既存医薬分子-タンパク質相互作用のin silico解析

• 研究課題/領域番号: 19200024
• 研究種目: 基盤研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 東海大学
• 研究代表者: 平山 令明 東海大学 (70238393)
• 研究分担者: 牟田 元 東海大学, 医学部, 助教 (80384923)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 26,390千円 (直接経費: 20,300千円、間接経費: 6,090千円); 2010年度: 2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円); 2009年度: 2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円); 2008年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円); 2007年度: 16,120千円 (直接経費: 12,400千円、間接経費: 3,720千円)
• キーワード: 医薬分子 / タンパク質 / 分子認識 / ドッキング / 分子力学

研究概要

生体内で機能する種々のタンパク質と医薬分子との相互作用を知ることは、医薬分子の開発研究や副作用の理解に有用である。これらの相互作用を全て実験的に求めることは事実上困難であるが、コンピュータによる解析(in silico解析)はそれを可能にする。本研究では、実験に匹敵する相互作用解析を可能にする新たなin silico解析法を研究し、炭水化物の代謝に関与するタンパク質と既存医薬分子との相互作用解析にそれらを応用した。

研究成果

• [雑誌論文] Use of aminoacid composition to predict epitope residues of indivisual antibodie (2010)
  • 著者名/発表者名: S.Soga, D.Kuroda, H.Shirai, M.Koboriand N.Hiarayama
  • 雑誌名: Protein Eng.Des.Sel. 23 ページ: 441-448
  • 査読あり
• [雑誌論文] A noveltarget-based de novo ligand designby use of pseudomolecular probe (2010)
  • 著者名/発表者名: K.Toda, J.Goto, N.Hirayama
  • 雑誌名: Med.Chem.Comm. 1 ページ: 349-354
  • 査読あり
• [雑誌論文] Alpha Sphere Filter Method : Application of Pseudomolecular Descriptors in Virtual Screening of 2D Chemical Structures (2010)
  • 著者名/発表者名: H.Muta, N.Hirayama
  • 雑誌名: J.Comput.Chem. 31 ページ: 2225-2232
  • 査読あり
• [雑誌論文] Use of amino acid composition to predict epitope residues of individual antibodies (2010)
  • 著者名/発表者名: S.Soga, D.Kuroda, H.Shirai, M.Kobori, N.Hiarayama
  • 雑誌名: Protein Eng Des Sel. 巻: 23 ページ: 441-448
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel target-based de novo ligand design by use of pseudomolecular probe (2010)
  • 著者名/発表者名: K.Toda, J.Goto, N.Hirayama
  • 雑誌名: Med.Chem.Comm 巻: 1 ページ: 349-354
  • 査読あり
• [雑誌論文] Alpha Sphere Filter Method : Application of Pseudomolecular Descriptors in Virtual Screening of 2D Chemical Structures (2010)
  • 著者名/発表者名: H.Muta, N.Hirayama
  • 雑誌名: J.Comput.Chem 巻: 31 ページ: 2225-2232
  • 査読あり
• [雑誌論文] Alpha Sphere Filter Method : Application of Pseudomolecular Descriptors in Virtual Screening of 2D Chemical Structures (2010)
  • 著者名/発表者名: M. Muta, N. Hirayama
  • 雑誌名: J.Comput.Chem. 31
  • 査読あり
• [雑誌論文] Use of amino acid composition to predict epitope residues of individual antibodies (2010)
  • 著者名/発表者名: S. Soga, D. Kuroda, H. Shirai, M. Kobori, N. Hirayama
  • 雑誌名: Protein Eng.Des.Sel. 23 ページ: 441-448
  • 査読あり
• [雑誌論文] 擬似分子プローブと標的分子構造に基づくde novo医薬分子設計法の開発 (2009)
  • 著者名/発表者名: 東田欣也、後藤純一、平山令明
  • 雑誌名: SAR News 16 ページ: 16-20
  • 査読あり
• [雑誌論文] Chemocavity : specific concavity in protein reserved for the binding of biologically functional small molecules (2008)
  • 著者名/発表者名: S.Soga, H.Shirai, M.Kobori, N.Hirayama
  • 雑誌名: J.Chem.Inf. Model. 48 ページ: 1679-1685
  • 査読あり
