細胞内ネットワークモデルと分子計測データとの整合性評価法の開発

• 研究課題/領域番号: 19201039
• 研究種目: 基盤研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 基礎ゲノム科学
• 研究機関: 独立行政法人産業技術総合研究所
• 研究代表者: 堀本 勝久 独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 研究チーム長 (40238803)
• 研究分担者: 油谷 幸代 独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 研究員 (10361627) ; 富永 大介 (冨永 大介) 独立行政法人産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 研究員 (20357578) ; 穴井 宏和 株式会社富士通研究所, Tコア研究所, 研究員 (20417520) ; 吉田 寛 九州大学, 数理科学研究院, 特任助教授 (60401262)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2009
• 研究課題ステータス: 完了 (2009年度)
• 配分額: 44,720千円 (直接経費: 34,400千円、間接経費: 10,320千円); 2009年度: 16,380千円 (直接経費: 12,600千円、間接経費: 3,780千円); 2008年度: 14,820千円 (直接経費: 11,400千円、間接経費: 3,420千円); 2007年度: 13,520千円 (直接経費: 10,400千円、間接経費: 3,120千円)
• キーワード: システム生物学 / ネットワーク解析 / グラフィカル・モデル / 記号計算 / グラフィカルモデル / 計算機代数 / 遺伝子制御ネットワーク / パラメータ最適化 / ネットワーク / 遺伝子制御 / タンパク質相互作用 / 国際研究者交流 / 多国籍

研究概要

既知ネットワーク構造についてデータがどの程度整合性を示すかを推定する2つの手法、統計アプローチと記号-数値計算アプローチ、の手法を開発した。これらアプローチにより、特定の条件下で計測されたデータと複数のネットワーク構造との整合性を推定することで、有意な整合性を示すネットワーク構造、すなわち条件に応じた活性化ネットワーク群の推定により、ネットワーク構造変化が追跡できる。

研究成果

• [雑誌論文] Altered Hepatic Gene Expression Profiles Associated with Myocardial Ischemia. (2010)
  • 著者名/発表者名: Ootsuji, H., Honda, M., Takamura, M., Usui, S., Okajima, M., D, Okada, H., Sakai, Y., Takamura, T., Horimoto, K., Kaneko, S
  • 雑誌名: Circ Cardiovasc Genet 3 ページ: 68-77
  • 査読あり
• [雑誌論文] Period-Phase Map: Two-diemsional Selection of Circadian Rhythm-Related Genes. (2009)
  • 著者名/発表者名: Morioka, R., Arita, M., Sakamoto, K., Kawaguchi, S., Tei, H., Horimoto, K
  • 雑誌名: IET Sys. Biol 3 ページ: 487-495
  • 査読あり
• [雑誌論文] TRAIL inhibited the cyclic AMP responsible element mediated gene expression. (2009)
  • 著者名/発表者名: Tokumoto, Y., Horimoto, K., Miyake, J
  • 雑誌名: Biochem. Biophys. Res. Commun 381 ページ: 533-536
  • 査読あり
• [雑誌論文] Differential miRNA expression between hepatitis B and hepatitis C leading disease progression to HCC. (2009)
  • 著者名/発表者名: Ura, S., Honda, M., Yamashita, T., Ueda, T., Takatori, H., Nishino, R., Sunagozaka, H., Sakai, Y., Horimoto, K., Kaneko, S
  • 雑誌名: Hepatology 49 ページ: 1098-1112
  • 査読あり
• [雑誌論文] Detection of network structure changes by graphical chain modeling: a case study of hepatitis C virus-related hepatocellular carcinoma. (2009)
  • 著者名/発表者名: Saito, S., Honda, M., Kaneko, S., Horimoto, K
  • 雑誌名: Proceedings of 48th IEEE Conference on Decision and Control ページ: 5624-5630
  • NAID: 120006655929
  • 査読あり
• [雑誌論文] Co-Expressed Gene Assessment Based on the Path Consistency Algorithm: Operon Detention in Escherichia coli. Proceedings of IEEE International Conference on Systems (2009)
  • 著者名/発表者名: Saito, S., Horimoto, K
  • 雑誌名: Man and Cybernetics ページ: 4280-4286
  • 査読あり
• [雑誌論文] Parameter Optimization in the network dynamics including unmeasured variables by the symbolic-numeric approach. (2009)
  • 著者名/発表者名: Nakatsui, M., Horimoto, K
  • 雑誌名: Proceedings of the Third International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB'09) ページ: 245-253
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complementing Networks Using Observed Data. (2009)
  • 著者名/発表者名: Akutsu, T., Tamura, T., Horimoto, K
  • 雑誌名: Lecture Notes in Artificial Intelligence 5809 ページ: 126-140
  • 査読あり
• [雑誌論文] Differential miRNA expression between hepatitis B and hepatitis C leading disease progression to HCC (2009)
  • 著者名/発表者名: Ura, S., et.al.
