霊長類のゲノムデータを用いた近縁種間・種内多様性解析と保全生物学への応用

• 研究課題/領域番号: 19207008
• 研究種目: 基盤研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生物多様性・分類
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 斎藤 成也 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 教授 (30192587)
• 研究分担者: 石田 貴文 東京大学, 大学院・理学系研究科, 准教授 (20184533)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2009
• 研究課題ステータス: 完了 (2009年度)
• 配分額: 52,520千円 (直接経費: 40,400千円、間接経費: 12,120千円); 2009年度: 9,880千円 (直接経費: 7,600千円、間接経費: 2,280千円); 2008年度: 8,450千円 (直接経費: 6,500千円、間接経費: 1,950千円); 2007年度: 34,190千円 (直接経費: 26,300千円、間接経費: 7,890千円)
• キーワード: 霊長類 / DNA多型 / ゲノム解析 / 保全生物学 / 種間交雑 / 遺伝学 / 遺伝子 / ゲノム / 進化 / 人類学

研究概要

霊長類の保全生物学と種内の多様性研究のために、ヒトとアカゲザルのゲノム配列の比較から、変異性の高いイントロン領域をはさんだエクソンが両種で完全に一致している領域を抽出し、未解読の霊長類のDNA断片を増幅できる2303ペアのプライマーデータベース"Prim-Prim"を作成し公開した。これらのプライマーを用いて、主としてテナガザル6種の塩基配列決定を行い、これらプライマーの有用性を確かめた。

