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生体高分子間相互作用構造推定のため情報抽出法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 19570157
研究種目

基盤研究(C)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物物理学
研究機関お茶の水女子大学 (2008)
独立行政法人日本原子力研究開発機構 (2007)

研究代表者

由良 敬  お茶の水女子大学, 大学院人間文化創成科学研究科, 教授 (50252226)

研究期間 (年度) 2007 – 2008
研究課題ステータス 完了 (2008年度)
配分額 *注記
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2008年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2007年度: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円)
キーワードタンパク質問相互作用 / シングレット / タンパク質-RNA相互作用 / ダブレット / 相互作用推定 / タンパク質立体構造 / 計算生物学 / タンパク質間相互作用 / タンパク質DNA相互作用 / 共進化情報
研究概要

細胞内の生体高分子(タンパク質やRNAなど)は、お互いに相互作用して働いている。生体高分子単体がどのような形をしているのかは、ずいぶん明らかにされてきたが、生体高分子のどの部分で相互作用するのか、また相互作用するとどのような形になるのかは、数少ない場合でしかわかっていない。本補助金研究では、相互作用部位と相互作用構造をコンピュータを用いて推定する方法の某礎研究を行い、それぞれにおいて新しい方法を開発することができた。

報告書

(3件)
  • 2008 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2007 実績報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 3件) 学会発表 (8件) 図書 (1件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] Characteristics and prediction of RNA editing sites in transcripts of the moss Takakia lepidozioides chloroplast2009

    • 著者名/発表者名
      Kei Yura, et al.
    • 雑誌名

      DNA Research 15

      ページ: 309-321

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characteristics and prediction of RNA editing sites in transcripts of the moss Takakia lepidozioides chloroplast2008

    • 著者名/発表者名
      Yura K., Miyata, Y., Arikawa, T., Higuchi, M., Sugita, M.
    • 雑誌名

      DNA Research 15(5)

      ページ: 309-321

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Prediction of Protein-RNA, Protein-Protein and Protein-Ligand Interfaces Based on Protein Sequences and 3D-Structures2008

    • 著者名/発表者名
      Yura K.
    • 雑誌名

      Proceedings of International Symposium on Frontiers of Computational Science

      ページ: 77-86

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] タンパク質の立体構造に基づく相互作用構造の推定2008

    • 著者名/発表者名
      由良敬
    • 雑誌名

      薬学雑誌 128(11)

      ページ: 1547-1555

    • NAID

      110006991367

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] たくさんのデータ観察からわかるタンパク質が低分子を認識するようす2009

    • 著者名/発表者名
      由良敬
    • 学会等名
      第3回お茶のオビ女子メ「学舞鎖揮学研究教'古センター公鰐シンポジクムr舞鎖が房る塗紛と病気」
    • 発表場所
      お茶の水女子大学
    • 年月日
      2009-03-05
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] ナンジャモンジャゴケ葉緑体ゲノムデータに基づくRNAエディティング部位の予測2009

    • 著者名/発表者名
      由良敬
    • 学会等名
      プロテイン・インフォマティクス蛋白質科学のためのバイオインフォマティクス,第9回日本蛋白質科学会年会ワークショップ
    • 発表場所
      熊本
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Prediction of Protein-RNA, Protein-Protein And Protein-Ligand Interfaces Based on Protein Sequences and 3D-Structures2009

    • 著者名/発表者名
      Yura, K
    • 学会等名
      ATI International Forum 2009 "Protein Structure Determination and Applications
    • 発表場所
      日本原子力研究開発機構
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Prediction of interface residues on proteins for RNA and protein molecules2009

    • 著者名/発表者名
      T Yura, K
    • 学会等名
      Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences - Experiments and Simulations,
    • 発表場所
      韓国ソウルKIAS
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Prediction of Protein-RNA, Protein-Protein and Protein-Ligand Interfaces Based on Protein Sequences and 3D-Structures2008

    • 著者名/発表者名
      Yura, K
    • 学会等名
      Frontiers of ComputationalBiology on Protein Structures
    • 発表場所
      お茶の水女子大学
    • 年月日
      2008-12-02
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Prediction of RNA editing sites solely from the newly characterized DNA sequences of the moss Takakialepidozioides chloroplast2008

    • 著者名/発表者名
      Yura, K.,Miyata, Y., Arikawa, T., Higuchi, M., Sugita, M.
    • 学会等名
      第46回日本生物物理学会年会(福岡大会)
    • 発表場所
      福岡国際会議場
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Prediction of Protein-RNA, Protein-Protein and Protein-Ligand Interfaces Based on Protein Sequences and 3D-Structures2008

    • 著者名/発表者名
      Yura, K.
    • 学会等名
      International Symposium on Frontiers of Computational Science
    • 発表場所
      名古屋大学
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Prediction of RNA editing sites solely from the newly characterized DNA sequences of the moss Takakia lepidozioides chloroplast2008

    • 著者名/発表者名
      Kei Yura, et al.
    • 学会等名
      第46回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      福岡
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [図書] Prediction of molecular interactions from 3D-structures : from small ligands to large protein complexes2009

    • 著者名/発表者名
      Kinoshita, K., Kono, H., Yura, K.
    • 出版者
      in Prediction of Protein Structures, Functions, and Interactions(ed. Bujnicki, J.M.), Wiley and Sons)
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://cib.cf.ocha.ac.jp/-yura/presentO.html

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://cib.cf.ocha.ac.in/-vura/RNAE/

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://cib.cf.ocha.ac.jp/yuralab/papers.html

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書

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公開日: 2007-04-01   更新日: 2016-04-21  

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