候補サイトの空間分布に注目した信頼度の高いタンパク質ドッキング判定手法の開発

• 研究課題/領域番号: 19300102
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 東京工業大学
• 研究代表者: 秋山 泰 東京工業大学, 大学院・情報理工学研究科, 教授 (30243091)
• 研究分担者: 塚本 弘毅 産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 特別研究員 (90399501)
• 連携研究者: 塚本 弘毅 産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 特別研究員 (90399501)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 18,460千円 (直接経費: 14,200千円、間接経費: 4,260千円); 2010年度: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円); 2009年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円); 2008年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円); 2007年度: 4,940千円 (直接経費: 3,800千円、間接経費: 1,140千円)
• キーワード: コンピュータシミュレーション / 蛋白質 / ドッキング / 高性能計算 / バイオインフォマティクス

研究概要

複数のタンパク質の立体構造データを入力し、表面形状相補性と静電相互作用に基づいて、各ペアがドッキングするか否かの判定を行うための手法を開発した。既存法ZDOCKとは異なり、実数のみで表面形状相補性を計算するrPSCモデルの着想を得て、精度を落とさず約4倍の高速化が達成できた。タンパク質の性質に応じて評価関数を動的に調整する手法も開発した。候補サイトの空間分布に注目した後処理により信頼度の向上が達成できた。

研究成果

• [雑誌論文] Docking-calculation-based Method for Predicting Protein-RNA Interactions (2011)
  • 著者名/発表者名: Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama
  • 雑誌名: Genome Informatics 巻: 25
  • NAID: 130004567841
  • 査読あり
• [雑誌論文] 立体構造情報からの網羅的タンパク質間相互作用予測とそのシステム生物学への応用 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大上雅史, 松崎由理, 松崎祐介, 佐藤智之, 秋山泰, MEGADOCK
  • 雑誌名: 情報処理学会論文誌(TOM) 3(3) ページ: 91-106
  • 査読あり
• [雑誌論文] In silico classification of major clearance pathways of drugs with their physicochemical parameters (2010)
  • 著者名/発表者名: Makiko Kusama, Kouta Toshimoto, Kazuya Maeda, Yuka Hirai, Satoki Imai, Koji Chiba, Yutaka Akiyama, Yuichi Sugiyama
  • 雑誌名: Drug Metabolism and Disposition 28(8) ページ: 1362-1370
  • 査読あり
• [雑誌論文] Computer prediction of protein-protein interaction network using MEGADOCK-application to systems biology (2010)
  • 著者名/発表者名: Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
  • 雑誌名: TSUBAME e-Science Journal 2 ページ: 34-37
• [雑誌論文] Exhaustive protein-protein interaction network prediction by using MEGADOCK (2010)
  • 著者名/発表者名: Yutaka Akiyama, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue
  • 雑誌名: BioSupercomputing Newsletter 3 ページ: 8-8
• [雑誌論文] MEGADOCK:立体構造情報からの網羅的タンパク質間相互作用予測とそのシステム生物学への応用 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大上雅史, 松崎由理, 松崎裕介, 佐藤智之, 秋山泰
  • 雑誌名: 情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用(TOM) 巻: 3(3) ページ: 91-106
  • NAID: 110007993887
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of protein-protein docking decoys using interaction fingerprints : application to the reconstruction of CaM-ligand complexes (2010)
  • 著者名/発表者名: Nobuyuki Uchikoga, Takatsugu Hirokawa
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 巻: 11(236) ページ: 1-10
  • 査読あり
• [雑誌論文] In silico classification of major clearance pathways of drugs with their physiochemical parameters. (2010)
  • 著者名/発表者名: Makiko Kusama, Kouta Toshimoto, Kazuya Maeda, Yuka Hirai, Satoki Imai, Koji Chiba, Yutaka Akiyama, Yuichi Sugiyama
