情報学的アプローチによる仮説発見:大規模文献解析に基づく遺伝病原因遺伝子の推定

• 研究課題/領域番号: 19700147
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 知能情報学
• 研究機関: 神戸大学
• 研究代表者: 関 和広 神戸大学, 自然科学系先端融合研究環重点研究部, 助教 (30444566)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2008
• 研究課題ステータス: 完了 (2008年度)
• 配分額: 3,510千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 210千円); 2008年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2007年度: 2,600千円 (直接経費: 2,600千円)
• キーワード: テキストマイニング / 仮説生成 / 仮説発見 / オントロジー / 遺伝的関連 / 全文データ / 情報検索 / 推論ネットワーク

研究概要

本研究では,疾病と遺伝子の関係を遺伝子機能と表現型を介してモデル化し,文献解析による原因遺伝子の予測を試みた.
その結果,従来一般的であった抄録だけを使った場合と比較し,全文データを用いた場合は5%程度の予測性能の向上が見られた.また,オントロジーに記述された概念間の関係を利用して確率パラメタを伝播したとき,システム性能の向上が見られた.
代表的な先行研究と比較した場合も,提案手法の予測性能が最大で20%程度高いことが分かった.

研究成果

• [雑誌論文] Discovering Implicit Associations among Critical Biological Entities (2009)
  • 著者名/発表者名: Kazuhiro Seki and Javed Mostafa
  • 雑誌名: International Journal of Data Mining and Bioinformatics Vol. 3, No. 2 ページ: 105-123
  • NAID: 120001681716
  • 査読あり
• [雑誌論文] 英語音韻を考慮した情報検索のための多様なカタカナ異表記生成 (2009)
  • 著者名/発表者名: 服部弘幸, 関和広, 上原邦昭
  • 雑誌名: 情報処理学会論文誌 : 数理モデル化と応用 2 ページ: 145-155
  • NAID: 110007989920
  • 査読あり
• [雑誌論文] Adaptive Subjective Triggers for Opinionated Document Retrieval (2009)
  • 著者名/発表者名: Kazuhiro Seki, Kuniaki Uehara
  • 雑誌名: Proceedings of the Second ACM International Conference on Web Search and Data Mining ページ: 25-33
  • 査読あり
• [雑誌論文] Gene Ontology Annotation as Text Categorization: An Empirical Study (2008)
  • 著者名/発表者名: Kazuhiro Seki and Javed Mostafa
  • 雑誌名: Information Processing & Management Vol. 44, No. 5 ページ: 1754-1770
  • NAID: 120001506668
  • 査読あり
• [雑誌論文] モスタファジャビド. 多様な遺伝子名認識と文書分類を用いたGene Ontologyアノテーション (2008)
  • 著者名/発表者名: 関和広
  • 雑誌名: 電子情報通信学会論文誌 Vol. J91-D, No. 04 ページ: 1033-1041
  • 査読あり
• [雑誌論文] Gene Ontology Annotation as Text Categorization : An Empirical Study (2008)
  • 著者名/発表者名: Kazuhiro Seki, Javed Mostafa
  • 雑誌名: Information Processing & Management 44 ページ: 1754-1770
  • NAID: 120001506668
  • 査読あり
• [雑誌論文] Generating Diverse Katakana Variants Based on Phonemic Mapping (2008)
  • 著者名/発表者名: Kazuhiro Seki, Hiroyuki Hattori, and Kuniaki Uehara
  • 雑誌名: Proceedings of the 28th annual international ACM SIGIR conference on research and development in information retrieval ページ: 793-794
  • 査読あり
• [雑誌論文] 多様な遺伝子名認識と文書分類を用いたGene Ontologyアノテーション (2008)
  • 著者名/発表者名: 関和広, モスタファジャビド
  • 雑誌名: 電子情報通信学会論文誌 J91-D ページ: 1033-1041
  • NAID: 110007381049
  • 査読あり
• [雑誌論文] Literature-Based Discovery by an Enhanced Information Retrieval Model (2007)
  • 著者名/発表者名: Kazuhiro Seki and Javed Mostafa
  • 雑誌名: In Proceedings of the 10th International Conference on Discovery Science (DS 2007) ページ: 185-196
  • 査読あり
• [雑誌論文] Literature-Based Discovery by an Enhanced Information Retrieval Model (2007)
  • 著者名/発表者名: Kazuhiro Seki, Javed Mostafa
  • 雑誌名: Proceedings of the Tenth lnternational Cflnference on Discovery Science ページ: 185-196
  • 査読あり
• [雑誌論文] 主観的トリガー言語モデルによる意見情報検索
  • 著者名/発表者名: 関和広, 上原邦昭
  • 雑誌名: 情報処理学会論文誌 : 数理モデル化と応用 (採録決定)
  • NAID: 110007126884
  • 査読あり
• [学会発表] 生物医学文献からの知識抽出とイベント間のつながりを考慮した発見性を伴う仮説の提示 (2009)
  • 著者名/発表者名: 宮西大樹, 関和広, 上原邦昭
  • 学会等名: 第1回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム/第7回日本データベース学会年次大会
  • 発表場所: 静岡
  • 年月日: 2009-03-08
• [学会発表] リンク構造とコンテンツを相補的に用いた極少訓練事例からのスプログ発見 (2009)
  • 著者名/発表者名: 佐藤翔平, 関和広, 上原邦昭
