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インテグロン・ジーンカセットメタゲノム解析の基盤整備とその有効性評価

研究課題

研究課題/領域番号 19201041
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 応用ゲノム科学
研究機関独立行政法人産業技術総合研究所

研究代表者

丸山 明彦  独立行政法人産業技術総合研究所, 生物プロセス研究部門, 研究グループ付 (30202336)

研究分担者 久留主 泰朗  茨城大学, 農学部, 教授 (60272118)
吉岡 秀佳  独立行政法人産業技術総合研究所, 地圏資源環境研究部門, 研究員 (30415765)
布施 博之 (三谷 恭雄 / 陶山 哲志)  独立行政法人産業技術総合研究所, 生物機能工学研究部門, 主任研究員 (10358103)
布施 博之  独立行政法人産業技術総合研究所, 生物機能工学研究部門, 主任研究員 (30357925)
陶山 哲志  独立行政法人産業技術総合研究所, 生物機能工学研究部門, 研究員 (10357311)
研究協力者 エルセイド ホサム  独立行政法人産業技術総合研究所, 生物プロセス研究部門・1号契約, 職員
ストークス ハロルド  シドニー工科大学, 教授
研究期間 (年度) 2007 – 2010
研究課題ステータス 完了 (2010年度)
配分額 *注記
47,060千円 (直接経費: 36,200千円、間接経費: 10,860千円)
2010年度: 11,180千円 (直接経費: 8,600千円、間接経費: 2,580千円)
2009年度: 11,700千円 (直接経費: 9,000千円、間接経費: 2,700千円)
2008年度: 11,960千円 (直接経費: 9,200千円、間接経費: 2,760千円)
2007年度: 12,220千円 (直接経費: 9,400千円、間接経費: 2,820千円)
キーワード微生物 / 遺伝子 / メタゲノム / インテグロン / 環境適応 / 極限環境 / IODP / 海洋 / 機能 / 特殊環境 / 汚染環境 / メタンハイドレート
研究概要

海洋の極限環境試料ではじめて、可動性遺伝因子の一つであるインテグロンやそれに付随するジーンカセットの解明を目指した。その結果、インテグロンの新しい構造や環境適応機能を担う機能遺伝子などを数多く見出すことに成功した。具体的には、環境DNA試料からインテグロンを効率的に見出す新手法を考案するとともに、海洋の汚染・極限環境試料を対象にその環境への適応に関与する新しいインテグロン情報を収集、バイオテクノロジー利用が期待できる新しい有用機能遺伝子情報も数多く収集することができた。

報告書

(6件)
  • 2010 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2009 実績報告書   自己評価報告書 ( PDF )
  • 2008 実績報告書
  • 2007 実績報告書
  • 研究成果

    (50件)

すべて 2011 2010 2009 2008 2007 その他

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 10件) 学会発表 (33件) 図書 (4件) 産業財産権 (3件)

  • [雑誌論文] Marine integrons containing novel integrase genes, attachment sites, attI, and associated gene cassettes in polluted sediments from Suez and Tokyo Bays.2011

    • 著者名/発表者名
      Hosam Easa Elsaied, Hatch W Stokes, Keiko Kitamura, Yasuro Kurusu, Youichi Kamagata, Akihiko Maruyama.
    • 雑誌名

      THE ISME Journal (Nature Publication Group) in press

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Marine integrons containing novel integrase genes, attachment sites, attI, and associated gene cassettes in polluted sediments from Suez and Tokyo Bays.2011

    • 著者名/発表者名
      Hosam Easa Elsaied, Hatch W stokes, Keiko Kitamura, Yasuro Kurusu, Youichi Kamagata, Akihiko Maruyama.
    • 雑誌名

      THE ISIS JOURNAL (NATURE PUBLICATION GROUP)

      巻: In press

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] First Investigation of the Microbiology of the Deepest Layer of Ocean Crust.2010

    • 著者名/発表者名
      Olivia U.Mason, Tatsuo Nakagawa, Martin Rosner, Joy D.Van Nostrand, Jizhong Zhou, Akihiko Maruyama, Martin R.Fisk, Stephen J.Giovannoni.
    • 雑誌名

