消化器癌におけるタイリングアレイを用いた高解像度エピゲノム解析

• 研究課題/領域番号: 19390345
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 消化器外科学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 金田 篤志 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任准教授 (10313024)
• 研究分担者: 堤 修一 東京大学, 先端科学技術研究センター, 助教 (30345152) ; 宇於崎 宏 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (10296246)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2009
• 研究課題ステータス: 完了 (2009年度)
• 配分額: 18,460千円 (直接経費: 14,200千円、間接経費: 4,260千円); 2009年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円); 2008年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円); 2007年度: 6,890千円 (直接経費: 5,300千円、間接経費: 1,590千円)
• キーワード: 胃十二指腸外科学 / 癌 / エピゲノム / エピジェネティクス / マイクロアレイ / 情報工学

研究概要

タイリングアレイを用いたDNAメチル化網羅的解析および質量分析機MassARRAYを用いたメチル化定量解析により、大腸癌では3つの異なるエピジェノタイプを同定し、肝癌ではC型肝炎ウィルス陽性肝癌に特異的にメチル化される遺伝子を同定した。

研究成果

• [雑誌論文] Three DNA methylation epigenotypes in human colorectal cancer (2010)
  • 著者名/発表者名: Yagi K, Akagi K, Hayashi H, Nagae G, Tsuji S, Isagawa T, Midorikawa Y, Nishimura Y, Sakamoto H, Seto Y, Aburatani H, Kaneda A.
  • 雑誌名: Clin Cancer Res 16(Epub) ページ: 21-33
• [雑誌論文] Identification of genes preferentially methylated in hepatitis C virus-related hepatocellular carcinoma (2010)
  • 著者名/発表者名: Deng YB, Nagae G, Midorikawa Y, Yagi K, Tsutsumi S, Yamamoto S, Hasegawa K, Kokudo N, Aburatani H, Kaneda A.
  • 雑誌名: Cancer Sci (Epub)
  • NAID: 10026593919
• [雑誌論文] Three DNA methylation epigenotypes in human colorectal cancer. (2010)
  • 著者名/発表者名: Koichi Yagi, et al., At sushi Kaneda
  • 雑誌名: Clin Cancer Res 16 ページ: 21-33
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of genes preferentially methylated in hepatit is C virus-related hepatocellular carcinoma. (2010)
  • 著者名/発表者名: Ying-Bing Deng, et al., Atsushi Kaneda
  • 雑誌名: Cancer Sci (Epub2010Feb27)
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNAメチローム解析研究の最新動向 (2010)
  • 著者名/発表者名: 金田篤志
  • 雑誌名: 実験医学 (掲載確定In press)
• [雑誌論文] 質量分析機 (MassARRAY) によるDNAメチル化定量解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 金田篤志
  • 雑誌名: 実験医学 別冊 ページ: 92-103
• [雑誌論文] エピゲノミクス―転写レギュローム (2008)
  • 著者名/発表者名: 金田篤志
  • 雑誌名: 医学の歩み 別冊 ページ: 57-64
• [雑誌論文] 胃癌のepigenetic change (2008)
  • 著者名/発表者名: 金田篤志ら
  • 雑誌名: 消化器外科 31 ページ: 610-616
• [雑誌論文] MassARRAYによるDNAメチル化解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 金田篤志
  • 雑誌名: 遺伝子医学MOOK 10 ページ: 168-175
• [雑誌論文] エピゲノミクス--転写レギュローム (2008)
  • 著者名/発表者名: 金田篤志
  • 雑誌名: 医学の歩み 219 ページ: 57-64
• [雑誌論文] 質量分析機(MassARRAY)によるDNAメチル化定量解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 金田篤志
  • 雑誌名: 実験医学 別冊 ページ: 92-103
• [雑誌論文] 胃癌の epigenetic change (2008)
  • 著者名/発表者名: 金田篤志, ら
  • 雑誌名: 消化器外科 ((印刷中)掲載確定)
• [雑誌論文] MassARRAYによるDNAメチル化解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 金田篤志
  • 雑誌名: 遺伝子医学MOOK ((印刷中)掲載確定)
• [雑誌論文] アレイを必要としないゲノム網羅的DNAメチル化解析法 (2007)
  • 著者名/発表者名: 金田篤志
  • 雑誌名: バイオテクノロジージャーナル 7 ページ: 416-21
• [雑誌論文] Enhanced sensitivity to IGF-II signaling links loss of imprinting of IGF2 to increased cell pr (2007)
  • 著者名/発表者名: Kaneda A, et al.
