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短寿命な気体分子・呼吸酵素複合体の結晶構造から明らかにする呼吸機能の進化

研究課題

研究課題/領域番号 19310147
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物分子科学
研究機関鳥取大学

研究代表者

永野 真吾  鳥取大学, 工学研究科, 教授 (60286440)

研究分担者 城 宜嗣  独立行政法人理化学研究所, 城生体金属科学研究室, 主任研究員 (70183051)
松本 悠史  独立行政法人理化学研究所, 城生体金属科学研究室, 協力研究員 (40443030)
平野 聡  独立行政法人理化学研究所, 城生体金属科学研究室, 協力研究員 (10446528)
日野 智也  独立行政法人理化学研究所, 城生体金属科学研究室, 客員研究員 (40373360)
研究期間 (年度) 2007 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
19,370千円 (直接経費: 14,900千円、間接経費: 4,470千円)
2009年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
2008年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2007年度: 14,820千円 (直接経費: 11,400千円、間接経費: 3,420千円)
キーワード呼吸 / 分子進化 / ヘム / 窒素循環 / 呼吸酵素 / 結晶構造
研究概要

酸素を使わない嫌気呼吸において機能する一酸化窒素還元酵素(NOR)は、酸素を使った好気呼吸の鍵酵素シトクロム酸化酵素(CcO)と進化的な類縁関係が指摘されている膜酵素である。本研究では、NORへ電子を与える物質が異なる二種類の酵素(cNOR,qNOR)の結晶構造を世界に先駆けて決定した。これらの酵素はいずれもCcOと全体構造や金属中心の配置がよく類似しており、構造からも呼吸酵素の進化的類縁関係が示された。シトクロムcから電子を受け取り反応を行うcNORでは、一酸化窒素の還元に使われるプロトンは膜の外側から供給されると考えられる。しかし、キノールから電子を受け取るqNORでは、同様のプロトン供給経路は見出されず、逆に膜の内側から活性部位へと通じたチャネルが見いだされた。これらの知見は反応に必要なプロトンの供給経路には、呼吸酵素の中で多様性が存在することを示唆している。本研究で決定されたNORの結晶構造は、嫌気呼吸酵素の理論的な解析の重要な基盤となるとともに、呼吸酵素の分子進化や機能変換の仕組みを解き明かすうえで重要な指針を与えるであろう。

報告書

(4件)
  • 2009 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2008 実績報告書
  • 2007 実績報告書
  • 研究成果

    (38件)

すべて 2011 2010 2009 2008 2007 その他

すべて 雑誌論文 (15件) (うち査読あり 14件) 学会発表 (18件) 図書 (3件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Structural Basis of Biological N_20 Generation by Bacterial Nitric Oxide Reductase2011

    • 著者名/発表者名
      Hino, T., Matsumoto, Y., Nagano, S., Sugimoto, H., Fukumori, Y., Murata, T., Iwata, S., Shiro, Y.
    • 雑誌名

      Science 330

      ページ: 1666-1670

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural Basis of Biological N_2O Generation by Bacterial Nitric Oxide Reductase2011

    • 著者名/発表者名
      Tomoya Hino
    • 雑誌名

      Science

      巻: 330 ページ: 1666-1670

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Understanding substrate misrecognition of hydrogen peroxide dependent cytochrome P450 from Bacillus subtilis2010

    • 著者名/発表者名
      Shoji, O., Fujishiro, T., Nagano, S., Tanaka, S., Hirose, T., Shiro, Y., Watanabe, Y.
    • 雑誌名

      J.Biol.Inorg.Chem. 2010, 15

      ページ: 1331-1339

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Understanding substrate misrecognition of hydrogen peroxide dependent cytochrome P450 from Bacillus subtilis2010

    • 著者名/発表者名
      Osami Shoji
    • 雑誌名

      J.Biol.Inorg.Chem.

