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大規模EST情報からの遺伝子発現パターンを利用した有用遺伝子の探索手法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 19651084
研究種目

萌芽研究

配分区分補助金
研究分野 基礎ゲノム科学
研究機関明治大学 (2008)
東京大学 (2007)

研究代表者

矢野 健太郎  明治大学, 農学部, 講師 (00446543)

研究分担者 清水 顕史  滋賀県立大学, 環境科学部, 助教 (40409082)
山根 京子  大阪府立大学, 生命環境科学研究科, 助教 (00405359)
研究期間 (年度) 2007 – 2008
研究課題ステータス 完了 (2008年度)
配分額 *注記
3,400千円 (直接経費: 3,400千円)
2008年度: 1,500千円 (直接経費: 1,500千円)
2007年度: 1,900千円 (直接経費: 1,900千円)
キーワード生体生命情報学 / ゲノム / 遺伝子 / 遺伝子発現 / バイオインフォマティクス
研究概要

研究代表者(矢野健太郎)および研究分担者(清水顕史、山根京子)による研究体制で研究を行った。昨年度に構築した解析手法に基づき、解析結果を視覚化する方法を研究代表者(矢野健太郎)および研究分担者(清水顕史、山根京子)が協力して開発した。ここでは、特に、コンピューター・マウスやキーボードの操作によって、コンピューター・モニター上で三次元プロット図の拡大、縮小、平行移動や回転を可能とした。本年度は、さらに、統計学の専門知識をもつ矢野および清水が独立して、対応分析を用いたEST情報からの遺伝子発現パターン解析手法の開発などを行った。この個別の作業により、両者の結果の一致性を検証し、開発手法の頑健性の向上を図ることができた。そして、例題データセットを用いた解析と手法の有用性の評価を行った。
また、昨年度に収集した公開データベースからのヒトや植物のEST情報から、植物遺伝の専門知識をもつ山根が、cDNAの由来や遺伝子機能に関する詳細情報の収集と整理を実施した。それらのデータに対して、矢野がESTのアセンブル解析を行い、発現遺伝子の配列と生物学的機能を推定した。次いで、矢野、清水、山根により、開発した手法を上記の実データに対して適用し、開発手法を評価・修正することによって、大規模EST情報からの有用遺伝子の探索手法を確立した。さらに、簡便な操作で解析と視覚化を可能とするJava言語に基づくソフトウェア開発を行った。

報告書

(2件)
  • 2008 実績報告書
  • 2007 実績報告書
  • 研究成果

    (8件)

すべて 2009 2008 2007

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件) 学会発表 (3件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Web Databases for Omics Data in Tomato2009

    • 著者名/発表者名
      Ayako Suzuki
    • 雑誌名

      J. Japan. Soc. Hort. Sci. 78

      ページ: 23-31

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A genome-wide view of miniature inverted-repeat transposable elements (MITEs) in rice, Oryza sativa ssp. Japonica.2008

    • 著者名/発表者名
      Nobuhiko Oki
    • 雑誌名

      Genes Genet. Syst. 83

      ページ: 321-329

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Omics databases in plant science : key to systems biology2008

    • 著者名/発表者名
      Keita Suwabe
    • 雑誌名

      Plant Biotechnology 25

      ページ: 413-422

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Expressed sequence tags from persimmon at different developmental stages.2008

    • 著者名/発表者名
      Nakagawa T.
    • 雑誌名

      Plant cell reports 27

      ページ: 931-938

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] MiBASE And KaFTom : Databases Of Transcriptome And Full-Length cDNAs Of Tomato2009

    • 著者名/発表者名
      Ayako Suzuki
    • 学会等名
      Plant & Animal Genomes XVII Conference
    • 発表場所
      アメリカ・サンディエゴ
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] A New Method For Gene Discovery In Large-Scale Gene Expression Data2008

    • 著者名/発表者名
      Kentaro Yano
    • 学会等名
      Plant & Animal Genomes XVI Conference
    • 発表場所
      San Diego, USA
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] 大規模マイクロアレイ・データからの遺伝子発見手法2007

    • 著者名/発表者名
      矢野 健太郎
    • 学会等名
      BMB2007
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [産業財産権] 特許権2009

    • 発明者名
      矢野健太郎, 清水顕史
    • 権利者名
      明治大学, 滋賀県立大学
    • 産業財産権番号
      2009-063273
    • 出願年月日
      2009-03-16
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書

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公開日: 2007-04-01   更新日: 2016-04-21  

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