  • 雑誌名: Drug Metabolism and Disposition 巻: 28(8) ページ: 1362-1370
  • 査読あり
• [雑誌論文] Exhaustive protein-protein interaction network prediction by using MEGADOCK (2010)
  • 著者名/発表者名: Yutaka Akiyama, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue
  • 雑誌名: BioSupercomputing Newsletter 巻: 3 ページ: 8-8
• [雑誌論文] Computer prediction of protein-protein interaction network using MEGADOCK -- application to systems biology. (2010)
  • 著者名/発表者名: Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
  • 雑誌名: TSUBAME e-Science Journal 巻: 2 ページ: 34-37
• [雑誌論文] In silico screening of protein-protein interactions with all-to-all rigid docking and clustering : an application to pathway analysis (2009)
  • 著者名/発表者名: 松崎由理, 松崎祐介, 佐藤智之, 秋山泰
  • 雑誌名: Journal of Bioinformatics and Computational Biology 7(6) ページ: 991-1012
  • 査読あり
• [雑誌論文] In silico screening of protein-protein interactions with all-to-all rigid docking and clustering: an application to pathway analysis (2009)
  • 著者名/発表者名: Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
  • 雑誌名: Journal of Bioinformatics and Computational Biology 7(6) ページ: 991-1012
  • 査読あり
• [雑誌論文] In silico screening of protein-protein interactions with all-to-all rigid doc king and clustering : an application to pathway analysis (2009)
  • 著者名/発表者名: Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
  • 雑誌名: Journal of Bioinformatics and Computational Biology 7(6) ページ: 991-1012
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development of an affinity evaluation and prediction system by using the shape complementarity characteristic between proteins (2008)
  • 著者名/発表者名: Koki Tsukamoto, Tatsuya Yoshikawa, Yuichiro Hourai, Kazuhiko Fukui, Yutaka Akiyama
  • 雑誌名: Journal of Bioinformatics and Computational Biology 6(6) ページ: 1133-1156
  • 査読あり
• [雑誌論文] evaluation and prediction system by using the shape complementarity characteristic between proteins (2008)
  • 著者名/発表者名: Koki Tsukamoto, Tatsuya Yoshikawa, Yuichiro Hourai, Kazuhiko Fukui, Yutaka Akiyama, Development of an affinity
  • 雑誌名: Journal of Bioinformatics and Computational Biology 6(6) ページ: 1133-1156
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development of an affinity evaluation and prediction system by using the shape complementarity characteristic between proteins (2008)
  • 著者名/発表者名: Koki Tsukamoto, Tatsuya Yoshikawa, Yuichiro Hourai, Kazuhiko Fukui, Yutaka Akiyama
  • 雑誌名: Journal of Bioinformatics and Computational Biology 6 (6) ページ: 1133-1156
  • 査読あり
• [雑誌論文] Optimization and Evaluation of Parallel Molecular Dynamics Simulation on Blue Gene/L (2007)
  • 著者名/発表者名: M. Sekijima J. Doi, T. Noguchi, Y. Akiyama, S. Shimizu
  • 雑誌名: Proceedings of the IASTED International Conference on Parallel and Distributed Computer and Networks (PDCN2007) 1 ページ: 257-262
  • 査読あり
• [雑誌論文] Systematic Comparison of Catalytic Mechanisms of Hydrolysis and Transfer Reactions Classified in the EzCatDB Database (2007)
  • 著者名/発表者名: Nagano, N., Noguchi, T., Akiyama, Y.