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci USA 104 ページ: 20926-31
  • 査読あり
• [雑誌論文] DNAメチローム解析研究の最新動向
  • 著者名/発表者名: 金田篤志
  • 雑誌名: 実験医学 (in press)
• [学会発表] 定量的メチル化解析により大腸癌は3群のエピジェノタイプに分類される (2009)
  • 著者名/発表者名: 八木浩一, 金田篤志, ら
  • 学会等名: 第68回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-10-02
• [学会発表] 肝癌におけるゲノム・エピゲノム異常の包括的解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 永江玄太, 金田篤志, ら
  • 学会等名: 第68回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-10-02
• [学会発表] 癌エピジェノタイピング (2009)
  • 著者名/発表者名: 金田篤志, ら
  • 学会等名: 第68回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-10-01
• [学会発表] 胃癌におけるDNAメチル化の網羅的解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 松坂恵介, 金田篤志, ら
  • 学会等名: 第68回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-10-01
• [学会発表] 肝癌過程におけるDNAメチル化の変化と肝炎ウィルスの関係 (2009)
  • 著者名/発表者名: 〓穎氷, 金田篤志, ら
  • 学会等名: 第68回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-10-01
• [学会発表] 口腔癌における網羅的異常メチル化遺伝子の解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 葭葉清香、金田篤志, ら
  • 学会等名: 第68回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-10-01
• [学会発表] Cancer Epigenotyping. Epigenomics (2009)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Kaneda
  • 学会等名: Sequencing and SNiPomics-2009
  • 発表場所: Boston, USA
  • 年月日: 2009-07-14
• [学会発表] Cancer Epigenotyping (2009)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Kaneda
  • 学会等名: Epigenomics, Sequencing and SNiPomics-2009
  • 発表場所: Boston, USA
  • 年月日: 2009-07-14
• [学会発表] ヒトゲノムにおける網羅的メチル化解析法の比較検討 (2009)
  • 著者名/発表者名: 永江玄太, 金田篤志, ら
  • 学会等名: 第3回日本エピジェネティクス研究会年会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-05-22
• [学会発表] 肝癌発癌過程におけるDNAメチル化の変化と肝炎ウィルスの関係 (2009)
  • 著者名/発表者名: 〓穎氷, 金田篤志, ら
  • 学会等名: 第3回日本エピジェネティクス研究会年会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-05-22
• [学会発表] 大腸癌は3群のエピジェノタイプに分類される (2009)
  • 著者名/発表者名: 八木浩一, 金田篤志, ら
  • 学会等名: 第3回日本エピジェネティクス研究会年会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-05-22
• [学会発表] 胃癌におけるDNAメチル化の網羅的解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 松坂恵介, 金田篤志, ら
  • 学会等名: 第3回日本エピジェネティクス研究会年会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-05-22
• [学会発表] MassARRAYを用いた定量的メチル化解析による大腸癌の epigenotyping (2009)
  • 著者名/発表者名: 八木浩一, 金田篤志, ら
  • 学会等名: 第109回日本外科学会定期学術集会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2009-04-02
• [学会発表] MassARRAYを用いた定量的メチル化解析による大腸癌のepigenotyping (2009)
  • 著者名/発表者名: 八木浩一、金田篤志, ら
  • 学会等名: 第109回日本外科学会定期学術集会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2009-04-02
• [学会発表] 早期細胞老化と癌化機構 (2009)
  • 著者名/発表者名: 金田篤志ら
  • 学会等名: 第2回システム疾患生命科学による先端医療技術開発シンポジウム
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-03-13
• [学会発表] 縮小手術を目指した胃癌リンパ節転移イメージング (2009)
  • 著者名/発表者名: 金田篤志ら
  • 学会等名: 第2回システム疾患生命科学による先端医療技術開発シンポジウム
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-03-13
• [学会発表] 定量的メチル化解析による大腸癌のEpigenotyping (2009)
  • 著者名/発表者名: 八木浩一、金田篤志ら
