サブミリ秒領域で探る超異方的ダイナミクスとフラストレーションの蛋白質機能への役割

• 研究課題/領域番号: 19370062
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生物物理学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 北尾 彰朗 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 准教授 (30252422)
• 研究分担者: 城地 保昌 東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助教 (30360415)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 18,200千円 (直接経費: 14,000千円、間接経費: 4,200千円); 2010年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円); 2009年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円); 2008年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円); 2007年度: 6,760千円 (直接経費: 5,200千円、間接経費: 1,560千円)
• キーワード: タンパク質 / 超異方性 / 動態 / 機能 / フラストレーション / 動態.

研究概要

広い時空間で蛋白質分子機能の詳細な原理を解明するため、ナノからサブマイクロ秒領域のダイナミクスに注目し、分子シミュレーションを用いて機能と密接に結びつく蛋白質ダイナミクスを観察し、超異方性とフラストレーションという観点から研究を行った。超並列シミュレーションによって自由エネルギー地形を計算する手法や複雑な多次元ダイナミクスから有意に相関する自由度を抽出する手法を開発しこれを用いることで、蛋白質ダイナミクスの機能との相関を明らかにした。

研究成果

• [雑誌論文] Multi-scale free energy landscape calculation method by combination of coarse-grained and all-atom models (2011)
  • 著者名/発表者名: Ryuhei Harada, Akio Kitao
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters 503(1-3) ページ: 145-152
  • 査読あり
• [雑誌論文] Enhanced resolution of molecular recognition to distinguish structurally similar molecules by different conformational responses of a protein upon ligand binding (2011)
  • 著者名/発表者名: Mariko Higuchi, Jumpei Fujii, Yoshiteru, Yonetani, Akio Kitao, Nobuhiro Go
  • 雑誌名: Journal of Structural Biology 173 ページ: 20-28
  • 査読あり
• [雑誌論文] Enhanced resolution of molecular recognition to distinguish structurally similar molecules by different conformational responses of a protein unon ligand binding (2011)
  • 著者名/発表者名: Mariko Higuchi
  • 雑誌名: Journal of Structural Biology 巻: 173 ページ: 20-28
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multi-scale free energy landscape calculation method by combination of coarse-grained and all-atom models (2011)
  • 著者名/発表者名: Ryuhei Harada
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters 巻: 503(1-3) ページ: 145-152
  • 査読あり
• [雑誌論文] Detecting coupled collective motions in protein by independent subspace analysis (2010)
  • 著者名/発表者名: Shun Sakuraba, Yasumasa Joti, Akio Kitao
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 133(18)
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Effect of End Constraints on Protein Loop Kinematics (2010)
  • 著者名/発表者名: Steven Hayward, Akio Kitao
  • 雑誌名: Biophys.J. 98(9) ページ: 1976-1985
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure of the cytoplasmic domain of FlhA and implication for flagellar type III protein export (2010)
  • 著者名/発表者名: Yumiko Saijo-Hamamoto, Katsumi Imada, Tohru Minamino, May Kihara, Masafumi Shimada, Akio Kitao, Keiichi Namba
  • 雑誌名: Mol.Microbiol. 76(1) ページ: 260-268
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mechanical unfolding of bacterial flagellar filament protein by molecular dynamics simulation (2010)
  • 著者名/発表者名: Choon-Peng Chng, Akio Kitao
  • 雑誌名: J.Mol.Graph.Model. 28 ページ: 548-554
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Effect of End Constraints on Protein Lop Kinematics (2010)
  • 著者名/発表者名: Steven Hayward
  • 雑誌名: Biophysical Journal 巻: 98(9) ページ: 1976-1985
  • 査読あり
• [雑誌論文] Detecting coupled collective motions in protein by independent subspace analysis (2010)
  • 著者名/発表者名: Shun Sakuraba
  • 雑誌名: Journal of Chemical Physics 巻: 133(18)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure of the cytoplasmic domain of FlhA and implication for flagellar type III protein export (2010)
  • 著者名/発表者名: Yumiko Saijo-Hamamoto, Katsumi Imada, Tohru Minamino, May Kihara, Masafumi Shimada, Akio Kitao, Keiichi Namba
  • 雑誌名: Mol.Microbiol. V76(1) ページ: 260-268
• [雑誌論文] Mechanical unfolding of bacterial flagellar filament protein by molecular dynamics simulation (2010)
  • 著者名/発表者名: Choon-Peng Chng
  • 雑誌名: J.Mol. Graph. Model. 28 ページ: 548-554
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure of the cytoplasmic domain of FlhA and implication for flagellar type III protein export (2010)
  • 著者名/発表者名: Yumiko Saijyo-Hamano
  • 雑誌名: Molecular Microbiology 76 ページ: 260-268
  • 査読あり
• [雑誌論文] Collective Dynamics of Periplasmic Glutamine Binding Protein upon Domain Closure (2009)
  • 著者名/発表者名: Hannes H. Loeffler, Akio Kitao
  • 雑誌名: Biophys.J. Vol.97 ページ: 2541-2549
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multiple Markov transition matrix method: Obtaining the stationary probability distribution from multiple simulations (2009)
  • 著者名/発表者名: Shun Sakuraba, Akio Kitao
  • 雑誌名: J.Comp.Chem. 30 ページ: 1850-1858
  • 査読あり
• [雑誌論文] DTA: Dihedral transition analysis for characterization of the effects of large main-chain dihedral changes in proteins (2009)
  • 著者名/発表者名: Wataru Nishima, Guoying Qi, Steven Hayward, Akio Kitao
  • 雑誌名: Bioinformatics 25(5) ページ: 628-635