  • 雑誌名: Hepatology 49 ページ: 1098-1112
  • 査読あり
• [雑誌論文] TRAIL inhibited the cyclic AMP responsible element mediated gene expression. (2009)
  • 著者名/発表者名: Tokumoto, Y., et.al.
  • 雑誌名: Biochem. Biophys. Res.Commun. 381 ページ: 533-536
  • 査読あり
• [雑誌論文] Period-Phase Map : Two-diemsional Selection of Circadian Rhythm-Related Genes (2009)
  • 著者名/発表者名: Morioka, R., et.al.
  • 雑誌名: IET Sys.Biol. 3 ページ: 487-495
  • 査読あり
• [雑誌論文] Inference of Probabilities over a Stochastic IL-System by Quantifier Elimination. (2008)
  • 著者名/発表者名: Yoshida, H., Horimoto, K., Anai, H
  • 雑誌名: Math. Comput. Sci 1 ページ: 473-485
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of novel candidate tumour marker genes for intrahepatic cholangiocarcinoma. (2008)
  • 著者名/発表者名: Nishino, R., Honda, M., Yamashita, T., Takatori, H., Minato, H., Zen, Y., Sasaki, M., Takamura, H., Horimoto, K., Ohta, T., Nakanuma, Y., Kaneko, S
  • 雑誌名: J. Hepatol 49 ページ: 207-216
  • 査読あり
• [雑誌論文] Integer Programming-based Approach to Allocation of Reporter Genes for Cell Array Analysis. (2008)
  • 著者名/発表者名: Hayashida, M., Sun, F., Aburatani, S., Horimoto, K., Akutsu, T
  • 雑誌名: Int. J. Bioinformatics Research and Applications 4 ページ: 385-399
  • NAID: 110006402728
  • 査読あり
• [雑誌論文] Network evaluation from the consistency of the graph structure with the measured data. (2008)
  • 著者名/発表者名: Saito, S., Aburatani, S., Horimoto, K
  • 雑誌名: BMC Sys. Biol 2 ページ: 84-84
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of network dynamics including hidden variables by symbolic-numeric approach. (2008)
  • 著者名/発表者名: Tominaga, D., Tokumoto, Y., Nakatsui, M., Sun, F., Miyake, J., Horimoto, K
  • 雑誌名: Proceedings of the Second International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB'08) ページ: 242-248
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phase Shifts of Circadian Transcripts in Rat Suprachiasmatic Nucleus. (2008)
  • 著者名/発表者名: Morioka, R., Arita, M., Sakamoto, K., Kawaguchi, S., Tei, H., Horimoto, K
  • 雑誌名: Proceedings of the Second International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB'08) ページ: 109-114
  • 査読あり
• [雑誌論文] An Algebraic-Numeric Algorithm for the Model Selection in Network Motifs in Escherichia coli. (2008)
  • 著者名/発表者名: Nakatsui, M., Yoshida, H., Horimoto, K
  • 雑誌名: Proceedings of the Second International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB'08) ページ: 257-264
  • 査読あり
• [雑誌論文] Time Series Segmentation for Gene Regulatory Process with Time-Window-Extension Technique. (2008)
  • 著者名/発表者名: Zhang, Z.Y., Horimoto, K., Liu, Z
  • 雑誌名: Proceedings of the Second International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB'08) ページ: 198-203
  • 査読あり
• [雑誌論文] Revealing Disease Related Interactions by Correlation Analysis. (2008)
  • 著者名/発表者名: Wu, Z.K., Zhang, Z.Y., Zhang, L.W., Horimoto, K
  • 雑誌名: Proceedings of the Second International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB'08) ページ: 341-349
  • 査読あり
• [雑誌論文] Inference of Probabilities over a Stochastic IL-System by Quantifier Elimination (2008)
  • 著者名/発表者名: Yoshida, H.
  • 雑誌名: Math. Comput. Sci. 1 ページ: 473-485
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of novel candidate tumour marker genes for intrahepatic cholangiocarcinoma (2008)
  • 著者名/発表者名: Nishino, R.