      巻: 15 ページ: 1331-1339

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Theoretical and Experimental Studies of the Conversion of Chromopyrrolic Acid to an Antitumor Derivative by Cytochrome P450 StaP : The Biological Role of Water Molecules2009

    • 著者名/発表者名
      Wang, Y., Chen, H., Makino, M., Shiro, Y., Na ang o, S., Asamizu, S., Onaka, H., Sason, S.
    • 雑誌名

      J. Am.Chem.Soc 131

      ページ: 6748-6762

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Electron transfer activation of chromopyrrolic acid by cytochrome P450 En route to the formation of an antitumor indolocarbazole derivative : Theory supports experiment2008

    • 著者名/発表者名
      Wang, Y., Hirao, H., Chen, H., Onaka, H., Nagano, S., Shaik, S.
    • 雑誌名

      J.Am.Chem.Soc. 130

      ページ: 7170-7171

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Molecular design of heteroprotein assemblies providing a bionanocup as a chemical reactor2008

    • 著者名/発表者名
      Koshiyama, T., Yokoi, N., Ueno, T., Kanamaru, S., Nagano, S., Shiro, Y., Arisaka, F., Watanabe, Y.
    • 雑誌名

      Small 4

      ページ: 50-54

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of VioE, a key player in the construction of the molecular skeleton of violacein2008

    • 著者名/発表者名
      Hirano, S., Asamizu, S., Onaka, H., Shiro, Y., Nagano, S.
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. 283

      ページ: 6459-6466

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Electron Transfer Activation of Chromopyrrolic Acid by Cytochrome P450 En Route to the Formation of an Antitumor Indolocarbazole Derivative : Theory Supports Experiment2008

    • 著者名/発表者名
      Wang
    • 雑誌名

      J. Am. Chem. Soc. 130

      ページ: 7170-7171

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of VioE,a key player in the construction of the molecular skeleton of violacein2008

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Hirano
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem (in press)

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 抗がん剤のインドロカルバゾール骨格を作るP450の電子引き抜き反応2008

    • 著者名/発表者名
      尾仲 宏康
    • 雑誌名

      バイオサイエンスとインダストリー 66

      ページ: 22-24

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [雑誌論文] Crystal structures and catalytic mechanism of cytochrome P450 StaP that produces the indolocarbazole skeleton2007

    • 著者名/発表者名
      Makino, M., Sugimoto, H., Shiro, Y., Asamizu, S., Onaka, H., Nagano, S.
    • 雑誌名

      Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A. 104

      ページ: 11591-11596

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hydrogen peroxide dependent monooxygenations by tricking the substrate recognition of cytochrome P450(BSβ)2007

    • 著者名/発表者名
      Shoji, O., Fujishiro, T., Nakajima, H., Kim, M., Nagano, S., Shiro, Y., Watanabe, Y.
    • 雑誌名

      Angew.Chem.Int Ed. 46

      ページ: 656-3659

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structures and catalytic mechanism of cytochrome P450 StaP that produces the indolocarbazole skeleton2007

    • 著者名/発表者名
      Masatomo Makino
    • 雑誌名

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA 104

      ページ: 11591-11596

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hydrogen peroxide dependent monooxygenations by tricking the substrate regognition of cytochrome P450(BS beta)2007

    • 著者名/発表者名
      Osami Shoji
    • 雑誌名

      Angew.Chem.Int.Ed 46

      ページ: 3656-3659

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 抗がん剤インドロカルバゾールの基本骨格を構築するP450 StaPの結晶構造解析と反応機構2010

    • 著者名/発表者名
      永野真吾
    • 学会等名
      BMB2010
    • 発表場所
      横浜国際会議場
    • 年月日
      2010-12-10
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 嫌気呼吸系の一酸化窒素還元酵素の構造と分子進化2010

    • 著者名/発表者名
      永野真吾
    • 学会等名
      第10回日本蛋白質科学会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2010-06-17
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] BMB2010ワークショップ2010

    • 著者名/発表者名
      永野真吾
    • 学会等名
      P40および抱合酵素の新たな機能とその応用技術における最近の展開「抗がん剤インドロカルバゾールの基本骨格を構築するP450StaPの結晶構造解析と反応機構」
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 第10回日本蛋白質科学会ワークショップ2010

    • 著者名/発表者名
      永野真吾
    • 学会等名
      金属蛋白質の新展開:生体金属のセンシング,輸送と利用「嫌気呼吸系の-酸化窒素還元酵素の構造と分子進化」
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] シトクロムP450の多彩な機能発現の仕組みを構造から理解する2010

    • 著者名/発表者名
      永野真吾
    • 学会等名
      日本生化学会北海道支部講演会
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書 2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 徳島若手研究者による生体金属分子分光学の新展開「短寿命な気体分子・金属酵素複合体の分子科学の展開を目指して」2010