  • 査読あり
• [雑誌論文] Principal Component Analysis of Native Ensembles of Biomolecular Structures (PCA_NEST) : Insights into Functional Dynamics (2009)
  • 著者名/発表者名: Lee-Wei Yang, Eran Eyal, Ivet Bahar, Akio Kitao
  • 雑誌名: Bioinformatics 25(5) ページ: 606-614
  • 査読あり
• [雑誌論文] Collective Dynamics of Periplasmic Glutamine Binding Protein upon Domain Closure (2009)
  • 著者名/発表者名: Hannes H. Loeffler, Akio Kitao
  • 雑誌名: Biophys.J. V97 ページ: 2541-2549
• [雑誌論文] Multiple Markov transition matrix method : Obtaining the stationary probability distribution from multiple simulations (2009)
  • 著者名/発表者名: Shun Sakuraba, Akio Kitao
  • 雑誌名: J.Comp.Chem. V30 ページ: 1850-1858
• [雑誌論文] Multiple Markov transition matrix method : Obtaining the stationary probability distribution from multiple simulations (2009)
  • 著者名/発表者名: Shun Sakuraba
  • 雑誌名: J.Comp.Chem. 30 ページ: 1850-1858
  • 査読あり
• [雑誌論文] Collective Dynamics of Periplasmic Glutamine Binding Protein upon Domain Closure (2009)
  • 著者名/発表者名: Hannes H.Loeffler
  • 雑誌名: Biophys J. 97 ページ: 2541-2549
  • 査読あり
• [雑誌論文] Principal Component Analysis of Native Ensembles of Biomolecular Structures (PCA NEST): Insights into Functional Dynamics (2009)
  • 著者名/発表者名: Yang, Lee-Wei
  • 雑誌名: Bioinformatics 25 ページ: 606-614
  • 査読あり
• [雑誌論文] DTA: Dihedral transition analysis for characterization of the effects of large main-chain dihedral changes in proteins (2009)
  • 著者名/発表者名: Nishima, Wataru
  • 雑誌名: Bioinformatics 25 ページ: 628-635
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multiple Markov transition matrix method: Obtaining the stationary probability distribution from multiple simulations (2009)
  • 著者名/発表者名: Sakuraba, Shun
  • 雑誌名: J. Comp. Chem. (published on line)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hydration affects both harmonic and anharmonic nature of protein dynamics (2008)
  • 著者名/発表者名: Hiroshi Nakagawa, Yasumasa Joti, Akio Kitao, Mikio Kataoka
  • 雑誌名: Biophys.J. 95 ページ: 2916-2923
  • 査読あり
• [雑誌論文] 【総説】細菌べん毛繊維は分子間相互作用とフラストレーションを利用して超らせん構造の変化を制御する (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗,今田勝巳,難波啓一
  • 雑誌名: 生物物理 40(1) ページ: 11-17
• [雑誌論文] Hydration effects on low-frequency protein dynamics observed in simulated neutron scattering spectra (2008)
  • 著者名/発表者名: Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Mikio Kataoka, Akio Kitao
  • 雑誌名: Biophys.J. 94 ページ: 4435-4443
  • 査読あり
• [雑誌論文] Thermal Unfolding Simulations of Bacterial Flagellin : Insight into its Refolding before Assembly (2008)
  • 著者名/発表者名: Choon-Peng Chng, Akio Kitao
  • 雑誌名: Biophys.J. 94 ページ: 3858-3871
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hydration-Dependent Protein Dynamics Revealed by Molecular Dynamics Simulation of Crystalline Staphylococcal Nuclease (2008)
  • 著者名/発表者名: Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Mikio Kataoka, Akio Kitao
  • 雑誌名: J.Phys.Chem.B 112 ページ: 3522-3528
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hydration-Dependent Protein Dynamics Revealed by Molecular Dynamics Simulation of Crystalline Staphylococcal Nuclease (2008)
  • 著者名/発表者名: Joti, Yasumasa
  • 雑誌名: Phys. Chem. B 112 ページ: 3522-3528
  • 査読あり
• [雑誌論文] Thermal Unfolding Simulations of Bacterial Flagellin: Insight into its Refolding before Assembly (2008)
  • 著者名/発表者名: Chng, Choon-Peng
  • 雑誌名: Biophys. J. 94 ページ: 3858-3861
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hydration effects on low-frequency protein dynamics observed in simulated neutron scattering spectra (2008)
  • 著者名/発表者名: Joti, Yasumasa
  • 雑誌名: Biophys. J. 94 ページ: 4435-4443
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hydration affects both harmonic and anharmonic nature of protein dynamics (2008)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa, Hiroshi
  • 雑誌名: Biophys. J. 95 ページ: 2916-2923
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hydration-Dependent Protein Dynamics Revealed by Molecular Dynamics Simulation of Crystalline Staphylococcal Nuclease (2008)
  • 著者名/発表者名: Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Mikio Kataoka, and Akio Kitao
  • 雑誌名: J. Phys. Chem. B 112 ページ: 3522-3528
  • 査読あり
• [雑誌論文] Thermal Unfolding Simulations of Bacterial Flagellin: Insight into its Refolding before Assembly (2008)
  • 著者名/発表者名: Choon-Peng Chng and Akio Kitao
  • 雑誌名: Biophys. J (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hydration effects on low-frequency protein dynamics observed in simulated neutron scattering spectra (2008)
  • 著者名/発表者名: Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Mikio Kataoka, and Akio Kitao
  • 雑誌名: Biophys. J (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] 【総説】細菌べん毛繊維は分子間相互作用とフラストレーションを利用して超らせん構造の変化を制御する (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾 彰朗, 今田 勝巳, 難波 啓一
  • 雑誌名: 生物物理 Vol.40,No.1 ページ: 11-17
  • 査読あり
