蛍光偏光解消法によるユビキチン関連因子等の未知ターゲット探索

• 研究課題/領域番号: 19380056
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 応用微生物学
• 研究機関: 青山学院大学 (2010); 独立行政法人海洋研究開発機構 (2007-2009)
• 研究代表者: 阿部 文快 青山学院大学, 理工学部, 准教授 (30360746)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 19,500千円 (直接経費: 15,000千円、間接経費: 4,500千円); 2010年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円); 2009年度: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円); 2008年度: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円); 2007年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
• キーワード: 蛍光偏光解消法 / 時間分解測定 / 細胞膜物性 / 蛍光寿命 / 出芽酵母 / ユビキチン機構 / 回転ブラウン運動 / 分子間相互作用

研究概要

回転運動を指標にユビキチン関連因子と相互作用する分子を同定する試みである。方法論確立のため、まず酵母細胞膜の脂質回転運動を定量化したところ、ステロール異常で膜剛直性が失われアシル鎖の回転が増大していた。フルオロセイン標識したモデルタンパク質では、分子量10kDa程度までは回転相関時間と分子量に相関が見られた。よって、ドメインごとの相互作用解析が有効であることが判明した。Rsp5ユビキチンリガーゼと相互作用するSna3が得られた。本研究手法を用いてRsp5-Sna3間相互作用の詳細を解析する予定である。

研究成果

• [雑誌論文] Different pressure resistance of lactate dehydrogenases from hagfish is dependent on habitat depth and caused by tetrameric structure dissociation. (2011)
  • 著者名/発表者名: Nishiguchi, Y., Abe, F., Okada, M.
  • 雑誌名: Marine Biotechnology 巻: (In press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Overexpression of EAR1 and SSH4 that encode PPxY proteins in the multivesicular body provides stability of tryptophan permease Tat2 allowing yeast cells to grow under high hydrostatic pressure (2010)
  • 著者名/発表者名: Hiraki, T., Usui, K., Abe, F.
  • 雑誌名: High Pressure Research 30 ページ: 514-518
  • 査読あり
• [雑誌論文] Overexpression of SNA3 stabilizes tryptophan permease Tat2, potentially competing for the WW domain of Rsp5 ubiquitin ligase with its binding protein Bul1 (2010)
  • 著者名/発表者名: Hiraki, T., Abe, F
  • 雑誌名: FEBS Lett 584 ページ: 55-60
  • 査読あり
• [雑誌論文] Fluconazole modulates membrane rigidity, heterogeneity and water penetration into the plasma membrane in Saccharomyces cerevisiae (2010)
  • 著者名/発表者名: Abe, F., Usui, K., Hiraki, T.
  • 雑誌名: Biochemistry 48 ページ: 8494-8504
  • 査読あり
• [雑誌論文] Overexpression of EAR1 and SSH4 that encode PPxY proteins in the multivesicular body provides stability of tryptophan permease Tat2 allowing yeast cells to grow under high hydrostatic pressure (2010)
  • 著者名/発表者名: Hiraki, T., Usui, K., Abe, F
  • 雑誌名: High Pressure Research 巻: 30 ページ: 514-518
  • 査読あり
• [雑誌論文] Overexpression of SNA3 stabilizes tryptophan permease Tat2, potentially competing for the WW domain of Rsp5 ubiquitin ligase with its binding protein Bull. (2010)
  • 著者名/発表者名: Hiraki, T., Abe, F.
  • 雑誌名: FEBS Lett. 巻: 584 ページ: 55-60
  • 査読あり
• [雑誌論文] Overexpression of SNA3 stabilizes tryptophan permease Tat2, potentially competing for the WW domain of Rsp5 ubiquitin ligase with its binding protein (2010)
  • 著者名/発表者名: Hiraki, T., Abe, F.
