非計量多次元尺度構成法による生体生命情報解析

• 研究課題/領域番号: 19500254
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 中央大学
• 研究代表者: 田口 善弘 中央大学, 理工学部, 教授 (30206932)
• 研究分担者: 小山 時隆 京都大学, 大学院・理学研究科, 准教授 (30324396)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2008
• 研究課題ステータス: 完了 (2008年度)
• 配分額: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円); 2008年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円); 2007年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
• キーワード: 非計量多次元尺度構成法 / ゲノム科学 / マイクロアレイ / Barcode of Life / DNA copy number異状 / プロテオミクス / シアノバクテリア / 概日周期 / DNA copy number 異常 / 分裂酵母 / 細胞分裂周期 / DNA copy number variation

研究概要

近年、遺伝子に関する網羅的な実験結果が広く公開される様になってきた。本研究では数千個の遺伝子に対して行われた遺伝子発現、蛋白質発現、塩基配列、アミノ酸配列などのデータを非計量多次元尺度構成法を用いて解析して、遺伝子の機能などを解明する研究を行った。この結果、この様な様々なデータに対して、非計量多次元尺度構成法を用いた研究が非常に有効であることを確認した。

研究成果

• [雑誌論文] Analysis of DNA copy number alterations with non-metric multidimensional scaling method (2008)
  • 著者名/発表者名: Fumiaki Kataoka, Y-h. Taguchi
  • 雑誌名: PSJ SIG Technical Report 2008-BIO-12 ページ: 55-62
  • NAID: 110006824832
• [雑誌論文] Gene Ontology Term Prediction Based upon Amino Acid Occurrence (2008)
  • 著者名/発表者名: Y-h. Taguchi, M. Michael Gromiha
  • 雑誌名: 2008 International Joint Conference on Neural Networks ページ: 616-621
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cancer discrimination based upon non-metric multidimensional scaling method (2008)
  • 著者名/発表者名: Masaru Konno, Y-h. Taguchi
  • 雑誌名: IPSJ SIG Technical Report 2008-BIO-13 ページ: 13-16
  • NAID: 110006839042
• [雑誌論文] Markov random field models for protein function prediction (2008)
  • 著者名/発表者名: Hisamitsu Akiba, Y-h. Taguchi
  • 雑誌名: IPSJ SIG Technical Report 2008-BIO-14 ページ: 51-54
  • NAID: 40016268107
• [雑誌論文] Nonmetric Distances for Barcode of Life (2008)
  • 著者名/発表者名: Hisamitsu Akiba, Y-h. Taguchi
  • 雑誌名: IPSJ Transactions on Bioinformatics 1 ページ: 35-41
  • NAID: 110006343480
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Novel Discrimination of GO term Annotated Proteins based on Amino Acid Occurrence and Composition, Pattern Recognition in Bioinformatics (2008)
  • 著者名/発表者名: Y-h. Taguchi, M. Michael Gromiha
  • 雑誌名: Thirs IAPR Internatiocal Workshop, PRIB2008, Supplementary Proccedings
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of DNA copy number alterations with non-metric multidimensional scaling method (2008)
  • 著者名/発表者名: Fumiaki Kataoka, Y-h. Taguchi
  • 雑誌名: IPSJ SIG Technical Report 2008-BIO-12 ページ: 55-62
  • NAID: 110006824832
• [雑誌論文] Cancer discrimination based upon non-metric multidimensional scaling method (2008)
  • 著者名/発表者名: Masaru Konno, Y-h. Tasuchi
  • 雑誌名: IPSJ SIG Technical Report 2008-BIO-13 ページ: 13-16
• [雑誌論文] Markov random field models for protein function prediction (2008)
  • 著者名/発表者名: Hisamitsu Akiba, Y-h. Taguchi
  • 雑誌名: IPST SIG Technical Report 2008-BIO-14 ページ: 51-54
  • NAID: 40016268107
• [雑誌論文] A Novel Discrimination of GO term Annotated Proteins based on Amino Acid Occurrence and Composition (2008)
  • 著者名/発表者名: Y-h. Taguchi, M. Michael Gromiha
  • 雑誌名: Pattern Recognition in Bioinformatics, Thirs IAPR Internatiocal Workshop, PRIB2008, Supplementary Proceedings
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of DNA copy number alterations with non-metric multidimensional scaling method (2008)
  • 著者名/発表者名: Fumiaki Kataoka, Y-h.Taguchi
  • 雑誌名: IPSJ SIG Technical Report 2008[15] ページ: 55-61