• [雑誌論文] Picosecond fluctuating protein energy landscape mapped by pressure-temperature molecular dynamics simulation Lars Meinhold. S (2007)
  • 著者名/発表者名: Lars Meinhold, Jeremy C. Smith, Akio Kitao, Ahmed H.Zewail
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad.Sci.USA 104(44) ページ: 17261-17265
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effects of Water Model and Simulation Box Size on Protein Diffusional Motions (2007)
  • 著者名/発表者名: Kazuhiro Takemura, Akio Kitao
  • 雑誌名: J.Phys.Chem.B 111 ページ: 11870-11872
  • 査読あり
• [雑誌論文] Non-Gaussian behavior of elastic incoherent neutron scattering profiles of proteins studied by molecular dynamics simulation (2007)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Tokuhisa, Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Akio Kitao, Kaoru Shibata, Mikio Kataoka
  • 雑誌名: Phys.Rev.E 75 ページ: 41912-41912
  • 査読あり
• [雑誌論文] Picosecond fluctuating protein energy landscape mapped by pressure-temperaturer molecular dynamics simulation (2007)
  • 著者名/発表者名: Lars Meinhold, Jeremy C. Smith, Akio Kitao, Ahmed H. Zewail
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad.Sci.USA 104(44) ページ: 17261-17265
• [雑誌論文] Gap compression/extension mechanism of bacterial flagellar hook as the molecular universal joint (2007)
  • 著者名/発表者名: Taaomi Furuta, Hieyuki Matsunami, Katsumi Imada, Keiichi Namba and Akio Kitao
  • 雑誌名: Fadel A. Samatey, J. Struct. Biol Vol.l57 ページ: 481-491
  • 査読あり
• [雑誌論文] Non-Gaussian behavior of elasticincoherent neutron scattering profiles of proteins studied by molecular dynamics simulation (2007)
  • 著者名/発表者名: Atsusi Tokuhisa, Yasumasa Joti, Hiroshi Nakagawa, Akio Kitao, Kaoru Shibata Mikio Kataoka
  • 雑誌名: Phys. Rev. E Vol.75 ページ: 41912-41912
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effects of Water Model and Simulation Box Size on Protein Diffusional Motions (2007)
  • 著者名/発表者名: Kazuhiro Takemura and Akio Kitao
  • 雑誌名: J. Phys. Chem. B Vol.111 ページ: 11870-11872
  • 査読あり
• [雑誌論文] Picosecond fluctuating protein energy landscape mapped by pressure-temperaturer molecular dynamics simulation Lars Meillhold. S (2007)
  • 著者名/発表者名: Jeremy C. Smith, Akio Kitao and Ahmed H. Zewail
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. USA Vol.104,No.4 ページ: 17261-17265
  • 査読あり
• [学会発表] 異方性の高いシステムのためのTransforn and Relax Sampling (2011)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 第66回日本物理学会年次大会(2011年)
  • 発表場所: 新潟県新潟市/新潟大学五十嵐北キャンパス
  • 年月日: 2011-03-28
• [学会発表] 構造変化が生みだすタンパク質機能:理論からのアプローチ (2011)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 日本化学会第9春季年会(2011年)
  • 発表場所: 神奈川県横浜市/神奈川大学横浜キャンパス
  • 年月日: 2011-03-27
• [学会発表] I-BARドメインの膜結合ダイナミクス (2011)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 「次世代ナノ統合シミュレーションソフトウィアの研究開発」第5回公開シンポジウム
  • 発表場所: 兵庫県神戸市/甲南大学ポートアイランドキャンパス
  • 年月日: 2011-02-23
• [学会発表] 超並列マルチスケールシミュレーションで探る生体分子の自由エネルギー地形 (2011)
  • 著者名/発表者名: 原田隆平
  • 学会等名: 「次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発」第5回公開シンポジウム
  • 発表場所: 兵庫県神戸市/甲南大学ポートアイランドキャンパス
  • 年月日: 2011-02-23
• [学会発表] 独立部分空間分析を用いたタンパク質運動の解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 桜庭俊
  • 学会等名: 「次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発」第5回公開シンポジウム
  • 発表場所: 兵庫県神戸市/甲南大学ポートアイランドキャンパス
  • 年月日: 2011-02-23
• [学会発表] T4ファージタンパク質gp5の脂質2重膜貫通シミューレーション (2011)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 第3回バイオスーパーコンピューティングシンポジウム
  • 発表場所: 兵庫県神戸市/甲南大学ポートアイランドキャンパス
  • 年月日: 2011-02-22
• [学会発表] Expectation to detect correlated dynamics in protein (2011)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: nDDB Workshop Grenoble
  • 発表場所: Grenobel/France
  • 年月日: 2011-01-11
• [学会発表] ウイルスT4ファージ先端タンパク質gP5の膜貫通シミュレーション (2011)
  • 著者名/発表者名: 二島渉
  • 学会等名: 物性研・CMSI・次世代ナノ情報合同研究会「計算物質科学の課題と展望」
  • 発表場所: 千葉県柏市/東京大学物性研究所
  • 年月日: 2011-01-06
• [学会発表] 超並列マルチスケールシミュレーションで探る生体分子の自由エネルギー地形 (2011)
  • 著者名/発表者名: 原田隆平
  • 学会等名: 物性研・CMSI・次世代ナノ情報合同研究会「計算物質科学の課題と展望」
  • 発表場所: 千葉県柏市東京大学物性研究所
  • 年月日: 2011-01-05
• [学会発表] Free energy landscape analysis of biomolecules by massive parallel multi-scale simulation (2010)
  • 著者名/発表者名: 原田隆平
  • 学会等名: 第4回国際公開シンポジウム新学術領域研究「揺らぎが機能を決める生命分子の科学」
  • 発表場所: 滋賀県大津市/ピァザ淡海
  • 年月日: 2010-11-30
• [学会発表] 分子モデリングによる細菌べん毛モーター固定子MotA/MotB複合体の立体構造予測 (2010)
  • 著者名/発表者名: 西原泰孝
  • 学会等名: 名古屋大学理学部セミナー
  • 発表場所: 愛知県名古屋市/名古屋大学理学部
  • 年月日: 2010-11-25
• [学会発表] マルチスケールシミュレーションで探る生体分子の自由エネルギー地形 (2010)
  • 著者名/発表者名: 原田隆平
  • 学会等名: 第24回分子シュレーション討論会
  • 発表場所: 福井県福井市/福井県県民ホール
  • 年月日: 2010-11-25
• [学会発表] 可塑性を巧緻に利用するタンパク質の構造機能制御 (2010)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 第10回生命・情報セミナー
  • 発表場所: 東京都文京区/東京大学理学部
  • 年月日: 2010-11-12
• [学会発表] Multi-scale free energy calculation method with the combination of coarse-grained and all-atom models (2010)
  • 著者名/発表者名: 原田隆平
  • 学会等名: 第48回日本物物理学会年会
  • 発表場所: 宮城県仙台市/東北大学川内北キャンパス
  • 年月日: 2010-09-22
• [学会発表] 細菌べん毛モーター固定子MotA/MotB複合体の分子モデリング (2010)
  • 著者名/発表者名: 西原泰孝
