細胞システムにおける反応ゆらぎの計測とその特性・役割の理解

• 研究課題/領域番号: 19207012
• 研究種目: 基盤研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生物物理学
• 研究機関: 独立行政法人理化学研究所
• 研究代表者: 佐甲 靖志 独立行政法人理化学研究所, 佐甲細胞情報研究室, 主任研究員 (20215700)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 51,350千円 (直接経費: 39,500千円、間接経費: 11,850千円); 2010年度: 9,880千円 (直接経費: 7,600千円、間接経費: 2,280千円); 2009年度: 9,880千円 (直接経費: 7,600千円、間接経費: 2,280千円); 2008年度: 9,880千円 (直接経費: 7,600千円、間接経費: 2,280千円); 2007年度: 21,710千円 (直接経費: 16,700千円、間接経費: 5,010千円)
• キーワード: 1分子計測 / 顕微計測 / ノイズ / 細胞内情報処理 / 細胞分化 / 細胞増殖

研究概要

EGF-Ras-MAPK回路の細胞内情報伝達反応を題材として、蛋白質分子、細胞内分子システム、細胞応答の各階層において反応ゆらぎの実測と、その性質と役割の解明を目的とした研究を行った。分子反応においてはEGF受容体とRAF、分子システムレベルではEGF受容体-Rasの反応回路と、Rasの下流に位置するMAPKカスケード、細胞レベルではEGF, NGFに対する細胞増殖・分化応答のゆらぎを解析した。