  • NAID: 110006824832
• [雑誌論文] Nonmetric distances for Barcode of Life (2007)
  • 著者名/発表者名: Hisamitsu Akiba, Y-h. Taguchi
  • 雑誌名: IPSJ SIG Technical Report 2007-BIO-9 ページ: 31-38
  • NAID: 110006343480
• [雑誌論文] A robust measure of correlation between two genes on a microarray using non-metric multidimensional scaling method (2007)
  • 著者名/発表者名: Y-h. Taguchi
  • 雑誌名: IPSJ SIG Technical Report 2007-BIO-10 ページ: 1-8
• [雑誌論文] Protein Fold Recognition based upon the Amino Acid Occurrence (2007)
  • 著者名/発表者名: Y-h. Taguchi, M. Michael Gromiha
  • 雑誌名: Pattern Recognition in Bioinformatics, Second IAPR Internatiocal WorkshopWorkshop, PRIB2007, Proccedings, Springer 4774 ページ: 120-131
  • 査読あり
• [雑誌論文] Application of amino acid occurrence for discriminating different folding types of globular protein (2007)
  • 著者名/発表者名: Y-h. Taguchi, MM Gromiha
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 8 ページ: 404-404
  • 査読あり
• [雑誌論文] A robust measure of correlation between two genes on a microarray using non-metric multidimensional scaling method (2007)
  • 著者名/発表者名: Y-h.Taguchi
  • 雑誌名: IPSJ SIG Technical Report 2007[89] ページ: 1-8
• [雑誌論文] Nonmetric distances for Barcode of Life (2007)
  • 著者名/発表者名: Hisamitsu Akiba, Y-h.Taguchi
  • 雑誌名: IPSJ SIG Technical Report 2007[60] ページ: 31-38
  • NAID: 110006343480
• [学会発表] 非計量多次元尺度構成法の生体生命情報学への応用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 田口善弘
  • 学会等名: バイオアカデミックフォーラム
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-07-03
• [学会発表] GO Term Prediction for UniProt Using Amino Acid Occurrence (invited) (2008)
  • 著者名/発表者名: Y-h. Taguchi
  • 学会等名: Pepcon2008 : Peptide & Protein Technology : From Concept to Market
  • 発表場所: 深セン
  • 年月日: 2008-04-22
• [学会発表] nMDSを使ったマイクロアレイデータとプロテオミクスデータの比較 (2008)
  • 著者名/発表者名: 廣瀬綾子, 田口善弘
  • 学会等名: 第18回システムバイオロジー研究会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-03-14
• [学会発表] 非計量多次元尺度構成法の生体生命情報解析への応用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 田口 善弘
  • 学会等名: 第36回分子生物情報研究会(SIG-MBI)人工知能学会
  • 発表場所: 理化学研究所 横浜研究所
  • 年月日: 2008-01-11
• [学会発表] 非計量多次元尺度構成法の生体生命情報解析への応用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 田口善弘
  • 学会等名: 第36回分子生物情報研究会(SIG-MBI)
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-01-01
• [学会発表] Cancer discrimination based upon non-metric multidimensional scaling method (2008)
  • 著者名/発表者名: Masaru Konno, Y-h. Taguchi
  • 学会等名: 16th Annual International Conference Intelligent Systems for Molecular Biology
  • 発表場所: Tront
• [学会発表] Analysis of DNA copy number alterations with non-metric multidimensional scaling method (2008)
  • 著者名/発表者名: umiaki Kataoka, Y-h. Taguchi
  • 学会等名: 16th Annual International Conference Intelligent Systems for Molecular Biology
  • 発表場所: Tront
• [学会発表] Markov random field models for protein function prediction (2008)
  • 著者名/発表者名: Hisamitsu Akiba, Y-h. Taguchi
  • 学会等名: 16th Annual International Conference Intelligent Systems for Molecular Biology
  • 発表場所: Tront
• [学会発表] ESTIMATION OF CELL CYCLE REGULATED GENES USING ANCHOR GENES AND NON-METRIC MULTIDIMENSIONAL SCALING (2008)
  • 著者名/発表者名: Y-h. Taguchi
  • 学会等名: 16th Annual International Conference Intelligent Systems for Molecular Biology
  • 発表場所: Tront
• [学会発表] Estimation of cell cycle regulated genes using anchor genes and non-metric multidimensional scaling (2008)
  • 著者名/発表者名: Y-h. Taguchi
  • 学会等名: The Sixth Asia Pacific Bioinformatics Conference