  • 学会等名: 第48回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 宮城県仙台市/東北大学川内北キャンパス
  • 年月日: 2010-09-22
• [学会発表] 分子動力学シミュレーションによる高圧における深海魚のαアクチンの構造変化の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 若井信彦
  • 学会等名: 第48回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 宮城県仙台市/東北大学川内北キャンパス
  • 年月日: 2010-09-21
• [学会発表] Docking study to investigate the complex between p53 domains and Azurin (2010)
  • 著者名/発表者名: Raghunadha Reddy Burri
  • 学会等名: 第48回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 宮城県仙台市/東北大学川内北キャンパス
  • 年月日: 2010-09-21
• [学会発表] I-BARドメインの膜結合および膜変形分子ダイナミクス (2010)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 第48回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 宮城県仙台市/東北大学川内北キャンパス
  • 年月日: 2010-09-20
• [学会発表] 蛋白質界面と分子間相互作用のダイナミクス (2010)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: ワークショソプ「ソフト界面と水」
  • 発表場所: 福岡県福岡市/九州大学箱崎キャンパス
  • 年月日: 2010-08-11
• [学会発表] 細菌ベン毛モーター固定子MotA/MotB複合体の構造モデリング (2010)
  • 著者名/発表者名: 西原泰孝
  • 学会等名: 第10回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 北海道札幌市札幌コンベンションセンター
  • 年月日: 2010-06-18
• [学会発表] ロボット工学の手法を用いたタンパク質シミュレーション (2010)
  • 著者名/発表者名: 山守優
  • 学会等名: 第10回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 北海道札幌市札幌コンベンションセンター
  • 年月日: 2010-06-18
• [学会発表] 膜変形蛋白質ドメインの分子ダイナミクス (2010)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 第10回日本蛋白質科学会年
  • 発表場所: 北海道札幌市札幌コンベンションセンター
  • 年月日: 2010-06-16
• [学会発表] 膜変形蛋白質ドメインの分子ダイナミクス (2010)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 第10回東京大学生命科学シンポジウム
  • 発表場所: 東京都文京区/東京大学安田講堂
  • 年月日: 2010-05-01
• [学会発表] タンパク質が引き起こす生体膜変形のダイナミクス(注:シンポジウムの概略説明含む) (2010)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 日本物理学会第65回年次大会
  • 発表場所: 岡山大学 津島キャンパス(岡山県)
  • 年月日: 2010-03-20
• [学会発表] 中性子非弾性散乱によるタンパク質の低エネルギーダイナミクスに対する水和効果 (2010)
  • 著者名/発表者名: 中川洋
  • 学会等名: 日本物理学会第65回年次大会
  • 発表場所: 岡山大学 津島キャンパス(岡山県)
  • 年月日: 2010-03-20
• [学会発表] いくつかの蛋白質でのリガンド結合に伴う構造変化の詳細メカニズム (2010)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 量子生命フロンティア研究特定ユニット第8回勉強会
  • 発表場所: 日本原子力研究機構システム計算科学センター(東京都)
  • 年月日: 2010-03-17
• [学会発表] 細菌べん毛モーター固定子複合体MotA/MotBの分子モデリング (2010)
  • 著者名/発表者名: 西原泰孝
  • 学会等名: 2009年度べん毛研究交流会
  • 発表場所: 松風園(愛知県)
  • 年月日: 2010-03-15
• [学会発表] I-BARドメインの膜結合ダイナミクス (2010)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第4回公開シンポジウム
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
  • 年月日: 2010-03-04
• [学会発表] 粗視化モデルと全原子モデルを併用した生体高分子系における効率的自由エネルギー計算手法 (2010)
  • 著者名/発表者名: 原田隆平
  • 学会等名: 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第4回公開シンポジウム
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
  • 年月日: 2010-03-04
• [学会発表] 生体超分子の立体構造変化と機能 (2010)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 分野間連携プロジェクト「巨大計算の新手法の開発と分子・物質シミュレーション中核拠点の形成」第6回連携研究会及成果報告
  • 発表場所: 分子科学研究所 研究棟301(愛知県)
  • 年月日: 2010-02-15
• [学会発表] 分子シミュレーションによるテラヘルツ領域での蛋白質ダイナミクス-計算による中性子散乱・テラヘルツ分光スペクトル- (2010)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 第1回テラヘルツーバイオ研究会
  • 発表場所: 情報通信研究機構神戸研究所未来ICT研究センター(兵庫県)
  • 年月日: 2010-02-08
• [学会発表] 大規模分子動力学によるバイオナノマシンの機能シミュレーション (2010)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: スーパーコンピューターワークショップ2010「大規模並列分子シミュレーションの最前線」
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
  • 年月日: 2010-01-13
• [学会発表] 集団座標による分子シミュレーションの解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 第5回分子・物質シミュレーション中核拠点形成事業人材育成講座「第3回 分子シミュレーションスクール」
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
  • 年月日: 2009-12-15
• [学会発表] 中性子散乱と分子シミュレーションによる蛋白質の立体構造ダイナミクス-現状と今後への期待- (2009)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: JSNS2009-中性子科学会/第9回年会
  • 発表場所: いばらき量子ビーム研究センター(茨城県)
  • 年月日: 2009-12-09
• [学会発表] 細菌べん毛モーター固定子MotA/MotB複合体の構造モデリング (2009)
  • 著者名/発表者名: 西原泰孝
  • 学会等名: 生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構 第6回公開シンポジウム
  • 発表場所: 千里ライフサイエンスセンター(大阪府)
  • 年月日: 2009-12-02
• [学会発表] I-BARドメインの脂質膜結合過程 (2009)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構 第6回公開シンポジウム
  • 発表場所: 千里ライフサイエンスセンター(大阪府)
  • 年月日: 2009-12-02
• [学会発表] 生体超分子機能解明のための大規模分子シミュレーション (2009)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構 第6回公開シンポジウム
  • 発表場所: 千里ライフサイエンスセンター(大阪府)
  • 年月日: 2009-12-01
• [学会発表] 独立部分空間分析によるタンパク質集団運動の解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 桜庭俊
  • 学会等名: 第23回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 中小企業振興会館吹上ホール(愛知県)
  • 年月日: 2009-11-30
• [学会発表] タンパク質ダイナミクスと機能における水和の役割 (2009)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 理研シンポジウム「動的水和構造と分子過程研究会III」
  • 発表場所: 理化学研究所Spring8上坪講堂(兵庫県)
  • 年月日: 2009-11-25
• [学会発表] バイオ分子間相互作用形態の階層的モデリング (2009)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: JST-CREST「マルチスケール・マルチフィジックス現象の統合シミュレーション」研究領域 平成21年度 公開シンポジウム
  • 発表場所: 東洋大学(東京都)
  • 年月日: 2009-11-12
• [学会発表] I-BARドメインの膜結合分子ダイナミクス (2009)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 第47回2009年度日本生物物理学会年会
  • 発表場所: アスティとくしま(徳島県)
  • 年月日: 2009-11-01
• [学会発表] 蛋白質の調和運動と非調和運動に対する水和効果 (2009)