      PLOS ONE. 5

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Activities and distribution of methanogenic and methane-oxidizing microbes in marine sediments from the Cascadia Margin.2010

    • 著者名/発表者名
      Hideyoshi Yoshioka, Akihiko Maruyama, Takamichi Nakamura, Yowske Higashi, Hiroyuki Fuse, Akira Sakata, Douglas H. Bartlett.
    • 雑誌名

      Geobiology. 8

      ページ: 169-243

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] First Investigation of the Microbiology of the Deepest Layer of Ocean Crust2010

    • 著者名/発表者名
      Olivia U.Mason, Tatsuo Nakagawa, Martin Rosner, Joy D.Van Nostrand, Jizhong Zhou, Akihiko Maruyama, Martin R.Fisk, Stephen J.Giovannoni
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 5

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Activities and distribution of methanogenic and methane-oxidizing microbes in marine sediments from the Cascadia Margin2010

    • 著者名/発表者名
      Hideyoshi Yoshioka, Akihiko Maruyama, Takamichi Nakamura, Yowske Higashi, Hiroyuki Fuse, Akira Sakata, Douglas H.Bartlett
    • 雑誌名

      Geobiology (In press)

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Novel and diverse integron integrase genes and integron-like gene cassettes are prevalent in deep-sea hydrothermal vents.2007

    • 著者名/発表者名
      Hosam Elsaied, H.W.Stokes, Takamichi Nakamura, Keiko Kitamura, Hiroyuki Fuse, Akihiko Maruyama.
    • 雑誌名

      Environmental Microbiology. 9

      ページ: 2298-2312

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Novel and diverse integron integrase genes and integron-like gene cassettes are prevalent in deep-sea hydrothermal vents2007

    • 著者名/発表者名
      Hosam Elsaied, H. W. Stokes, Takamichi Nakamura, Keiko Kitamura, Hiroyuki Fuse, Akihiko Maruyama
    • 雑誌名

      Environmental Microbiology 9

      ページ: 2298-2312

    • 関連する報告書
      2009 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Novel and diverse integron integrase genes and integron-like genecassettes are prevalent in deep-sea hydrothermal vents2007

    • 著者名/発表者名
      Hosam Elsaied, H.W.Stokes, Takamichi Nakamura, KeikoKitamura, Hiroyuki Fuse and Akihiko Maruyama
    • 雑誌名

      Environmental Microbiology 9

      ページ: 2298-2312

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Activities and distribution of methanogenic and methane-oxidizing microbes in marine sediments from the Cascadia Margin

    • 著者名/発表者名
      Hideyoshi Yoshioka, Akihiko Maruyama, Takamichi Nakamura, Yowske Higashi, Hiroyuki Fuse, Akira Sakata, Douglas H. Bartlett
    • 雑誌名

      Geobiology

    • 関連する報告書
      2009 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 自然環境中の新規機能遺伝子探索に有効なIGCメタゲノム解析手法2011

    • 著者名/発表者名
      Elsaied Easa Hosaml、北村恵子、丸山明彦
    • 学会等名
      LS-BT合同研究発表会
    • 発表場所
      産業技術総合研究所(つくば市)
    • 年月日
      2011-02-01
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Diversity and role of Integron/gene cassetto metagenome in extreme marine einvironments2010

    • 著者名/発表者名
      Elsaied Easa Hosam、秋庭綾、北村恵子、丸山明彦
    • 学会等名
      第26回日本微生物生態学会大会
    • 発表場所
      筑波大学(つくば市)
    • 年月日
      2010-11-24
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Potential of subsurface microbes to produce natural gas2010

    • 著者名/発表者名
      坂田将、吉岡秀佳、持丸華子、眞弓大介、大庭雅寛、前田治男、丸山明彦、鎌形洋一
    • 学会等名
      第26回日本微生物生態学会大会
    • 発表場所
      筑波大学(つくば市)
    • 年月日
      2010-11-24
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] BACTERIAL INTEGRON METAGENOME IN MICROBIAL COMMUNITIES INHABIT A DEEP GAS HYDRATE CORE-ANCIENT2010

