疾患関連遺伝子発見のための症例対照研究における統計学的問題とその解決策の検討

• 研究課題/領域番号: 19300095
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 統計科学
• 研究機関: 新潟大学
• 研究代表者: 赤澤 宏平 新潟大学, 医歯学総合病院, 教授 (10175771)
• 研究分担者: 鳥谷部 真一 新潟大学, 危機管理室, 教授 (20227648) ; 桑野 良三 新潟大学, 脳研究所, 教授 (20111734) ; 宮下 哲典 新潟大学, 脳研究所, 助教 (60323995)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2008
• 研究課題ステータス: 完了 (2008年度)
• 配分額: 11,700千円 (直接経費: 9,000千円、間接経費: 2,700千円); 2008年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円); 2007年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
• キーワード: 医薬生物統計 / 疾患感受性遺伝子 / 症例-対照関連解析 / 多段階関連解析法 / Replication-based analysis / Joint analysis / 統計学的検出力 / 陽性反応適中度 / 遺伝子解析 / シミュレーション

研究概要

本研究では、SNPsデータを用いて疾患関連遺伝子を同定するための多段階デザイン症例-対照相関解析の統計学的性質を詳細に検討した。研究成果として以下が挙げられる。1. R言語を使い、多段階デザイン症例-対照研究の検出力を推定するプログラムを開発した。2. 3段階法において、各ステージの症例割合を種々変化させたときの検出力とタイピング数を調べた. これらの結果は、国際学術誌Bioinformatics、Journal of Human Geneticsに掲載された。

研究成果

• [雑誌論文] Programs for calculating the statistical powers of detecting susceptibility genes in case-control studies based on multistage designs (2009)
  • 著者名/発表者名: Kitamura N, Akazawa K, Miyashita A, Kuwano R, Toyabe SI, Nakamura J, Nakamura N, Sato T, Hoque MA
  • 雑誌名: Bioinformatics 25(2) ページ: 272-273
  • 査読あり
• [雑誌論文] Programs for calculating the statistical powers of detecting susceptibility genes in case-control studies based on multistage designs. (2009)
  • 著者名/発表者名: Kitamura N
  • 雑誌名: Bioinformatics 25(2) ページ: 272-273
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of Disease-associated Single Nucleotide Polymorphisms Using Virtual Genomes Constructed from a Public Haplotype Database (2008)
  • 著者名/発表者名: Toyabe S, Miyashita A, Kitamura N, Kuwano R, Akazawa K
  • 雑誌名: Methods Inf Med 47(6) ページ: 522-528
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sample-size properties of a case-control association analysis of multistage SNP studies for identifying disease susceptibility genes (2008)
  • 著者名/発表者名: Kitamura N, Akazawa K, Toyabe SI, Miyashita A, Kuwano R, Nakamura J
  • 雑誌名: J Hum Genet 53(5) ページ: 390-400
  • NAID: 10021248775
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sample-size properties of a case-control association analysis of multistage SNP studies for identifying disease suscepti bility genes. (2008)
  • 著者名/発表者名: Kitamura N
  • 雑誌名: J Hum Genet 53(5) ページ: 390-400
  • 査読あり
• [雑誌論文] Prediction of Disease-associated Single Nucleotide Polymorph isms Using Virtual Genomes Constructed from a Public Haplotype Database. (2008)
  • 著者名/発表者名: Toyabe S
  • 雑誌名: Methods Inf Med. 47(6) ページ: 522-528
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sample-size properties of a case-control association analysis of multistage SNP studies for identifying disease susceptibility genes. (2008)
  • 著者名/発表者名: Kitamura N, Akazawa K, Toyabe SI, Miyashita A, Kuwano R, Nakamura J
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics (印刷中)
  • NAID: 10021248775
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genetic association of CTNNA3 with late-onset Alzheimer's disease in females (2007)
  • 著者名/発表者名: Miyashita A, Arai H, Asada T, Imagawa M, Matsubara E, Shoji M, Higuchi S, Urakami K, Kakita A, Takahashi H, Toyabe S, Akazawa K, Kanazawa I, Ihara Y, Kuwano R
  • 雑誌名: Human Molecular Genetics 16(23) ページ: 2854-69
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genetic association of CTNNA3 with late-onset Alzheimer's disease in females (2007)
  • 著者名/発表者名: Miyashita A, Arai H, Asada T, Imagawa M, Matsubara E, Shoji M, Higuchi S, Urakami K, Kakita A, Takahashi H, Toyabe S, Akazawa K, Kanazawa I, Ihara Y, Kuwano R.
  • 雑誌名: Human Molecular Genetics 16(23) ページ: 2854-69
  • 査読あり
• [雑誌論文] SNPデータに基づく疾患感受性遺伝子同定のための多段階症例-対照研究デザインの特性
  • 著者名/発表者名: 北村信隆、赤澤宏平
  • 雑誌名: 新潟医学会雑誌 (印刷中)
  • 査読あり
• [学会発表] SNPデータに基づく疾患感受性遺伝子同定のための多段階症例-対照研究デザインの特性 (2008)
  • 著者名/発表者名: 北村信隆
  • 学会等名: 2008年度統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 慶應義塾大学
  • 年月日: 2008-09-09