  • 著者名/発表者名: 中川洋
  • 学会等名: 第47回2009年度日本生物物理学会年会
  • 発表場所: アスティとくしま(徳島県)
  • 年月日: 2009-11-01
• [学会発表] The effect of bound water molecules on binding orientations in DCK2 inhibitors (2009)
  • 著者名/発表者名: Raghunadha Reddy Burri
  • 学会等名: 第47回2009年度日本生物物理学会年会
  • 発表場所: アスティとくしま(徳島県)
  • 年月日: 2009-10-30
• [学会発表] Seeing is believing:コンピューターでみてわかるバイオ分子 (2009)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 夏の学校2009「日本バイオインフォマティクス学会」
  • 発表場所: 時の栖(静岡県)
  • 年月日: 2009-09-13
• [学会発表] Motional correlation in protein dynamics (2009)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: Telluride Science Research Center Workshop on Protein Dynamics
  • 発表場所: Telluride/CO(USA)
  • 年月日: 2009-08-05
• [学会発表] I-BARドメインの脂質膜結合過程 (2009)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第5回ワークショップ
  • 発表場所: 湘南国際村センター(神奈川県)
  • 年月日: 2009-07-27
• [学会発表] 粗視化モデルと全原子モデルを併用した生体高分子系における効率的自由エネルギー計算手法の開発 (2009)
  • 著者名/発表者名: 原田隆平
  • 学会等名: 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第5回ワークショップ
  • 発表場所: 湘南国際村センター(神奈川県)
  • 年月日: 2009-07-27
• [学会発表] Multi-scale dynamics of protein complex formation (2009)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: International Symposium on Multi-Scale Dynamics of Protein Complex Formation and Function
  • 発表場所: The Univ.of Tokyo ; Sanjo Conference Hall(Tokyo)
  • 年月日: 2009-07-16
• [学会発表] Flexible protein-protein docking investigations on Cc-COX complex (2009)
  • 著者名/発表者名: Hao Guo
  • 学会等名: International Symposium on Multi-Scale Dynamics of Protein Complex Formation and Function
  • 発表場所: The Univ.of Tokyo ; Sanjo Conference Hall(Tokyo)
  • 年月日: 2009-07-14
• [学会発表] 分子シミュレーションで探るバイオの世界:蛋白質から生体超分子まで (2009)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 公開セミナー「第19回バイオインフォマティクスへの招待」
  • 発表場所: お茶の水女子大学理学部 2号館(東京都)
  • 年月日: 2009-06-25
• [学会発表] X線散漫散乱による生体分子の動的構造決定に向けた理論基盤の構築 (2009)
  • 著者名/発表者名: 城地保昌
  • 学会等名: 第4回特定領域研究「革新的ナノバイオ」班会議
  • 発表場所: 万国津梁館(沖縄県)
  • 年月日: 2009-06-18
• [学会発表] Effect of Simulation Box Size and Water Model on Protein Internal Dynamics (2009)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 特定領域研究「高次系分子科学」第3回公開シンポジウム
  • 発表場所: 東京工業大学 西9号館ディジタル多目的ホール(東京都)
  • 年月日: 2009-06-05
• [学会発表] Cellプロセッサを用いた編集距離計算の高速化 (2009)
  • 著者名/発表者名: 桜庭俊
  • 学会等名: SACSIS2009(先進的計算基盤システムシンポジウム)
  • 発表場所: 広島国際会議場(広島県)
  • 年月日: 2009-05-28
• [学会発表] A Combined Knowledge Based Scoring Function for Protein-Protein Docking (2009)
  • 著者名/発表者名: 郭皓
  • 学会等名: 第9回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 熊本全日空ホテルニュースカイ(熊本県)
  • 年月日: 2009-05-22
• [学会発表] ミオグロビン内のリガンド移動に連動したタンパク質の集団運動 (2009)
  • 著者名/発表者名: 西原泰孝
  • 学会等名: 第9回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 熊本全日空ホテルニュースカイ(熊本県)
  • 年月日: 2009-05-20
• [学会発表] タンパク質の分子運動におけるシミュレーションボックスサイズと水モデルの影響 (2009)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 第9回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 熊本全日空ホテルニュースカイ(熊本県)
  • 年月日: 2009-05-20
• [学会発表] 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系における効率的自由エネルギー計算手法の開発 (2009)
  • 著者名/発表者名: 原田隆平
  • 学会等名: 第9回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 熊本全日空ホテルニュースカイ(熊本県)
  • 年月日: 2009-05-20
• [学会発表] 分子シミュレーションで探る蛋白質のテラヘルツ時間領域分光データ (2009)
  • 著者名/発表者名: 城地保昌
  • 学会等名: 日本物理学会2009年第64回年次大会
  • 発表場所: 立教大学 / 東京都豊島区
  • 年月日: 2009-03-28
• [学会発表] 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系における効率的自由エネルギー計算手法の開発 (2009)
  • 著者名/発表者名: 原田隆平
  • 学会等名: 第64回日本物理学会2009年次大会
  • 発表場所: 立教大学 / 東京都豊島区
  • 年月日: 2009-03-27
• [学会発表] Dynamics of Protein Hydration Water Studied from The Simulated Coherent Neutron Scatterring Spectra (2009)
  • 著者名/発表者名: Joti, Yasumasa
  • 学会等名: 特定領域「水と生体分子」成果取りまとめシンポジウム&新学術領域「揺らぎと生体機能」第2回公開シンポジウム
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター / 愛知県岡崎市
  • 年月日: 2009-03-16
• [学会発表] Structure and Dynamics of The Protein Hydration Water at The Protein Dynamical Transition (2009)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa, Hiroshi
  • 学会等名: 特定領域「水と生体分子」成果取りまとめシンポジウム&新学術領域「揺らぎと生体機能」第2回公開シンポジウム
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター / 愛知県岡崎市
  • 年月日: 2009-03-16
• [学会発表] I-BARドメインの膜結合ダイナミクス (2009)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェア説明会
  • 発表場所: 学士会館 / 東京都千代田
  • 年月日: 2009-03-11
• [学会発表] I-BARドメインの膜結合ダイナミクス (2009)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 次世代ナノ統合シミュレーショシソフトウェアの研究開発;第3回公開シンポジウム
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター / 愛知県岡崎市
  • 年月日: 2009-03-05
• [学会発表] バクテリオファージT4の感染初期過程 (2009)
  • 著者名/発表者名: 二島渉
  • 学会等名: 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発;第3回公開シンポジウム
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター / 愛知県岡崎市
  • 年月日: 2009-03-05
• [学会発表] Free Energy Landscape of Biomolecules from Multiple Non-Equilibrium Molecular Simulations (2009)
  • 著者名/発表者名: Sakuraba, Shun
  • 学会等名: Biophysical Society's 53rd Annual Meeting
  • 発表場所: The Boston Convention and Exhibition Center / USA, Boston