研究成果

• [雑誌論文] [PSI^+] aggregate enlargement in rnq1 non-prion domain mutants, leading to a loss-of-prion yeast. (2011)
  • 著者名/発表者名: Kurahashi H., Park C.-G., Shibata S., Oishi K., Sako Y., Nakamura Y.
  • 雑誌名: Genes to Cells. 16
  • 査読あり
• [雑誌論文] [PSI^+]aggregate enlargement in rng1 non-prion domain mutants, leading to a loss-of-prion yeast. (2011)
  • 著者名/発表者名: Kurahashi, H., et al.
  • 雑誌名: Genes to Cells. 巻: (印刷中)
  • 査読あり
• [雑誌論文] 細胞内1分子計測とシステムズバイオロジー (2010)
  • 著者名/発表者名: 日比野佳代, 他
  • 雑誌名: 細胞工学 巻: 29 ページ: 344-348
• [雑誌論文] Reduction-triggered fluorescent amplification probe for detection of endogenous RNAs in living human cells. (2009)
  • 著者名/発表者名: Furukawa K., Abe H., Hibino K., Sako Y., Tsuneda S., Ito Y.
  • 雑誌名: Bioconj.Chem. 20 ページ: 1026-1036
  • 査読あり
• [雑誌論文] A RasGTP-induced conformational change in C-RAF is essential for accurate molecular recognition. (2009)
  • 著者名/発表者名: Hibino K., Shibata T., Yanagida T., Sako Y.
  • 雑誌名: Biophys.J. 97 ページ: 1277-1287
  • 査読あり
• [雑誌論文] Single-molecule imaging of fluorescent proteins expressed in living cells. (2009)
  • 著者名/発表者名: Hibino K., Hiroshima M., Takahashi M., Sako Y.
  • 雑誌名: Methods Mol.Biol.(Lee, J.W.ed.)(Humana Press) 48 ページ: 451-460
  • 査読あり
• [雑誌論文] A RasGTP-induced conformational change in C-RAF is essential for accurate molecular recognition (2009)
  • 著者名/発表者名: K. Hibino, T. Shibata, T. Yanagida, Y. Sako
  • 雑誌名: Biophys.J. 97 ページ: 1277-87
  • 査読あり
• [雑誌論文] Reduction-triggered fluorescent amplication probe for detection of endogenous RNAs in living human cells (2009)
  • 著者名/発表者名: Furukawa, K., et al.
  • 雑誌名: Bioconj.Chem. 20 ページ: 1026-1036
  • 査読あり
• [雑誌論文] A RasGTP-induced conformational change in C-RAF is essential for accurate molecular recognition (2009)
  • 著者名/発表者名: Hibino K., et al.
  • 雑誌名: Biophys.J. 97 ページ: 1227-1287
  • 査読あり
• [雑誌論文] 細胞内情報伝達反応の1分子キネティクス (2009)
  • 著者名/発表者名: 佐甲靖志
  • 雑誌名: 生物物理 49 ページ: 184-191
  • NAID: 10025975747
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multiple mechanisms for accumulation of myosin II filaments at the equator during cytokinesis. (2008)
  • 著者名/発表者名: Yumura S., Ueda M., Sako Y., Kitanishi-Yumura T., Yanagida T.
  • 雑誌名: Traffic 9 ページ: 2089-2099
  • 査読あり
• [雑誌論文] Construction of two color semiconductor Quantum dots wire by utilizing the complementarity of DNA. (2008)
  • 著者名/発表者名: Tanaka S.-i., Miyata T., Kato T., Namba K., Yanagida T., Sako Y., Kawata S., Inouye Y.
  • 雑誌名: AIP Conference Proceedings 1062 "DNA-Based Nanodevices" ページ: 116-122
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multiple mechanisms for accumulation of myosin II filaments at the equator during cytokinesis (2008)
  • 著者名/発表者名: Yumura, S., et al.
  • 雑誌名: Traffic 9 ページ: 2089-2099
  • 査読あり
• [雑誌論文] Construction of two color semiconductor Quantum dots wire by utilizing the complementarity of DNA (2008)
  • 著者名/発表者名: Tanaka, S.-i., et al.
  • 雑誌名: AIP Conference Proceedings 1062 ページ: 116-122
  • 査読あり
• [雑誌論文] 細胞内シグナル伝達システムの1分子イメージング (2008)
  • 著者名/発表者名: 佐甲靖志
  • 雑誌名: 実験医学増刊 26 ページ: 2718-2723
• [雑誌論文] Multiple-state reactions between the epidermal growth factor receptor and Grb2 as observed using single-molecule analysis. (2007)
  • 著者名/発表者名: Morimatsu M., Takagi H., Ota K.G., Iwamoto R., Yanagida T., Sako Y.
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad.Sci.USA 104 ページ: 18013-18018
  • 査読あり
• [雑誌論文] Rho small GTPase regulates the stability of individual focal adhesions : a FRET-based visualization of GDP/GTP exchange on small GTPases. (2007)
  • 著者名/発表者名: Miyauchi T., Yanagida T., Sako Y.
  • 雑誌名: Biophysics 3 ページ: 63-73
  • NAID: 130000091813
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multiple-state reactions between the epidermal growth factor receptor and Grb2 as observed using single-molecule analysis (2007)
  • 著者名/発表者名: M. Morimatsu, H.Takagi, K. Ota, K. Nishida, T. Yanagida, Y. Sako
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad.Sci.USA 104 ページ: 18013-18
  • 査読あり
• [雑誌論文] Rho small GTPase regulates the stability of individual focal adhesions : a FRET-based visualization of GDP/GTP exchange on small GTPases (2007)
