RNAの定量的検出を目指した核酸標識試薬の開発

• 研究課題/領域番号: 19510230
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 生物分子科学
• 研究機関: 独立行政法人産業技術総合研究所
• 研究代表者: 小松 康雄 独立行政法人産業技術総合研究所, ゲノムファクトリー研究部門, 研究グループ長 (30271670)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2008
• 研究課題ステータス: 完了 (2008年度)
• 配分額: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円); 2008年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円); 2007年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
• キーワード: RNA / 検出 / 定量 / 遺伝子 / DNA

研究概要

本研究ではRNAの高感度、定量検出を目的に、酸化したRNAの3'末端に高い反応効率で一分子の標識試薬のみが結合する新規な試薬の合成を行った。この新規標識試薬は、核酸の塩基とリン酸部に高い親和性を有するように設計、合成したところ、RNAに対して高効率で反応することが明らかとなった。さらに、この化合物にビオチンを導入した化合物も合成し、RNAの検出が可能であることも明らかにした。

研究成果

• [雑誌論文] Efficient synthesis of oligonucleotide conjugates on solid-support using an (aminoethoxycarbonyl)aminohexyl group for 5'-terminal modification (2009)
  • 著者名/発表者名: Kojima, N., Takebayashi, T., Mikami, A., Ohtsuka, E. and Komatsu, Y
  • 雑誌名: Bioorg. Med. Chem. Lett 19 ページ: 2144-2147
  • 査読あり
• [雑誌論文] Construction of an aminooxy derivative for RNA and DNA labeling (2008)
  • 著者名/発表者名: Komatsu, Y., Kojima, N., Takebayashi, T., Mikami, A., Sugino, M. and Ohtsuka,E
  • 雑誌名: Nucleic Acids Symp. Ser. (Oxf) 52 ページ: 393-394
• [雑誌論文] Comparison of the chemical properties of a novel amino-linker with various amino modifications (2008)
  • 著者名/発表者名: Kojima, N., Takebayashi, T., Mikami, A., Sugino, M., Ohtsuka, E. and Komatsu,Y
  • 雑誌名: Nucleic Acids Symp. Ser. (Oxf) 52 ページ: 463-464
• [雑誌論文] Construction of time-lapse scanning electrochemical microscopy with temperature control and its application to evaluate the preservation effects of antifreeze proteins on living cells (2008)
  • 著者名/発表者名: Hirano, Y., Nishimiya, Y., Kowata, K., Mizutani, F., Tsuda, S. and Komatsu, Y
  • 雑誌名: Anal. Chem 80 ページ: 9349-9354
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hypothermic preservation effect on mammalian cells of type III antifreeze proteins from notched-fin eelpout (2008)
  • 著者名/発表者名: Hirano, Y., Nishimiya, Y., Matsumoto, S., Matsushita, M., Todo, S., Miura, A., Komatsu, Y. and Tsuda, S
  • 雑誌名: Cryobiology 57 ページ: 46-51
  • 査読あり
• [雑誌論文] Novel amino linkers enablingefficient labeling and convenient purification of amino-modified oligonucleotides (2008)
  • 著者名/発表者名: Komatsu, Y., Kojima, N., Sugino, M., Mikami, A., Nonaka, K., Fujinawa, Y., Sugimoto, T., Sato, K., Matsubara, K. and Ohtsuka, E
  • 雑誌名: Bioorg. Med. Chem 16 ページ: 941-949
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hypothermic preservation effect on mammalian cells of type III antifreeze proteins from notched-fin eelpout (2008)
  • 著者名/発表者名: Hirano, Y.
  • 雑誌名: Cryobiology 57 ページ: 46-51
  • 査読あり
• [雑誌論文] Construction of Time-Lapse Scanning Electrochemical Microscopy with Temperature Control and Its Application To Evaluate the Preservation Effects of Antifreeze Proteins on Living Cells (2008)