  • 年月日: 2009-03-03
• [学会発表] Linear Response of Biomolecules To External Perturbations: Revisit Induce-fit (2009)
  • 著者名/発表者名: Yang, Lee-Wei
  • 学会等名: Biophysical Society's 53rd Annual Meeting
  • 発表場所: The Boston Convention and Exhibition Center / USA, Boston
  • 年月日: 2009-03-01
• [学会発表] Characterization of the effects of large main-chain dihedral changes in proteins (2009)
  • 著者名/発表者名: Kitao, Akio
  • 学会等名: Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences-Experi ments and Simulations
  • 発表場所: KIAS / KOREA. Soul
  • 年月日: 2009-02-28
• [学会発表] 大規模分子シミュレーションの現状と細菌べん毛系の機能研究 (2009)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 連続研究会「イオンチャンネル」
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセンター / 愛知県岡崎市
  • 年月日: 2009-02-17
• [学会発表] 同時ブロック対角比に基づく非線形相関モードの抽出 (2009)
  • 著者名/発表者名: 桜庭俊
  • 学会等名: 計算科学研究センターワークショップ「次世代理論化学の新展開と超並列計算への挑戦」
  • 発表場所: 岡崎コンファレンスセ・ンター / 愛知県岡崎市
  • 年月日: 2009-01-19
• [学会発表] T4ファージ蛋白質gp5の脂質2重膜貫通シミュレーション (2009)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 次世代スパコン「ナノ統合拠点」連続研究会-ウイルス分子科学-
  • 発表場所: 東京大学 / 東京都文京区
  • 年月日: 2009-01-06
• [学会発表] 膜変形蛋白質ドメインの分子ダイナミクス (2008)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第5回公開シンポジウム
  • 発表場所: つくば国際会議場 / 茨城県つくば市
  • 年月日: 2008-12-19
• [学会発表] 超並列計算機に適した生体分子シミュレーション法の開発 (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第5回公開シンポジウム
  • 発表場所: つくば国際会議場 / 茨城県つくば市
  • 年月日: 2008-12-18
• [学会発表] 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系における効率的自由エネルギー計算手法の開発 (2008)
  • 著者名/発表者名: 原田隆平
  • 学会等名: 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第5回公開シンポジウム
  • 発表場所: つくば国際会議場 / 茨城県つくば市
  • 年月日: 2008-12-18
• [学会発表] レア・イベントとしてのタンパク質ダイナミクスと複合体形成 (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 第46回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場 / 福岡県博多市
  • 年月日: 2008-12-05
• [学会発表] 分子シミュレーションと溶液散乱で探る蛋白質の立体構造変化 (2008)
  • 著者名/発表者名: 城地保昌
  • 学会等名: 第46回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場 / 福岡県博多市
  • 年月日: 2008-12-05
• [学会発表] 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系の効率的自由エネルギー地形探索 (2008)
  • 著者名/発表者名: 原田隆平
  • 学会等名: 第46回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場 / 福岡県博多市
  • 年月日: 2008-12-05
• [学会発表] 蛋白質動力学転移における水和水の構造とダイナミクス (2008)
  • 著者名/発表者名: 中川洋
  • 学会等名: 第46回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場 / 福岡県博多市
  • 年月日: 2008-12-05
• [学会発表] 膜変形タンパク質ドメインの分子ダイナミクス (2008)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 第46回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場 / 福岡県博多市
  • 年月日: 2008-12-04
• [学会発表] 時間依存・非依存線形応答理論を用いた誘導適合のメカニズムの解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 楊立威
  • 学会等名: 第46回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場 / 福岡県博多市
  • 年月日: 2008-12-04
• [学会発表] ミオグロビン内のリガンド移動の解析:線形応答理論と主成分解析の応用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 西原泰孝
  • 学会等名: 第46回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場 / 福岡県博多市
  • 年月日: 2008-12-03
• [学会発表] タンパク質表面の水和水のネットワーク形成とダイナミクス (2008)
  • 著者名/発表者名: 中川洋
  • 学会等名: 日本中性子科学会第8回年会
  • 発表場所: 名古屋大学 / 愛知県名古屋市
  • 年月日: 2008-12-01
• [学会発表] Independent subspace Analysisによるタンパク質の非線形モードの解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 桜庭俊
  • 学会等名: 第22回分子シミュレーション討論会
  • 発表場所: 岡山大学 / 岡山県岡山市
  • 年月日: 2008-11-17
• [学会発表] Induce-fit Revisit: Protein Conformational Changes in Response to External Perturbations (2008)
  • 著者名/発表者名: Yang, Lee-Wei
  • 学会等名: Examined Using Linear Response Theories (LRT), InCoB 2008
  • 発表場所: National Yang Ming University / TAIWAN, Taipei
  • 年月日: 2008-10-23
• [学会発表] バイオ分子間相互作用形態の階層的モデリング (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 戦略的創造研究推進事業CREST平成20年度公開シンポジウム
  • 発表場所: 東洋大学 / 東京都文京区
  • 年月日: 2008-10-20
• [学会発表] A New Flexible Protein-Protein Docking Method (2008)
  • 著者名/発表者名: Guo, Hao
  • 学会等名: CREST Annual Meeting, University of Tokyo
  • 発表場所: 東京大学 / 東京都支京区
  • 年月日: 2008-10-20
• [学会発表] A New Hierarchic Protein-Protein Docking Method (2008)
  • 著者名/発表者名: Guo, Hao
  • 学会等名: Life Science Research in University of Tokyo
  • 発表場所: 東京大学 / 東京都文京区
  • 年月日: 2008-09-23
• [学会発表] 分子シミュレーションと中性子干渉性散乱による蛋白質表面における水の集団運動の観察 (2008)
  • 著者名/発表者名: 城地保昌
  • 学会等名: 日本物理学会2008年秋季大会
  • 発表場所: 岩手大学 / 岩手県盛岡市
  • 年月日: 2008-09-22
• [学会発表] Effect of hydration, temperature and pressure on protein dynamics (2008)
  • 著者名/発表者名: Kitao, Akio
  • 学会等名: 5th International HPBB 2008
  • 発表場所: Scripps Inst.of Oceanography / California, USA
  • 年月日: 2008-09-15
• [学会発表] 蛋白質gp5三量体の脂質2重膜貫通シミュレーション (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第4回ワークショップ
  • 発表場所: 淡路夢舞台国際会議場/兵庫県淡路市
  • 年月日: 2008-06-18
• [学会発表] 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系の新規自由エネルギー計算手法の開発 (2008)
  • 著者名/発表者名: 原田隆平
  • 学会等名: 特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第4回ワークショップ
  • 発表場所: 淡路夢舞台国際会議場 / 兵庫県淡路市
  • 年月日: 2008-06-16
• [学会発表] 分子シミュレーションと溶液散乱で探る蛋白質の立体構造変化 (2008)
  • 著者名/発表者名: 城地保昌
