| 研究課題/領域番号 |
19510208
|
|---|
| 研究種目 |
基盤研究(C)
|
| 配分区分 | 補助金 |
|---|
| 応募区分 | 一般 |
|---|
| 研究分野 |
応用ゲノム科学
|
|---|
| 研究機関 | 東京医科歯科大学 |
|---|
研究代表者 |
任 鳳蓉 東京医科歯科大学, 情報処理センター, 特任准教授 (60280989)
|
|---|
| 研究分担者 |
田中 博 東京医科歯科大学, 大学院疾患生命科学研究部, 教授 (60155158)
|
|---|
| 研究期間 (年度) |
2007 – 2008
|
| 研究課題ステータス |
完了 (2008年度)
|
| 配分額 *注記 |
4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2008年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2007年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
|
|---|
| キーワード | HIV宿主内進化 / 連続HIVサンプル / 薬剤耐性変異 / 共進化解析 / SGS法 / 経時的なHIV宿主内進化 / 抗HIV薬剤耐性 / Single Genome Sequencing(SGS)法 / HIV遺伝子の共進化 / 決定木構築法 / 相互情報量 / vSPAアルゴリズム / 決定木構築アルゴリズム / Single Genome Sequencing (SGS)法 / env遺伝子の多様性進化 |
|---|
| 研究概要 |
HIV宿主内進化過程を推定するための計算アルゴリズムvSPAを開発した。AIDS患者2症例から経時的に得られた1000個近いHIV-1サンプルへ適用した結果、薬剤耐性獲得に関連する突然変異などを検出することができた。
バイオインフォマティクス手法を用いて、抗HIV剤治療を受けた1症例より経時的に採取したHIV-1サンプルから、GagとPR遺伝子間の共進化突然変異を推定した。さらにin vitro実験を行い、これらの同時変異が機能的に有意であることを確認した。
|
