| 研究課題/領域番号 |
19570156
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
生物物理学
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| 研究機関 | 大阪大学 |
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研究代表者 |
肥後 順一 大阪大学, 臨床医工学融合研究教育センター, 特任研究員 (80265719)
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| 研究期間 (年度) |
2007 – 2008
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| 研究課題ステータス |
完了 (2008年度)
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| 配分額 *注記 |
4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2008年度: 260千円 (直接経費: 200千円、間接経費: 60千円)
2007年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
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| キーワード | フォールディング / 自由エネルギー地形 / マルチカノニカル / WWドメイン / ヒューマニン |
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| 研究概要 |
α/βの両方の二次構造を含む50残基のタンパク質Pina WW domain の自由エネルギー地形を求めるために、水をあらわに取り込んだ全原子タンパク質モデルでマルチカノニカル分子動力学計算を行った。天然構造から変性構造までを含む多様な立体構造集団を得て、自由エネルギー地形を求めた。シミュレーションは安価な小規模クラスターマシンを使用した。また、多数本のマルチカノニカルランを統合し、構造探索の効率を高める手法を開発した
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