  • 学会等名: 第2回システム疾患生命科学による先端医療技術開発シンポジウム
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-03-13
• [学会発表] Comprehensive analysis of aberrantly suppressed genes due to promoter hypermethylation in Liver Cancer (2009)
  • 著者名/発表者名: Yingbing Deng、金田篤志ら
  • 学会等名: 第2回システム疾患生命科学による先端医療技術開発シンポジゥム
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-03-13
• [学会発表] ES細胞分化誘導に伴うDNAメチル化プロファイリング (2009)
  • 著者名/発表者名: 砂河孝行、金田篤志ら
  • 学会等名: 第2回システム疾患生命科学による先端医療技術開発シンポジゥム
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2009-03-13
• [学会発表] Comprehensive analysis of DNA methylation of human cancer cell using massively parallel sequencing system (2008)
  • 著者名/発表者名: 永江玄太、金田篤志ら
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 愛知県名古屋市
  • 年月日: 2008-12-11
• [学会発表] Chemoprevention strategy of intestinal tumor based on enhanced sensitivity to IGF2 signaling in IGF2 loss of imprinting (2008)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Kaneda
  • 学会等名: 第67回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 愛知県名古屋市
  • 年月日: 2008-10-29
• [学会発表] Chemoprevention strategy of intestinal tumor based on enhanced sensitivity to IGF2 signaling in IGF2 loss of imprinting (2008)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Kaneda
  • 学会等名: 第67回日本群会学術総会
  • 発表場所: 愛知県名古屋市
  • 年月日: 2008-10-29
• [学会発表] Integrated analysis of genetic and epigenetic alterations in liver cancer (2008)
  • 著者名/発表者名: 永江玄太, 金田篤志, ら
  • 学会等名: 第67回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 愛知県名古屋市
  • 年月日: 2008-10-28
• [学会発表] Comprehensive analysis of transcriptionally repressed genes due to aberrant promoter hypermethylation in liver cancer (2008)
  • 著者名/発表者名: 〓頴氷, 金田篤志, ら
  • 学会等名: 第67回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 愛知県名古屋市
  • 年月日: 2008-10-28
• [学会発表] Epigenotyping of colorectal cancer by quantitative methylation analysis using MassARRAY (2008)
  • 著者名/発表者名: 八木浩一, 金田篤志, ら
  • 学会等名: 第67回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 愛知県名古屋市
  • 年月日: 2008-10-28
• [学会発表] Comprehensive analysis of transcriptionally repressed genesdue to aberrant promoter hypermethylation in liver cancer (2008)
  • 著者名/発表者名: 郵頴氷、金田篤志ら
  • 学会等名: 第67回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 愛知県名古屋市
  • 年月日: 2008-10-28
• [学会発表] Comprehensive DNA methylation analysis in Epstein-Barr virus associated gastric carcinoma (2008)
  • 著者名/発表者名: 松坂恵介、金田篤志ら
  • 学会等名: 第67回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 愛知県名古屋市
  • 年月日: 2008-10-28
• [学会発表] Epigenotyping of colorectal cancer by quantitative methylation analysis using MassARRAY (2008)
  • 著者名/発表者名: 八木浩一、金田篤志ら
  • 学会等名: 第9回文部科学省特定領域研究「がん」5領域若手研究者ワークショップ
  • 発表場所: 長野県蓼科
  • 年月日: 2008-09-04
• [学会発表] IGF2遺伝子LOIによる腸管腫瘍リスクと腫瘍リスク低減モデル (2008)
  • 著者名/発表者名: 金田篤志ら
  • 学会等名: 第2回日本エピジェネティクス研究会年会
  • 発表場所: 静岡県三島
  • 年月日: 2008-05-19
• [学会発表] 肝癌におけるゲノム・エピゲノム異常の統合的解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 永江玄太, 金田篤志, ら