  • 雑誌名: PROTEINS: Structure, Function, and Bioin formatics 66(1) ページ: 147-159
  • 査読あり
• [雑誌論文] Docking-calculation-based Method for Predicting Protein-RNA Interactions, Genome
  • 著者名/発表者名: 大上雅史, 松崎由理, 秋山泰
  • 雑誌名: Informatics in press ページ: 25-25
  • 査読あり
• [学会発表] タンパク質ドッキング計算結果の可視化とその解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 山本航平, 大上雅史, 松崎由理, 石田貴士, 秋山泰
  • 学会等名: 第73回情報処理学会全国大会
  • 発表場所: 東京工業大学(東京)
  • 年月日: 2011-03-02
• [学会発表] タンパク質-リガンド間の結合性解析の自動パイプライン化 (2011)
  • 著者名/発表者名: 尾渡裕成, 関嶋政和, 秋山泰
  • 学会等名: 第73回情報処理学会全国大会
  • 発表場所: 東京工業大学(東京)
  • 年月日: 2011-03-02
• [学会発表] 立体構造情報を用いたドッキング計算による大規模タンパク質-RNA間相互作用予測手法 (2011)
  • 著者名/発表者名: 大上雅史, 松崎由理, 秋山泰
  • 学会等名: 第73回情報処理学会全国大会
  • 発表場所: 東京工業大学(東京)
  • 年月日: 2011-03-02
• [学会発表] MEGADOCKを用いたタンパク質間相互作用予測のシグナル伝達系への応用 (2011)
  • 著者名/発表者名: 松崎由理, 内古閑伸之, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰
  • 学会等名: 第3回 バイオスーパーコンピューティングシンポジウム
  • 発表場所: 甲南大学(神戸)
  • 年月日: 2011-02-21
• [学会発表] 相互作用プロファイルを用いたタンパク質間ドッキング問題における前処理の評価 (2011)
  • 著者名/発表者名: 内古閑伸之, 広川貴次, 秋山泰
  • 学会等名: 第3回 バイオスーパーコンピューティングシンポジウム
  • 発表場所: 甲南大学(神戸)
  • 年月日: 2011-02-21
• [学会発表] タンパク質とRNAの立体構造に基づいた網羅的計算による相互作用予測 (2011)
  • 著者名/発表者名: 大上雅史, 松崎由理, 内古閑伸之, 石田貴士, 秋山泰
  • 学会等名: 2011年ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム(HPCS2011)
  • 発表場所: 産業技術総合研究所(筑波)
  • 年月日: 2011-01-19
• [学会発表] Exhaustive Protein-Protein Interaction Network Prediction by MEGADOCK (2010)
  • 著者名/発表者名: 秋山泰
  • 学会等名: Asia Hub for e-Drug Discovery Symposium AHeDD 2010
  • 発表場所: Yonsei University(韓国)(招待講演)
  • 年月日: 2010-12-18
• [学会発表] Exhaustive Protein-Protein Interaction Network Prediction by MEGADOCK (2010)
  • 著者名/発表者名: Yutaka Akiyama
  • 学会等名: Asia Hub for eDrug Discovery (AHeDD) Symoposium 2010
  • 発表場所: Yonsei University (韓国) 招待講演
  • 年月日: 2010-12-18
• [学会発表] Post-docking analysis with interaction fingerprint (2010)
  • 著者名/発表者名: Nobuyuki Uchikoga, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: Asia Hub for eDrug Discovery (AHeDD) Symoposium 2010
  • 発表場所: Yonsei University (韓国)
  • 年月日: 2010-12-18
• [学会発表] Exhaustive protein-protein interaction prediction with MEGADOCK and its application to signaling pathway estimation (2010)
  • 著者名/発表者名: Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: Asia Hub for eDrug Discovery (AHeDD) Symoposium 2010
  • 発表場所: Yonsei University (韓国)
  • 年月日: 2010-12-18
• [学会発表] Binding Analysis of Neuraminidase Inhibitors by Fragment Molecular Orbital Calculation (2010)
  • 著者名/発表者名: Yusei Owatari, Masakazu Sekijima, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: Asia Hub for eDrug Discovery (AHeDD) Symoposium 2010
  • 発表場所: Yonsei University (韓国)
  • 年月日: 2010-12-18
• [学会発表] 相互作用プロファイルによるタンパク質複合体予測のポストドッキング解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 内古閑伸之, 広川貴次, 秋山泰
  • 学会等名: 第38回構造活性相関シンポジウム
  • 発表場所: 徳島大学(徳島)
  • 年月日: 2010-10-30
• [学会発表] A computational screening system of protein-protein interactions : connecting protein structural information to biological pathway estimation (2010)
  • 著者名/発表者名: 松崎由理, 大上雅史, 松崎裕介, 佐藤智之, 秋山泰
  • 学会等名: 11th International Conference on Systems Biology (ICSB 2010)
  • 発表場所: Edinburgh Int'l Conference Centre(英国)
  • 年月日: 2010-10-12
