| 研究課題/領域番号 |
19043015
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| 研究種目 |
特定領域研究
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 審査区分 |
生物系
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| 研究機関 | 明治大学 (2008)
東京大学 (2007) |
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研究代表者 |
矢野 健太郎 明治大学, 農学部, 講師 (00446543)
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| 研究期間 (年度) |
2007 – 2008
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| 研究課題ステータス |
完了 (2008年度)
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| 配分額 *注記 |
5,900千円 (直接経費: 5,900千円)
2008年度: 3,000千円 (直接経費: 3,000千円)
2007年度: 2,900千円 (直接経費: 2,900千円)
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| キーワード | ゲノム / 遺伝子 / 生体生命情報学 / 遺伝子発現 / バイオインフォマティクス / データベース |
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| 研究概要 |
昨年度、構築・公開したデータベースOryzaExpressの格納データと機能の拡張を行った。まず、異なるデータベースから提供されているイネのゲノム・アノテーションと遺伝子発現情報の収集を行い、次いで、本特定領域研究から得られている実験データをOryzaExpressに統合した。その結果、OryzaExpressを用いることで、これらの統合情報から効率的に目的の情報を抽出することが可能となった。ここでは、特に、マイクロアレイ・プローブ名、遺伝子座名、遺伝子の機能アノテーションのキーワードや遺伝子発現量から目的の遺伝子を探索することができる。また、さらに、本年度は、遺伝子の発現制御ネットワークの構築とその解析結果のOryzaExpressへの統合化を行った。そのために、NCBIから入手可能なマイクロアレイ実験データと本特定領域研究より得られたマイクロアレイ実験データを併せて、大規模なネットワーク解析を実施した。これらのデータを精査することで、同一の代謝パスウェイや生物学的機能に関連する遺伝子群や遺伝子発現制御因子の同定が促進され得る。また、イネゲノム中の遺伝子について、ランダムに抽出した遺伝子群から、遺伝子発現制御に関わるシスエレメント探索を行った。次いで、発現レベルの解析から推定した遺伝子ファミリーについて、特異的なシスエレメントの同定を行った。そして、これらのイネ遺伝子と相同性の高いソルガム遺伝子を探索すると共に、それらのシスエレメントを探索し、イネ遺伝子との多様性を調査した。
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