  • 学会等名: 第2回日本エピジェネティクス研究会年会
  • 発表場所: 静岡県三島
  • 年月日: 2008-05-09
• [学会発表] 肝癌における異常メチル化に伴った遺伝子発現抑制の網羅的解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 〓頴氷, 金田篤志, ら
  • 学会等名: 第2回日本エピジェネティクス研究会年会
  • 発表場所: 静岡県三島
  • 年月日: 2008-05-09
• [学会発表] MassARRAYによる大腸癌の定量的メチル化解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 八木浩一, 金田篤志, ら
  • 学会等名: 第2回日本エピジェネティクス研究会年会
  • 発表場所: 静岡県三島
  • 年月日: 2008-05-09
• [学会発表] Integrated analysis of genetic and epigenetic alterations in liver cancer (2008)
  • 著者名/発表者名: Genta Nagae,Atsushi Kanedaら
  • 学会等名: 99th AACR Annual Meeting
  • 発表場所: 静岡県三島
  • 年月日: 2008-04-13
• [学会発表] Genome-wide profiling of aberrantly methylated genes in oral cancer (2008)
  • 著者名/発表者名: Sayaka Yoshiba, Atsushi Kaneda ら
  • 学会等名: 1st Retreat Meeting of the IMSUT & RCAST Global COE
  • 発表場所: Jeju, Korea
  • 年月日: 2008-03-27
• [学会発表] 肝癌のゲノム・エピゲノム異常の統合的解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 永江玄太、金田篤志ら
  • 学会等名: 第2回システム疾患生命科学による先端医療技術開発シンポジゥム
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-03-13
• [学会発表] マウスES細胞分化誘導に伴うDNAメチル化のゲノムワイドプロファイリング (2007)
  • 著者名/発表者名: 砂河孝行, 金田篤志, ら
  • 学会等名: 第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会 合同大会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2007-12-13
• [学会発表] Comprehensive DNA methylation analysis in liver cancer using high-resolution tiling array (2007)
  • 著者名/発表者名: Genta Nagae, Atsushi Kaneda, et al.
  • 学会等名: 7th International Workshop on Advanced Genomics
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2007-11-28
• [学会発表] Comprehensive epigenomic analysis of colorectal cancer using immunoprecipitation technique and tiling array (2007)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Kaneda, et al.
  • 学会等名: 第66回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2007-10-04
• [学会発表] Comprehensive epigenomic analysis of colorectal cancer using immunoprecipitation techniqu (2007)
  • 著者名/発表者名: Atsushi Kaneda, et al.
  • 学会等名: 第66回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2007-10-04
• [学会発表] A global epigenetic map in Human Genome using tiling arrays (2007)
  • 著者名/発表者名: Shuichi Tsutsumi, Atsushi Kaneda, et
  • 学会等名: 第66回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2007-10-04
• [学会発表] Comprehensive DNA methylation analysis in liver cancer using high-resolution tiling array (2007)
  • 著者名/発表者名: Genta Nagae, Atsushi Kaneda, et al.
  • 学会等名: 第66回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2007-10-04
• [学会発表] Gene expression signatures to predict the response to chemotherapy in ovarian cancer (2007)
  • 著者名/発表者名: Yuriko Uehara, Atsushi Kaneda, et al
  • 学会等名: 第66回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2007-10-04
• [学会発表] Gene expression signaturesfor prediction of chemotherapy sensitivityof breast cancer (2007)
  • 著者名/発表者名: Kenji Tatsuno, Atsushi Kaneda, et al.