  • 雑誌名: Bull.FEBS Lett. 584 ページ: 55-60
  • 査読あり
• [雑誌論文] Overexpression of SNA3 stabilizes tryptophan permease Tat2, potentially competing for the WW domain of Rsp5 ubiquitin ligase with its binding protein Bull (2010)
  • 著者名/発表者名: Toshiki Hiraki
  • 雑誌名: FEBS Lett. 584 ページ: 55-60
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sorting defects of the tryptophan permease Tat2 in an erg2 yeast mutant (2009)
  • 著者名/発表者名: Daicho, K., Makino, N. Hiraki, T., Ueno, M., Uritani, M., Abe, F., Ushimaru, T.
  • 雑誌名: FEMS Microbiol. Lett 298 ページ: 218-227
  • 査読あり
• [雑誌論文] Interaction of Bap31 and class I MHC molecules and their traffic out of the endoplasmic reticulum. J (2009)
  • 著者名/発表者名: Abe, F., Van Prooyen, N., Ladasky, J. J., Edidin, M.
  • 雑誌名: Immunol 182 ページ: 4776-4783
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mechanistic role of ergosterol in membrane rigidity and cycloheximide resistance in Saccharomyces cerevisiae (2009)
  • 著者名/発表者名: Abe, F., Hiraki, T.
  • 雑誌名: Biochim. Biophys. Acta 1788 ページ: 743-752
  • 査読あり
• [雑誌論文] Control of Protein and Sterol Trafficking by Antagonistic Activities of a P4-ATPase and Oxysterol Binding Protein Homologue (2009)
  • 著者名/発表者名: Muthusamy, B-P, Raychaudhuri, S., Natarajan, P., Abe, F., Liu, K., Prinz, W. A. Graham, T. R.
  • 雑誌名: Mol. Biol. Cell 20 ページ: 2920-2931
  • 査読あり
• [雑誌論文] Functional interactions between sphingolipids and sterols in biological membranes regulating cell physiology (2009)
  • 著者名/発表者名: Guan, X., Souza, C., Pichler, H., Dewhurst, G., Schaad, O., Kajiwara, K., Wakabayashi, H., Ivanova, T., Castillon, G., Piccolis, M., Abe, F., Loewith, R., Funato, K., Wenk, M., Riezman, H.
  • 雑誌名: Mol. Biol. Cell 20 ページ: 2083-2095
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification and characterization of two alternative σ factors of RNA polymerase in the deep-sea piezophilic bacterium, Shewanella violacea strain DSS12 (2009)
  • 著者名/発表者名: Kawano, H., Takahashi, H., Abe, F., Kato, C., Horikoshi, K.
  • 雑誌名: Biochem. Biosci. Biotechnol. 73 ページ: 200-202
  • NAID: 10027536548
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sorting defects of the tryptophan permease Tat2 in an erg2 yeast mutant (2009)
  • 著者名/発表者名: Daicho, K., Makino, N. Hiraki, T., Ueno, M., Uritani, M., Abe, F., Ushimaru, T.
  • 雑誌名: FEMS Microbiol.Lett. 298 ページ: 218-227
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mechanistic role of ergosterol in membrane rigidity and cycloheximide resistance in Saccharomyces cerevisiae (2009)
  • 著者名/発表者名: Abe, F., Hiraki, T.