  • 著者名/発表者名: T. Miyauchi, T. Yanagida, Y. Sako
  • 雑誌名: Biophyscs 3 ページ: 63-73
  • NAID: 130000091813
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multiple-state reactions between the epidermal growth factor receptor and Grb2 as observed using single-molecule analysis. (2007)
  • 著者名/発表者名: M.Morimatsu, H.Takagi, et. al.
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad.Sci.USA 104 ページ: 18013-18018
  • 査読あり
• [雑誌論文] Rho small GTPase regulates the stability of individual focal adhesions:a FRET-based visualization of GDP/GTP exchange on small GTPases. (2007)
  • 著者名/発表者名: T.Miyauchi, et. al.
  • 雑誌名: Biophysics 3 ページ: 63-73
  • 査読あり
• [雑誌論文] 細胞内情報伝達分子間相互作用の1分子可視化解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 佐甲 靖志
  • 雑誌名: 顕微鏡 42 ページ: 166-169
  • NAID: 10020010120
  • 査読あり
• [学会発表] 細胞情報蛋白質の分子間相互作用 (2010)
  • 著者名/発表者名: 佐甲靖志
  • 学会等名: 大阪大学蛋白質研究所セミナー
  • 発表場所: 吹田市
  • 年月日: 2010-10-21
• [学会発表] EGF受容体の1分子動態と会合体形成メカニズム (2010)
  • 著者名/発表者名: 廣島通夫、佐甲靖志
  • 学会等名: 生理学研究所研究会
  • 発表場所: 岡崎市
  • 年月日: 2010-09-17
• [学会発表] Single-molecule dynamics of cell signaling proteins (2009)
  • 著者名/発表者名: Sako Y.
  • 学会等名: 第61回日本細胞生物学会大会
  • 発表場所: 愛知県 名古屋市
  • 年月日: 2009-06-02
• [学会発表] Single-molecule kinetics of protein recognition in cell signaling. (2008)
  • 著者名/発表者名: Sako Y.
  • 学会等名: The IPR seminar on New Approaches to Complexity of Protein Dynamics by Single Molecule Measurements : Experiments and Theories.
  • 発表場所: Suita
  • 年月日: 2008-12-08
• [学会発表] Single-molecule kinetics of protein recognition in cell signaling (2008)
  • 著者名/発表者名: Sako, Y.
  • 学会等名: The IPR seminar on New Approaches to Complexity of Protein Dynamics by Single Molecule Measurements
  • 発表場所: Suita
  • 年月日: 2008-12-08
• [学会発表] Single-molecule analysis of EGF-Ras-MAPK pathway. (2008)
  • 著者名/発表者名: Sako Y.
  • 学会等名: OIST Workshop on Systems Biology of MAPK pathways.
  • 発表場所: Onna
  • 年月日: 2008-03-10
• [学会発表] Single-molecule kinetic analysis of cell signaling reactions (2008)
  • 著者名/発表者名: Y. Sako
  • 学会等名: Conference on Systems Biology of Mammalian Cells (SBMC2008)
  • 発表場所: Dresden
• [学会発表] Single-molecule imaging of dynamics and kinetics of cell signaling proteins (2007)
  • 著者名/発表者名: Sako Y.
  • 学会等名: 10th workshop on Fluorescence Correlation Spectroscopy and related methods.
  • 発表場所: Sapporo(Special lecture)
  • 年月日: 2007-11-27
• [図書] Biosensors for Health, Environment and Biosecurity/Book1(How to make FRET biosensors for Rab family GTPases.) (2011)
  • 著者名/発表者名: Ishido N., Kobayashi H., Sako Y., Arai T., Fukuda M., Nakamura T.
  • 出版者: INTECH
• [図書] Cell Signaling Reactions : Single-molecule Kinetic Analyses(Sako, Y.and Ueda, M.eds.)(Single-molecule kinetic analysis of receptor protein tyrosine kinases.) (2010)
  • 著者名/発表者名: Hiroshima M., Sako Y.
  • 出版者: Springer
• [図書] Cell Signaling Reactions : Single-molecule Kinetic Analyses(Sako, Y.and Ueda, M.eds.)(Single-molecule analysis of molecular recognition between signaling proteins Ras and RAF. 35)) (2010)
  • 著者名/発表者名: Hibino K., Sako Y.
  • 出版者: Springer
• [図書] Cell Signaling Reactions : Single-molecule Kinetic Analyses (2010)
  • 著者名/発表者名: Sako, Y., Ueda, M.eds.
  • 総ページ数: 330
  • 出版者: Springer
• [図書] Single Molecule Dynamics in Life Science(Yanagida, T.and Ishii, Y.eds.)(Signal transduction across the plasma membrane.) (2009)
  • 著者名/発表者名: Ueda M., Shibata T., Sako Y.
  • 出版者: WILEY-VCH
• [図書] Signal transduction across the plasma membrane. "Single Molecule Dyanmics in Life Science" (Yanagida, T., Ishii, Y. ed.) (2009)
  • 著者名/発表者名: M. Ueda, T. Shibata, Y. Sako
  • 出版者: WILEY-VCH
• [図書] Single Molecule Dyanmics in Life Science. (Yanagida, T. and Ishii, Y. ed.) (2009)
  • 著者名/発表者名: Ueda, et al.
  • 総ページ数: 17
  • 出版者: WILEY-VCH(分担執筆)
• [図書] 全反射顕微鏡と1分子計測「生細胞蛍光イメージング」原口徳子、木村宏、平岡泰編 (2007)
  • 著者名/発表者名: 佐甲 靖志
  • 総ページ数: 15
  • 出版者: 共立出版
• [備考]
  • URL: http://www.riken.go.jp/cell-info/
• [備考]
  • URL: http://www.asi.riken.jp/jp/laboratories/chieflabs/cell-info/index.html
• [備考]
  • URL: http://www.riken.go.jp/cell-info/
• [備考] ホームページ
  • URL: http://www.riken.go.jp/cell-info
• [備考]
  • URL: http://www.riken.go.jp/cell-info/
• [備考]
  • URL: http://www.riken.go.jp/cell-info/