  • 雑誌名: J. Hepatol. 49 ページ: 207-216
  • 査読あり
• [雑誌論文] Integer Programming-based Approach to Allocation of Reporter Genes for Cell Array Analysis (2008)
  • 著者名/発表者名: Hayashida, M.
  • 雑誌名: Int. J. Bioinformatics Research and Applications 4 ページ: 385-399
  • 査読あり
• [雑誌論文] Network evaluation from the consistency of the graph structure with the measured data (2008)
  • 著者名/発表者名: Saito, S.
  • 雑誌名: BMC Sys. Biol. 2 ページ: 84-84
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phase Shifts of Circadian Transcripts in Rat Suprachias matic Nucleus (2008)
  • 著者名/発表者名: Morioka, R.
  • 雑誌名: Proceedings of the 2nd International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB'08) 2 ページ: 109-114
  • 査読あり
• [雑誌論文] An Algebraic-Numeric Algorithm for the Model Selection in Network Motifs in Escherichia coli (2008)
  • 著者名/発表者名: Nakatsui, M.
  • 雑誌名: Proceedings of the 2nd International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB'08) 2 ページ: 257-264
  • 査読あり
• [雑誌論文] Time Series Segmentation for Gene Regulatory Process with Time-Window-Extension Technique (2008)
  • 著者名/発表者名: Zhang, Z. Y.
  • 雑誌名: Proceedings of the 2nd International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB'08) 2 ページ: 198-203
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of network dynamics including hidden variables by symbolic-numeric approach (2008)
  • 著者名/発表者名: Tominaga, D.
  • 雑誌名: Proceedings of the 2nd International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB'08) 2 ページ: 242-248
  • 査読あり
• [雑誌論文] Revealing Disease Related Interactions by Correlation Analysis (2008)
  • 著者名/発表者名: Wu, Z. K.
  • 雑誌名: Proceedings of the 2nd International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB'08) 2 ページ: 341-349
  • 査読あり
• [雑誌論文] Gene systems network inferred from expression profiles in hepatocellular carcinogenesis by graphical Gaussian model. (2007)
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S., Sun, F., Saito, S., Honda, M., Kaneko, S., Horimoto, K
  • 雑誌名: EURASIP J. Bioinfo. Systems Biol ページ: 47214-47214
  • 査読あり
• [雑誌論文] Derivation of rigorous conditions for high cell-type diversity by algebraic approach. (2007)
  • 著者名/発表者名: Yoshida, H., Anai, H., Horimoto, K
  • 雑誌名: BioSystems 90 ページ: 486-495
  • 査読あり
• [雑誌論文] Inference of Protein-Protein Interactions by Using Co-evolutionary Information. (2007)
  • 著者名/発表者名: Sato, T., Yamanishi, Y., Horimoto, K., Kanehisa, M., Toh, H
  • 雑誌名: Algebraic Biology, Lecture Notes in Computer Science(In Anai, H., Horimoto, K. and Kutsia, T. (eds)) 4545 ページ: 322-333
  • 査読あり
• [雑誌論文] Exact parameter determination for Parkinson's disease diagnosis with PET using an algebraic approach. (2007)
  • 著者名/発表者名: Yoshida, H., Nakagawa, K., Anai, H., Horimoto, K
  • 雑誌名: Algebraic Biology, Lecture Notes in Computer Science(In Anai, H., Horimoto, K., Kutsia, T. (eds)) 4545 ページ: 110-124
• [雑誌論文] An Algebraic-Numeric Algorithm for the Model Selection in Kinetic Networks. (2007)
  • 著者名/発表者名: Yoshida, H., Nakagawa, K., Anai, H., Horimoto, K
  • 雑誌名: Proceedings of 10th CASC, LNCS(Springer, Heidelberg) 4770 ページ: 433-447
  • 査読あり
• [雑誌論文] Integer Programming-based Approach to Allocation of Reporter Genes for Cell Array Analysis. (2007)
  • 著者名/発表者名: Hayashida, M., Sun, F., Aburatani, S., Horimoto, K., Akutsu, T
  • 雑誌名: Proceedings of 10th OSB, Lecture Notes in Operation Research(Publishing Corporation) ページ: 288-301
  • NAID: 110006402728
  • 査読あり
• [雑誌論文] Gene systems network inferred from expression profiles in hepatocellular carcinoffenesis by graphical Gaussian model. (2007)
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S.
