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遺伝子発現時系列データ解析技法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 19650068
研究種目

萌芽研究

配分区分補助金
研究分野 統計科学
研究機関久留米大学

研究代表者

柳川 尭 (柳川 堯)  久留米大学, バイオ統計センター, 教授 (80029488)

研究分担者 荒木 由布子  久留米大学, バイオ統計センター, 助教 (80403913)
角間 辰之  久留米大学, バイオ統計センター, 教授 (50341540)
研究期間 (年度) 2007 – 2008
研究課題ステータス 完了 (2008年度)
配分額 *注記
3,400千円 (直接経費: 3,400千円)
2008年度: 800千円 (直接経費: 800千円)
2007年度: 2,600千円 (直接経費: 2,600千円)
キーワードアルリズム / プロテオーム / 統計数学 / 機械学習 / ゲノム / アルゴリズム / 関数データ解析 / 時系列データ / 網膜タンパク
研究概要

・典型的なタンパク質の時系列トラジェクトリーは,生物学的知識を適用して幾つかの群に分類し,群ラベルを与えることができる場合が多い.このようなラベルが付けられたデータを学習データとして用いて,ラベルが付けられなかったタンパク質の(非典型的)時系列トラジェクトリーを判別するのに有用な関数ロジスティック判別分析法を開発した.この方法は,離散的ないくつかの時点において観測されたデータを,滑らかな関数を観測したときの誤差を伴う実現値と考え,この関数を基底関数展開で近似した上で,平滑化法によって推定するというアイディアで,まず潜在する真のタンパク質の質量変化トラジェクトリー曲線を推定する.次にロジスティックモデルを導入し,非典型的なデータの判別に適用する方法である.方法論として新しく,国際計量生物学会等で発表するとともに論文として公表した.
・オクラホマ大学医学部松本博行教授のグループは,427個のスポットにおける生後1,3,5,7,9,14,21,28日目のマウス網膜のタンパク質を,2次元ゲルを用いて観測している.また, Haniu et al. (2006)はこのデータのうち134個のタンパク質の典型的トラジェクトリーをJuvenile, Adult, Transientの3群にラベリングしている.開発した方法を適用し,除外基準をみたす残りの231個について判別をおこない有意義な結果をえたこの結果を学術専門誌に投稿するための作業を行っている.

報告書

(2件)
  • 2008 実績報告書
  • 2007 実績報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2009 2008 2007 その他

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (8件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Prognostic significance of the immediate early response gene X-1 (IEX-1) expression in pancreatic cancer2008

    • 著者名/発表者名
      Tetsuro Sasada
    • 雑誌名

      Annals of Surgical Oncology 15(2)

      ページ: 609-617

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Paternal transmission and slow elimination of mutant alleles associated with late-onset ornithine transcarbamylase deficiency in male patients2008

    • 著者名/発表者名
      Sanae Numata
    • 雑誌名

      Journal of Human Genetics 53

      ページ: 10-17

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Expression of Erb-2/HER2 and estradiol receptor alpha depends upon nuclear localization of Y-box binding protein-1(YB-1) in human breast cancers2008

    • 著者名/発表者名
      Teruhiko Fujii
    • 雑誌名

      Cancer Research 68

      ページ: 1504-1512

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Regularized functional logitic discrimination and its application to the longitunal data2008

    • 著者名/発表者名
      Araki Yuko
    • 雑誌名

      Proceedings of the 2nd International Kurume Symposium on Biostatistics

      ページ: 92-97

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [雑誌論文] Paternal transmisson and slow elimination of mutant alleles associated with late-onset orithine transcarbamylase deficincy in male patients2008

    • 著者名/発表者名
      Sanae Numata
    • 雑誌名

      Journal of Huamn Genetics 53

      ページ: 10-17

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Functional discriminant analysis via radial basis function expansion and model selection criterion2007

    • 著者名/発表者名
      Araki Yukc
    • 雑誌名

      Proceedings of the COE conference on the development of DMHF

      ページ: 195-198

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [雑誌論文] Functional logistic discrimination via regularized basis expansions

    • 著者名/発表者名
      Yuko Araki
    • 雑誌名

      Communication in Statistics (in press)

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Functional regression modeling via regularized Gaussian basis expansions

    • 著者名/発表者名
      Yuko Araki
    • 雑誌名

      Annals of the Institute of Statistical Mathematics (in press)

    • NAID

      40016869127

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Modeling transition probabilities and duration time for event history data2009

    • 著者名/発表者名
      Ohyama, T
    • 学会等名
      The 3^<rd> International Kurume Symposium on Biostatistics
    • 発表場所
      Kyushu University
    • 年月日
      2009-01-31
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] 異なったイベントのくり返しを持つ追跡データのマルコフモデリング2008

    • 著者名/発表者名
      山下夏美
    • 学会等名
      2008年度統計関連学会連合大会
    • 発表場所
      慶応義塾大学
    • 年月日
      2008-09-08
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Application of fumctonal ANOVA models for hazard regression to the Hisayama data2008

    • 著者名/発表者名
      Ybnemoto K
    • 学会等名
      The 2nd International Kumme Symposium on Biostatistics Analysis of Longitudinal Data and Related Toics
    • 発表場所
      Fukuoka
    • 年月日
      2008-02-25
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Regularized functional logistic discrimination and its apliction to the longtitudinal data2008

    • 著者名/発表者名
      Araki, Y
    • 学会等名
      The 2nd International Kumme Symposium on Biostatlstrcs Analysis of Longitudinal Data and Related Toics
    • 発表場所
      Fukuoka
    • 年月日
      2008-02-25
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 1ヒトがんにおける転移抑制因子Cap43/NDRG1発現の多様性と臨床的意義2008

    • 著者名/発表者名
      河原 明彦
    • 学会等名
      第7回九州がんフォーラ
    • 発表場所
      九州大学百年記念講堂
    • 年月日
      2008-02-08
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Functional Logistic Discrimination and its Application to the Proteomics Trajectory Data2008

    • 著者名/発表者名
      Yuko Araki
    • 学会等名
      International Biometric Conference
    • 発表場所
      Dublin, Ireland
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Functional discriminant analysis via radial basis function expansion and model selection criterion2007

    • 著者名/発表者名
      Araki, Y
    • 学会等名
      International COE conference on the development of DMEF
    • 発表場所
      Kyushu University
    • 年月日
      2007-10-04
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Human finger vein images are diverse and its pattems are useful for peronal identification2007

    • 著者名/発表者名
      Takashi Yanagawa
    • 学会等名
      The 56th Session of the InternationaI Statistical Institute
    • 発表場所
      Lisboa,PortugaI
    • 年月日
      2007-08-29
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [図書] ハリエットレーンハンドブック2007

    • 著者名/発表者名
      柳川堯(バイオ統計学とEBM項目の翻訳
    • 総ページ数
      942
    • 出版者
      メディカルサイエンス・インターナショナル
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

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公開日: 2007-04-01   更新日: 2016-04-21  

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