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分子間相互作用予測を目指したタンパク質複合体結合部位の幾何形状解析

研究課題

研究課題/領域番号 19500253
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生体生命情報学
研究機関奈良先端科学技術大学院大学

研究代表者

川端 猛  奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 准教授 (60343274)

研究期間 (年度) 2007 – 2008
研究課題ステータス 完了 (2008年度)
配分額 *注記
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2008年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2007年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
キーワードバイオインフォマティクス / 構造バイオインフォマティクス / タンパク質 / 分子認識 / 分子形状 / モルフォロジー
研究概要

単体の蛋白質の立体構造データから結合する分子の種類、結合する場所を予測することを最終目標として研究を進め、蛋白質表面の結合部位の候補を認識するプログラムGHECOMを開発した。このプログラムはモルフォロジーという画像処理技術を使用し、様々な深さのマルチスケールなポケットを同時に認識することができ、その深さから結合する分子の種類などの情報を推定できる。プログラムはフリーウエアとして一般公開している。

報告書

(3件)
  • 2008 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2007 実績報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2008 2007 その他

すべて 学会発表 (5件) 備考 (1件)

  • [学会発表] モルフォロジーを利用した蛋白質表面の様々な深さのポケットを同時に計算するアルゴリズムの開発2008

    • 著者名/発表者名
      川端猛
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 年月日
      2008-12-04
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] モルフォロジーを利用した蛋白質表面の様々な深さのポケットを同時に計算するアルゴリズムの開発2008

    • 著者名/発表者名
      川端猛
    • 学会等名
      日本生物物理学会第4 6回年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 年月日
      2008-12-04
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] 回転可能な非球体プローブを用いた蛋白質ポケット発見アルゴリズムの開発2008

    • 著者名/発表者名
      宮久保博幸、川端猛
    • 学会等名
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      タワーホール船堀
    • 年月日
      2008-06-10
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書 2008 研究成果報告書
  • [学会発表] 変異サイトの溶媒露出度、ポケット度、アミノ酸頻度等に基づいたnsSNPsの表現型に与える影響の予測2007

    • 著者名/発表者名
      吉井悠喜、川端猛
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-21
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書 2007 実績報告書
  • [学会発表] 非相同な蛋白質の同一リガンド結合部位における原子配置の類似性解析2007

    • 著者名/発表者名
      渡邉潤也、川端猛
    • 学会等名
      第7回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      東北大学
    • 年月日
      2007-05-24
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書 2007 実績報告書
  • [備考] GHECOMプログラムのWEBページのアドレス

    • URL

      http://biunit.naist.jp/ghecom

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書

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公開日: 2007-04-01   更新日: 2016-04-21  

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