• [雑誌論文] Use of Amino Acid Composition to Predict Ligand?Binding Sites (2008)
  • 著者名/発表者名: N.Hirayama, S.Soga,H.Shirai, M.Kobori
  • 雑誌名: Drugs of the Future 33A ページ: 76-76
  • NAID: 130004574950
  • 査読あり
• [雑誌論文] ASEDock-Docking Based on Alpha Spheres and Excluded Volumes (2008)
  • 著者名/発表者名: J.Goto, R.Kataoka, H.Muta, N.Hirayama
  • 雑誌名: J.Chem.Inf.Model. 48
  • 査読あり
• [雑誌論文] Chemocavity : specific concavity in protein reserved for the binding of biologically functional small molecules (2008)
  • 著者名/発表者名: S. Soga. H. Shirai, M. Kobori, N. Hiravama
  • 雑誌名: J.Chem.Inf. 48 ページ: 1679-1685
  • 査読あり
• [雑誌論文] Chemocavity : specific concavity in protein reserved for the binding of biologically functional small molecules (2008)
  • 著者名/発表者名: S. Soga, H. Shirai, M. Kobori, N. Hirayama
  • 雑誌名: J. Chem. Inf. Model 48 ページ: 1679-1685
  • 査読あり
• [雑誌論文] Use of Amino Acid Composition to Predict Ligand-Binding Sites (2008)
  • 著者名/発表者名: N. Hirayama, S. Soga, H. Shirai, M. Kobori
  • 雑誌名: Drugs of the Future 33A ページ: 76-76
  • NAID: 130004574950
  • 査読あり
• [雑誌論文] ASEDock-Docking Based on Alpha Spheres and Excluded Volumes (2008)
  • 著者名/発表者名: J.Goto, R.Kataoka, H.Muta and N.Hirayama
  • 雑誌名: J.Chem.Inf.Model. 48(印刷中)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of the druggable concavity in homology models using the PLB index (2007)
  • 著者名/発表者名: S.Soga, H.Shirai, M.Kobori, N.Hirayama
  • 雑誌名: J.Chem.Inf.Model. 47 ページ: 2287-2292
  • NAID: 130004574951
  • 査読あり
• [雑誌論文] Use of Amino Acid Composition to Predict Ligand-Binding Sites (2007)
  • 著者名/発表者名: S.Soga, H.Shirai, M.Kobori, N.Hirayama
  • 雑誌名: J.Chem.Inf. Model. 47 ページ: 400-406
  • NAID: 130004574950
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of the druggable concavity in homology models using the PLB index (2007)
  • 著者名/発表者名: S.Soga, H.Shirai, M.Kobori and N.Hirayama
  • 雑誌名: J.Chem.Inf.Model. 47 ページ: 2287-2292
  • NAID: 130004574951
  • 査読あり
• [雑誌論文] Use of Amino Acid Composition to Predict Ligand-Binding Sites (2007)
  • 著者名/発表者名: S.Soga, H.Shirai, M.Kobori and N.Hirayama
  • 雑誌名: J.Chem.Inf.Model. 47 ページ: 400-406
  • NAID: 130004574950
  • 査読あり
• [学会発表] コンピュータを用いた合理的創薬法の現状とその可能性 (2010)
  • 著者名/発表者名: 平山令明
  • 学会等名: 第25回日本整形外科学会基礎学術集会
  • 発表場所: 国立京都国際会館(京都)
  • 年月日: 2010-10-15
• [学会発表] アミノ酸組成を利用した医薬分子結合部位の予測 (2010)
  • 著者名/発表者名: 曽我真司、白井宏樹、小堀正人、平山令明
  • 学会等名: CBI学会2010年大会
  • 発表場所: 学術総合センター(東京)
  • 年月日: 2010-09-16
• [学会発表] in silico創薬科学は稀少疾患治療薬の研究開発を可能にするか? (2010)
  • 著者名/発表者名: 平山令明
  • 学会等名: CBI学会2010年大会
  • 発表場所: 学術総合センター(東京)
  • 年月日: 2010-09-15
• [学会発表] PLB法を用いた低分子結合部位の差別化 (2009)
  • 著者名/発表者名: 平山令明
  • 学会等名: 第10回日本バイオインフォマティクス学会創薬インフォマティクス研究会
  • 発表場所: 産総研臨海副都心センター(東京)
  • 年月日: 2009-12-02
• [学会発表] PLB法を用いた低分子結合部位の差別化 (2009)
  • 著者名/発表者名: 平山令明
  • 学会等名: 第10回日本バイオインフォマティクス学会
  • 発表場所: 木産業技術総合研究所 (東京)
  • 年月日: 2009-12-02
• [学会発表] PLB法を用いた低分子結合部位の差別化 (2009)
  • 著者名/発表者名: 平山令明
  • 学会等名: 第10回 日本バイオインフォマティクス学会創薬インフォマティクス研究会