  • 雑誌名: EURASIP J.Bioinfo.Systems Biol. 47214 ページ: 1-11
  • 査読あり
• [雑誌論文] Derivation of rigorous conditions for high cell-type diversity by algebraic approach. (2007)
  • 著者名/発表者名: Ybshida, H.
  • 雑誌名: BioSystems 90 ページ: 486-495
  • 査読あり
• [雑誌論文] Inference of Protein-Protein Interactions by Using Co-evolutionary Informatlon (2007)
  • 著者名/発表者名: Sato, T.
  • 雑誌名: Algebraic Biology 2007, Lecture Notes in Computer Science 4545 ページ: 322-333
  • 査読あり
• [雑誌論文] Exact parameter determination for Parkinson's disease diagnosis wlth FET using an algebraic approach (2007)
  • 著者名/発表者名: Yoshida, H.
  • 雑誌名: Algebraic Biology 2007, Lecture Notes in Computer Science 4545 ページ: 110-124
  • 査読あり
• [雑誌論文] An Algebraic-Numeric Algorithm for the Model Selection in Kinetic Net works (2007)
  • 著者名/発表者名: Yoshida, H.
  • 雑誌名: Proceedings of 10th CASC, Lecture Notes in Computer Science 4770 ページ: 433-447
  • 査読あり
• [雑誌論文] Brute force meets Bruno force in parameter optimization: Introduction of novel constraints for parameter estimation by symbolic computation.
  • 著者名/発表者名: Nakatsu, M., Horimoto, K., Lemaire, F., Urguplu, A., Sedoglavic, A., Boulier, F
  • 雑誌名: IET Sys. Biol (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Parameter Optimization by Using Differential Elimination: a General Approach for Introducing Constraints into Objective Function.
  • 著者名/発表者名: Nakatsui, M., Horimoto, K., Okamoto, M., Tokumoto, Y., Miyake, J
  • 雑誌名: BMC Sys. Biol (in press)
  • 査読あり
• [学会発表] Detection of network structure changes by graphical chain modeling: a case study of hepatitis C virus-related hepatocellular carcinoma. (2009)
  • 著者名/発表者名: Saito, S., Honda, M., Kaneko, S., Horimoto, K
  • 学会等名: 48th IEEE Conference on Decision and Control
  • 発表場所: China
  • 年月日: 2009-12-17
• [学会発表] Detection of network structure changes by graphical chain modeling : a case study of hepatitis C virus-related hepatocellular carcinoma (2009)
  • 著者名/発表者名: Saito, S., Horimoto, K.
  • 学会等名: Joint 48th IEEE Conference on Decision and Control and 28th Chinese Control Conference
  • 発表場所: Shanghai, China.
  • 年月日: 2009-12-17
• [学会発表] Co-Expressed Gene Assessment Based on the Path Consistency Algorithm : Operon Detection in Escherichia coli (2009)
  • 著者名/発表者名: Saito, S., Horimoto, K.
  • 学会等名: 2009 IEEE International Conference on Systems, Man, and Cybernetics
  • 発表場所: San Antonio, Texas, USA.
  • 年月日: 2009-10-14
• [学会発表] Co-Expressed Gene Assessment Based on the Path Consistency Algorithm: Operon Detention in Escherichia coli. (2009)
  • 著者名/発表者名: Saito, S., Horimoto, K
  • 学会等名: IEEE International Conference on Systems, Man and Cybernetics
  • 発表場所: USA
  • 年月日: 2009-10-11
• [学会発表] Parameter Optimization in the network dynamics including unmeasured variables by the symbolic-numeric approach. (2009)
  • 著者名/発表者名: Nakatsui, M., Horimoto, K
  • 学会等名: The Third International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB'09)
  • 発表場所: China
  • 年月日: 2009-09-20
• [学会発表] Parameter optimization in network dynamics including unmeasured variables by the symbolic-numeric approach (2009)
  • 著者名/発表者名: Nakatsui, M., Horimoto, K.
  • 学会等名: The Third International Symposium on Optimization and Systems Biology
  • 発表場所: Zhangjiajie, Hunan, China
  • 年月日: 2009-09-20
• [学会発表] "Network Screening"-Detection of Activated Pathways from the Data Measured in a Finite Condition (2009)
  • 著者名/発表者名: Horimoto, K.
