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データグリッドによる異分野科学データベース統合技術の開発

研究課題

研究課題/領域番号 19024050
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 理工系
研究機関大阪大学

研究代表者

松田 秀雄  大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (50183950)

研究分担者 竹中 要一  大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 准教授 (00324830)
研究期間 (年度) 2007 – 2008
研究課題ステータス 完了 (2008年度)
配分額 *注記
6,200千円 (直接経費: 6,200千円)
2008年度: 3,100千円 (直接経費: 3,100千円)
2007年度: 3,100千円 (直接経費: 3,100千円)
キーワード異種データベース / Webサービス / ワークフロー / データグリッド / 情報システム / バイオインフォマティクス / 大規模ファルシステム
研究概要

本研究では、広域に散在し、大容量化かつ多様化する科学データに対するスケーラブルな情報統合とそれにより得られる異分野科学データベースの横断的検索を、データグリッド技術を基盤としたワークフローによる動的な統合として実現した。
ワークフローに基づく動的なデータベース統合の評価では、データベースの検索を行うサーバ間を接続するためのデータ転送サービスを考案し、この機能を含めたデータベース統合システムを開発した。複数のデータベースをつないで順次統合するワークフローの処理で、従来法では前段のサーバの出力をクライアントに返す必要があったが、提案する方式ではデータ転送サービスを経由して後段のサーバに直接転送することで通信の効率を上げる。これにより、100HBのデータ転送時間が従来法だと277.3秒かかっていたものが、提案法では3.2秒で短縮できた。
スケーラブルなデータベース統合基盤の実現では、データ転送サービスマネージャを導入することで、データ転送サービスの転送の中継・集約を可能とするとともに、中間データ量を絞込みを行えるようにした。従来のワークフローエンジンでは、データベースサーバへの問合せ結果がすべてエンジンに返ってきてしまいメモリオーバフローが発生した。これに対して、データ転送マネージャの導入により、問合せ結果の統合はデータ転送サービスとそのマネージャの問で行われ、エンジンは統合結果だけを受け取るだけとなり、従来のワークフローエンジンでは処理が困難であった700ゲノムの比較ゲノム解析を実行することに成功した。

報告書

(2件)
  • 2008 実績報告書
  • 2007 実績報告書
  • 研究成果

    (9件)

すべて 2008 2007

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (6件)

  • [雑誌論文] A Distributed-Processing System for Accelerating Biological Research using Data-Staging2008

    • 著者名/発表者名
      Y., Kido・S., Seno・S., Date・Y., Takenaka・H., Matsuda
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Bioinformatics (印刷中)

    • NAID

      110006684910

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Combination Method of the Tanimoto Coefficient and Proximity Measure of Random Forest for Compound Activity Prediction2008

    • 著者名/発表者名
      G., Kawamura・S., Seno・Y., Takenaka・H., Matsuda
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Bioinformatics (印刷中)

    • NAID

      110006824830

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Compound-Transporter Interaction Studies using Canonical Correlation Analysis2007

    • 著者名/発表者名
      M., Kitajima・Y., Minowa・H., Matsuda・Y., Okuno
    • 雑誌名

      Chem-Bio Informatics Journal 7

      ページ: 24-34

    • NAID

      130004138177

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] A Method for Reducing Bounds of Compound Search by Dividing Structure Key2008

    • 著者名/発表者名
      T. Shimizu, Y. Kido, S. Seno, Y. Takenaka, H. Matsuda
    • 学会等名
      Annual Conf Japanese Society for Bioinformatics
    • 発表場所
      千里中央、大阪
    • 年月日
      2008-12-16
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] An Efficient Data Transfer, on Workflows for Genome-wide Analysis2008

    • 著者名/発表者名
      J. Seo, Y. Kido, S. Seno, Y. Takenaka, H. Matsuda
    • 学会等名
      An Efficient Data Transfer, on Workflows for Genome-wide Analysis
    • 発表場所
      千里中央、大阪
    • 年月日
      2008-12-16
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] A Method for Making a New Reference Set of PDB Entries for Retrieving Protein 3D Structures with Structural Annotations2008

    • 著者名/発表者名
      M. Hamada, Y. Kido, S. Seno, H. Daiyasu, Y. Takenaka. H. Matsuda
    • 学会等名
      Annual Conf Japanese Society for Bioinformatics
    • 発表場所
      千里中央、大阪
    • 年月日
      2008-12-15
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Architecture of an Efficient Data Transfer System and Manager for Genome-wide Analysis Workflows2008

    • 著者名/発表者名
      J. Seo, Y. Kido, S. Seno, Y. Takenaka, H. Matsuda
    • 学会等名
      3rd MEI International Symposium
    • 発表場所
      サンフランシスコ、アメリカ
    • 年月日
      2008-12-02
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] A Data Transmission Method for Web Services in Bioinformatics Workflows2008

    • 著者名/発表者名
      J. Seo, S. Seno, Y. Takenaka, H. Matsuda
    • 学会等名
      Intl Conf Intelligent Systems for Molecular Biology
    • 発表場所
      トロント、カナダ
    • 年月日
      2008-07-21
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] A Method for Retrieving Functionally Similar Bioinformatics Workflows2007

    • 著者名/発表者名
      J., Seo・S., Seno・Y., Takenaka・H., Matsuda
    • 学会等名
      Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics
    • 発表場所
      東京,日本科学未来館
    • 年月日
      2007-12-17
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

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公開日: 2007-04-01   更新日: 2018-03-28  

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