• [学会発表] A computational screening system of protein-protein interactions : connecting protein structural information to biological pathway estimation (2010)
  • 著者名/発表者名: Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: 11th International Conference on Systems Biology (ICSB 2010)
  • 発表場所: Edinburgh International Conference Centre (英国)
  • 年月日: 2010-10-12
• [学会発表] 立体構造情報を用いた網羅的計算によるタンパク質間相互作用ネットワーク予測 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大上雅史, 松崎由理, 秋山泰
  • 学会等名: 生命情報科学若手の会 第2回研究会
  • 発表場所: 遺伝学研究所(三島)
  • 年月日: 2010-10-09
• [学会発表] In silico prediction of PPI network with structure-based all-to-all docking (2010)
  • 著者名/発表者名: 大上雅史, 松崎由理, 松崎裕介, 佐藤智之, 秋山泰
  • 学会等名: InCoB2010-the 9th International Conference on Bioinformatics
  • 発表場所: Waseda University(東京)
  • 年月日: 2010-09-26
• [学会発表] In silico prediction of PPI network with structure-based all-to-all docking (2010)
  • 著者名/発表者名: Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: InCoB2010 - the 9th International Conference on Bioinformatics
  • 発表場所: 早稲田大学(東京)
  • 年月日: 2010-09-26
• [学会発表] Searching near-native decoys from various types of protein complexes by cluster analysis with Interaction Finger Print (2010)
  • 著者名/発表者名: Nobuyuki Uchikoga, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: The 48th Annual Meeting of the Biophysical Soc.of Japan
  • 発表場所: Tohoku University(仙台)
  • 年月日: 2010-09-22
• [学会発表] Searching near-native decoys from various types of protein complexes by cluster analysis with Interaction Finger Print (2010)
  • 著者名/発表者名: Nobuyuki Uchikoga, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: The 48th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
  • 発表場所: 東北大学(仙台)
  • 年月日: 2010-09-22
• [学会発表] Cluster analysis in post-docking process for rigid- body docking problem by using Interaction Fingerprints (2010)
  • 著者名/発表者名: Nobuyuki Uchikoga, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: CBRC2010
  • 発表場所: Computational Biology Res.Center(東京)
  • 年月日: 2010-07-28
• [学会発表] Cluster analysis in post-docking process for rigid-body docking problem by using Interaction Fingerprints (2010)
  • 著者名/発表者名: Nobuyuki Uchikoga, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: Computational Biology Research Center Workshop 2010 (CBRC2010)
  • 発表場所: 産業技術総合研究所(東京)
  • 年月日: 2010-07-28
• [学会発表] 単純ベイズ確率モデルの導入による天然変性蛋白質領域予測の改良 (2010)
  • 著者名/発表者名: 石田貴士, 秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会 第21回 バイオ情報学研究発表会
  • 発表場所: 琉球大学(那覇)
  • 年月日: 2010-06-19
• [学会発表] MEGADOCK:立体構造情報からの網羅的タンパク質間相互作用予測とそのシステム生物学への応用 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大上雅史, 松崎由理, 松崎裕介, 佐藤智之, 秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会 第78回 数理モデル化と問題解決研究発表会
  • 発表場所: 群馬大学(高崎)
  • 年月日: 2010-05-21
• [学会発表] A computational screening system of protein-protein interactions : connecting protein structural information to biological pathway estimation (2010)
  • 著者名/発表者名: 松崎由理, 大上雅史, 松崎裕介, 佐藤智之, 秋山泰
  • 学会等名: Computing with GPUs, Cells, and Multicores
  • 発表場所: ETH Zurich(スイス)
  • 年月日: 2010-05-10
• [学会発表] A computational screening system of protein-protein interactions : connecting protein structural information to biological pathway estimation (2010)