  • 学会等名: 第8回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: タワーホール船掘 / 東京都江戸川区
  • 年月日: 2008-06-10
• [学会発表] 二面角遷移に基づくタンパク質立体構造変化の解析方法 (2008)
  • 著者名/発表者名: 二島渉
  • 学会等名: 第8回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: タワーホール船掘 / 東京都江戸川区
  • 年月日: 2008-06-10
• [学会発表] MDシミュレーションを用いたユビキチン主鎖N-HダイナミクスとNMR緩和 (2008)
  • 著者名/発表者名: 竹村和浩
  • 学会等名: 第8回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: タワーホール船掘 / 東京都江戸川区
  • 年月日: 2008-06-10
• [学会発表] Molecular simulation study to examine the possibility of detecting protein conformational motions by coherent neutron scattering (2008)
  • 著者名/発表者名: Joti, Yasumasa
  • 学会等名: The 1st International Conference of the Grand Challenge to Next-Generation Integrated Nanoscience
  • 発表場所: 日本科学未来館 / 東京都江東区
  • 年月日: 2008-06-05
• [学会発表] Molecular Mechanisms That Control Structure of Flexible Bio-nanomachines (2008)
  • 著者名/発表者名: Kitao, Akio
  • 学会等名: The 1st International Conference of the Grand Challen ge to Next-Generation Integrated Nanoscience
  • 発表場所: 日本科学未来館 / 東京都江東区
  • 年月日: 2008-06-04
• [学会発表] NMR Relaxation and backbone N-H dynamics of Ubiquitin Insight from Molecular Dynamics Simulation (2008)
  • 著者名/発表者名: Takemura, Kazuhiro
  • 学会等名: The 1st International Conference of the Grand Challenge to Next-Generation Integrated Nanoscience
  • 発表場所: 日本科学未来館 / 東京都江東区
  • 年月日: 2008-06-04
• [学会発表] Multiple Markov transition Matrix Method: Obtaining the stationary probability distribution from multiple simulations (2008)
  • 著者名/発表者名: Sakuraba, Shun
  • 学会等名: The 1st International Conference of the Grand Challenge to Next-Generation Integrated Nanoscience
  • 発表場所: 日本科学未来館 / 東京都江東区
  • 年月日: 2008-06-04
• [学会発表] やわらかい生体分子が形を制御する仕組み (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾彰朗
  • 学会等名: 東大/駒場/2008年度物性セミナー
  • 発表場所: 東京大学 / 東京都文京区
  • 年月日: 2008-05-23
• [学会発表] 【招待講演】分子シミュレーションで探る生体高分子系のダイナミクス (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾 彰朗
  • 学会等名: 応用物理学関係連合講演会
  • 発表場所: 千葉県船橋市日本大学理工学部
  • 年月日: 2008-03-27
• [学会発表] 【ポスター】マルコフ遷移行列から決定する生体分子の自由エネルギー面 (2008)
  • 著者名/発表者名: 櫻庭 俊、北尾 彰朗
  • 学会等名: 日本物理学会2008春季大会
  • 発表場所: 大阪府東大阪市近畿大学
  • 年月日: 2008-03-23
• [学会発表] 【招待講演】大規模計算機シミュレーションで探る生体超分子構造形成から分子機能まで (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾 彰朗
  • 学会等名: 第24回ライフサイエンス&HPC天城セミナー
  • 発表場所: 静岡県伊豆市天城ホームステッド
  • 年月日: 2008-03-21
• [学会発表] 【招待講演】大規模計算機シミュレーションで探る生体超分子構造形成から分子機能まで (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾 彰朗
  • 学会等名: ナノタク研究会;平成19年度シンポジウム「近未来ナノテクノロジ技術シーズ」
  • 発表場所: 群馬県桐生市群馬大学工学部
  • 年月日: 2008-03-19
• [学会発表] 【ポスター】分子シミュレーションと溶液散乱で探る蛋白質の立体構造変化 (2008)
  • 著者名/発表者名: 城地 保昌、北尾 彰朗
  • 学会等名: 文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト第2回公開シンポジウム
  • 発表場所: 愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
  • 年月日: 2008-03-05
• [学会発表] 【ポスター】全原子モデルと粗視化モデルを組み合わせた生体高分子系のマルチスケールシミュレーション (2008)
  • 著者名/発表者名: 原田 隆平、北尾 彰朗
  • 学会等名: 文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト第2回公開シンポジウム
  • 発表場所: 愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
  • 年月日: 2008-03-05
• [学会発表] 【ポスター】マルコフ遷移行列から決定する生体分子の自由エネルギー面 (2008)
  • 著者名/発表者名: 櫻庭 俊、北尾 彰朗
  • 学会等名: 文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト第2回公開シンポジウム
  • 発表場所: 愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
  • 年月日: 2008-03-05
• [学会発表] 【ポスター】バクテリオファージT4の感染初期過程 (2008)
  • 著者名/発表者名: 二島 渉、金丸 周司、有坂 文雄、北尾 彰朗
  • 学会等名: 文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト第2回公開シンポジウム
  • 発表場所: 愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
  • 年月日: 2008-03-05
• [学会発表] 【招待講演】大規模分子動力学シミュレーションで探るべん毛繊維とフックの構造多型 (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾 彰朗
  • 学会等名: 2008べん毛研究交流会ICORP超分子ナノマシンプロジェクト終了報告会
  • 発表場所: 京都府京都市関西セミナーハウス
  • 年月日: 2008-03-04
• [学会発表] 【ポスター】タンパク質拡散運動における水モデルとシミュレーションボックスサイズの影響 (2008)
  • 著者名/発表者名: 竹村 和浩、北尾 彰朗
  • 学会等名: 文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクト第2回公開シンポジウム
  • 発表場所: 愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
  • 年月日: 2008-03-04
• [学会発表] 【招待講演】大規模分子動力学法による生体超分子の立体構造変化と機能 (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾 彰朗
  • 学会等名: スーパーコンピューターワークショップ2008大規模計算と分子のダイナミクス
  • 発表場所: 愛知県 岡崎コンファレンスセンター
  • 年月日: 2008-02-18
• [学会発表] 【ポスター】タンパク質拡散における水モデルとシミュレーションボックスサイズ (2008)
  • 著者名/発表者名: 竹村 和浩、北尾 彰朗
  • 学会等名: スーパーコンピューターワークショップ2008大規模計算と分子のダイナミクス
  • 発表場所: 愛知県 岡崎市 岡崎コンファレンスセンター
  • 年月日: 2008-02-18
• [学会発表] 【口頭】生体超分子の立体構造変化と機能 (2008)
  • 著者名/発表者名: 北尾 彰朗
  • 学会等名: 第4回連携研究会;分野間連携プロジェクト「巨大計算新手法の開発と分子・物質シミュレーション中核拠点の形成
  • 発表場所: 愛知県岡崎市自然科学研究機構
  • 年月日: 2008-02-13
• [学会発表] 【ポスター】Hydration effects on protein dynamics studied by molecular dynamics simulation of a crystalline (2008)
  • 著者名/発表者名: 城地 保昌、北尾 彰朗
  • 学会等名: 第5回「水と生体分子」公開ワークショップ
  • 発表場所: 奈良県奈良市奈良県新公会堂
  • 年月日: 2008-01-24
• [学会発表] 【ポスター】Effects of water model and simulation box size on protein diffusional motions (2008)
  • 著者名/発表者名: 竹村 和浩、北尾 彰朗
