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抽象化学系のシミュレーションのための形の言語の開発と専用計算機システムの制作

研究課題

研究課題/領域番号 19300104
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生体生命情報学
研究機関東京大学

研究代表者

池上 高志  東京大学, 大学院・総合文化研究科, 教授 (10211715)

連携研究者 泰地 真弘人  理化学研究所, ゲノム科学総合研究センター, チームリーダー (10242025)
研究期間 (年度) 2007 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
19,110千円 (直接経費: 14,700千円、間接経費: 4,410千円)
2009年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
2008年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
2007年度: 10,270千円 (直接経費: 7,900千円、間接経費: 2,370千円)
キーワード専用計算機 / 人工生命 / オートマトン / FPGA / タイルプロセッサー / 抽象科学 / ライフゲーム / 専用計算 / セルラオ-トマトン / 整数演算 / セルラオートマトン
研究概要

セルオートマトンを使った、抽象化学システムを主とする人工生命研究のシミュレーションとそれを支援するタイル型の高速整数演算プロセッサーのチップデザインを行なった。成果として、2、3次元の原始細胞のシミュレーションとその発表を行い、生命システムにおけるロバストネスの議論を行なった。計算機制作としては、チップのデザインを完成させ、FPGAを使ってエミュレートすることに成功した。

報告書

(4件)
  • 2009 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2008 実績報告書
  • 2007 実績報告書
  • 研究成果

    (36件)

すべて 2010 2009 2008 2007 その他

すべて 雑誌論文 (25件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (10件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Robustness in Artificial Life2010

    • 著者名/発表者名
      Silverman, E, Ikegami, T.
    • 雑誌名

      Int' 1 J. Bio-Inspired Computation Vol. 2 No. 3

      ページ: 197-203

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Mater thesis2010

    • 著者名/発表者名
      Kei Kobayashi, Self-Movement of Oil Droplets sustained by Convection Flow
    • 雑誌名

      University of Tokyo

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Robustness in Artificial Life2010

    • 著者名/発表者名
      E.Silverman, T.Ikegami
    • 雑誌名

      Int.J.Bio-Inspired Computation Vol.2, No.3

      ページ: 197-203

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Application of MDGRAPE-3, a special purpose board for molecular dynamics simulations to periodic biomolecular systems2009

    • 著者名/発表者名
      Kikugawa, G., Apostolov, R., Kamiya, N., Taiji, M., Himeno, R., Nakamura, H., Yonezawa, Y.
    • 雑誌名

      J. Comput. Chem 30

      ページ: 110-118

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Current performance gains from utilizing the GPU or the ASIC MDGRAPE-3 within an enhanced Poisson Boltzmann approach2009

    • 著者名/発表者名
      Narumi, T., Yasuoka, K., Taiji, M., Hoefinger, S.
    • 雑誌名

      J. Comput. Chem 30(14)

      ページ: 2351-2357

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Shapes and Self-Movements in Proto-Cell Systems2009

    • 著者名/発表者名
      Suzuki, T., Ikegami, T
    • 雑誌名

      Artificial Life 15

      ページ: 59-70

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Computer Architecture for Compute-Limited Scientific Models, Ph. D. Thesis2009

    • 著者名/発表者名
      Madina, D
    • 雑誌名

      University of Tokyo

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Re Rehabilitating Biology as a Natural History2009

    • 著者名/発表者名
      Ikegami, T
    • 雑誌名

      Adaptive Behavior vol.17

      ページ: 325-328

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] A novel mutliple-walk parallel algorithm for the Barnes-Hut Treecode on GPUs -towards cost effective2009

    • 著者名/発表者名
      Hamada, T., Nitadori, K., Benkrid, K., Ohno, Y., Morimoto, G., Masada, T., Shibata, Y., Oguri, K., Taiji, M.
    • 雑誌名

      high performance N-Body simulation, Computer Science-Research and Development 24(1-2)

      ページ: 21-31

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Protocells as smart agents for architectural design2009

    • 著者名/発表者名
      Hanczyc, M., Ikegami, T.
    • 雑誌名

      Technoetic Arts 7(2)

      ページ: 117-120

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] The search for a first cell under the maximalism design principle2009

    • 著者名/発表者名
      Ikegami, T., Hanczyc, M
    • 雑誌名

      Journal of Technoetic Arts 70

      ページ: 153-164

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] The Illusion of Agency2009

    • 著者名/発表者名
      Aucouturier, J. J., Ikegami, T
    • 雑誌名

      Two Engineering Approaches to Compromise Autonomy and Reactivity in an Artificial System Adaptive Behavior 17

      ページ: 402-420

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Computer Architecture for Compute-Limited Scientific Models2009

    • 著者名/発表者名
      D.Madina
    • 雑誌名

      PhD thesis, University of Tokyo

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rehabilitating Biology as a Natural History2009

    • 著者名/発表者名
      Ikegami, T
    • 雑誌名

      Adaptive Behavior 17

      ページ: 325-328

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Origin of Life and Lattice Artificial Chemistry2009

