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生体分子における記憶機能の重要性と非平衡現象論

研究課題

研究課題/領域番号 19540392
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 数理物理・物性基礎
研究機関茨城大学

研究代表者

中川 尚子  茨城大学, 理学部, 准教授 (60311586)

研究期間 (年度) 2007 – 2010
研究課題ステータス 完了 (2010年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2010年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2009年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2008年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2007年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
キーワード統計物理学 / 非平衡・非線形物理学 / 非平衡定常系 / クラウジウス関係式 / エントロピー / 熱と仕事の相関 / 揺らぎ / タンパク質 / 折りたたみ転移 / 4点相関関数 / 熱力学第二法則 / 過剰熱 / 熱力学関数 / 統計力学 / inherent structures / 分布関数 / エントロピー生成 / 局所詳細釣り合い / ボルツマン因子 / 軌道平均
研究概要

生体分子の動作機構を記載する方法論を作ることを目指し、非平衡系での熱力学関係式の構築とタンパク質モデルでの遅い揺らぎの特徴づけを行った。前者として、非平衡定常状態の微視的状態に関する分布関数の平易な表現を導出することに成功し、それによってクラウジウス関係式の非平衡への自然な拡張を得ることができた。非線形非平衡領域まで通用するクラウジウス関係式を導出することにも成功し、非平衡では熱力学構造に独特のねじれが存在することを示した。後者の研究では、4点相関関数を用いて遅い揺らぎの特徴づけを行った。

報告書

(6件)
  • 2010 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2009 実績報告書   自己評価報告書 ( PDF )
  • 2008 実績報告書
  • 2007 実績報告書
  • 研究成果

    (32件)

すべて 2011 2010 2009 2008 2007 その他

すべて 雑誌論文 (19件) (うち査読あり 19件) 学会発表 (9件) 備考 (4件)

  • [雑誌論文] Entropy and nonlinear nonequilibrium thermodynamic relation for heat conducting steady states2011

    • 著者名/発表者名
      Teruhisa S.Komatsu, Naoko Nakagawa, Shin-ichi Sasa, Hal Tasaki
    • 雑誌名

      Journal of Statistical Physics vol.142

      ページ: 127-153

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Entropy and nonlinear nonequilibrium thermodynamic relation for heat conducting steady states2011

    • 著者名/発表者名
      T.S.Komatsu, N.Nakagawa, S-i.Sasa, H.Tasaki
    • 雑誌名

      Journal of Statistical Physics

      巻: 142 ページ: 127-153

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Stationary distribution and thermodynamic relation in nonequilibrium steady states2010

    • 著者名/発表者名
      Teruhisa S.Komatsu, Naoko Nakagawa, Shin-ichi Sasa, Hal Tasaki, N.Ito
    • 雑誌名

      Progress of Theoretical Physics, Supplement vol.184

      ページ: 329-338

    • NAID

      110007703098

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Stationary distribution and thermodynamic relation in nonequilibrium steady states2010

    • 著者名/発表者名
      T.S.Komatsu, N.Nakagawa, S-i.Sasa, H.Tasaki, N.Ito
    • 雑誌名

      Progress of Theroretical Physics、Supplement

      巻: 184 ページ: 329-338

    • NAID

      110007703098

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Representation of nonequilibrium steady states in large mechanical systems2009

    • 著者名/発表者名
      Teruhisa S.Komatsu, Naoko Nakagawa, Shin-ichi Sasa, Hal Tasaki
    • 雑誌名

      Journal of Statistical Physics vol.134

      ページ: 401-423

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Representation of nonequilibrium steady states in large mechanical systems2009

    • 著者名/発表者名
      Teruhisa S. Komatsu, Naoko Nakagawa, Shin-ichi Sasa, Hal Tasaki
    • 雑誌名

      Journal of Statistical Physics vol. 134

      ページ: 401-423

    • 関連する報告書
      2009 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Critical examination of the inherent-structure-landscape analysis of two-state folding proteins2009

    • 著者名/発表者名
      Johannes-Geert Hagmman, Naoko Nakagawa, Michel Peyrard
    • 雑誌名

      Physical Review E 80

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Representation of nonequilibrium steady states in large mechanical systems2009

    • 著者名/発表者名
      T.S.Komatsu, N.Nakagawa, S.Sasa and H.Tasaki
    • 雑誌名

      Journal of Statistical Physics 134

      ページ: 401-423

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Steady-State Thermodynamics for Heat Conduction : Microscopic Derivation2008

    • 著者名/発表者名
      Teruhisa S.Komatsu, Naoko Nakagawa, Shin-ichi Sasa, Hal Tasaki
    • 雑誌名

      Physical Review Letters vol.100

      ページ: 230602-230602

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Expression for the Stationary Distribution in Nonequilibrium Steady States2008

    • 著者名/発表者名
      Teruhisa S.Komatsu, Naoko Nakagawa
    • 雑誌名

      Physical Review Letters vol.100

      ページ: 30601-30601

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Steady-State Thermodynamics for Heat Conduction : Microscopic Derivation2008