  • 学会等名: 第5回「水と生体分子」公開ワークショップ
  • 発表場所: 奈良県 奈良市奈良県新公会堂
  • 年月日: 2008-01-24
• [学会発表] 【ポスター】Molecular Dynamics Simulations of the Periplasmic Glutamine Binding Protein (2008)
  • 著者名/発表者名: Hannes H. Loeffler、北尾 彰朗
  • 学会等名: Biomolecular Simulation2008:frontiers of biomolecular
  • 発表場所: Bristrol Zoo,UK
  • 年月日: 2008-01-07
• [学会発表] 【口頭】タンパク質ユビキチンのNMR緩和と分子シミュレーション (2007)
  • 著者名/発表者名: 竹村 和浩、北尾 彰朗
  • 学会等名: 第45回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 神奈川県横浜市パシフイコ横浜)
  • 年月日: 2007-12-21
• [学会発表] 【口頭】生体分子の自由エネルギー地形の解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 櫻庭 俊、北尾 彰朗
  • 学会等名: 第45回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 神奈川県横浜市パシフィコ横浜
  • 年月日: 2007-12-21
• [学会発表] 【口頭】Dynomics portal-An integral effort ond eveloping and organizing dynamics webservers/databases (2007)
  • 著者名/発表者名: Yang Lee-Wei、二島 渉、北尾 彰朗
  • 学会等名: 第45回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 神奈川県横浜市パシフィコ横浜
  • 年月日: 2007-12-21
• [学会発表] 【口頭】バクテリオファージT4の感染初期過程 (2007)
  • 著者名/発表者名: 二島 渉、金丸 周司、有坂 文雄、北尾 彰朗
  • 学会等名: 第45回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 神奈川県横浜市パシフィコ横浜
  • 年月日: 2007-12-21
• [学会発表] 【口頭】aPCA analysis of NMR on ubiquitin proteins and the webserver tool (2007)
  • 著者名/発表者名: Yang Lee-Wei、Eran Eyal、Ivet Bahar、北尾 彰朗
  • 学会等名: 第45回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 神奈川県横浜市パシフィコ横浜
  • 年月日: 2007-12-21
• [学会発表] 【ポスター】分子シミュレーションと中性子干渉性散乱で探る蛋白質の協奏的運動 (2007)
  • 著者名/発表者名: 城地 保昌、北尾 彰朗
  • 学会等名: 第45回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 神奈川県横浜市パシフィコ横浜
  • 年月日: 2007-12-21
• [学会発表] 【招待講演】Conformational changes in proteins and nucleic acids which constitute biological macro-molecules (2007)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: Japan-UK Symposium
  • 発表場所: 神奈川県横浜市パシフィコ横浜
  • 年月日: 2007-12-20
• [学会発表] 【ポスター】バクテリオファージT4の感染初期過程シミュレーション (2007)
  • 著者名/発表者名: 二島 渉、金丸 周司、有坂 文雄、北尾 彰朗
  • 学会等名: 特定領域研究「生体超分子構造」第4回公開シンポジウム
  • 発表場所: 大阪府豊中市千里ライフサイエンスセンター
  • 年月日: 2007-12-18
• [学会発表] 【ポスター】粗視化シミュレーションと並列全原子シミュレーションを組み合わせた生体高分子系の効率的構造空間探索 (2007)
  • 著者名/発表者名: 原田 隆平、北尾 彰朗
  • 学会等名: 特定領域研究「生体超分子構造」第4回公開シンポジウム
  • 発表場所: 大阪府豊中市千里ライフサイエンスセンター
  • 年月日: 2007-12-18
• [学会発表] 【ポスター】細菌べん毛蛋白質flagellinのアンフォールディングシミュレーション:繊維形成過程の理解を目指して (2007)
  • 著者名/発表者名: Chng Choon-peng、北尾 彰朗
  • 学会等名: 特定領域研究「生体超分子構造」第4回公開シンポジウム
  • 発表場所: 大阪府豊中市千里ライフサイエンスセンター
  • 年月日: 2007-12-18
• [学会発表] 【招待講演】サブマイクロ秒領域での蛋白質に揺らぎと機能 (2007)
  • 著者名/発表者名: 北尾 彰朗
  • 学会等名: 一回論理創薬研究会
  • 発表場所: 岐阜県岐阜市岐阜大学医学部
  • 年月日: 2007-12-05
• [学会発表] 【招待講演】Role of energy frustration in function of protein and supramolecule (2007)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: The 7th KIAS-Soongsil Conference on Protein Structure and Function
  • 発表場所: Soongsil University,Seoul,KOREA
  • 年月日: 2007-11-04
• [学会発表] 【口頭】Dynomicsera:How inforamation on conformational dynamics can be used to gain a deeper understanding of biologicalevents at themolecular level (2007)
  • 著者名/発表者名: YangLee-Wei, A. J. Rader, Eran Eyal, Xiong Liu, Christopher J.Jursa, Chakra Chennubhotla, MarkHolliman, Shann Ching Chen
  • 学会等名: ISMB/ECCB2007
  • 発表場所: Vienna,Austria
  • 年月日: 2007-07-22
• [学会発表] 【ポスター】Dynomics Era:Eortsinconstructinga PDB-commensurate dynamics dataase and web servers-How dynamics data can be of use to gain insights into biomolecular function (2007)
  • 著者名/発表者名: Yang Lee-Wei, A. J.Rader, EranEyal, Xiong Liu, h.ristopher J. Jursa, Chakra Chemubhotla, .hark Holliman, Shann Ching Chen
  • 学会等名: ISMB/ECCB2007, Vienna Austria, July 2007
  • 発表場所: Vienna,Austria
  • 年月日: 2007-07-22
• [学会発表] 【ポスター】The dynamic predisisposision of(the location of)enzyme active sites (2007)
  • 著者名/発表者名: Yang Lee-Wei, Akio Kitao, Lvet Bahar
  • 学会等名: AFP/Biosapien
  • 発表場所: Vienna,Austria
  • 年月日: 2007-07-19
• [学会発表] 【ポスター】バクテリオファージT4の感染機構 (2007)
  • 著者名/発表者名: 二島 渉、金丸 周司、有坂 文雄、北尾 彰朗
  • 学会等名: 第3回生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構
  • 発表場所: 静岡県熱海市ホテルニューアカオ
  • 年月日: 2007-07-11
• [学会発表] 【ポスター】生体分子の自由エネルギー地形の解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 櫻庭 俊、北尾 彰朗、有坂 文雄
  • 学会等名: 第3回生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構
  • 発表場所: 静岡県熱海市ホテルニューアカオ
  • 年月日: 2007-07-11
• [学会発表] 【招待講演】Polyrnorphic Supercoiling Mechanism of Bacterial Flagellar Fllamentand Hook (2007)
  • 著者名/発表者名: Akio Kitao
  • 学会等名: Theoretical Colloquia Series
  • 発表場所: Los Alamos,USA
  • 年月日: 2007-06-21
• [学会発表] 【ポスター】分子シミュレーションによるタンパク質分子間ドッキング計算手法の開発 (2007)
  • 著者名/発表者名: 竹村 和浩、北尾 彰朗
  • 学会等名: 第7回日本蛋白質科学会
  • 発表場所: 宮城県仙台市仙台国際センター
  • 年月日: 2007-05-24
• [学会発表] 【ポスター】バクテリオファージT4尾部の膜貫通機構 (2007)
  • 著者名/発表者名: 二島 渉、金丸 周司、有坂 文雄、北尾 彰朗
  • 学会等名: 第7回日本蛋白質科学会
  • 発表場所: 宮城県仙台市仙台国際センター
  • 年月日: 2007-05-24
• [備考] ホームページ
  • URL: http://www.iam.u-tokyo.ac.jp/MolDes/
• [備考]
  • URL: http://dynamics.iam.u-tokyo.ac.jp/
• [備考]
  • URL: http://dynamics.iam.u-tokyo.ac.jp/
• [備考]
  • URL: http://dynamics.iam,u-tokyo,ac.jp/