  • 著者名/発表者名: Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: ETHZ - Tokyo Tech Workshop : Computing with GPUs, Cells, and Multicores
  • 発表場所: ETH Zurich (スイス)
  • 年月日: 2010-05-10
• [学会発表] A computatioal screening system of protein-ptotein interactions : connecting structural information to pathway estimation (2010)
  • 著者名/発表者名: Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Masahito Ohue, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: The 2nd Biosupercomputing Symposium (BSCS)
  • 発表場所: MY PLAZA ホール(東京)
  • 年月日: 2010-03-18
• [学会発表] MEGADOCK : An all-to all protein-protein interaction prediction system-Improving the sccuracy using boosting and binding energy reranking (2010)
  • 著者名/発表者名: Masahito Ohue, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: The 2nd Biosupercomputing Symposium (BSCS)
  • 発表場所: MY PLAZA ホール(東京)
  • 年月日: 2010-03-18
• [学会発表] タンパク質の特性に基づくunbound ドッキングのための剛体予測手法の改良 (2010)
  • 著者名/発表者名: 松崎裕介, 大上雅史, 松崎由理, 佐藤智之, 関嶋政和, 秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会第20回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 北陸先端大学(金沢)
  • 年月日: 2010-03-04
• [学会発表] リランキングを用いたタンパク質ドッキングの精度向上と網羅的タンパク質間相互作用予測への応用 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 佐藤智之, 秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会 第20回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 北陸先端大学(金沢)
  • 年月日: 2010-03-04
• [学会発表] タンパク質の特性に基づくunboundドッキングのための剛体予測手法の改良 (2010)
  • 著者名/発表者名: 松崎裕介, 大上雅史, 松崎由理, 佐藤智之, 関嶋政和, 秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会 第20回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 北陸先端大学(金沢)
  • 年月日: 2010-03-04
• [学会発表] エネルギー計算に基づくリランキングとクラスタリングを用いた網羅的タンパク質間相互作用予測手法の提案 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 佐藤智之, 秋山泰
  • 学会等名: 第2回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム(DEIM2010)
  • 発表場所: 淡路夢舞台国際会議場(淡路)
  • 年月日: 2010-03-01
• [学会発表] リランキングを用いたタンパク質ドッキングの精度向上と網羅的タンパク質間相互作用予測への応用 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 佐藤智之, 秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会バイオ情報学研究会SIGBIO-20-3
• [学会発表] タンパク質の特性に基づく unbound ドッキングのための剛体予測手法の改良 (2010)
  • 著者名/発表者名: 松崎裕介, 大上雅史, 松崎由理, 佐藤智之, 関嶋政和, 秋山泰
  • 学会等名: 情処SIGBIO-20-4
• [学会発表] Improvement of all-to-all protein-protein interaction prediction system MEGADOCK (2009)
  • 著者名/発表者名: 大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 秋山泰
  • 学会等名: Genome Informatics Workshop (GIW2009)
  • 発表場所: Pacifico Yokohama(横浜)
  • 年月日: 2009-12-14
• [学会発表] Improvement of all-to-all protein-protein interaction prediction system MEGADOCK (2009)
  • 著者名/発表者名: Masahito Ohue, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: The 20th International Conference on Genome Informatics Workshop (GIW2009)
  • 発表場所: パシフィコ横浜(横浜)
  • 年月日: 2009-12-14
• [学会発表] A computational screening system of protein-protein interactions using tertiary structure data : an application to signaling pathway analysis (2009)
  • 著者名/発表者名: Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Masahito Ohue, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference
  • 発表場所: Haeundae Grand Hotel(韓国)
  • 年月日: 2009-11-04
• [学会発表] Protein structure sampling based on molecular dynamics and improvement of docking prediction (2009)