  • 学会等名: 第1回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム/第7回日本データベース学会年次大会
  • 発表場所: 静岡
  • 年月日: 2009-03-08
• [学会発表] 生物医学文献からの知識抽出とイベント間のつながりを考慮した発見性を伴う仮説の提示.第1回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム (2009)
  • 著者名/発表者名: 宮西大樹,関和広,上原邦昭
  • 学会等名: 第7回日本データベース学会年次大会
  • 発表場所: 静岡
• [学会発表] 相同分子種を考慮した遺伝子機能アノテーションへの多階層分類の適用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 木野嘉祐,関和広,上原邦昭
  • 学会等名: 情報処理学会研究報告、2008-MPS-72
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2008-12-17
• [学会発表] 相同分子種を考慮した遺伝子機能アノテーションへの多階層分類の適用 (2008)
  • 著者名/発表者名: 木野嘉祐, 関和広, 上原邦昭
  • 学会等名: 情報処理学会研究報告2008-MPS-72
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2008-12-17
• [学会発表] 主観的トリガー言語モデルによる意見情報検索 (2008)
  • 著者名/発表者名: 関和広, 上原邦昭
  • 学会等名: 情報処理学会研究報告2008-MPS-72
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2008-12-17
• [学会発表] Biomedical Association Discovery via Complementary TDM (2008)
  • 著者名/発表者名: Kazuhiro Seki and Kuniaki Uehara
  • 学会等名: Semantic Knowledge Discovery, Organization and Use
  • 発表場所: ニューヨーク
  • 年月日: 2008-11-14
• [学会発表] 相同分子種を利用した動的多階層分類による遺伝子機能アノテーション (2008)
  • 著者名/発表者名: 木野嘉祐, 関和広, 上原邦昭
  • 学会等名: iDBフォーラム2008
  • 発表場所: 福島
  • 年月日: 2008-09-21
• [学会発表] ブログを対象とした統計的意見情報検索 (2008)
  • 著者名/発表者名: 佐藤翔平
  • 学会等名: 言語処理学会第14回年次大会
  • 発表場所: 東京大学
  • 年月日: 2008-03-18
• [学会発表] 相同分子種を利用した動的多階層分類による遺伝子機能アノテーション (2008)
  • 著者名/発表者名: 木野嘉祐,関和広,上原邦昭
  • 学会等名: iDBフォーラム2008、205-210
  • 発表場所: 福島
• [学会発表] 情報検索モデルを用いた潜在的遺伝病原因遺伝子の予測 (2007)
  • 著者名/発表者名: 関和広
  • 学会等名: DBWeb2007
  • 発表場所: 東京大学
  • 年月日: 2007-11-27
• [学会発表] TREC 2007 Blog Track Experiments at Kobe University (2007)
  • 著者名/発表者名: Kazuhiro Seki
  • 学会等名: The 16th text retrieval conference (TREC 2007)
  • 発表場所: 米国標準技術局
  • 年月日: 2007-11-07
• [学会発表] 英音索変換を用いたカタカナ異表記の自動生成 (2007)
  • 著者名/発表者名: 服部弘幸
  • 学会等名: 情報処理学会自然言語処理研究会
  • 発表場所: 東京大学
  • 年月日: 2007-09-28
• [学会発表] 原言語音韻を考慮した多様な異表記生成モデル (2007)
  • 著者名/発表者名: 服部弘幸
  • 学会等名: 情報処理学会数理モデル化と問題解決研究会
  • 発表場所: ホテル椿館
  • 年月日: 2007-03-05
• [図書] IGI Global
  • 著者名/発表者名: Kazuhiro Seki, Javed Mostafa, Kuniaki Uehara
  • 出版者: Finding Explicit and Implicit Knowledge: Biomedical Text Data Mining. In Leon S.L. Wang and Tzung-Pei Hong (Eds.), Intelligent Soft Computation and Evolving Data Mining: Integrating Advanced Technology.
• [図書] In Jake Chen, Stefano Lonardi, and Randi Cohen (Eds.), Biological Data Mining. Chapman & Hall/CRC Press
  • 著者名/発表者名: Javed Mostafa, Kazuhiro Seki, and Weimao Ke
  • 出版者: Beyond Information Retrieval: Literature Mining for Biomedical Knowledge Discovery
• [図書] Statistical Anaphora Resolution for Japanese Zero Pronouns. In Timothy Baldwin, Francis Bond, Kentaro Inui, Shun Ishizaki, Hiroshi Nakagawa, and Akira Shimazu (Eds.), Readings in Japanese Natural Language Processing
  • 著者名/発表者名: Kazuhiro Seki, Atsushi Fujii, and Tetsuya Ishikawa
  • 出版者: CSLI Publications(採録決定)
• [図書] Beyond Information Retrieval : Literature Mining for Biomedical Knowledge Discovery. In Jake Chen, Stefano Lonardi, and Randi Cohen (Eds.), Biological Data Mining
  • 著者名/発表者名: Javed Mostafa, Kazuhiro Seki, and Weimao Ke
  • 出版者: Chapman & Hall/CRC Press(採録決定)
• [図書] Finding Explicit and Implicit Knowledge : Biomedical Text Data Mining. In Leon S. L. Wang and Tzung-Pei Hong (Eds.), Intelligent Soft Computation and Evolving Data Mining : Integrating Advanced Technology
  • 著者名/発表者名: Kazuhiro Seki, Javed Mostafa, Kuniaki Uehara
  • 出版者: IGI Global(採録決定)