    • 著者名/発表者名
      Hosam Easa Elsaied, Yosuke Higashi, Hideyoshi Yoshioka, Keiko Kitamura, Akihiko Maruyama
    • 学会等名
      The 13th International Symposium on Microbial Ecology
    • 発表場所
      ワールドコンベンションセンター(米国シアトル市)
    • 年月日
      2010-08-23
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 深海における細菌由来異常塩基の生成と抑制に関する研究2010

    • 著者名/発表者名
      林宏恵, 久留主泰朗
    • 学会等名
      Blue Earth 2010
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2010-03-01
    • 関連する報告書
      2009 自己評価報告書
  • [学会発表] Diversity and role of Integron/gene cassette metagenome in extreme marine einvironments.2010

    • 著者名/発表者名
      Elsaied Easa Hosam、秋庭綾、北村恵子、丸山明彦
    • 学会等名
      第26回日本微生物生態学会大会
    • 発表場所
      つくば市
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Bacterial Integron Metagenome in Microbial Communities Inhabit a Deep Gas Hydrate Core-Ancient.2010

    • 著者名/発表者名
      Hosam Easa Elsaied, Yosuke Higashi, Hideyoshi Yoshioka, Keiko Kitamura, Akihiko Maruyama
    • 学会等名
      The 13th International Symposium on Microbial Ecology
    • 発表場所
      米国シアトル市
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] 深海における細菌由来異常塩基の生成と抑制に関する研究2010

    • 著者名/発表者名
      林宏恵、久留主泰朗
    • 学会等名
      Blue Earth 2010
    • 発表場所
      東京海洋大学、東京都
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] カスカディア縁辺域におけるガスハイドレートの分布と地下微生物活動の関係2009

    • 著者名/発表者名
      吉岡秀佳、中村孝道、東陽介、丸山明彦、坂田将
    • 学会等名
      日本地球化学会大会
    • 発表場所
      広島大学、広島県
    • 年月日
      2009-09-15
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] インテグロン・ジーンカセットシステムに着目した海洋環境微生物ゲノム解析2009

    • 著者名/発表者名
      Hosam Elsaied, Keiko Kitamura, Akihiko Maruyama
    • 学会等名
      マリンバイオテクノロジー学会大会
    • 発表場所
      早稲田大学
    • 年月日
      2009-05-31
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Potential methane production in sediments from the Cascadia Margin, IODP Expedition 3112009

    • 著者名/発表者名
      Hideyoshi Yoshioka, Yowske Higashi, Takamichi Nakamura, Akihiko Maruyama, Shou Sakata
    • 学会等名
      GSJ Symposium
    • 発表場所
      Tokyo
    • 年月日
      2009-02-26
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Sphingomonas属細菌群を宿主とする高発現ベクターの構築2009

    • 著者名/発表者名
      福田敦史、林宏恵、久留主泰朗
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会
    • 発表場所
      神奈川
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Composition of bacterial integron metagenome in marine sediment contaminated with industrial wastes.2009

    • 著者名/発表者名
      Hosam Elsaied, 北村恵子, 丸山明彦
    • 学会等名
      Composition of bacterial integron metagenome in marine sediment contaminated with industrial wastes.
    • 発表場所
      Hiroshima.
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] インテグロン・ジーンカセットシステムに着目した海洋環境微生物ゲノム解析2009

    • 著者名/発表者名
      丸山明彦、ホサム・エルセイド
    • 学会等名
      マリンバイオテクノロジー学会
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書 2009 自己評価報告書
  • [学会発表] Composition of bacterial integron metagenome in marine sediment contaminated with industrial wastes2009

    • 著者名/発表者名
      Hosam Elsaied, Keiko Kitamura, Akihiko Maruyama
    • 学会等名
      Japanese Society of Microbial Ecology
    • 発表場所
      Hiroshima
    • 関連する報告書
      2009 自己評価報告書
  • [学会発表] Characterization of Novel Plasmids from Sphingomonad2009