  • 著者名/発表者名: Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki, Masakazu Sekijima, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference
  • 発表場所: Haeundae Grand Hotel(韓国)
  • 年月日: 2009-11-04
• [学会発表] Binding analysis of neuraminidase inhibitors by fragment MO calculation (2009)
  • 著者名/発表者名: Yusei Owatari, Masakazu Sekijima, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference
  • 発表場所: Haeundae Grand Hotel(韓国)
  • 年月日: 2009-11-04
• [学会発表] Improvement of all-to-all protein-protein interaction prediction system MEGADOCK (2009)
  • 著者名/発表者名: Masahito Ohue, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: BIOINFO 2009 CBI-KSBSB Joint Conference
  • 発表場所: Haeundae Grand Hotel(韓国)
  • 年月日: 2009-11-04
• [学会発表] 網羅的タンパク質間相互作用予測システムにおける判別精度の改良 (2009)
  • 著者名/発表者名: 大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会 第18回バイオ情報学会研究会
  • 発表場所: 北海道大学(札幌)
  • 年月日: 2009-09-17
• [学会発表] 分子動力学法に基づくタンパク質構造サンプリングとドッキング予測の改良 (2009)
  • 著者名/発表者名: 松崎裕介, 松崎由理, 関嶋政和, 秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会 第18回バイオ情報学会研究会
  • 発表場所: 北海道大学(札幌)
  • 年月日: 2009-09-17
• [学会発表] フラグメントMO法によるノイラミニダーゼ阻害薬の結合性解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 尾渡裕成, 関嶋政和, 秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会 第18回バイオ情報学会研究会
  • 発表場所: 北海道大学(札幌)
  • 年月日: 2009-09-17
• [学会発表] In silico screening of proteinprotein interactions with all-to-all rigid docking and clustering : an application to pathway analysis (2009)
  • 著者名/発表者名: 松崎由理, 松崎裕介, 大上雅史, 佐藤智之, 秋山泰
  • 学会等名: The 10th International Conference on Systems Biology (ICSB 2009)
  • 発表場所: Stanford University(米国)
  • 年月日: 2009-09-01
• [学会発表] In silico screening of protein-protein interactions with all-to-all rigid doc king and clustering : an application to pathway analysis (2009)
  • 著者名/発表者名: Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Masahito Ohue, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: The 10th International Conference on Systems Biology (ICSB 2009)
  • 発表場所: Stanford大学(米国)
  • 年月日: 2009-09-01
• [学会発表] A computational screening system of protein-protein interactions using tertiary structure data : with applicatio to pathway analysis (2009)
  • 著者名/発表者名: Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Masahito Ohue, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: Joint Computational Science Workshop 2009
  • 発表場所: 理研横浜研究所(鶴見)
  • 年月日: 2009-07-09
• [学会発表] 物理化学的相互作用の導入による網羅的タンパク質間相互作用予測システムの高精度化 (2009)
  • 著者名/発表者名: 大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 佐藤智之, 秋山泰
  • 学会等名: 情報処理学会 第17回バイオ情報学会研究会
  • 発表場所: 沖縄科学技術研究基盤整備機構(沖縄)
  • 年月日: 2009-05-26
• [学会発表] 物理化学的相互作用の導入によるタンパク質間相互作用予測システムの高精度化 (2009)
  • 著者名/発表者名: 大上雅史, 秋山泰
  • 学会等名: 第8回データ解析融合ワークショップ
  • 発表場所: 学術総合センター(東京)
  • 年月日: 2009-03-16
• [学会発表] ドッキング後処理によるPPI検出システムの応用と評価〜EGFRシグナル伝達系への適用にむけて (2009)
  • 著者名/発表者名: 松崎 由理, 松崎 裕介, 大上 雅史, 佐藤 智之, 秋山 泰
  • 学会等名: 第8回データ解析融合ワークショップ
  • 発表場所: 学術総合センター(東京)
  • 年月日: 2009-03-16
• [学会発表] 物理化学的相互作用の導入による網羅的タンパク質間相互作用予測システムの高精度化 (2009)
  • 著者名/発表者名: 大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 佐藤智之, 秋山泰
  • 学会等名: 情処SIGBIO-17-4
• [学会発表] MEGADOCK - A massively parallel software system for all-to-all protein docking analysis with pre-calculated Fourier library of protein structures (2008)