研究成果

• [雑誌論文] Variations in the coding region of the agouti signaling protein gene do not explain agouti/non-agouti phenotypes in macaques. (2010)
  • 著者名/発表者名: Nakayama, K., Shotake, T., Takenaka, O., Ishida, T.
  • 雑誌名: Journal of Mammalian Evolution (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Study of cynomolgus monkey (Macaca fascicularis) DRA polymorphism in four populations. (2010)
  • 著者名/発表者名: Aarnink A., Estrade L., Apoil P.A., Kita Y.F., Saitou N., Shiina T., Blancher A.
  • 雑誌名: Immunogenetics 62(3) ページ: 123-136
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phylogenetic relationships and divergence dates of the whole mitochondrial genome sequences among three gibbon genera. (2010)
  • 著者名/発表者名: Matsudaira, K., Ishida, T.
  • 雑誌名: Molecular Phylogenetics and Evolution 55 ページ: 454-459
  • 査読あり
• [雑誌論文] Variations in the coding region of the agouti signaling protein gene donot explain agouti/non-agouti phenotypes in macaques (2010)
  • 著者名/発表者名: Nakayama, K.
  • 雑誌名: Journal of Mammalian Evolution (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] A hypervariable STR polymorphism in the complement factor I(CFI)gene : Asian-specific alleles (2010)
  • 著者名/発表者名: Yuasa I.
  • 雑誌名: International Journal of Legal Medicine (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phylogenetic relationships and divergence dates of the whole mitochondrial genome sequences among three gibbon genera (2010)
  • 著者名/発表者名: Matsudaira, K.
  • 雑誌名: Molecular Phylogenetics and Evolution 55 ページ: 454-459
  • 査読あり
• [雑誌論文] Relic of ancient recombinations in gibbon ABO blood group genes deciphered through phylogenetic network analysis. (2009)
  • 著者名/発表者名: Kitano T., Noda R., Takenaka O., Saitou N.
  • 雑誌名: Molecular Phylogenetics and Evolution 51 ページ: 465-471
  • 査読あり
• [雑誌論文] Variable number of tandem repeat polymorphisms of DRD4: re-evaluation of selection hypothesis and analysis of association with schizophrenia. (2009)
  • 著者名/発表者名: Hattori E., Nakajima M., Yamada K., Iwayama Y., Toyota T., Saitou N., Yoshikawa T.
  • 雑誌名: European Journal of Human Genetics 17 ページ: 793-801
  • 査読あり
• [雑誌論文] 霊長類の種内変異を解析するためのPCRプライマーデータベースPrim-Primの開発とその応用. (2009)
  • 著者名/発表者名: 斎藤成也, 鈴木留美子, 河合洋介, 石田貴文
  • 雑誌名: DNA多型 17 ページ: 63-65
  • NAID: 10025754140
• [雑誌論文] Skewed matrilineal genetic composition in a small wild chimpanzee community. (2009)
  • 著者名/発表者名: Shimada M.K., Hayakawa S., Fujita S., Sugiyama Y., Saitou N.
  • 雑誌名: Folia Primatologica 80(1) ページ: 19-32
  • NAID: 130006997736
  • 査読あり
• [雑誌論文] HERC1 polymorphisms : population-specific variations in haplotype composition (2009)
  • 著者名/発表者名: Yuasa I.
  • 雑誌名: Cell Biochemistry and Function 27 ページ: 402-405
  • 査読あり
• [雑誌論文] Variable number of tandem repeat polymorphisms of DRD4 re-evaluation of selection hypothesis and analysis of association with schizophrenia (2009)
  • 著者名/発表者名: Hattori E.
  • 雑誌名: European Journal of Human Genetics 17 ページ: 793-801
  • 査読あり
• [雑誌論文] ヒトゲノム研究の新しい地平 (2009)
  • 著者名/発表者名: 斎藤成也
  • 雑誌名: Anthropological Science 117 ページ: 1-9
  • NAID: 10029570649
  • 査読あり
• [雑誌論文] 霊長類の種内変異を解析するためのPCRプライマーデータベース Prim-Prim の開発とその応用 (2009)
  • 著者名/発表者名: 斎藤成也
  • 雑誌名: DNA多型 17 ページ: 63-65
  • NAID: 10025754140
• [雑誌論文] Mitochondrial DNA sequence phylogeny of four populations of the widely distributed cynomolgus macaque (Macaca fascicularis fascicularis). (2008)
  • 著者名/発表者名: Blancher A., Bonhomme M., Crouau-Roy B., Terao K., Kitano T., Saitou N.
  • 雑誌名: Journal of Heredity 99(3) ページ: 254-264
  • 査読あり
• [雑誌論文] Natural selection in the TRL-related genes in the course of primate evolution. (2008)
  • 著者名/発表者名: Nakajima, T., Ohtani, H., Satta, Y., Uno, Y., Akari, H., Ishida, T., Kimura, A.
  • 雑誌名: Immunogenetics 60 ページ: 727-735
  • 査読あり
• [雑誌論文] Variation of the melanocortin 1 receptor gene in the macaques. (2008)
  • 著者名/発表者名: Nakayama, K., Shotake, T., Takenaka, O., Ishida, T.
  • 雑誌名: American Journal of Primatology 70 ページ: 778-785
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mosaic genealogy of the Mus musculus genome revealed by 21 nuclear genes from its three subspecies. (2008)
  • 著者名/発表者名: Liu Y.-H., Takahashi A., Kitano T., Koide T., Shiroishi T., Moriwaki K., Saitou N.
  • 雑誌名: Genes and Genetic Systems 83 ページ: 77-88
  • NAID: 10024395628
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mitochondrial DNA sequence phylogeny of four populations of the widely distributed cynomolgus macaque (Macaca fascicularis fascicularis) (2008)
  • 著者名/発表者名: Blancher A.
  • 雑誌名: Journal of Heredity 99 (3) ページ: 254-264
  • 査読あり
• [雑誌論文] Natural selection in the TRL-related genes in the course of primate evolution (2008)
  • 著者名/発表者名: Nakajima T.
  • 雑誌名: Immunogenetics 60 ページ: 727-735
  • 査読あり
• [雑誌論文] Variation of the melanocortin 1 receptor gene in the macaques (2008)
