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高性能RFHR・2D・PAGEのヒトプロテオミクス~抗癌剤抵抗性蛋白を探る

研究課題

研究課題/領域番号 19310132
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 応用ゲノム科学
研究機関株式会社吉田生物研究所 (2008-2009)
大阪医科大学 (2007)

研究代表者

和田 明  株式会社吉田生物研究所, バイオ情報研究部門, 部門長 (80025387)

研究分担者 和田 千恵子  株式会社吉田生物研究所, バイオ情報研究部門, 室長 (10175698)
上田 雅美  株式会社吉田生物研究所, バイオ情報研究部門, 研究員 (30512511)
境 晶子  大阪医科大学, 医学部, 助教 (30225750)
吉田 秀司  大阪医科大学, 医学部, 準教授 (60288735)
牧 泰史  大阪医科大学, 医学部, 講師 (60401733)
谷川 允信 (谷川 允彦)  大阪医科大学, 医学部, 教授 (00111956)
古谷 栄助  大阪医科大学, 医学部, 教授 (00028523)
研究期間 (年度) 2007 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
19,500千円 (直接経費: 15,000千円、間接経費: 4,500千円)
2009年度: 5,590千円 (直接経費: 4,300千円、間接経費: 1,290千円)
2008年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
2007年度: 8,580千円 (直接経費: 6,600千円、間接経費: 1,980千円)
キーワード大腸癌 / 胃癌 / リボソーム / 抗癌剤抵抗性 / RFHR法 / プロテオーム / 塩基性蛋白質 / 大腸がん / RFHR二次元電気泳動
研究概要

われわれが開発したRFHR 2D PAGEは分離する蛋白質に等電点の限界を持たないため、塩基性蛋白を高い定量性をもって分離できる。本研究はRFHR法を用いて大腸癌組織由来のDLD-1細胞株において抗癌剤5FU抵抗性の獲得に伴って変動する8蛋白質を同定した。さらにヒトリボソーム蛋白のstoichiometryを行った結果、各リボソーム顆粒は全79種のリボソーム蛋白のうち平均63種しか持っていないことが判った。

報告書

(4件)
  • 2009 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2008 実績報告書
  • 2007 実績報告書
  • 研究成果

    (37件)

すべて 2010 2009 2008 2007 その他

すべて 雑誌論文 (17件) (うち査読あり 10件) 学会発表 (19件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Structure of 100S ribosome in the hibernation stage revealed by electron microscopy2010

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Kato, Hideji Yoshida, Tomoko Miyata, Yasushi Maki, Akira Wada, Keiichi Namba
    • 雑誌名

      Structure 18

      ページ: 719-724

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Formation of 100S ribosome in Staphylococcus aureus by the hibernation promoting factor homolog SaHPF.2010

    • 著者名/発表者名
      Masami Ueta, Chieko Wada, Akira Wada
    • 雑誌名

      Genes to Cells 15

      ページ: 43-58

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] The involvement of a PPR protein of the P Subfamily in partial RNA editing of an Arabidopsis mitochondrial transcript.2010

    • 著者名/発表者名
      Yoko Doniwa, Minoru Ueda, Masami Ueta, Akira Wada, Koh-ichi Kadowaki, Nobuhiro Tsutsumi
    • 雑誌名

      Genes 454

      ページ: 39-46

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Structure of the 100S ribosome in the hibernation stage revealed by electron cryomicroscopy2010

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Kato, Hideji Yoshida, Akira Wada, Keiichi Namba, et al.
    • 雑誌名

      Structure 18

      ページ: 719-724

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Formation of 100S ribosome in Staphylococcus aureus by the hibernation promoting factor homolog SaHPF2010

    • 著者名/発表者名
      Masami Ueta, Chieko Wada, Akira Wada
    • 雑誌名

      Genes to Cells 15

      ページ: 43-58

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The involvement of a PPR protein of the P Subfamily in partial RNA editing of an Arabidopsis mitochondrial transcript.2010

    • 著者名/発表者名
      Yoko Doniwa, Minoru Ueda, Masami Ueta, Akira Wada, Koh-ichi Kadowaki, Nobuhiro Tsutsumi.
    • 雑誌名

      Genes 454

      ページ: 39-46

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Purification and characterization of α-galactosidase I from Bifidobacterium longum subsp. longum JCM 70522010