  • 著者名/発表者名: Hirano, Y.
  • 雑誌名: Anal. Chem. 80 ページ: 9349-9354
  • 査読あり
• [雑誌論文] Construction of an aminooxy derivative for RNA and DNA labeling (2008)
  • 著者名/発表者名: Komatsu, Y.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Symp Ser (Oxf) 52 ページ: 393-384
• [雑誌論文] Comparison of the chemical properties of a novel amino-linker with various amino modifications (2008)
  • 著者名/発表者名: Kojima, N.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Symp Ser (Oxf) 52 ページ: 463-464
• [雑誌論文] Novel amino linkers enabling efficient labeling and convenient purificati on of amino-modified oligonucleotides (2008)
  • 著者名/発表者名: Komatsu, Y.
  • 雑誌名: Bioorg.Med.Chem 16 ページ: 941-949
  • 査読あり
• [雑誌論文] Osteopontin small interfering RNA protects mice from fulminant hepatitis (2007)
  • 著者名/発表者名: Saito, Y., Kon, S., Fujiwara, Y., Nakayama, Y., Kurotaki, D., Fukuda, N., Kimura, C., Kanayama, M., Ito, K., Diao, H., Matsui, Y., Komatsu, Y., Ohtsuka, E. and Uede, T
  • 雑誌名: Hum. Gene Ther 18 ページ: 1205-1214
• [雑誌論文] Osteopontin small interfering RNA protects mice from fulminant hepatit is (2007)
  • 著者名/発表者名: Saito, Y.
  • 雑誌名: Hum.Gene Ther 18 ページ: 1205-1214
  • 査読あり
• [雑誌論文] 共有結合型DNAチップの開発 (2007)
  • 著者名/発表者名: 小松 康雄
  • 雑誌名: 新しいDNAチップの科学と応用 ページ: 41-52
• [学会発表] アルデヒド含有核酸を検出する試薬の開発 (2009)
  • 著者名/発表者名: 小松康雄
  • 学会等名: 日本薬学会第129年会
  • 発表場所: 京都国際会議場
  • 年月日: 2009-03-27
• [学会発表] 新規アミノ化試薬の開発と,固相上でのオリゴヌクレオチド修飾反応への応用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 小島直
  • 学会等名: 第18回アンチセンスシンポジウム
  • 発表場所: 岐阜大学
  • 年月日: 2008-11-17
• [学会発表] 新規アミノ化試薬の開発と, 固相上でのオリゴヌクレオチド修飾反応への応用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 小島直
  • 学会等名: 第18回アンチセンスシンポジウム
  • 発表場所: 岐阜大学
  • 年月日: 2008-11-17
• [学会発表] Construction of an aminooxy derivative for RNA and DNA labeling (2008)
  • 著者名/発表者名: 小松康雄
  • 学会等名: Joint Symposium of the 18thInternational Roundtable on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids and the 35th Symposium on Nucleic Acids Chemistry
  • 発表場所: 京都大学
  • 年月日: 2008-09-11
• [学会発表] Comparison of the chemical properties of a novel amino-linker with various amino modifications (2008)
  • 著者名/発表者名: 小島直
  • 学会等名: oint Symposium of the 18thInternational Roundtable on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids and the 35th Symposium on Nucleic Acids Chemistry
  • 発表場所: 京都大学
  • 年月日: 2008-09-11
• [学会発表] Construction of an aminooxy derivative for RNA and DNA labeling (2008)
  • 著者名/発表者名: 小松康雄
  • 学会等名: Joint Symposium of the 18th International Roundtable on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids and the 35th Symposium on Nucleic Acids Chemistry
  • 発表場所: 京都大学
  • 年月日: 2008-09-11
• [図書] 共有結合型DNAチップの開発,「新しいDNAチップの科学と応用」 (2007)
  • 著者名/発表者名: 小松康雄
  • 出版者: 講談社(東京)