  • 著者名/発表者名: Nakayama K.
  • 雑誌名: American Journal of Primatology 70 ページ: 778-785
  • 査読あり
• [雑誌論文] Skewed Matrilineal Genetic Composition in a Small Wild Chinpanzee Community (2008)
  • 著者名/発表者名: Shimada M. K.
  • 雑誌名: Folia Primatologica 80 (1) ページ: 19-32
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular basis of complement factor I (CFI)polymorphism : one of two polymorphic suballeles responsible for CFI A is Japanese-specific (2008)
  • 著者名/発表者名: Yuasa I.
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 53 ページ: 1016-1021
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mitochondrial DNA sequence phylogeny of four populations of the widely distributed cynomolgus macaque (Macaca fascicularis fascicularis) (2008)
  • 著者名/発表者名: Blancher A.
  • 雑誌名: Journal of Heredity 99(3) ページ: 254-264
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mosaic genealogy of the Mus musculus genome revealed by 21 nuclear genes from its three subspecies (2008)
  • 著者名/発表者名: Liu Y.-H.
  • 雑誌名: Genes and Genetic Systems 83 ページ: 77-88
  • 査読あり
• [雑誌論文] TP53 codon 72 polymorphism in 12 populations of insular Southeast Asia and Oceania (2007)
  • 著者名/発表者名: Kashima, T., et. al.
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 52 ページ: 694-697
  • 査読あり
• [雑誌論文] FTO polymorphisms in Oceanic populations (2007)
  • 著者名/発表者名: Ohashi, J., et. al.
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 52 ページ: 1031-1035
  • 査読あり
• [雑誌論文] Quantitative analysis of cell-free Epstein-Barr virus DNA in the plasma of patients with peripheral T-cell and NK-cell lymphomas and peripheral T-cell proliferative diseases. (2007)
  • 著者名/発表者名: Suwiwat, S., et. al.
  • 雑誌名: Journal of Clinical Virology 40 ページ: 277-283
  • 査読あり
• [雑誌論文] Variable number of tandem repeat polymorphisms of DRD4 : re-evaluation of selection hypothesis and analysis of association with schizophrenia
  • 著者名/発表者名: Hattori E.
  • 雑誌名: European Journal of Human Genetics (in press)
  • 査読あり
• [学会発表] 遺伝子から見る人類進化 (2009)
  • 著者名/発表者名: 斎藤成也
  • 学会等名: 日本遺伝学会第81回大会
  • 発表場所: 松本市
  • 年月日: 2009-09-16
• [学会発表] 霊長類の種内変異を解析するためのPCRプライマーデータベースPrim-Primの開発とその応用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 斎藤成也
  • 学会等名: 日本DNA多型学会第17回学術集会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-11-21
• [学会発表] 霊長類の種内変異を解析するためのPCRプライマーデータベースPrim-PrimDBの開発とその応用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 斎藤成也
  • 学会等名: 日本DNA多型学会第17回学術集会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-11-21
• [学会発表] 霊長類ゲノム多様性解析のためのPrim-Prim DBの開発とその応用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 斎藤成也
  • 学会等名: 日本人類学会第62回大会
  • 発表場所: 名古屋市
  • 年月日: 2008-11-01
• [学会発表] 霊長類ゲノム多様性解析のためのPrim-Prim DBの開発とその応用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 斎藤成也
  • 学会等名: 日本人類学会第62回大会
  • 発表場所: 名古屋
  • 年月日: 2008-11-01
• [学会発表] トコンドリアゲノム配列を用いたHylobatesとSymphalangusの分岐年代推定 (2008)
  • 著者名/発表者名: 松平一成, 石田貴文
  • 学会等名: 日本霊長類学会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-07-05
• [学会発表] ミトコンドリアゲノム配列を用いたHylobatesとSymphalangusの分岐年代推定 (2008)
  • 著者名/発表者名: 松平一成
  • 学会等名: 日本霊長類学会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-07-05
• [学会発表] Utility of phylogenetic network for deciphering nucleotide sequence history (2008)
  • 著者名/発表者名: Saitou N
  • 学会等名: NIG International Symposium
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-03-28
• [学会発表] Utility of phylogenetic network for deciphering nucleotide sequence history (2008)
  • 著者名/発表者名: Saitou N.
  • 学会等名: NIG International Symposium
  • 発表場所: National Institute of Informatics, Tokyo
  • 年月日: 2008-03-28
• [学会発表] Evolutionary analysis on primates (2007)
  • 著者名/発表者名: Saitou N
  • 学会等名: 79th Annual Meeting of the Genetics Society of Japan
  • 発表場所: 岡山市
  • 年月日: 2007-09-21
• [学会発表] Evolutionary analysis on primates (2007)
  • 著者名/発表者名: Saitou N.
  • 学会等名: 79th Annual Meeting of the Genetics Society of Japan
  • 発表場所: Okayama University, Okayama
  • 年月日: 2007-09-21
• [学会発表] Neccessity of Non-Tree Structure in Nuclear DNA Phylogeny (2007)
  • 著者名/発表者名: Saitou N.
  • 学会等名: Symposium on Species Diversity
  • 発表場所: Lassa, Tibet, China
  • 年月日: 2007-06-08
• [図書] 絵でわかる人類の進化 (2009)
  • 著者名/発表者名: 斎藤成也
  • 総ページ数: 192
  • 出版者: 講談社サイエンティフィック
• [図書] ゲノム進化学入門 (2007)
  • 著者名/発表者名: 斎藤成也
  • 総ページ数: 257
  • 出版者: 共立出版
• [図書] ゲノム進化学入門 (2007)
  • 著者名/発表者名: 斎藤 成也
  • 総ページ数: 257
  • 出版者: 共立出版
• [備考]
  • URL: http://sayer.lab.nig.ac.jp/index-j.htmlhttp://sayer.lab.nig.ac.jp/~saitou/index-j.html
• [備考]
  • URL: http://sayer.lab.nig.ac.jp/index-j.html
• [備考]
  • URL: http://sayer.lab.nig.ac.jp/~saitou/index-j.html
• [備考]
  • URL: http://saver.lab.nig.ac.jp/index-j.html
• [備考]
  • URL: http://sayer.lab.nig.ac.jp/~saitou/index-j.html
• [備考]
  • URL: http://sayer.lab.nig.ac.jp/index-j.html
• [備考]
  • URL: http://sayer.lab.nig.ac.jp/~saitou/index-j.html