| 研究課題/領域番号 |
19360374
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
生物機能・バイオプロセス
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| 研究機関 | 崇城大学 (2008)
大阪大学 (2007) |
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研究代表者 |
塩谷 捨明 崇城大学, 生物生命学部, 教授 (50026259)
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| 研究分担者 |
片倉 啓雄 大阪大学, 大学院工学研究科, 准教授 (50263207)
仁宮 一章 金沢大学, 環日本海域環境研究センターー, 助教 (10379125)
山本 進二郎 崇城大学, 生物生命学部, 准教授 (40262307)
林 修平 崇城大学, 生物生命学部, 助教 (30389522)
藤井 隆夫 崇城大学, 生物生命学部, 教授 (80165331)
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| 連携研究者 |
仁宮 一章 金沢大学, 環日本海域環境研究センターー, 助教 (10379125)
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| 研究期間 (年度) |
2007 – 2008
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| 研究課題ステータス |
完了 (2008年度)
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| 配分額 *注記 |
18,590千円 (直接経費: 14,300千円、間接経費: 4,290千円)
2008年度: 8,450千円 (直接経費: 6,500千円、間接経費: 1,950千円)
2007年度: 10,140千円 (直接経費: 7,800千円、間接経費: 2,340千円)
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| キーワード | 微生物 / 共生 / サブトラクション / 16SrRNA / TGGE / セルロース分解菌 |
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| 研究概要 |
マイナーな微生物を追跡するためのPopulation-Normalization by RNA Subtraction法(PNS法)を開発した。この方法では、試料から抽出した全16S rRNAから逆転写PCRによって得られるcDNAをリガンドとして固相に固定し、試料中のメジャーな16S rRNAを除去する。メジャーな16S rRNAほどリガンド濃度が高く、除去率が高くなり、16S rRNAのポピュレーョンは均一化され、Temperature Gradient Gel Electrophoresis により16S r DNAを指標とした菌叢解析が可能となる。そこで、16S rRNAの可変領域のうち、最も短いV1またはV5領域を増幅し、そのアンチセンス鎖を磁気ビーズに固定し、PCRに用いた共通配列部分を相補鎖でマスクすることによってアフィニティ担体を調製し、これを用いてメジャーな菌群のRNAを除去し、構成比の平滑化が出来た。応用例としてセルロース分解に焦点を当て、その共生微生物を単離し、またその役割を明らかにし、工業利用として発展させた。また、Annamox菌による嫌気性脱窒反応の共生系の解析をした。
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