  • 著者名/発表者名: Yutaka Akiyama, Toshiyuki Sato, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki
  • 学会等名: バイオスーパーコンピューティング・シンポジウム(BSCS)2008
  • 発表場所: 丸の内マイプラザ(東京)
  • 年月日: 2008-12-25
• [学会発表] In Silico Screening Method of Protein-protein Interactions Using All-to-all Rigid Docking and Clustering : with Application to Pathway Analysis (2008)
  • 著者名/発表者名: Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: バイオスーパーコンピューティング・シンポジウム(BSCS)2008
  • 発表場所: 丸の内マイプラザ(東京)
  • 年月日: 2008-12-25
• [学会発表] Megadock-a rapid screening system for all-to-all protein docking analysis with precalculated fourier library of protein structures (2008)
  • 著者名/発表者名: 秋山泰, 佐藤智之, 松崎裕介, 松崎由理
  • 学会等名: The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics(JSBi2008)
  • 発表場所: 千里ライフサイエンスセンター(大阪
  • 年月日: 2008-12-15
• [学会発表] Megadock - a rapid screening system for all-to-all protein docking analysis with precalculated fourier library of protein structures (2008)
  • 著者名/発表者名: Yutaka Akiyama, Toshiyuki Sato, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki
  • 学会等名: The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008)
  • 発表場所: 千里ライフサイエンスセンター(大阪)
  • 年月日: 2008-12-15
• [学会発表] Virtual screening of protein-protein interactions : an application to known signal transduction systems (2008)
  • 著者名/発表者名: Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008)
  • 発表場所: 千里ライフサイエンスセンター(大阪)
  • 年月日: 2008-12-15
• [学会発表] Predicting protein-protein interactions with a peta-flops computer : Techniques and potential applications to systems biology research (2008)
  • 著者名/発表者名: Yutaka Akiyama, Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Satoshi Matsuoka
  • 学会等名: The ninth international conference of KSBSB (Bioinfo2008)
  • 発表場所: 忠北大学校(韓国)
  • 年月日: 2008-11-13
• [学会発表] Megadock - a rapid screening system for all-to-all protein docking analysis with pre-calculated fourier library of protein structures (2008)
  • 著者名/発表者名: Yutaka Akiyama, Toshiyuki Sato, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki
  • 学会等名: 1st Joint Workshop on Computational Science
  • 発表場所: 理化学研究所(和光)
  • 年月日: 2008-07-07
• [学会発表] Development of post・docking system for protein-protein interaction prediction (2008)
  • 著者名/発表者名: Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: 1st Joint Workshop on Computational Science
  • 発表場所: 理化学研究所(和光)
  • 年月日: 2008-07-07
• [学会発表] Analysis of protein・protein interactions of signal transduction pathways using a docking prediction program (2008)
  • 著者名/発表者名: Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama
  • 学会等名: 1st Joint Workshop on Computational Science
  • 発表場所: 理化学研究所(和光)
  • 年月日: 2008-07-07
• [学会発表] タンパク質間相互作用予測のためのドッキング後処理システムの開発 (2008)
  • 著者名/発表者名: 松崎 裕介, 松崎 由理, 佐藤 智之, 秋山 泰
  • 学会等名: 情報処理学会 第13回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 琉球大学(沖縄)
  • 年月日: 2008-06-26
• [学会発表] タンパク質ドッキング予測プログラムによるシグナル伝達系のタンパク質間相互作用解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 松崎 由理, 松崎 裕介, 佐藤 智之, 秋山 泰
  • 学会等名: 情報処理学会 第13回バイオ情報学研究会
  • 発表場所: 琉球大学(沖縄)
  • 年月日: 2008-06-26
• [備考] ホームページ
  • URL: http://www.bi.cs.titech.ac.jp/
• [備考]
  • URL: http://www.bi.cs.titech.ac.jp/