。

報告書

(5件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2023 2022 2021 2019

すべて 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (11件) (うち国際学会 5件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Determination of protein conformation and orientation at buried solid/liquid interfaces2023

    • 著者名/発表者名
      Guo Wen、Lu Tieyi、Crisci Ralph、Nagao Satoshi、Wei Tao、Chen Zhan
    • 雑誌名

      Chemical Science

      巻: 14 号: 11 ページ: 2999-3009

    • DOI

      10.1039/d2sc06958j

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Effects of hydrophobic core residues on conformational changes of α-helical peptides induced upon metal-ion binding2023

    • 著者名/発表者名
      Shinya Nishatani, Yumi Kitagawa, Satoshi Nagao, Hiroshi Sekiguchi , Masayuki Oda
    • 学会等名
      The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] NMR analysis of dynamics of the C terminal extension in bi-functional cryptochrome2023

    • 著者名/発表者名
      Yuki Kaide, Satoshi Nagao, Wataru Sato, Minoru Kubo
    • 学会等名
      The 61st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Structural study of cytochrome P450BM3 catalyzing a non-natural substrate using X-ray free electron laser2023

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Nagao
    • 学会等名
      The international joint meeting of the 23rd International Conference on Cytochrome P450 and the 38th Annual Meeting of the Japanese Society for the Study of Xenobiotics
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] X 線小角散乱を用いた明状態二機能性クリプトクロムの溶液構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      乾 翔太、松田 颯真、長尾 聡、柳澤 幸子、久保 稔
    • 学会等名
      第49回生体分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Rational design of myoglobin dimers for ligand binding cooperativity2022

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Nagao, Chihiro Maruo, Masashi Yamada, Daichi Yamada,Minoru Kubo
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Structural analyses of the animal-like cryptochrome from Chlamydomonas reinhardtii by small angle X-ray scattering2022

    • 著者名/発表者名
      Soma Matsuda, Satoshi Nagao, Daichi Yamada, Minoru Kubo
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Determination of Protein and Peptide Conformation and Orientation at Buried Interfaces in Situ in Real Time2022

    • 著者名/発表者名
      Wen Guo, Tieyi Lu, Ralph Crisci, Satoshi Nagao, Tao Wei, Zhan Chen
    • 学会等名
      SciX 2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Design and Detection of Heme Protein Supramolecules2021

    • 著者名/発表者名
      Shun Hirota, Satoshi Nagao, Masaru Yamanaka, Yoshiki Higuchi
    • 学会等名
      11th International Conference on Porphyrins and Phthalocyanines
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] NMR characterization of dynamic properties of cytochrome c bound to membranes using phospholipid bicelles2019

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Nagao, Hisashi Kobayashi, Shun Hirota
    • 学会等名
      第19回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] NMR characterization of dynamic properties of cytochrome c bound to membranes using lipid bicelles2019

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Nagao, Hisashi Kobayashi, Shun Hirota
    • 学会等名
      15th International Symposium on Applied Bioinorganic Chemistry
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Solution NMR study on structures and dynamic properties of cytochrome c bound to lipid bicelles2019

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Nagao
    • 学会等名
      Gateway NMR 2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2019-02-06   更新日: 2024-12-25  

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