Rad18タンパク質の多様な相互作用機構発現の構造的基盤

• 研究課題/領域番号: 19390012
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 物理系薬学
• 研究機関: 熊本大学
• 研究代表者: 山縣 ゆり子 熊本大学, 大学院・医学薬学研究部, 教授 (40183678)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2008
• 研究課題ステータス: 完了 (2008年度)
• 配分額: 18,200千円 (直接経費: 14,000千円、間接経費: 4,200千円); 2008年度: 6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円); 2007年度: 11,310千円 (直接経費: 8,700千円、間接経費: 2,610千円)
• キーワード: 生物物理化学 / 構造生物学 / DNA修復 / 蛋白質複合体 / 蛋白質結晶化 / X線結晶構造解析 / タンパク質-DNA複合体

研究概要

様々なDNAの損傷に対して生物はDNAを修復する様々な仕組みをもっている。そのようなDNAの修復に重要なRad18の働く仕組みをRad18相互作用するタンパク質やDNAとの複合体の結晶化を行いRad18/Rad6複合体の結晶を得た。さらにRad18のSAPドメインが複製フォーク様DNAとの結合に重要であることをドメインの構造モデルを構築することによって説明した。

研究成果

• [雑誌論文] Crystallization and preliminary Xray analysis of the tumor necrosis factor α-tumor necrosis factor receptor type 2 complex. (2009)
  • 著者名/発表者名: Mukai Y, Nakamura T, Yoshioka Y, Tsunoda S, Kamada H, Nakagawa S, Yamagata Y, and Tsutsumi Y.
  • 雑誌名: Acta Cryst. F65 ページ: 295-298
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure-function relationship of tumor necrosis factor (TNF) and its receptor interaction based on 3D structural analysis of a fully active TNFR1-selective TNF mutant. (2009)
  • 著者名/発表者名: Mukai, Y., et al., and Yamagata, Y., Tsutsumi Y., 他9名
  • 雑誌名: J. Mol. Biol. 385 ページ: 1221-1229
  • 査読あり
• [雑誌論文] structure-function relationship of tumor necrosis factor (TNF)and its receptor interaction based an 3D structural analysis of a My active TNFRl-selective TNF mutant (2009)
  • 著者名/発表者名: Mukai, Y., et al.
  • 雑誌名: Journal of Molecular Biology 381 ページ: 1221-1229
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystallization and preliminary Xray analysis of the tumor necrosis factor α-tumor necrosis factor receptor type 2 complex. (2009)
  • 著者名/発表者名: Mukai, Y., et al.
  • 雑誌名: Acta Cryst. F65 ページ: 295-298
  • 査読あり
• [雑誌論文] Recognition of forked and single-stranded DNA structures by human RAD18 complexed with RADB protein triggers its recruitment to stalled replication forks. (2008)
  • 著者名/発表者名: Tsuji, Y., Watanabe, K., Araki, K., Shinohara, M., Yamagata, Y., Tsurimoto, T., Hanaoka, F., Yamamura, K., Yamaizumi, M., and Tateishi
  • 雑誌名: S. Genes to Cells 13 ページ: 343-354
  • 査読あり
• [雑誌論文] Preparation, crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the DNA binding domain of the Ets transcription factor in complex with target DNA (2008)
  • 著者名/発表者名: Suwa, Y., Nakamura, T., Toma, S., Ikemizu, S., Kai H., and Yamagata Y.
  • 雑誌名: Acta Cryst. F64 ページ: 171-174
  • 査読あり
• [雑誌論文] Creation and X-ray structure analysis of the tumor necrosis factor receptor-1 selective mutant of a TNF.antagonist. (2008)
  • 著者名/発表者名: Shibata, H., et al., and Yamagata, Y., Tsunoda, S., Kamada, H., Tsutsumi Y., 他22名
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. 283 ページ: 998-1007
  • 査読あり
• [雑誌論文] Recognition of forked and single-stranded DNA structures by human RAD18 complexed with RADB protein triggers its recruitment to stalled replication forks (2008)
  • 著者名/発表者名: Tsuji, Y., et al.
  • 雑誌名: Genes to Cells 13 ページ: 343-354
  • 査読あり
• [雑誌論文] Preparation,crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the DNA binding domain of the Ets transcription factor in complex with target DNA. (2008)
  • 著者名/発表者名: Suwa Y., et. al.
  • 雑誌名: Acta Cryst. F64 ページ: 171-174
  • 査読あり
• [雑誌論文] Recognition of forked and single-stranded DNA structures by human RAD18 complexed with RADB protein triggers its recruitment to stalled replication forks (2008)
  • 著者名/発表者名: Tsuji, Y., et. al.
  • 雑誌名: Genes to Cells 13 ページ: 343-354
