病原性細菌由来オートトランスポーターの分泌機構と高次構造相関

• 研究課題/領域番号: 19370045
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 構造生物化学
• 研究機関: 横浜市立大学
• 研究代表者: JEREMY R.H.Tame (JEREMY R. H. Tame) 横浜市立大学, 国際総合科学研究科, 教授 (00336588)
• 研究分担者: 朴 三用 横浜市立大学, 国際総合科学研究, 准教授 (20291932) ; 雲財 悟 横浜市立大学, 国際総合科学研究科, 助教 (60336592)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2008
• 研究課題ステータス: 完了 (2008年度)
• 配分額: 18,460千円 (直接経費: 14,200千円、間接経費: 4,260千円); 2008年度: 8,710千円 (直接経費: 6,700千円、間接経費: 2,010千円); 2007年度: 9,750千円 (直接経費: 7,500千円、間接経費: 2,250千円)
• キーワード: 構造生物学 / X線結晶構造解析 / タンパク質 / オートトランスポーター

研究概要

オートトランスポータータンパク質Heme Binding Protein (HBP)のパッセンジャードメイン立体構造解析に成功した。HBPの外膜貫通領域βバレルドメインとオートシャペロン部分の発現系構築に成功し、タンパク質の結晶化および立体構造解析に成功した。