  • 雑誌名: Biochim.Biophys.Acta 1788 ページ: 743-752
  • 査読あり
• [雑誌論文] Fluconazole modulates membrane rigidity, heterogeneity and water penetration into the plasma membrane in Saccharomyces cerevisiae (2009)
  • 著者名/発表者名: Fumiyoshi Abe
  • 雑誌名: Biochemistry 48 ページ: 8494-8504
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mechanistic role of ergosterol in membrane rigidity and cycloheximide resistance in Saccharomyces cerevisiae (2009)
  • 著者名/発表者名: Fumiyoshi Abe
  • 雑誌名: Biochim.Biophys.Acta 1788 ページ: 743-752
  • 査読あり
• [雑誌論文] Control of Protein and Sterol Trafficking by Antagonistic Activities of a P4-ATPase and Oxysterol Binding Protein Homologue (2009)
  • 著者名/発表者名: B-P, Muthusamy
  • 雑誌名: Mol.Biol.Cell 20 ページ: 2920-2931
  • 査読あり
• [雑誌論文] Functional interactions between sphingolipids and sterols in biological membranes regulating cell physiology (2009)
  • 著者名/発表者名: X, Guan
  • 雑誌名: Mol.Biol.Cell 20 ページ: 2083-2095
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sorting defects of the tryptophan permease Tat2 in an erg2 yeast mutant (2009)
  • 著者名/発表者名: Katsue Daicho
  • 雑誌名: FEMS Microbiol.Lett 298 ページ: 218-227
  • 査読あり
• [雑誌論文] Interaction of Bap31 and class I MHC molecules and their traffic out of the endoplasmic reticulum (2009)
  • 著者名/発表者名: Fumiyoshi Abe
  • 雑誌名: J.Immunol 182 ページ: 4776-4783
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification and characterization of two alternative σ factors of RNA polymerase in the deep-sea piezophilic bacterium, Shewanella violacea strain DSS12 (2009)
  • 著者名/発表者名: Hiroaki Kawano
  • 雑誌名: Biochem.Biosci.Biotechnol 73 ページ: 200-202
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effects of pressure on enzyme function of Escherichia coli dihydrofolate reductase (2008)
  • 著者名/発表者名: Ohmae, E., Tatsuta, M., Abe, F., Kato, C., Tanaka, N., Kunugi, S., Gekko, K.
  • 雑誌名: Biochim. Biophys. Acta 1784 ページ: 1115-1121
  • NAID: 120001092485
  • 査読あり
• [雑誌論文] Global screening of genes essential for growth in high-pressure and cold environments: searching for basic adaptive strategies using a yeast deletion library (2008)
  • 著者名/発表者名: Abe, F., Minegishi, H.
  • 雑誌名: Genetics 178 ページ: 851-872
  • 査読あり
• [雑誌論文] Pressure-adaptive differences in lactate dehydrogenases of three hagfishes: Eptatretus burgeri, Paramyxine atami, and Eptatretus okinoseanus (2008)
  • 著者名/発表者名: Nishiguchi, Y., Miwa, T., Abe, F.
  • 雑誌名: Extremophiles 12 ページ: 477-480
  • 査読あり
• [雑誌論文] Global screening of genes essential for growth in high-pressure and cold environments : searching for basic adaptive strategies using a yeast deletion library (2008)
  • 著者名/発表者名: Abe, F., Minegishi, H.
  • 雑誌名: Genetics 178 ページ: 851-872
  • 査読あり
• [雑誌論文] Induction of DAN/TIR yeast cell wall mannoprotein genes in response to high hydrostatic pressure and low temperature (2007)
  • 著者名/発表者名: Abe, F.
  • 雑誌名: FEBS Lett 581 ページ: 4993-4998
  • 査読あり
• [学会発表] 圧力とゲノムの摂動で測る細胞内のすき間 (2010)
  • 著者名/発表者名: 阿部文快
  • 学会等名: 日本生化学会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2010-10-21
• [学会発表] Spotlight lecture: Dynamics of microbial membranes under high pressure: a study using time-resolved fluorescence anisotropy measurement (2010)
  • 著者名/発表者名: 阿部文快
  • 学会等名: 6th International Conference on High Pressure Bioscience and Biotechnology (HPBB2010) 2010
  • 発表場所: Freising, Germany
  • 年月日: 2010-08-29
• [学会発表] Dynamics of microbial membranes under high pressure : a study using time-resolved fluorescence anisotropy measurement. (2010)
  • 著者名/発表者名: Abe, F.
