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生物資源の集団構造と遺伝データの統計的モデリングに関する研究

研究課題

研究課題/領域番号 19500235
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 統計科学
研究機関東京海洋大学

研究代表者

北門 利英  東京海洋大学, 海洋科学部, 助教 (40281000)

研究分担者 北田 修一  東京海洋大学, 海洋科学部, 助教 (10262338)
岸野 洋久  国立大学法人東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (00141987)
研究期間 (年度) 2007 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
2009年度: 520千円 (直接経費: 400千円、間接経費: 120千円)
2008年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2007年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワード統計遺伝 / 集団構造 / 遺伝的差異 / 積分尤度 / 経験ベイズ法 / メタポピュレーション / 統計遺伝学 / 階層モデル / 尤度推測
研究概要

水産生物などの生物資源の保全や管理を実践するうえで,繁殖単位の特定(すなわち遺伝的集団構造の把握)が重要となる.この目的のためには,得られる遺伝的データに対して,適切なモデルと推測方法が必要となる.本研究では,集団間の遺伝的差異の推測において従来の方法を凌駕する方法を開発し,その方法を実装したプログラムをフリーソフトPOPDIF として提供可能とした.

報告書

(4件)
  • 2009 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2008 実績報告書
  • 2007 実績報告書
  • 研究成果

    (18件)

すべて 2010 2009 2008 2007 その他

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (5件) 図書 (3件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Genetic effects of the long-term stock enhancement programs2009

    • 著者名/発表者名
      Kitada S., H. Shishidou, T. Sugaya, T. Kitakado, K. Hamasaki, H. Kishino
    • 雑誌名

      Aquaculture 290

      ページ: 69-79

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Genetic effects of the long-term stock enhancement programs2009

    • 著者名/発表者名
      Kitada S., H.Shishidou, T.Sugaya, T.Kitakado, K.Hamasaki, H.Kishino
    • 雑誌名

      Aquaculture 290

      ページ: 69-79

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 集団間の遺伝的分化の経験ベイズ推定.2008

    • 著者名/発表者名
      北田修一, 北門利英, 岸野洋久
    • 雑誌名

      水産育種 38

      ページ: 41-50

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] マイクロサテライトDNA変異から推定した日本沿岸における太平洋ニシンの集団構造.2008

    • 著者名/発表者名
      根本雄太, 菅谷琢磨, 大河内裕之, 北門利英, 浜崎活幸, 北田修一
    • 雑誌名

      水産育種 37

      ページ: 51-59

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] 集団間の遺伝的分化の経験ベイズ推定2008

    • 著者名/発表者名
      北田修一, 北門利英, 岸野洋久
    • 雑誌名

      水産育種 38

      ページ: 41-50

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 水産資源の管理と保全におけるサンプリング調査と統計遺伝2007

    • 著者名/発表者名
      北田修一, 北門利英, 岸野洋久
    • 雑誌名

      計量生物 28SpecialIssue1

      ページ: 35-55

    • NAID

      10019757706

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Empirical Bayes inference of pairwise FST and its distribution in the genome2007

    • 著者名/発表者名
      Kitada, S., T. Kitakado, H. Kishino
    • 雑誌名

      Genetics 177

      ページ: 861-873

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Empirical Bayes inference of pairwise FST and its distribution in the genome2007

    • 著者名/発表者名
      Shuichi Kitada, Toshihide Kitakado and Hirohisa Kishino
    • 雑誌名

      Genetics 177

      ページ: 861-873

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 遺伝的集団解析と水産資源への応用2010

    • 著者名/発表者名
      北門利英
    • 学会等名
      マルコフ連鎖モンテカルロ法とその周辺
    • 発表場所
      統計数理研究所
    • 年月日
      2010-02-20
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書 2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Statistical genetic approaches for estimating population structures with applications to fisheries populations2009

    • 著者名/発表者名
      Kitakado, T., S. Kitada, H. Kishino
    • 学会等名
      Australia-Japan Workshop on Data Science
    • 発表場所
      慶應大学理工学部
    • 年月日
      2009-03-25
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Statistical genetic approaches for estimating population structures with applications to fisheries populations2008

    • 著者名/発表者名
      Toshihide Kitakado, Shuichi Kitada, Hirohisa Kishino
    • 学会等名
      Australia-Japan Workshop on Data Science
    • 発表場所
      慶応大学
    • 年月日
      2008-03-25
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] 遺伝情報を利用した集団構造の統計的推測2007

    • 著者名/発表者名
      北門利英
    • 学会等名
      日本水産増殖学会第6回大会サテライトシンポジウム
    • 発表場所
      東京海洋大学
    • 年月日
      2007-07-19
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 種苗放流の遺伝的影響2007

    • 著者名/発表者名
      北田修一
    • 学会等名
      日本水産増殖学会第6回大会サテライトシンポジウム
    • 発表場所
      東京海洋大学
    • 年月日
      2007-07-19
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [図書] 「集団構造の統計的推測」,水産資源の増殖と保全2008

    • 著者名/発表者名
      北門利英, 北田修一, ら(編)
    • 出版者
      成山堂書店
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [図書] 種苗放流の遺伝的影響-実データによる検証-2008

    • 著者名/発表者名
      北田修
    • 出版者
      成山堂書店
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [図書] 水産資源の増殖と保全2008

    • 著者名/発表者名
      北田修一ほか編著(第8章北門利英, 第10章北田修一)
    • 総ページ数
      234
    • 出版者
      成山堂書店
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [備考] 開発したソフトウエアのホームページPOPDIF (遺伝的差異を推定するためのフリープログラム)

    • URL

      http://popgene.co-site.jp/software.html

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [備考] ソフトウエアのホームページ

    • URL

      http://popgene.co-site.jp/software.html

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書

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公開日: 2007-04-01   更新日: 2016-04-21  

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