  • 学会等名: Computational Systems Biology Workshop
  • 発表場所: Shanghai University
  • 年月日: 2009-09-19
• [学会発表] 遺伝子発現プロファイルによるネットワーク構造評価 (2009)
  • 著者名/発表者名: 齊藤秀、堀本勝久
  • 学会等名: 電子情報通信学会
  • 発表場所: キャンパスイノベーションセンター(田町)
  • 年月日: 2009-08-06
• [学会発表] 代数的アプローチと遺伝的アルゴリズムの組み合わせによる計測不能変数を含むネットワークのパラメータ最適化 (2009)
  • 著者名/発表者名: 中津井雅彦、堀本勝久
  • 学会等名: 電子情報通信学会
  • 発表場所: キャンパスイノベーションセンター(田町)
  • 年月日: 2009-08-06
• [学会発表] 2つアプローチによる時間発展するネットワーク構造変化解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 堀本勝久
  • 学会等名: BMB2008(第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会
  • 発表場所: 神戸ポートピアホテル
  • 年月日: 2008-12-12
• [学会発表] 進展型疾患のネットワークモデル (2008)
  • 著者名/発表者名: 堀本勝久
  • 学会等名: 医療と情報技術の連携イノベーショフォーラム
  • 発表場所: 東京大学本郷キャンパス工学部
  • 年月日: 2008-12-02
• [学会発表] Phase Shifts of Circadian Transcripts in Rat Suprachiasmatic Nucleus (2008)
  • 著者名/発表者名: Morioka, R.
  • 学会等名: The 2nd International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB'08)
  • 発表場所: Lijiang, China
  • 年月日: 2008-11-01
• [学会発表] An Algebraic-Numeric Algorithm for the Model Selection in Network Motifs in Escherichia coli (2008)
  • 著者名/発表者名: Nakatsui, M.
  • 学会等名: The 2nd International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB'08)
  • 発表場所: Lijiang, China
  • 年月日: 2008-11-01
• [学会発表] Time Series Segmentation for Gene Regulatory Process with Time-window-Extension Technique (2008)
  • 著者名/発表者名: Zhang, Z. Y.
  • 学会等名: The 2nd International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB'08)
  • 発表場所: Lijiang, China
  • 年月日: 2008-11-01
• [学会発表] Analysis of network dynamics including hidden variables by symbolic-numeric approach (2008)
  • 著者名/発表者名: Tominaga, D.
  • 学会等名: The 2nd International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB'08)
  • 発表場所: Lijiang, China
  • 年月日: 2008-11-01
• [学会発表] Revealing Disease Related Interactions by Correlation Analysis (2008)
  • 著者名/発表者名: Wu, Z. K.
  • 学会等名: The 2nd International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB'08)
  • 発表場所: Lijiang, China
  • 年月日: 2008-11-01
• [学会発表] Analysis of network dynamics including hidden variables by symbolic-numeric approach. (2008)
  • 著者名/発表者名: Tominaga, D., Tokumoto, Y., Nakatsui, M., Sun, F., Miyake, J., Horimoto, K
  • 学会等名: The Second International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB'08)
  • 発表場所: China
  • 年月日: 2008-10-18
• [学会発表] Phase Shifts of Circadian Transcripts in Rat Suprachiasmatic Nucleus. (2008)
  • 著者名/発表者名: Morioka, R., Arita, M., Sakamoto, K., Kawaguchi, S., Tei, H., Horimoto, K
  • 学会等名: The Second International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB'08)
  • 発表場所: China
  • 年月日: 2008-10-18
• [学会発表] An Algebraic-Numeric Algorithm for the Model Selection in Network Motifs in Escherichia coli. (2008)
  • 著者名/発表者名: Nakatsui, M., Yoshida, H., Horimoto, K
  • 学会等名: The Second International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB'08)
  • 発表場所: China
  • 年月日: 2008-10-18
• [学会発表] Time Series Segmentation for Gene Regulatory Process with Time-Window-Extension Technique. (2008)
  • 著者名/発表者名: Zhang, Z.Y., Horimoto, K., Liu, Z
  • 学会等名: The Second International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB'08)
  • 発表場所: China
  • 年月日: 2008-10-18
• [学会発表] Revealing Disease Related Interactions by Correlation Analysis. (2008)
  • 著者名/発表者名: Wu, Z.K., Zhang, Z.Y., Zhang, L.W., Horimoto, K
  • 学会等名: The Second International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB'08)
  • 発表場所: China
  • 年月日: 2008-10-18
• [学会発表] Network Inference and Evaluation Based on Graphical Model (2008)
  • 著者名/発表者名: Horimoto, K.
