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網羅的mRNA絶対定量のためのパイロプライマーの開発

研究課題

研究課題/領域番号 19021049
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関独立行政法人産業技術総合研究所

研究代表者

藤渕 航  独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 研究チーム長 (60273512)

研究期間 (年度) 2007 – 2008
研究課題ステータス 完了 (2008年度)
配分額 *注記
4,600千円 (直接経費: 4,600千円)
2008年度: 2,300千円 (直接経費: 2,300千円)
2007年度: 2,300千円 (直接経費: 2,300千円)
キーワード遺伝子発現定量 / プライマー配列 / 配列決定法 / 遣伝子発現定量
研究概要

パイロシーケンシングによる細胞内mRNA 絶対定量を可能にするためのプライマー配列(パイロプライマー)を開発するため、(1)「遺伝子」発現定量のための低冗長性を許したpolyA 近郊パイロプライマー、および(2)「スプライシングバリアント」を完全定量するエクソン境界近傍パイロプライマーを現実時間内で設計することを目的としそのための方法論とシステムを開発した。

報告書

(3件)
  • 2008 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2007 実績報告書
  • 研究成果

    (18件)

すべて 2009 2008 2007 その他

すべて 雑誌論文 (2件) 学会発表 (14件) 備考 (1件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Development of a fast primer search system using FPGA.2008

    • 著者名/発表者名
      Chiba H, Nakagawa S, Taniguchi T, Fujibuchi W.
    • 雑誌名

      IPSJ SIG Technical Report

      ページ: 1-4

    • NAID

      110006967149

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [雑誌論文] FPGAを用いた高速プライマー配列探索システムの開発2008

    • 著者名/発表者名
      千葉 啓和
    • 雑誌名

      IPS J SIG Technical Report 2008

      ページ: 1-4

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Designing Pyro-primer sequences for exhaustive quantitation of mRNAs2009

    • 著者名/発表者名
      干葉 啓和
    • 学会等名
      International Life Surveyor Symposium
    • 発表場所
      日立中央研究所
    • 年月日
      2009-01-29
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Designing Pyro-Primer Sequences for Exhaustive Quantitation of mRNAs2009

    • 著者名/発表者名
      Chiba H, Nakagawa S, Taniguchi T, Fujibuchi W.
    • 学会等名
      The 7th (International) Life Surveyor Symposium
    • 発表場所
      Hitachi Central Research Laboratory, Tokyo
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Designing Pyro-primer sequences for exhaustive quantitation of mRNAs2008

    • 著者名/発表者名
      千葉 啓和
    • 学会等名
      The Annual Meeting of Computational Biology Research Center (CBRC2008)
    • 発表場所
      (独)産業技術総合研究所臨海副都心センター別館
    • 年月日
      2008-11-06
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Designing Pyro-primer sequences for exhaustive quantitation of mRNAs2008

    • 著者名/発表者名
      千葉 啓和
    • 学会等名
      3^<rd> International Workshop on Approaches to Single-Cell Analysis
    • 発表場所
      ATH Zurich
    • 年月日
      2008-09-11
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] 網羅的mRNA絶対定量のためのパイロプライマーの開発2008

    • 著者名/発表者名
      藤渕 航
    • 学会等名
      特定領域研究ライフサーベイヤ会議
    • 発表場所
      大阪大学医学部
    • 年月日
      2008-06-27
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Computer Design of Pyro-Primer Sequences for Exhaustive Quantitation of mRNAs2008

    • 著者名/発表者名
      Chiba H, Nakagawa S, Taniguchi T, Fujibuchi W.
    • 学会等名
      The 3rd International Workshop on Approaches to Single-Cell Analysis
    • 発表場所
      ATH, Zurich
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] 網羅的mRNA絶対定量のためのパイロプライマーの開発2008

    • 著者名/発表者名
      中川草、谷口丈晃、藤渕航
    • 学会等名
      第5回ライフサーベイヤシンポジウム
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] 網羅的mRNA 絶対定量のためのパイロプライマーの開発2008

    • 著者名/発表者名
      千葉啓和、中川草、谷口丈晃、藤渕航
    • 学会等名
      第6回ライフサーベイヤシンポジウム
    • 発表場所
      大阪大学
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] FPGAを用いた高速プライマー配列探索システムの開発2008

    • 著者名/発表者名
      千葉啓和、中川草、谷口丈晃、藤渕航
    • 学会等名
      情報処理学会バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      北海道大学
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書 2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Designing Pyro-primer Sequences for Exhaustive Quantitation of mRNAs2008

    • 著者名/発表者名
      千葉啓和、中川草、谷口丈晃、藤渕航
    • 学会等名
      CBRC2008
    • 発表場所
      産業技術総合研究所・臨海副都心センター別館
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] The Role of Bioinformatics in Single Cell Analysis2007

    • 著者名/発表者名
      Fujibuchi, W.
    • 学会等名
      5th lnternational Forum on Post-genome Technologies
    • 発表場所
      Suzhou, China
    • 年月日
      2007-09-10
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Computer Design of Pyro-Primer Sequences for Exhaustive Quantitation of mRNAs2007

    • 著者名/発表者名
      Fujibuchi W.
    • 学会等名
      The 2nd International Workshop on Approaches to Single-Cell Analysis
    • 発表場所
      Waseda University
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] The Role of Bioinformatics in Single Cell Analysis2007

    • 著者名/発表者名
      Fujibuchi W.
    • 学会等名
      5th International Forum on Post-genome Technologies
    • 発表場所
      Suzhou, China.(invited)
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] 網羅的mRNA 絶対定量のためのパイロプライマーの開発2007

    • 著者名/発表者名
      藤渕航
    • 学会等名
      特定領域研究会議
    • 発表場所
      青学会館
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [備考] ホームページ等 プライマー探索システムのWebインタラクティブ版のプロトタイプを開発している。(図6:公開準備中) [figure] 図6:遺伝子名(複数)とTm値を入力するとFPGA ボードを起動してユニークなプライマー配列セット候補のリストを返すWebシステム「Fprimer」のプロトタイプ。

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [産業財産権] (仮)ターゲット遺伝子に特異的なマルチプレックスプライマー配列の探索方法、装置、プログラム (準備中)

    • 発明者名
      藤渕航、千葉啓和
    • 権利者名
      (独)産業技術総合研究所
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書

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公開日: 2007-04-01   更新日: 2018-03-28  

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