  • 学会等名: 第66回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2007-10-04
• [学会発表] DNA methylation profiling along with mouse ES cell differentiation (2007)
  • 著者名/発表者名: Takayuki Isagawa, Atsushi Kaneda, et
  • 学会等名: 第66回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2007-10-03
• [学会発表] ゲノムタイリングアレイを用いた大腸癌メチル化解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 金田篤志, ら
  • 学会等名: 東京大学生命科学研究ネットワークシンポジウム
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2007-09-15
• [学会発表] Comprehensive DNA methylation analysis in liver cancer using high-resolution tiling array (2007)
  • 著者名/発表者名: 永江玄太, 金田篤志, ら
  • 学会等名: 第8回がん若手ワークショップ
  • 発表場所: 長野県茅野市
  • 年月日: 2007-08-30
• [学会発表] ゲノムタイリングアレイを用いた大腸癌DNAメチル化解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 金田篤志, ら
  • 学会等名: 第1回日本エピジェネティクス研究会年会
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2007-06-16
• [学会発表] マウスES細胞分化誘導に伴うDNAメチル化のゲノムワイドマッピング (2007)
  • 著者名/発表者名: 砂河孝行, 金田篤志, ら
  • 学会等名: 第1回日本エピジェネティクス研究会年会
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2007-06-16
• [学会発表] タイリングアレイを用いた肝癌の網羅的メチル化解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 永江玄太, 金田篤志, ら
  • 学会等名: 第1回日本エピジェネティクス研究会年会
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2007-06-15
• [学会発表] Comprehensive DNA methylation analysis in human cancer using oligonucleotide tiling array (2007)
  • 著者名/発表者名: Genta Nagae, Atsushi Kaneda, et al.
  • 学会等名: 98th AACR Annual Meeting
  • 発表場所: Los Angeles, USA
  • 年月日: 2007-04-15
• [図書] 第2章-III発癌におけるエピジェネティクス-DNAメチル化とクロマチン制御-. in「がんプロフェッショナル養成講座 腫瘍病理学」(編 : 深山正久) (2008)
  • 著者名/発表者名: 金田篤志
  • 出版者: 株式会社文光堂
• [図書] 第1章4-1) 胃癌の epigenetic change. 消化器外科, 特集「胃癌のすべて」(編 : 上西紀夫) (2008)
  • 著者名/発表者名: 金田篤志, 八木浩一
  • 出版者: 株式会社へるす出版
• [図書] 第2章1-4) MassARRAYによるDNAメチル化解析, 遺伝子医学MOOK特集「DNAチップ/マイクロアレイ臨床応用の実験」(編 : 油谷浩幸) (2008)
  • 著者名/発表者名: 金田篤志
  • 出版者: 株式会社メディカルドゥ
• [図書] 発癌におけるエピジェネティクス-DNAメチル化とクロマチン制御-(深由正久編 腫瘍病理学 第2章III) (2008)
  • 著者名/発表者名: 金田篤志
  • 総ページ数: 28
  • 出版者: 文光堂
• [図書] 発癌におけるエピジェネティクス-DNAメチル化とクロマチン制御-(深山正久編 腫瘍病理学 第2章 (2008)
  • 著者名/発表者名: 金田篤志
  • 総ページ数: 28
  • 出版者: 文光堂(掲載確定)
• [図書] 質量分析機(MassARRAY)によるDNAメチル化解析(牛島俊和編 エピジェネティクス実験プロトコール) (2008)
  • 著者名/発表者名: 金田篤志
  • 総ページ数: 12
  • 出版者: 羊土社(掲載確定)
• [備考]
  • URL: http://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/
• [備考]
  • URL: http://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/
• [備考]
  • URL: http://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/
• [備考]
  • URL: http://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/
• [産業財産権] 特許 (2010)
  • 発明者名: 金田篤志, ら
  • 権利者名: 東京大学
  • 出願年月日: 2010-02-26
  • 外国
• [産業財産権] 癌細胞の存否を判定する方法および癌患者の予後を判定する方法 (2009)
  • 発明者名: 金田篤志, 八木浩一, 油谷浩幸
  • 権利者名: 国立大学法人東京大学、シスメックス株式会社
  • 出願年月日: 2009-07-03
• [産業財産権] 特許 (2009)
  • 発明者名: 金田篤志, ら
  • 権利者名: 東京大学
  • 産業財産権番号: 2009-158873
  • 出願年月日: 2009-07-03