    • 著者名/発表者名
      永野真吾
    • 学会等名
      第47回日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 14^<th)International Conference on Biological Inorganic Chemistry (ICBIC14), Nagoya,2010

    • 著者名/発表者名
      永野真吾
    • 学会等名
      Japan "Structure and Mechanism of Enzymes Involved in Indolocarbazole Biosynthesis".
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 16^<th>Intemational Conference on Cytochorme P450.2009

    • 著者名/発表者名
      永野真吾
    • 学会等名
      Okinawa, Japan. "Structure and Chemistry of Enzymes Involved in Indolocarbazole Biosynthesis"
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 若手研究者が語る次世代生物無機化学「インドロカルバゾール生合成酵素群の構造と化学」9^<th>International Symposium on Cytochrome P450 Biodiversity and Biotechnology. Nice, France "Structure and Catalytic Mechanism of P450StaP, a Key Enzyme in Indolocarbazole Biosynthesis" Nagano, S.2009

    • 著者名/発表者名
      永野真
    • 学会等名
      日本化学会第89春季年会
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] インドロカルバゾール系天然物の骨格構造を構築する酵素の構造と機能2008

    • 著者名/発表者名
      永野真吾
    • 学会等名
      第81回日本生化学会大会第31回日本分子生物学会年会合同大会
    • 発表場所
      神戸ポートアイランド
    • 年月日
      2008-12-10
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] インドロカルバゾール系生理活性物質の分子骨格を構築するシトクロムP450StaPの構造と反応メカニズム2008

    • 著者名/発表者名
      永野真吾
    • 学会等名
      第58回錯体化学討論会
    • 発表場所
      金沢大学
    • 年月日
      2008-09-21
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] インドール含有生理活性物質生合成酵素群の結晶構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      永野真吾
    • 学会等名
      第22回内藤コンファレンス
    • 発表場所
      シャトレーゼガトーキングダム札幌
    • 年月日
      2008-09-11
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Structure and mechanism of P450 StaP, a key enzyme in indolocarbazole biosynthesis2008

    • 著者名/発表者名
      永野真吾
    • 学会等名
      9th international symposium on cytochrome P450 biodiversity and biotechnology
    • 発表場所
      Nice, France
    • 年月日
      2008-06-09
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] 冨山インドロカルバゾールの骨格構造を作るシトクロムP450StaPの結晶構造と反応機構:抗がん剤とペルオキシダーゼの意外な接点2008

    • 著者名/発表者名
      永野真吾
    • 学会等名
      第10回P450研究会
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 膜貫通型-酸化窒素還元酵素の発現と結晶化2007

    • 著者名/発表者名
      松本 悠史
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-23
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 抗がん剤の骨格を形成するチトクロムP450 StaPのX線結晶構造はP450の珍しい触媒機構を示唆する2007

    • 著者名/発表者名
      牧野 正知
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-23
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Identification of an active site of VioE,which constructs a violacein skeleton,by crystallographic and mutagenesis analyses2007

    • 著者名/発表者名
      平野 聡
    • 学会等名
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会合同大会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-11
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Crystal Structure of Cytochrome P450 StaP-Chromopyrrolic Acid Complex:Implications for Indolocarbazole Core Biosynthesis2007

    • 著者名/発表者名
      Masatomo Makino
    • 学会等名
      15^<th>International Conference on Cytochrome P450
    • 発表場所
      Bled,Slovenia
    • 年月日
      2007-06-18
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [図書] HandbookofPorphyrinScience, Kadish,K.,Smith,K.,Guilard,R.Eds. Vol.V,Chapter25. World Scientific.(著書)2010

    • 著者名/発表者名
      Shiro,y., Nagano,s.
    • 出版者
      No Chemistry by Heme Enzymes
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [図書] Handbook of Porphyrin Science2010

    • 著者名/発表者名
      Yoshitsugu Shiro
    • 出版者
      World Scientific
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [図書] P450の分子構造:X線結晶構造解析を中心に(著書P450の分子生物学第二版)2009

    • 著者名/発表者名
      永野真吾、杉本宏、城宜嗣
    • 出版者
      講談社サイエンティフィク
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [備考] ホームページ等

    • URL

      http://www.bio.tottori-u.ac.jp/~bioeng/

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.bio.tottori-u.ac.jp/~bioeng/

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書

URL: 

公開日: 2007-04-01   更新日: 2016-04-21  

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