    • 著者名/発表者名
      Ono, N., Madina, D. and Ikegami
    • 雑誌名

      ProtoCells edby S.Rasumussen, et.al , MIT Press

      ページ: 197-212

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Shapes and Self-movements in Proto-Cell Systems ,2009

    • 著者名/発表者名
      Suzuki, K., Ikegami, T.,
    • 雑誌名

      Artificial Life 15

      ページ: 59-70

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Accelerating molecular dynamics simulations on PlayStation 3 platform using virtual-GRAPE programming model2008

    • 著者名/発表者名
      Narumi, T., Kameoka, S., Taiji, M., Yasuoka, K.
    • 雑誌名

      SIAM J. Sci. Comput 30

      ページ: 3108-3125

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Circuit and Physical Design of the MDGRAPE-4 on-chip network links2008

    • 著者名/発表者名
      Madina, D., Taiji, M.
    • 雑誌名

      the proceedings of the SLIP' 08

      ページ: 59-63

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] From Homeostatic to Homeodynamic Self2008

    • 著者名/発表者名
      Ikegami, T, Suzuki, K
    • 雑誌名

      BioSystems 9

      ページ: 1388-400

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Circuit and physical design of the MDGRAPE-4 on-chip network links2008

    • 著者名/発表者名
      Duraid Madina and Makoto Taiji
    • 雑誌名

      Proceedings of the SLIP'08

      ページ: 59-63

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Self-maintained Movements of Droplets with Convection Flow2007

    • 著者名/発表者名
      Matsuno, H., Hanczyc, M. M., Ikegami, T.
    • 雑誌名

      ACAL

      ページ: 179-188

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Formal Model of Embodiment on Abstract Systems : From Hierarchy to Heterarchy. in the proceedings of ECAL2007

    • 著者名/発表者名
      Nakajima, K, Shinkai, S., Ikegami, T.
    • 雑誌名

      Springer-Verlag New York I

      ページ: 1110-1119

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Self-maintained Movements of Droplets with Convection Flow. : 179-1882007

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Matsuno, Martin M. Hanczyc, Takashi Ikegami
    • 雑誌名

      the proceedings of ACAL 2007

      ページ: 179-188

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Formal Model of Embodiment on Abstract Systems : From Hierarchy to Heterarchy2007

    • 著者名/発表者名
      Kohei Nakajima, Soya Shinkai, Takashi Ikegami
    • 雑誌名

      the proceedings of ECAL 2007

      ページ: 1110-1119

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Basis for Minimal Cognition

    • 著者名/発表者名
      Hanczyc, M., Ikegami, T. Chemical
    • 雑誌名

      Artificial Life (in press)

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 生命とは何か、人とは何か2009

    • 著者名/発表者名
      池上高志
    • 学会等名
      ダーウィン生誕200年記念ワークショップ
    • 発表場所
      奈良女子大
    • 年月日
      2009-06-21
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Homeodynamics, Shape and Motion dynamics in Self-Moving Oil Droplets2009

    • 著者名/発表者名
      Ikegami, T
    • 学会等名
      "What is Evolution?" (Organized by Murase)
    • 発表場所
      Kyoto, Japan
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Is Life an Emergent property?2009

    • 著者名/発表者名
      Ikegami, T.
    • 学会等名
      "The Origin of Life"conference (organized by Luisi Luigi)
    • 発表場所
      San Sebastian, Spain
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 生命とは何か、人とは何か2009

    • 著者名/発表者名
      池上高志
    • 学会等名
      ダーウィン生誕200年記念ワークショプ
    • 発表場所
      奈良
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Artificial Life is Dead2008

    • 著者名/発表者名
      Ikegami, T.
    • 学会等名
      Artificial Life XI
    • 発表場所
      Winchester, UK
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Circuit and Physical Design of the MDGRAPE-4 on chip network links2008

    • 著者名/発表者名
      Madina, D.
    • 学会等名
      At the International Workshop on System level Interconnect Prediction
    • 発表場所
      New Castle, UK
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Circuit and physical design of the MDGRAPE-4 on-chip network links2008

    • 著者名/発表者名
      Duraid Madina
    • 学会等名
      International Workshop on bystem'Level Interconnect Prediction
    • 発表場所
      UK, NewCastle
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Membrane as an Interface in a Simple Metabolic Cell2007

    • 著者名/発表者名
      Suzuki, K., Ikegami, T.
    • 学会等名
      International Conference on Morphological Computation
    • 発表場所
      Venezia, Italy
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] International Conference on Morphological Computation2007

    • 著者名/発表者名
      Ikegami, T.
    • 学会等名
      Venezia, Italy
    • 発表場所
      Ikegami, T. From Chaos to Cosmos
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] From Chaos to Cosmos2007

    • 著者名/発表者名
      Ikegami, T.
    • 学会等名
      Integration in Biological Systems : Yamada Science Foundation 3
    • 発表場所
      Shouna, Japan
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [図書] Rasumussen et al, rigin of Life and Lattice Artificial Chemistry, Tin Proto Cells, ed. By S2009

    • 著者名/発表者名
      Ono, N. Madina, D., Ikegarni
    • 出版者
      MIT pressO
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書

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公開日: 2007-04-01   更新日: 2016-04-21  

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