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal structure of the IL-15-IL-15Rα complex, a cytokine-receptor unit presented in trans. (2007)
  • 著者名/発表者名: Chirifu, M., Hayashi, C., Nakamura, T., Toma, S., Shuto, T., Kai, H., Yamagata, Y., Davis S.J., and Ikemizu, S.
  • 雑誌名: Nature Immunol 8 ページ: 1001-1007
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystallographic Investigation of the Inhibition Mode of a VIM-2 Metallo-・-lactamase from Pseudomonas aeruginosa by a Mercaptocarboxylate Inhibitor. (2007)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi, Y., Jin, W., Matsunaga, K., Ikemizu, S., Yamagata, Y., Wachino, J., Shibata, N., Arakawa, Y., and Kurosaki H.
  • 雑誌名: J. Med. Chem. 50 ページ: 6647-6653
  • 査読あり
• [雑誌論文] アルツハイマー病治療薬塩酸ドネペジルによるアセチルコリンエステラーゼの阻害機構 (2007)
  • 著者名/発表者名: 中村照也、山縣ゆり子
  • 雑誌名: 医薬ジャーナル 43, No.5 ページ: 5-14
• [雑誌論文] Crystal structure of the IL-15-1L-15Rα complex,a cytokine-receptor unit presented in trans (2007)
  • 著者名/発表者名: Chirifu M., et. al.
  • 雑誌名: Nature Immunol. 8 ページ: 1001-1007
  • 査読あり
• [学会発表] 機能未知であるヒト一回膜貫通型タンパク質のC末ドメインの立体構造決定 (2009)
  • 著者名/発表者名: 山縣ゆり子
  • 学会等名: 日本薬学会第129回年会
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] hMTH1による8-oxo-dGTPの基質認識と加水分解反応機構の構造学的基盤 (2009)
  • 著者名/発表者名: 稲里みゆき
  • 学会等名: 次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム(PPF2009)
  • 発表場所: 高槻
• [学会発表] 中性子回折実験のための大型結晶作成の試み (2009)
  • 著者名/発表者名: 山縣ゆり子
  • 学会等名: タンパク質結晶育成研究会
  • 発表場所: 東海村
• [学会発表] 蛋白質の立体構造から熱安定化機構と分子間相互作用を探る (2008)
  • 著者名/発表者名: 山縣ゆり子
  • 学会等名: 財団法人化学及血清療法研究所KIKUCHIバイオセミナー
  • 発表場所: 熊本
  • 年月日: 2008-05-16
• [学会発表] 変異原ヌクレオチド分解酵素の反応機構解明 (2008)
  • 著者名/発表者名: 山縣ゆり子
  • 学会等名: 第32回蛋白質と酵素の構造と機能に関する九州シンポジウム
  • 発表場所: 阿蘇
• [学会発表] Structural insights into the substrate recognition and hydrolysis reaction mechanisms of 8-oxo-dGDPase. (2008)
  • 著者名/発表者名: Takao Arimori
  • 学会等名: IUCr
  • 発表場所: Osaka
• [学会発表] High resolution X-ray diffraction study of the hMTH1 mutant (2008)
  • 著者名/発表者名: Teruya Nakamura
  • 学会等名: IUCr
  • 発表場所: Osaka
• [学会発表] Structural basis for transcriptional regulation mechanisms by the transcription factor Ets2. (2008)
  • 著者名/発表者名: Yoshiaki Suwa
  • 学会等名: IUCr
  • 発表場所: Osaka
• [学会発表] 8-oxo-dGDP加水分解酵素における基質認識機構および反応機構の構造学的基盤 (2008)
  • 著者名/発表者名: 有森貴夫(ポスター賞受賞)
  • 学会等名: 第8回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] ヒトMTH1蛋白質の機能解明に必須の高分解能X線結晶構造解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 山縣ゆり子
  • 学会等名: 第21回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
  • 発表場所: 草津
• [学会発表] Structure-function relationships of enzymes for oxidative nucleotide processing (2007)
  • 著者名/発表者名: Yuriko Yamagata
  • 学会等名: 2007 Frontier Research Symposium on Genome Stability in Control of Diseases and Aging at Fukuoka Dental College
  • 発表場所: Fukuoka
  • 年月日: 2007-10-29
• [学会発表] DNA 修復関連酵素による核酸塩基の正常と異常の識別に関する構造生物学的研究 (2007)
  • 著者名/発表者名: 山縣 ゆり子
  • 学会等名: 変異機構研究会・第20回夏の学校
  • 発表場所: 愛知
  • 年月日: 2007-07-28
• [学会発表] ゲノムの酸化損傷を抑制するタンパク質の構造生物学的研究 (2007)
  • 著者名/発表者名: 山縣ゆり子
  • 学会等名: 独立行政法人医薬基盤研究所セミナー
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2007-05-18
• [学会発表] hMTH1による8-oxo-dATPの認識機構 (2007)
  • 著者名/発表者名: 山縣ゆり子
  • 学会等名: 日本生物物理学会第45回年会
  • 発表場所: 横浜
• [学会発表] STRUCTURE-BASED DESIGN OF INHIBITORS OF HUMAN MTH1 PROTEIN I (2007)
  • 著者名/発表者名: Yuriko Yamagata
  • 学会等名: The 8th Conference of the Asian Crystallographic Association
  • 発表場所: Taipei
• [学会発表] DNA修復関連酵素による核酸塩基の正常と異常の識別に関する構造生物学的研究 (2007)
  • 著者名/発表者名: 山縣ゆり子
  • 学会等名: 変異機構研究会・第20回夏の学校
  • 発表場所: 名古屋
• [図書] 2章X線結晶構造解析法の展開, 薬学分析科学の最前線 (2009)
  • 著者名/発表者名: 中村照也、山縣ゆり子(日本薬学会物理系薬学部・分析化学担当教員会議編)
  • 出版者: (株)じほう