研究成果

• [雑誌論文] The nature of the TRAP-Anti-TRAP complex (2009)
  • 著者名/発表者名: Watanabe, M., Heddle, J. G., Kikuchi, K., Unzai, S., Akashi, S., Park, S. Y. & Tame, J. R.
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci U S A 106 ページ: 2176-81
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural insight into the essential PB1-PB2 subunit contact of the influenza virus RNA polymerase (2009)
  • 著者名/発表者名: Sugiyama, K., Obayashi, E., Kawaguchi, A., Suzuki, Y., Tame, J. R., Nagata, K. & Park, S. Y.
  • 雑誌名: Embo J., accepted
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mutational Analysis of the Substrate Specificity of Escherichia coli Penicillin Binding Protein 4 (PBP4) (2009)
  • 著者名/発表者名: Clarke, T., Kawai, F., Park, S. Y., Tame, J., Dowson, C. & Roper, D.
  • 雑誌名: Biochemistry 48 ページ: 2675-2683
  • 査読あり
• [雑誌論文] RNA and Protein Complexes of trp RNA-Binding Attenuation Protein Characterized by Mass Spectrometry (2009)
  • 著者名/発表者名: Akashi, S., Watanabe, M., Heddle, J. G., Unzai, S., Park, S. Y. & Tame, J. R.
  • 雑誌名: Anal Chem 81 ページ: 2218-2226
  • 査読あり
• [雑誌論文] The nature of the TRAP-Anti-TRAP complex. (2009)
  • 著者名/発表者名: Watanabe M, Heddle JG, Kikuchi K, Unzai S, Akashi S, Park SY, Tame JR.
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci U S A. 106(7) ページ: 2176-81
  • 査読あり
• [雑誌論文] Intersubunit linker length as a modifier of protein stability: crystal structures and thermostability of mutant TRAP (2008)
  • 著者名/発表者名: Watanabe, M., Mishima, Y., Yamashita, I., Park, S. Y., Tame, J. R. & Heddle, J. G.
  • 雑誌名: Protein Sci 17 ページ: 518-26
  • 査読あり
• [雑誌論文] The structural basis for an essential subunit interaction in influenza virus RNA polymerase (2008)
  • 著者名/発表者名: Obayashi, E., Yoshida, H., Kawai, F., Shibayama, N., Kawaguchi, A., Nagata, K., Tame, J. R. & Park, S. Y.
  • 雑誌名: Nature 454 ページ: 1127-31
  • NAID: 10023987774
  • 査読あり
• [雑誌論文] The structural basis for an essential subunit interaction in influenza virus RNA polymerase. (2008)
  • 著者名/発表者名: Obayashi E, Yoshida H, Kawai F, Shibayama N, Kawaguchi A, Nagata K, Tame JR, Park SY.
  • 雑誌名: Nature 454(7208) ページ: 1127-31
  • NAID: 10023987774
  • 査読あり
• [雑誌論文] Intersubunit linker length as a modifier of protein stability : crystal structures and thermostability of mutant TRAP. (2008)
  • 著者名/発表者名: Watanabe M, Mishima Y, Yamashita I, Park SY, Tame JR, Heddle JG.
  • 雑誌名: Protein Sci. 17(3) ページ: 518-26
  • 査読あり
• [雑誌論文] Intersubunit linker length as a modifier of protein stability: crystal structures and thermostability of mutant TRAP. (2008)
  • 著者名/発表者名: Watanabe M, Mishima Y, Yamashita I, Park SY, Tame JR, Heddle JG.
  • 雑誌名: Protein Sci. 17(3) ページ: 518-26
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effect of N-terminal residues on the structural stability of recombinant horse L-chain apoferritin in an acidic environment (2007)
  • 著者名/発表者名: Yoshizawa, K., Mishima, Y., Park, S. Y., Heddle, J. G., Tame, J. R., Iwahori, K., Kobayashi, M. & Yamashita, I.
  • 雑誌名: J Biochem 142 ページ: 707-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] Limited tolerance towards folded elements during secretion of the autotransporter Hbp (2007)
  • 著者名/発表者名: Jong, W. S., ten Hagen-Jongman, C. M., den Blaauwen, T., Slotboom, D. J., Tame, J. R., Wickstrom, D., de Gier, J. W., Otto, B. R. & Luirink, J.
  • 雑誌名: Mol Microbiol 63 ページ: 1524-36
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure and mechanism of HpcG, a hydratase in the homoprotocatechuate degradation pathway of Escherichia coli (2007)
  • 著者名/発表者名: Izumi, A., Rea, D., Adachi, T., Unzai, S., Park, S. Y., Roper, D. I. & Tame, J. R.
  • 雑誌名: J Mol Biol 370 ページ: 899-91
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystallization and preliminary crystallographic studies of the metalloglycoprotein esterase A4 using a baculovirus expression system (2007)
  • 著者名/発表者名: Hiraki, T., Shibayama, N., Yoon, Y. H., Yun, K. M., Hamamoto, T., Tame, J. R. & Park, S. Y.
  • 雑誌名: Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun 63 ページ: 734-6
  • 査読あり
• [雑誌論文] Dynamic allostery in the ring protein TRAP (2007)
  • 著者名/発表者名: Heddle, J. G., Okajima, T., Scott, D. J., Akashi, S., Park, S. Y. & Tame, J. R.
  • 雑誌名: J Mol Biol 371 ページ: 154-67
  • 査読あり