    • 著者名/発表者名
      Kurusu Y, Ochou M, Saito M.
    • 学会等名
      ASM General 109^<th> Meeting
    • 発表場所
      Philadelphia, USA.
    • 関連する報告書
      2009 自己評価報告書
  • [学会発表] Sphingomonas 属細菌群を宿主とする高発現ベクターの構築2009

    • 著者名/発表者名
      福田敦史, 林宏恵, 久留主泰朗
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会
    • 発表場所
      神奈川
    • 関連する報告書
      2009 自己評価報告書
  • [学会発表] Composition of bacterial integron metagenome in marine sediment contaminated with industrial wastes.2009

    • 著者名/発表者名
      Hosam Elsaied, Keiko Kitamura, Akihiko Maruyama
    • 学会等名
      Japanese Society of Microbial Ecology
    • 発表場所
      Hiroshima University
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Characterization of Novel Plasmids from Sphingomonad2009

    • 著者名/発表者名
      Kurusu Y, Ochou M, Saito M
    • 学会等名
      ASM General 109^<th> Meeting
    • 発表場所
      Philadelphia, USA
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Sphingomonas属細菌群を宿主とする高発現ベクターの構築2009

    • 著者名/発表者名
      福田敦史、林宏恵、久留主泰朗
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜、神奈川県
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Sphingomonas属細菌由来プラスミドの宿主内分配機構の解析2009

    • 著者名/発表者名
      大森孟道、雄長誠、林宏恵、久留主泰朗
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜、神奈川県
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Integron mobile metagenome in bacterial communities from aquatic oil polluted environment : A source to uncover new functional genes of important scientific and commercial value2008

    • 著者名/発表者名
      Hosam Elsaied, Keiko Kitamura, Akihiko Maruyama
    • 学会等名
      Marine Biotechnology Symposium
    • 発表場所
      Kyoto
    • 年月日
      2008-05-25
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Integron metagenome comparison between petroleum oil contaminated and oil-free marine sediments : New study and methodology to expand knowledge about integron diversity in marine environment.2008

    • 著者名/発表者名
      Hosam Elsaied, Keiko Kitamura, Akihiko Maruyama
    • 学会等名
      International Symposium on Microbial Ecology.
    • 発表場所
      Cains, Australia.
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Integron mobile metagenome in bacterial communities from aquatic oil polluted environment : A source to uncover new functional genes of important scientific and commercial value.2008

    • 著者名/発表者名
      Hosam Elsaied, Keiko Kitamura, Akihiko Maruyama
    • 学会等名
      Marine Biotechnology Symposium.
    • 発表場所
      京都
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] Integron metagenome comparison between petroleum oil contaminated and oil-free marine sediments : New study and methodology to expand knowledge about integron diversity in marine environment2008

    • 著者名/発表者名
      Hosam Elsaied, Keiko Kitamura, Akihiko Maruyama
    • 学会等名
      International Symposium on Microbial Ecology
    • 発表場所
      Cains, Australia
    • 関連する報告書
      2009 自己評価報告書 2008 実績報告書
  • [学会発表] 海底熱水系試料での微生物機能遺伝子探索2007

    • 著者名/発表者名
      丸山 明彦、Elsaied Easa Hosam
    • 学会等名
      東京大学海洋研究所共同利用シンポジウム「海底拡大系の総合研究」
    • 発表場所
      東京都
    • 年月日
      2007-10-30
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 海底熱水系試料での微生物機能遺伝子探索2007

    • 著者名/発表者名
      丸山明彦, ホサム・イーサ・エルセイド
    • 学会等名
      東京大学海洋研究所共同利用シンポジウム「海底拡大系の総合研究」
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2007-10-01
    • 関連する報告書
      2009 自己評価報告書
  • [学会発表] 海洋環境微生物からの効率的な機能遺伝子の採取2007

    • 著者名/発表者名
      Elsaied Easa Hosam、中村 孝道、北村 恵子、布施 博之、丸山 明彦
    • 学会等名
      マリンバイオテクノロジー学会
    • 発表場所
      山形市
    • 年月日
      2007-05-27
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] カスカディア縁辺域における微生物・遺伝子の特徴とメタン生成について2007