    • 著者名/発表者名
      Naoko Saishin, Masami Ueta, Akira Wada, Isamu Yamamoto
    • 雑誌名

      Journal of Biological Macromolecules 10

      ページ: 13-22

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Properties of β-galactosidase purified from Bifidobacterium longum subsp. longum JCM 7052 grown on gum arabic.2010

    • 著者名/発表者名
      Naoko Saishin, Masami Ueta, Akira Wada, Isamu Yamamoto
    • 雑誌名

      Journal of Biological Macromolecules 10

      ページ: 23-31

    • NAID

      40017272077

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Solution structure of the E. coli ribosome hibernation promoting factor HPF : Implication for the relationship between structure and function.2009

    • 著者名/発表者名
      Akiko Sato, Takumi Watanabe, Yasushi Maki, Masami Ueta, Hideji Yoshida, Yutaka Ito, Akira Wada, Masaki Mishima
    • 雑誌名

      B.B.R.C. 389

      ページ: 580-589

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Proteomic analysis of the basic proteins in 5-fluorouracil resistance of human colon cancer cell line using the RFHR 2D PAGE.2009

    • 著者名/発表者名
      Satoru Tanaka, Akiko Sakai, Kousei Kimura, Hideji Yoshida, Hideo Fushitani, Akihiko Ogata, Akiko Miyamoto, Masakazu Fukushima, Akira Wada, Nobuhiko Tanigawa
    • 雑誌名

      International J. Oncology 33

      ページ: 361-370

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Activities of Escherichia coli ribosomes in IF3 and RMF change to prepare 100S ribosome formation on entering the stationary growth phase.2009

    • 著者名/発表者名
      Hideji Yoshida, Masami Ueta, Akira Wada
    • 雑誌名

      Genes to Cells 14

      ページ: 271-280

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Solution structure of the E.coli ribosome hibernation promoting factor HPF : Implications for the relationship between structure and function2009

    • 著者名/発表者名
      Akiko Sato, Masami Ueta, Akira Wada, Masaki Mishima, et al.
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res.Commun. 389

      ページ: 580-585

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Activities of Escherichia coli ribosomes in IF3 and RMF change to prepare 100S ribosome formation on entering the stationary growth phase.2009

    • 著者名/発表者名
      Hideji Yoshida, Masami Ueta, Akira Wada.
    • 雑誌名

      Genes to Cells 14

      ページ: 271-280

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Proteomic analysis of the basic proteins in 5-fluorouracil resistance of human colon cancer cell line using the radical-free and highly reducing 2D PAGE2009

    • 著者名/発表者名
      Satoru Tanaka, Akira Wada
    • 雑誌名

      International Journal of Oncology 33

      ページ: 361-370

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Activities of Escherichia coli ribosomes in IF3 and RMF change to prepare 100S ribosome formation on entering the stationary growth phase2009

    • 著者名/発表者名
      Hideji Yoshida, Masami Ueta, Akira Wada
    • 雑誌名

      Genes to Cells 14

      ページ: 271-280

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Wada. Role of HPF (Hibernation Promoting Factor) in translational activity in Escherichia coli.2008

    • 著者名/発表者名
      Masami Ueta, Ryousuke L. Ohniwa, Hideji Yoshida, Yasushi Maki, Akira Wada
    • 雑誌名

      J. Biochem. 143

      ページ: 425-433

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Role of HPF(Hibernation promoting factor) on translational activity2008

    • 著者名/発表者名
      Masami Ueta
    • 雑誌名

      J.Biochemistry 143

      ページ: 425-433

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Structual analysis of 100S ribosome by cryoEM : tRNA binding.2009

    • 著者名/発表者名
      Hideji Yoshida, Takayuki Kato, Yasushi Maki, Shou Furuike, Masami Ueta, Akiko Sakai, Akira Wada, Keiichi Namba
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2009-12-10
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Formation of 100S ribosome by HPF (hibernation promoting factor) homolog in Staphylococcus aureus.2009

    • 著者名/発表者名
      Masami Ueta, Chieko Wada, Akira Wada
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2009-12-10
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Formation of 100S ribosome by HPF(hibernation promoting factor)homolog in Staphylococcus aureus2009

    • 著者名/発表者名
      Masami Ueta, Chieko Wada, Akira Wada
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2009-12-10
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Structural analysis of 100S ribosome by cryoEM : tRNA binding2009