• [雑誌論文] Using the ring-shaped protein TRAP to capture and confine gold nanodots on a surface (2007)
  • 著者名/発表者名: Heddle, J. G., Fujiwara, I., Yamadaki, H., Yoshii, S., Nishio, K., Addy, C., Yamashita, I. & Tame, J. R.
  • 雑誌名: Small 3 ページ: 1950-6
  • 査読あり
• [雑誌論文] Nickel binding to NikA : an additional binding site reconciles spectroscopy, calorimetry and crystallography (2007)
  • 著者名/発表者名: Addy, C., Ohara, M., Kawai, F., Kidera, A., Ikeguchi, M., Fuchigami, S., Osawa, M., Shimada, I., Park, S. Y., Tame, J. R. & Heddle, J. G.
  • 雑誌名: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 63 ページ: 221-9
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effect of N-terminal residues on the structural stability of recombinant horse L-chain apoferritin in an acidic environment. (2007)
  • 著者名/発表者名: Yoshizawa K, Mishima Y, Park SY, Heddle JG, Tame JR, Iwahori K, Kobayashi M, Yamashita I.
  • 雑誌名: J Biochem 142(6) ページ: 707-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] Using the ring-shaped protein TRAP to capture and confine gold nanodots on a surface. (2007)
  • 著者名/発表者名: Heddle JG, Fujiwara I, Yamadaki H, Yoshii S, Nishio K, Addy C, Yamashita I, Tame JR.
  • 雑誌名: Small. 3(11) ページ: 1950-6
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystallization and preliminary crystallographic studies of the metallogl ycoprotein esterase A4 using a baculovirus expression system. (2007)
  • 著者名/発表者名: Hiraki T, Shibayama N, Yoon YH, Yun KM, Hamamoto T, Tame JR, Park SY.
  • 雑誌名: Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun 63(Pt 9) ページ: 734-6
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure and mechanism of HpcG, a hydratase in the homoprotocatechuate degradation pathway of Escherichia coli. (2007)
  • 著者名/発表者名: Izumi A, Rea D, Adachi T, Unzai S, Park SY, Roper DI, Tame JR.
  • 雑誌名: J Mol Biol. 370(5) ページ: 899-911
  • 査読あり
• [雑誌論文] Dynamic allostery in the ring protein TRAP. (2007)
  • 著者名/発表者名: Heddle JG, Okajima T, Scott DJ, Akashi S, Park SY, Tame JR.
  • 雑誌名: J Mol Biol. 371(1) ページ: 154-67
  • 査読あり
• [学会発表] Haemoglobin as a drug target (2008)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Yokoyama, Satoru Unzai, Sam-Yong Park, Jeremy
  • 学会等名: The 40th crystallographic meeting at Erice
  • 発表場所: Italy
• [学会発表] Protonation states of buried histidine residues in human deoxyhemoglobin revealed by neutron crystallography (2008)
  • 著者名/発表者名: Sam-Yong Park, Toshiyuki Chatake, Naoya Shibayama, Yukiko Morimoto
  • 学会等名: XVth International Conference on Oxygen Binding and Sensing Proteins
  • 発表場所: Aarhus, Denmark
• [学会発表] インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼにおけるサブユニット間相互作用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 尾林栄治, 吉田尚史, 河合文啓,川口敦史, 永田恭介, Jeremy Tame,朴三用
  • 学会等名: 第81回日本生化学会大会
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] What a crystal structure doesn't tell you (2008)
  • 著者名/発表者名: Jeremy R. H. Tame
  • 学会等名: よこはまNMR構造生物学研究会 国際シンポジウム
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] Structural insights into serine protease autotoransporter HBP from pathogenic Escherichia coli. (2008)
  • 著者名/発表者名: J. Tame
  • 学会等名: Society for General Microbiology
  • 発表場所: Edinburgh, UK
• [学会発表] X-ray Crystallography of Autotransporters from Pathogenic Bacteria (2007)
  • 著者名/発表者名: Kaoru Nishimura, Sam-Yong Park, Jeremy
  • 学会等名: Molecular Microbiology Young Microbiologists Minisymposium Prokaryotic Membranes
  • 発表場所: Paris, France
  • 年月日: 2007-10-12
• [学会発表] X-ray Crystallography of Autotransporters from Pathogenic Bacteria. (2007)
  • 著者名/発表者名: Kaoru Nishimura, Sam-Yong Park, and Jeremy Tame
  • 学会等名: Molecular Microbiology Young Microbiologists Minisymposium Prokaryotic Membranes.
  • 発表場所: Paris, France
  • 年月日: 2007-10-12
• [学会発表] Dynamic allostery in the tryptophan-binding protein TRAP (2007)
  • 著者名/発表者名: Heddle JG, Akashi S, Park SY, Tame JR.
  • 学会等名: Biophysics of ligand binding to drug tagets.
  • 発表場所: Strasbourg, France
• [図書] Dioxygen Binding and Sensing Proteins : A Tribute to Beatrice and Jonathan Wittenberg(編集 : Martino Bolognesi, Guido Di Prisco, Cinzia Verde, 出版社 : Springer)(ISBN 8847008069, 9788847008069) (2008)
  • 著者名/発表者名: Satoru Unzai, Kiyohiro Imai, Sam-Yong Park, Kiyoshi Nagai, and Jeremy R.H.
  • 出版者: Mutagenic studies on the Origins of the Root Effect