タンパク質の不規則領域と選択的スプライシングに関するヒトプロテオーム情報解析

• 研究課題/領域番号: 19310133
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 応用ゲノム科学
• 研究機関: 前橋工科大学
• 研究代表者: 西川 建 前橋工科大学, 工学部・生命情報学科, 教授 (10093288)
• 研究分担者: 福地 佐斗志 国立遺伝学研究所, 助教 (70360336)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2009
• 研究課題ステータス: 完了 (2009年度)
• 配分額: 20,280千円 (直接経費: 15,600千円、間接経費: 4,680千円); 2009年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円); 2008年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円); 2007年度: 7,540千円 (直接経費: 5,800千円、間接経費: 1,740千円)
• キーワード: 情報解析 / 天然変性タンパク質 / スプライシング / 真核生物 / ゲノム / 構造ドメイン / 不規則領域 / 構造未知ドメイン / 細胞内局在 / 天然タンパク質 / 転写因子 / 膜タンパク質

研究概要

ヒトゲノムにコードされたすべてのタンパク質(2万種余り)を対象として、本研究で開発した方法を適用することにより、それぞれのタンパク質を球状ドメインと構造を作らない不規則領域に分割することに成功した。これによりヒト・タンパク質を構成する構造部分/非構造部分の割合を初めて明らかにした。また、選択的スプライシングの発生部位の解析から、選択的スプライシングは不規則領域の割合に比例して生じるとの結果を得た。

研究成果

• [雑誌論文] 天然変性タンパク質とは何か? (2009)
  • 著者名/発表者名: 西川建
  • 雑誌名: 生物物理 Vol.49 ページ: 4-10
  • NAID: 110007044740
  • 査読あり
• [雑誌論文] The GTOP database in 2009: updated content and novel features to expand and deepen insights into protein structures and functions. (2009)
  • 著者名/発表者名: Fukuchi, S., Homma, K., Sakamoto, S., Sugawara, H., Tateno, Y., Gojobori, T., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Nucl. Acids Res. 37
• [雑誌論文] Development of an accurate classification system of proteins into structured and unstructured regions that uncovers novel structural domains: Its application to human transcription factors. (2009)
  • 著者名/発表者名: Fukuchi, S., Homma, K., Minezaki, Y., Gojobori, T., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: BMC Struct. Biology ページ: 1-13
• [雑誌論文] Natively unfolded proteins: an overview. (2009)
  • 著者名/発表者名: Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Biophysics 5 ページ: 53-58
  • NAID: 130000119936
• [雑誌論文] Development of an accurate classification system of proteins into stru ctured and unstructured regions that uncovers novel structural domains : Its application to human transcription factors (2009)
  • 著者名/発表者名: S.Fukuchi, K.Homma, Y.Minezaki, T.Gojobori, K.Nishikawa
  • 雑誌名: BMC Structural Biology 9:26 ページ: 1-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] Natively unfolded proteins : An overview (2009)
  • 著者名/発表者名: K.Nishikawa
  • 雑誌名: Biophysics 5 ページ: 53-58
  • NAID: 130000119936
  • 査読あり
• [雑誌論文] The GTOP database in 2009 : updated content and novel features to expand and deepen insights into protein structures and functions (2009)
  • 著者名/発表者名: S. Fukuchi, et al.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 36
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development of an accurate classification system of proteins into structured and unstructured regions that uncovers novel structural domains : Its application to human transcription factors (2009)
  • 著者名/発表者名: S. Fukuchi, et al.
  • 雑誌名: BMC Structural Biology 9(in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] 天然変性タンパク質とは何か? (2009)
  • 著者名/発表者名: 西川 建
  • 雑誌名: 生物物理 49 ページ: 4-10
  • NAID: 110007044740
  • 査読あり
• [雑誌論文] Intrinsically disordered regions of human plasma membrane proteins preferentially occur in the cytoplasmic segment. (2007)
  • 著者名/発表者名: Minezaki, Y., Homma, K., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: J. Mol. Biol. 368 ページ: 902-913
• [雑誌論文] Intrinsically disordered regions of human plasma membrane proteins preferentially occur in the cytoplasmic segment (2007)
  • 著者名/発表者名: Y. Minezaki, et. al.
  • 雑誌名: J. Molecular Biology 368 ページ: 902-913
  • 査読あり
• [学会発表] Development of an order/disorder assignment method for protein molecules and its application to the human proteome (2010)
  • 著者名/発表者名: K. Nishikawa
  • 学会等名: PepCon-2010
  • 発表場所: Beijing, China
• [学会発表] ヒト全タンパク質の未知領域を対象とした構造予測 (2009)
  • 著者名/発表者名: 富井健太郎、福地佐斗志、西川建
  • 学会等名: 第9回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 熊本市
  • 年月日: 2009-05-21
• [学会発表] ミトコンドリア蛋白質は天然変性領域をもつか? (2009)
  • 著者名/発表者名: 細田和男、福地佐斗志、西川建
  • 学会等名: 第9回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 熊本市
  • 年月日: 2009-05-21
• [学会発表] 天然変性タンパク質のゲノム情報解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 西川建
  • 学会等名: 第9回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 熊本市
  • 年月日: 2009-05-20
• [学会発表] 天然変性タンパク質のゲノム情報解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 西川建
  • 学会等名: 第9回日本蛋白質科学会
  • 発表場所: 熊本
• [学会発表] ヒトタンパク質の構造ドメイン・天然変性領域への区分 (2008)
  • 著者名/発表者名: 福地佐斗志, 細田和男, 西川 建
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2008-12-12
• [学会発表] 天然変性蛋白質の特性:情報解析からわかったこと (2008)
  • 著者名/発表者名: 西川建
  • 学会等名: 第8回日本蛋白質科学会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] ヒト・タンパク質の構造ドメイン/天然変性領域への区分 (2008)
  • 著者名/発表者名: 福地佐斗志, 細田和男, 西川建
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] Intrinsic disorder of membrane proteins in the human proteome (2007)
  • 著者名/発表者名: K. Nishikawa, Y. Minezaki
  • 学会等名: The 21st Symposium of The Protein Society
  • 発表場所: ボストン
  • 年月日: 2007-07-23
• [備考] 研究成果データベースDICHOT
  • URL: http://spock.genes.nig.ac.jp/~genome/DICHOT/