  • 学会等名: 6th International Conference on High Pressure Bioscience and Biotechnology (HPBB2010)
  • 発表場所: Freising, Germany
  • 年月日: 2010-08-29
• [学会発表] 圧力とゲノムの摂動で測る細胞内のすき間 (2009)
  • 著者名/発表者名: 阿部文快
  • 学会等名: 日本生化学会
  • 発表場所: ポートピアホテル、神戸
  • 年月日: 2009-10-21
• [学会発表] 圧力と蛍光偏光解消法を用いた. 生体膜ダイナミクスの解析(招待講演) (2009)
  • 著者名/発表者名: 阿部文快
  • 学会等名: グローバルCOE「統合物質科学」セミナー
  • 発表場所: 京都大学化学研究所、宇治
  • 年月日: 2009-10-20
• [学会発表] 高圧蛍光偏光解消法の開発と微生物細胞膜への圧力効果 (2009)
  • 著者名/発表者名: 阿部文快
  • 学会等名: 第16回生物関連高圧研究会シンポジウム
  • 発表場所: 産業技術総合研究所 臨海副都心センター、東京
  • 年月日: 2009-07-30
• [学会発表] フルコナゾールによる細胞膜の動的構造変化と erg3 株の耐性 (2009)
  • 著者名/発表者名: 阿部文快
  • 学会等名: 酵母遺伝学フォーラム
  • 発表場所: ノバホール、つくば
  • 年月日: 2009-07-29
• [学会発表] フルコナゾールによる細胞膜の動的構造変化とerg3株の耐性 (2009)
  • 著者名/発表者名: 阿部文快
  • 学会等名: 酵母遺伝学フォーラム
  • 発表場所: ノバホール、つくば
  • 年月日: 2009-07-29
• [学会発表] 圧力を用いて細胞内のすき間を測る (2008)
  • 著者名/発表者名: 阿部文快
  • 学会等名: 日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2008-12-11
• [学会発表] 圧力を用いて細胞内のすき間を測る (2008)
  • 著者名/発表者名: 阿部文快
  • 学会等名: 日本分子生物学会
  • 発表場所: ポートピアホテル、神戸
  • 年月日: 2008-12-11
• [学会発表] ナノ秒計測で探る細胞膜の動態と薬剤感受性 (2008)
  • 著者名/発表者名: 阿部文快
  • 学会等名: 酵母遺伝学フォーラム
  • 発表場所: 北海道大学、札幌
  • 年月日: 2008-09-11
• [学会発表] 圧力生理学の挑戦?細胞機能の新たな理解をめざして (2008)
  • 著者名/発表者名: 阿部文快
  • 学会等名: 酵母合同シンポジウム
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2008-06-05
• [学会発表] 圧力生理学の挑戦 ～細胞機能の新たな理解をめざして (2008)
  • 著者名/発表者名: 阿部文快
  • 学会等名: 酵母合同シンポジウム
  • 発表場所: 甲南大学、神戸
  • 年月日: 2008-06-05
• [学会発表] ユビキチン化による酵母トリプトファン輸送体の制御と動態-圧力生理学からのアプローチ (2007)
  • 著者名/発表者名: 阿部文快
  • 学会等名: 日本トリプトファン研究会第29回学術集会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2007-12-08
• [学会発表] 酵母をモデルとした微生物に対する圧力効果の網羅的解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 阿部文快
  • 学会等名: 日本高圧力討論会
  • 発表場所: 鳥取
  • 年月日: 2007-11-20
• [学会発表] 圧力で探る生体膜と膜タンパク質のダイナミクス研究 (2007)
  • 著者名/発表者名: 阿部文快
  • 学会等名: 2007堀場雅夫賞受賞講演
  • 発表場所: 京都
  • 年月日: 2007-10-17
• [学会発表] 高圧下におけるユビキチンシステムの生理機能解析とその応用 (2007)
  • 著者名/発表者名: 阿部文快
  • 学会等名: 日本農芸化学会年会シンポジウム
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2007-03-25
• [学会発表] 定量的蛍光イメージングからアプローチする酵母研究-蛍光異方性と蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)の解析で何がわかるのか (2007)
  • 著者名/発表者名: 阿部文快
  • 学会等名: 酵母研究会
  • 発表場所: 西宮
  • 年月日: 2007-03-08
• [備考] ホームページ
  • URL: http://www.chem.aoyama.ac.jp/Chem/ChemHP/abeflab/
• [産業財産権] 抗菌剤に対する微生物のMICを予測する方法 (2008)
  • 発明者名: 阿部文快
  • 権利者名: 独立行政法人海洋研究開発機構
  • 産業財産権番号: 2008-231666
  • 出願年月日: 2008-09-10