    • 著者名/発表者名
      Hideji Yoshida, Takayuki Kato, Yasushi Maki, Shou Furuike, Masami Ueta, Akiko Sakai, Akira Wada, Keiichi Namba
    • 学会等名
      第32回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2009-12-10
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Structural analysis of 100S ribosome by cryoEM using a GraFix method2009

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Kato, Hideji Yoshida, Yasushi Maki, Shou Furuike, Masami Ueta, Akiko Sakai, Akira Wada, Keiichi Namba
    • 学会等名
      第11回RNAミーティング
    • 発表場所
      新潟市朱鷺メッセ
    • 年月日
      2009-07-29
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Change of ribosomal structure dependent on growth phase in Staphylococcus aureus~formation of 100S ribosome~2009

    • 著者名/発表者名
      Masami Ueta, Chieko Wada, Hideji Yoshida, Yasushi Maki, Akira Wada
    • 学会等名
      第11回RNAミーティング
    • 発表場所
      新潟市朱鷺メッセ
    • 年月日
      2009-07-29
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 増殖段階に依存するStaphylococcus aureusリボソームの構造変化2009

    • 著者名/発表者名
      上田雅美、和田千恵子、吉田秀司、牧泰史、和田明
    • 学会等名
      第11回日本rna学会年会
    • 発表場所
      新潟市朱鷺メッセ
    • 年月日
      2009-07-27
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] バクテリアの翻訳活性におけるリボソーム結合蛋白質2008

    • 著者名/発表者名
      上田雅美、和田千恵子、和田明
    • 学会等名
      第31回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド国際会議場
    • 年月日
      2008-12-11
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 大腸菌リボソームの休眠を促進する蛋白質hpfの構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      佐藤明子、永井義崇、渡辺拓実、上田雅美、牧泰史、伊藤隆、和田明、三島正規
    • 学会等名
      第31回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド国際会議場
    • 年月日
      2008-12-11
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 生物種に広く保存されているJmjCドメインを持つ大腸菌蛋白質(YcfD)機能解析2008

    • 著者名/発表者名
      和田千恵子、白石慧、竹安邦夫、和田明、上田雅美
    • 学会等名
      第31回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド国際会議場
    • 年月日
      2008-12-11
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] バクテリアの翻訳活性におけるリボソーム結合蛋白質2008

    • 著者名/発表者名
      上田雅美, 和田千恵子, 和田明
    • 学会等名
      第31回日本分子生物学会・第81回日本化学会合同年会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド国際会議場
    • 年月日
      2008-12-11
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] バクテリア蛋白合成におけるHPF (hibernation promoting factor)の機能解析2008

    • 著者名/発表者名
      上田雅美、吉田秀司、牧泰史、和田千恵子、和田明
    • 学会等名
      第10回日本rna学会年会
    • 発表場所
      札幌市札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2008-07-23
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 100sリボソームとif3の関係2007

    • 著者名/発表者名
      吉田秀司、上田雅美、牧泰史、境晶子、和田明
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-14
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Hibernation promoting factor HPFは100Sribosome形成を促進しpolyU存在下phenylalanineの取り込みを阻害する2007

    • 著者名/発表者名
      上田雅美、大庭良介、吉田秀司、牧泰史、和田千恵子、和田明
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-14
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 100SリボソームとIF3の関係2007

    • 著者名/発表者名
      吉田 秀司
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会・第80回日本生化学会合同大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-13
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] HPFは100S形成を促進し、polyU-Pheの取り込みを阻害する2007

    • 著者名/発表者名
      上田 雅美
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会・第80回日本生化学会合同大会
    • 発表場所
      パシンィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-13
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 超好熱古細菌パイロコッカスにおけるクロマチン構成蛋白質のプロテオーム2007

    • 著者名/発表者名
      松永 藤彦
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会・第80回日本生化学会合同大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-12
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] バクテリア増殖再開時のトランスクリプトーム解析2007

    • 著者名/発表者名
      牧 泰史
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会・第80回日本生化学会合同大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-11
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Hibernation promoting factor HPFの翻訳における役割と系統解析2007

    • 著者名/発表者名
      上田雅美、大庭良介、吉田秀司、牧泰史、和田千恵子、和田明
    • 学会等名
      第9回日本rna学会年会
    • 発表場所
      名古屋市名古屋国際会議場
    • 年月日
      2007-07-30
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [備考]

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書

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公開日: 2007-04-01   更新日: 2016-04-21  

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