| 研究課題/領域番号 |
19300080
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
感性情報学・ソフトコンピューティング
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| 研究機関 | 立命館大学 |
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研究代表者 |
西川 郁子 立命館大学, 情報理工学部, 教授 (90212117)
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| 研究分担者 |
伊藤 將弘 立命館大学, 生命科学部, 准教授 (50388112)
陳 延偉 立命館大学, 情報理工学部, 教授 (60236841)
榊原 一紀 立命館大学, 情報理工学部, 講師 (30388110)
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| 研究期間 (年度) |
2007 – 2009
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| 研究課題ステータス |
完了 (2009年度)
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| 配分額 *注記 |
19,240千円 (直接経費: 14,800千円、間接経費: 4,440千円)
2009年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2008年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
2007年度: 11,830千円 (直接経費: 9,100千円、間接経費: 2,730千円)
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| キーワード | サポート / ベクタ / マシン / O型糖鎖修飾 / 機械学習 / 哺乳類タンパク質 / 天然変性領域 / 膜貫通タンパク質 / ニューラルネットワーク / 群発と散発 / サポート・ベクター・マシン / 独立成分分析 / 糖鎖修飾 / サポートベクタマシン / 群発的修飾 / モチーフ / 進化的保存 / 天然変性タンパク質 / 半教師あり学習 / アミノ酸配列 / 立体構造 / 二次構造 / データベース |
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| 研究概要 |
哺乳類蛋白質に対して,O型糖鎖修飾を受ける部位を機械学習により予測し,その結果を通して修飾機構を解析した.特に,多くの修飾部位が群発して発生することに着目し,その場合には周辺アミノ酸の組成比が,そうでない場合にはアミノ酸配列が修飾に影響を与えることを見出し,その特徴を具体的に解析した.蛋白質の天然変性領域に顕著に多く,進化的保存性や構造安定化,真核生物に多いこと等との関連を議論した.予測結果の実験的検証も行った.
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