    • 著者名/発表者名
      Teruhisa S. Komatsu, Naoko Nakagawa, Shin-ichi Sasa, Hal Tasaki
    • 雑誌名

      Physical Review Letters vol. 100

      ページ: 230602-230602

    • 関連する報告書
      2009 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Expression for the Stationary Distribution in Nonequilibrium Steady States2008

    • 著者名/発表者名
      Teruhisa S. Komatsu, Naoko Nakagawa
    • 雑誌名

      Physical Review Letters vol. 100

      ページ: 30601-30601

    • 関連する報告書
      2009 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Steady State Thermodynamics for Heat Conduction : Microscopic Derivation2008

    • 著者名/発表者名
      T.S.Komatsu, N.Nakagawa, S. Sasa and H.Tasaki
    • 雑誌名

      Physical Review Letters 100

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 非平衡定常系のボルツマン因子2008

    • 著者名/発表者名
      小松輝久、中川尚子
    • 雑誌名

      日本物理学会誌 63

      ページ: 694-697

    • NAID

      110006936676

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Expression for the Stationary Distribution in Nonequilibrium Steady States2008

    • 著者名/発表者名
      T. S. Komatsu and N. Nakagawa
    • 雑誌名

      Physical Review Letters 100

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Reversibility Parameter for a Markovian Stepper2007

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Harada, Naoko Nakagawa
    • 雑誌名

      Europhysics Letters vol.78

      ページ: 50002-50002

    • NAID

      120000808031

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Confomational Temperature Characterizing the Folding of a Protein2007

    • 著者名/発表者名
      Naoko Nakagawa
    • 雑誌名

      Physical Review Letters vol.98

      ページ: 128104-128104

    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Reversibility Parameter for a Markovian Stepper2007

    • 著者名/発表者名
      Takahiro Harada, Naoko Nakagawa
    • 雑誌名

      Europhysics Letters vol. 78

      ページ: 50002-50002

    • NAID

      120000808031

    • 関連する報告書
      2009 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Confomational Temperature Characterizing the Folding of a Protein2007

    • 著者名/発表者名
      Naoko Nakagawa
    • 雑誌名

      Physical Review Letters vol. 98

      ページ: 128104-128104

    • 関連する報告書
      2009 自己評価報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 非平衡定常系における熱力学関係式とオンサガーの相反関係2010

    • 著者名/発表者名
      中川尚子
    • 学会等名
      日本物理学会
    • 発表場所
      大阪府立大学
    • 年月日
      2010-09-24
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書 2010 研究成果報告書
  • [学会発表] 「非線形非平衡」の拡張クラウジウス関係式2009

    • 著者名/発表者名
      中川尚子
    • 学会等名
      日本物理学会
    • 発表場所
      熊本大学
    • 年月日
      2009-09-26
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書 2009 実績報告書 2009 自己評価報告書
  • [学会発表] On the Second law of Steady State Thermodynamics2009

    • 著者名/発表者名
      中川尚子
    • 学会等名
      Frontiers in Nonequilibrium Physics
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      2009-08-03
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書 2009 実績報告書 2009 自己評価報告書
  • [学会発表] Comformational temperature characterizing the folding of a protein2008

    • 著者名/発表者名
      中川尚子
    • 学会等名
      Frontier of Glassy Physics
    • 発表場所
      京都大学
    • 年月日
      2008-11-20
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書 2009 自己評価報告書 2008 実績報告書
  • [学会発表] 非平衡定常系における熱力学関係式とその応用32008

    • 著者名/発表者名
      中川尚子
    • 学会等名
      日本物理学会
    • 発表場所
      岩手大学
    • 年月日
      2008-09-23
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] 非平衡定常系における熱力学関係式とその応用12008

    • 著者名/発表者名
      中川尚子
    • 学会等名
      日本物理学会
    • 発表場所
      近畿大学
    • 年月日
      2008-03-24
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書 2009 自己評価報告書
  • [学会発表] 非平衡定常系における熱力学関係式とその応用2008

    • 著者名/発表者名
      中川 尚子
    • 学会等名
      日本物理学会
    • 発表場所
      近畿大学
    • 年月日
      2008-03-24
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 非平衡状態にあるタンパク質の構造を特徴付ける有効温度2007

    • 著者名/発表者名
      中川 尚子
    • 学会等名
      日本生物物理学会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2007-12-22
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 仕事分布に現れる記憶効果と非平衡度の影響2007

    • 著者名/発表者名
      中川尚子
    • 学会等名
      日本物理学会
    • 発表場所
      北海道大学
    • 年月日
      2007-09-24
    • 関連する報告書
      2010 研究成果報告書 2009 自己評価報告書 2007 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://info.ibaraki.ac.jp/scripts/websearch/index.htm

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://info.ibaraki.ac.jp/scripts/websearch/index.htm

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://info.ibaraki.ac.jp/scripts/websearch/index.htm

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [備考] 茨城大学研究者情報総覧

    • URL

      http://info.ibaraki.ac.jp/scripts/websearch/index.htm

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

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公開日: 2007-04-01   更新日: 2016-04-21  

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