  • 学会等名: Seminar on Computational Systems Biology
  • 発表場所: Shanghai University
  • 年月日: 2008-08-13
• [学会発表] An Algebraic-Numeric Algorithm for the Model Selection in Kinetic Networks. (2007)
  • 著者名/発表者名: Yoshida, H., Nakagawa, K., Anai, H., Horimoto, K
  • 学会等名: 10th CASC
  • 発表場所: Germany
  • 年月日: 2007-09-16
• [学会発表] Inference of Protein-Protein Interactions by Using Co-evolutionary Information (2007)
  • 著者名/発表者名: Sato, T., Yamanishi, Y., Horimoto, K., Kanehisa, M., Toh, H
  • 学会等名: Algebraic Biology 2007
  • 発表場所: Austria
  • 年月日: 2007-07-02
• [学会発表] Exact parameter determination for Parkinson's disease diagnosis with PET using an algebraic approach (2007)
  • 著者名/発表者名: Yoshida, H., Nakagawa, K., Anai, H., Horimoto, K
  • 学会等名: Algebraic Biology 2007
  • 発表場所: Austria
  • 年月日: 2007-07-02
• [学会発表] 創薬・副作用予測にむけた生命分子ネットワーク解析法の開発 (2007)
  • 著者名/発表者名: 堀本 勝久
  • 学会等名: 日本バイオインフォマティクス学会, JSBi合同研究会
  • 発表場所: 東京大学医科学研究所
• [学会発表] Design of Analysis Tools for Network Inference and Evaluation (2007)
  • 著者名/発表者名: Horimoto, K.
  • 学会等名: Systems Biology Workshop
  • 発表場所: 英国大使館
• [学会発表] 代数生物学-記号計算による生命現象解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 堀本 勝久
  • 学会等名: Innovative Mathematical Approaches for Systems Biology:System Identification, Analysis, Control and Design
  • 発表場所: 九州大学産業技術数理研究センター
• [学会発表] Dynamical analysis of biological networks by using reporter gene expressions in transfected cell microarray (2007)
  • 著者名/発表者名: Horimoto, K.
  • 学会等名: DMHF2007
  • 発表場所: 九州大学
• [学会発表] Consistency of causal graph with measured data (2007)
  • 著者名/発表者名: Horimoto, K.
  • 学会等名: International Conference on Multiple Decision Theory, Statistical Inference and Applications
  • 発表場所: Taiwan Science Academy
• [図書] Bioinformatics for Systems Biology: Second Edition, Introduction to Informatics(In Krawetz, S. (ed)) (2009)
  • 著者名/発表者名: Aburatani, S., Saito, S., Horimoto, K
  • 出版者: Humana Press
• [図書] Symbolic Computation in Biology, Math. Comput. Sci (2009)
  • 著者名/発表者名: Anai, H., Horimoto, K. (eds)
• [図書] Algebraic Biology, Lecture Notes in Computer Science (2008)
  • 著者名/発表者名: Horimoto, K., Regensburger, G., Rosenkranz, M., Yoshida, H. (eds)
  • 出版者: Springer
• [図書] Algebraic Biology, Lecture Notes in Computer Science (2007)
  • 著者名/発表者名: Anai, H., Horimoto, K., Kutsia, T. (eds)
  • 出版者: Springer
• [図書] Algebraic Biology, Lecture Notes in Computer Science 4545 (2007)
  • 著者名/発表者名: Anai, H.
  • 総ページ数: 377
  • 出版者: Springer
• [図書] Applied statistics for Network Biology: Methods in Systems Biology(F., Dehmer, M., Salvador, A. and Graber, A. (eds))
  • 著者名/発表者名: Saito, S., Horimoto, K. : Network Screening
  • 出版者: Wiley(in press)
• [備考] ネットワーク推定サーバ"ASIAN"
  • URL: http://eureka.cbrc.jp/asian/
• [備考] 研究会「生体モデリングの新展開-分子からネットワークへ」開催(産業技術総合研究所臨海別館11F第三会議室、2009年11月26日)発表者:岡本正宏(九大院農学研究科)、Francois Lemaire、Alexandre Sedoglavic (Computer Science Lab., Lille Univ.)、阿久津達也(京大化学研究所)、今田友樹、永持仁(京大院情報学研究科)、堀本勝久(産総研CBRC)
• [備考] 本課題により開催した国際会議、Algebraic Biology 2007のwebページ