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ポストゲノム時代における分子系統樹推定法の研究

研究課題

研究課題/領域番号 19300099
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 統計科学
研究機関統計数理研究所

研究代表者

足立 淳  統計数理研究所, モデリング研究系, 准教授 (30370092)

研究分担者 曹 纓  統計数理研究所, モデリング研究系, 助教 (20370091)
連携研究者 長谷川 政美  統計数理研究所, モデリング研究系, 名誉教授 (60011657)
西原 秀典  東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 助教 (10450727)
松井 淳  京都大学, 霊長類研究所・遺伝子情報分野・gCOE, 研究員
米澤 隆弘  復旦大学(中国), 生命科学学院, 講師
研究期間 (年度) 2007 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
18,460千円 (直接経費: 14,200千円、間接経費: 4,260千円)
2009年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
2008年度: 5,850千円 (直接経費: 4,500千円、間接経費: 1,350千円)
2007年度: 6,760千円 (直接経費: 5,200千円、間接経費: 1,560千円)
キーワードゲノム系統学 / 分子進化 / 分子系統樹 / 最尤法 / モデル選択
研究概要

ゲノム規模のデータから真獣類の系統樹を最尤推定すると、遺伝子ごとの違いを考慮に入れてモデルを改良していくにつれて正しいと思われる系統樹に収束していく。これは解析に用いるモデル選択の重要性を示しており、遺伝子ごとの進化速度や進化様式の不均一性が推定の偏りを生み出した原因だと考えられる。種子植物の系統解析でも、進化速度の変化や収斂的アミノ酸置換など、ゲノム系統学に内在する問題点を指摘し、より信頼性の高い系統樹推定法を提示した。

報告書

(4件)
  • 2009 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2008 実績報告書
  • 2007 実績報告書
  • 研究成果

    (18件)

すべて 2009 2008 2007

すべて 雑誌論文 (16件) (うち査読あり 16件) 学会発表 (2件)

  • [雑誌論文] Molecular phylogeny and evolution of prosimians based on complete sequences of mitochondrial DNAs2009

    • 著者名/発表者名
      A. Matsui, F. Rakotondraparany, I. Munechika, M. Hasegawa, S. Horai
    • 雑誌名

      Gene 441

      ページ: 53-66

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The monophyletic origin of sea lions and fur seals (Carnivora; Otariidae) in the Southern Hemisphere2009

    • 著者名/発表者名
      T. Yonezawa, N. Kohno, M. Hasegawa
    • 雑誌名

      Gene 441

      ページ: 89-99

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Complete nucleotide sequence and gene arrangement of the mitochondrial genome of the crab-eating frog Fejervarya cancrivora and evolutionary implications2009

    • 著者名/発表者名
      Z. Ren, B. Zhu, E. Ma, J. Wen, T. Tu, Y. Cao, M. Hasegawa, Y. Zhong
    • 雑誌名

      Gene 441

      ページ: 148-155

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Adaptive evolution of rbcL in Conocephalum (Hepaticae, Bryophytes)2009

    • 著者名/発表者名
      H. Miwa, I.J. Odrzykoski, A. Matsui, M. Hasegawa, H. Akiyama, Y. Jia, R. Sabirov, H. Takahashi, D.E. Boufford, N. Murakami
    • 雑誌名

      Gene 441

      ページ: 169-175

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chronology of the extant African elephant species and case study of the species identification of the small African elephant with the molecular phylogenetic method2009

    • 著者名/発表者名
      Y. Murata, T. Yonezawa, I. Kihara, T. Kashiwamura, Y. Sugihara, M. Nikaido, N. Okada, H. Endo, M. Hasegawa
    • 雑誌名

      Gene 441

      ページ: 176-186

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Complete nucleotide sequence and gene arrangement of the mitochondrial genome of the crab-eating frog Fejervarya cancrivora and evolutionary implications2009

    • 著者名/発表者名
      Zhumei Ren
    • 雑誌名

      Gene 441

      ページ: 148-155

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The monophyletic origin of sea lions and fur seals(Carnivora ; Otariidae)in the Southern Hemisphere2009

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Yonezawa
    • 雑誌名

      Gene 441

      ページ: 88-99

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular phylogeny and evolution of prosimians based on complete sequences of mitochondrial DNAs2009

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Matsui
    • 雑誌名

      Gene 441

      ページ: 53-66

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Adaptive evolution of rbcL in Conocephalum(Hepaticae, bryophytes)2009

    • 著者名/発表者名
      Hidetsugu Miwa
    • 雑誌名

      Gene 441

      ページ: 160-175

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chronology of the extant African elephant species and case study of the species identification of the small African elephant with the molecular phylogenetic method2009

    • 著者名/発表者名
      Yumie Murata
    • 雑誌名

      Gene 441

      ページ: 176-186

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Phylogeny, recombination, and mechanisms of stepwise mitochondrial genome reorganization in mantellid frogs from Madagascar2008

    • 著者名/発表者名
      A. Kurabayashi, M. Sumida, H. Yonekawa, F. Glaw, M. Vences, M. Hasegawa
    • 雑誌名

      Mol. Biol. Evol. 25

      ページ: 874-891

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Complete nucleotide sequence and gene arrangement of the mitochondrial genome of the crab-2008

    • 著者名/発表者名
      Zhumei Ren
    • 雑誌名

      Gene doi : 10.1016/j. gene. 2008.09.010

      ページ: 1-8

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 鰭脚類の起源と進化2008

    • 著者名/発表者名
      米澤隆弘
    • 雑誌名

      統計数理 56

      ページ: 81-99

    • NAID

      120006019014

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ゲノム系統学的手法の応用と課題-真獣類の起源に関する解析を例として-2008

    • 著者名/発表者名
      西原秀典
    • 雑誌名

      統計数理 56

      ページ: 19-35

    • NAID

      120006019012

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rooting the eutherian tree: the power and pitfalls of phylogenomics2007

    • 著者名/発表者名
      H. Nishihara, N. Okada, M. Hasegawa
    • 雑誌名

      Genome Biology 8:R199

      ページ: 1-10

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular phylogenetic study on the origin and evolution of Mustelidae2007

    • 著者名/発表者名
      T. Yonezawa, M. Nikaido, N. Kohno, Y. Fukumoto, N. Okada, M. Hasegawa
    • 雑誌名

      Gene 396

      ページ: 1-12

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Molecular phylogeny and evolution of river dolphins: integration of mitochondrial DNA and SINE flanking sequences2007

    • 著者名/発表者名
      Y. Cao
    • 学会等名
      Evolution 2007 Conference
    • 発表場所
      Christchurch, New Zealand
    • 年月日
      2007-06-18
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書 2007 実績報告書
  • [学会発表] MolPhy: new software for phylogenetic analyses using maximum likelihood2007

    • 著者名/発表者名
      J. Adachi
    • 学会等名
      Evolution 2007 Conference
    • 発表場所
      Christchurch, New Zealand
    • 年月日
      2007-06-17
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書 2007 実績報告書

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公開日: 2007-04-01   更新日: 2016-04-21  

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