    • 著者名/発表者名
      吉岡 秀佳、東 陽介、中村 孝道、丸山 明彦
    • 学会等名
      第3回IODP成果報告会
    • 発表場所
      東京都
    • 年月日
      2007-05-25
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Cascadiaメタンハイドレート海域試料の微生物・遺伝子解析(IODP#311)2007

    • 著者名/発表者名
      中村 孝道、東 陽介、吉岡 秀佳、布施 博之、帆秋 利洋、Elsaied Easa Hosam、丸山 明彦
    • 学会等名
      日本地球惑星科学連合学会
    • 発表場所
      千葉県幕張市
    • 年月日
      2007-05-24
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 海底熱水系試料での微生物機能遺伝子探索。東京大学海洋研究所共同利用シンポジウム2007

    • 著者名/発表者名
      丸山明彦、ホサム・イーサ・エルセイド
    • 学会等名
      海底拡大系の総合研究
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [学会発表] カスカディア縁辺域における微生物・遺伝子の特徴とメタン生成について2007

    • 著者名/発表者名
      吉岡秀佳、東陽介、中村孝道、丸山明彦
    • 学会等名
      第3回IODP成果報告会
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書 2009 自己評価報告書
  • [学会発表] 海洋環境微生物からの効率的な機能遺伝子の採取2007

    • 著者名/発表者名
      Elsaied Easa Hosam、中村孝道、北村恵子、布施博之、丸山明彦
    • 学会等名
      マリンバイオテクノロジー学会
    • 発表場所
      山形
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [図書] Diversity and role of bacterial integron/gene cassette metagenome in extreme marine environments.In : Handbook of Molecular Microbial Ecology II : Metagenomics in Different Habitats2011

    • 著者名/発表者名
      Hosam Elsaied, Akihiko Maruyama
    • 出版者
      John Wiley & Sons, Inc.(In press)
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [図書] Diversity and role of bacterial integron/gene cassette metagenome in extreme marine environments. In : Handbook of Molecular Microbial Ecology II : Metagenomics in Different Habitats2010

    • 著者名/発表者名
      Hosam Elsaied, Akihiko Maruyama
    • 出版者
      John Wiley & Sons, Inc.(Inpress)
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [図書] Diversity and role of bacterial integron/gene cassette metagenome in extreme marine environments.(In : Handbook of Molecular Microbial Ecology II : Metagenomics in Different Habitats.)

    • 著者名/発表者名
      Hosam Elsaied, Akihiko Maruyama
    • 出版者
      John Wiley & Sons, Inc. (in press)
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [図書] Diversity and role of bacterial integron/gene cassette metagenome in extreme marine environments. Handbook of Molecular Microbial Ecology II : Metagenomics in Different Habitats

    • 著者名/発表者名
      Hosam Elsaied, Akihiko Maruyama
    • 出版者
      John Wiley & Sons, Inc.
    • 関連する報告書
      2009 自己評価報告書
  • [産業財産権] 機能遺伝子探索用PCRプライマー2007

    • 発明者名
      丸山明彦、ホサム・エルセイド
    • 権利者名
      独立行政法人産業技術総合研究所理事長
    • 産業財産権番号
      2007-120210
    • 出願年月日
      2007-04-27
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
  • [産業財産権] 機能遺伝子探索用PCRプライマー2007

    • 発明者名
      丸山明彦, ホサム・エルセイド
    • 権利者名
      独立行政法人産業技術総合研究所理事長
    • 出願年月日
      2007-04-27
    • 関連する報告書
      2009 自己評価報告書
  • [産業財産権] 機能遺伝子探索用PCRプライマー2007

    • 発明者名
      丸山 明彦, ら
    • 権利者名
      産業技術総合研究所理事長
    • 産業財産権番号
      2007-120210
    • 出願年月日
      2007-04-27
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

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公開日: 2007-04-01   更新日: 2016-04-21  

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