  • 発表場所: 産総研 臨海副都心センター (東京)
  • 年月日: 2009-12-02
• [学会発表] AutoGPA:グリッドとファーマコフォアモデルの連携による3D-QSARモデルの自動構築 (2009)
  • 著者名/発表者名: 朝川直行、小林誠一、後藤純一、平山令明
  • 学会等名: 第37回構造活性相関シンポジウム
  • 発表場所: 北里大学薬学部(東京)
  • 年月日: 2009-11-13
• [学会発表] AutoGPA モデルによる受容体ポケットの特徴抽出 (2009)
  • 著者名/発表者名: 朝川直行、小林誠一、後藤純一、平山令明
  • 学会等名: 第37回構造活性相関シンポジウム
  • 発表場所: 北里大学薬学部(東京)
  • 年月日: 2009-11-12
• [学会発表] AutoGPAモデルによる受容体ポケットの特徴抽出 (2009)
  • 著者名/発表者名: 朝川直行、小林誠一、後藤純一、平山令明
  • 学会等名: 第37回構造活性相関シンポジウム
  • 発表場所: 北里大学薬学部(東京)
  • 年月日: 2009-11-12
• [学会発表] Chemocavity : Specific Concavity in Protein Reserved for the Binding of Biologically Functional Small Molecules (2009)
  • 著者名/発表者名: S.Soga, H.Shirai, M.Kobori, N.Hirayama
  • 学会等名: 17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) and 8th European Conference on Computational Biology (ECCB)
  • 発表場所: ストックホルム、スウェーデン
  • 年月日: 2009-07-01
• [学会発表] Chemocavity : Specific concavity in protein reserved for the binding of biologically functional small molecules (2009)
  • 著者名/発表者名: S. Soga, H. Shirai, M. Kobori, N. Hirayama
  • 学会等名: 17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology
  • 発表場所: ストックホルム (スウェーデン)
  • 年月日: 2009-07-01
• [学会発表] Chemocavity : Specific Concavity in Protein Reserved for the Binding of Biologically Functional Small Molecules (2009)
  • 著者名/発表者名: S.Soga, H.Shirai, M.Kobori, N.Hirayama
  • 学会等名: 17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biologv (ISMB) and 8th European Conference on Computational Biology (ECCB)
  • 発表場所: Stockholm, Sweden
  • 年月日: 2009-07-01
• [学会発表] アミノ酸の共起性から見た蛋白質の低分子化合物結合部位 (2008)
  • 著者名/発表者名: 曽我真司,白井宏樹,小堀正人,平山令明
  • 学会等名: 第36回構造活性相関シンポジウム
  • 発表場所: 神戸国際会議場(神戸)
  • 年月日: 2008-11-03
• [学会発表] 疑似分子プローブと標的構造に基づくde novo医薬分子設計法の開発 (2008)
  • 著者名/発表者名: 東田欣也, 後藤純一, 平山令明
  • 学会等名: 第36回構造活性相関シンポジウム
  • 発表場所: 神戸国際会議場(神戸)
  • 年月日: 2008-11-02
• [学会発表] Use of Amino Acid Composition to Predict Ligand-Binding Sites (2008)
  • 著者名/発表者名: 平山令明
  • 学会等名: XXth International Symposium on Medicinal Chemistry
  • 発表場所: ウイーン(オーストリア)
  • 年月日: 2008-09-04
• [学会発表] Use of Amino Acid Composition to Predict Ligand-Bindine Sites (2008)
  • 著者名/発表者名: 平山令明
  • 学会等名: XXth International Symposium on Medicinal Chemistry
  • 発表場所: ウイーン(オーストリア)
  • 年月日: 2008-09-04
• [学会発表] アミノ酸の共起性から見た蛋白質の低分子化合物結合部位 (2008)
  • 著者名/発表者名: 曽我真司,白井宏樹,小堀正人,平山令明
  • 学会等名: 第8回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: タワーホール船堀(東京)
  • 年月日: 2008-06-10
• [学会発表] アミノ酸組成を利用した医薬分子結合部位の予測 (2007)
  • 著者名/発表者名: 曽我 真司, 白井 宏樹, 小堀 正人, 平山 令明
  • 学会等名: 第30回情報化学討論会
  • 発表場所: 京都大学
  • 年月日: 2007-11-16
• [学会発表] PLBを利用した蛋白質モデル構造における医薬分子結合部位の予測 (2007)
  • 著者名/発表者名: 曽我 真司, 白井 宏樹, 小堀 正人, 平山 令明
  • 学会等名: 第30回情報化学討論会
  • 発表場所: 京都大学
  • 年月日: 2007-11-16
• [学会発表] In silico screening: from nice-to-use to must-use technology for drug discovery (2007)
  • 著者名/発表者名: 平山 令明
  • 学会等名: 情報計算化学生物学会 2007年大会
  • 発表場所: 広島大学
  • 年月日: 2007-10-05