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] Analysis of DNA copy number alterations with non-metric multidimensional scaling method (2008)
  • 著者名/発表者名: Fumiaki Kataoka, Y-h. Taguchi
  • 学会等名: The Sixth Asia Pacific Bioinformatics Conference
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] Analysis of DNA copy number alterations with non-metric multidimensional scaling method (2007)
  • 著者名/発表者名: Fumiaki Kataoka, Y-h. Taguchi
  • 学会等名: The 2007 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2007-12-17
• [学会発表] Estimation of cell cycle regulated genes using anchor genes and non-metric multidimensional scaling (2007)
  • 著者名/発表者名: Y-h. Taguchi
  • 学会等名: The 2007 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2007-12-17
• [学会発表] 非計量多次元尺度構成法とその生体生命情報解析への応用 (2007)
  • 著者名/発表者名: 田口善弘
  • 学会等名: 統計数理研究所研究会非線形科学と統計科学の対話
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2007-11-27
• [学会発表] 非計量多次元尺度構成法を用いた生体生命情報解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 田口善弘
  • 学会等名: バイオアカデミックフォーラム
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2007-06-21
• [学会発表] Nonmetric Distance for Barcode of Life (2007)
  • 著者名/発表者名: Hisamitsu Akiba,Y-h. Taguchi
  • 学会等名: Second IAPR Internatiocal Workshop, PRIB2007
  • 発表場所: Singapore
• [学会発表] Gene Arrangement for Cell Division Cycle Microarray Experiments without Sinusoidal Fittings (2007)
  • 著者名/発表者名: Kazuhisa Makabe, Y-h. Taguchi
  • 学会等名: Second IAPR Internatiocal Workshop, PRIB2007
  • 発表場所: Sigapore
• [学会発表] Gene arrangement for cell division cycle microarray experiments without sinusoidal fittings (2007)
  • 著者名/発表者名: Kazuhisa Makabe, Y-h. Taguchi
  • 学会等名: Eleventh Annual International Conference on Research in Computational Molecura Biology
  • 発表場所: サンフランシスコ
• [学会発表] Gene expression profile analysis for circadian promoter activities of cyanobacterial bioluminescent reporter strains using non-metric multidimensional scaling (2007)
  • 著者名/発表者名: Tokitaka Oyama, Hiroshi Ito, Takao Kondo, Y-h. Taguchi
  • 学会等名: Eleventh Annual International Conference on Research in Computational Molecura Biology
  • 発表場所: サンフランシスコ
• [学会発表] Nonmetric distances for Barcode of Life (2007)
  • 著者名/発表者名: Hisamitsu Akiba, Y-h. Taguchi
  • 学会等名: Eleventh Annual International Conference on Research in Computational Molecura Biology
  • 発表場所: サンフランシスコ
• [学会発表] Recognition of protein folds using amino acid occurrence (2007)
  • 著者名/発表者名: Y-h. Taguchi, M. Michael Gromiha
  • 学会等名: Eleventh Annual International Conference on Research in Computational Molecura Biology
  • 発表場所: サンフランシスコ
• [図書] The Kai Oscillator In "Bacterial circadian clock and rhythms book". Edited by Johnson CH, Mackey SR, Ditty JL (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Oyama, T. Kondo
  • 出版者: Springer Publishing New York(in press)
• [図書] 高校で教わりたかった物理 (2009)
  • 著者名/発表者名: 田口善弘
  • 総ページ数: 170
  • 出版者: 日本評論社
• [図書] The Kai Oscillator in “Bacterial circadian clock and rhythms book" (2009)
  • 著者名/発表者名: T. Oyama, T. Kondo, (Edited by Johnson CH, Mackey SR, Ditty JL. )
  • 出版者: Springer Publishing New York(in press)
• [図書] 文庫で読む科学 (2007)
  • 著者名/発表者名: 田口善弘
  • 出版者: 岩波書店
• [備考] 田口善弘, 非計量多次元尺度構成法とその生体生命情報解析への応用, 物性研究, 91, pp.137-143(2008)
• [備考] 伊庭幸人、末谷大道、青柳富誌生、田口善弘、小松崎民樹, 研究会報告「非線型科学と統計科学の対話」, 91, pp.113-174,(2008)
• [備考] 田口善弘、フロ桶はいついっぱいになる?、数学セミナー、9月号、pp.44-47,(2007)