ロバスト推測法の展開とゲノムデータ解析への応用

• 研究課題/領域番号: 19700270
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 統計科学
• 研究機関: 統計数理研究所
• 研究代表者: 藤澤 洋徳 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 准教授 (00301177)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2009
• 研究課題ステータス: 完了 (2009年度)
• 配分額: 2,260千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 360千円); 2009年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円); 2008年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円); 2007年度: 700千円 (直接経費: 700千円)
• キーワード: ロバスト推測 / 遺伝子発現データ / 一塩基多型 / ロバスト観測

研究概要

統計的手法の多くは,外れ値が存在すると,妥当性を失うことがある.外れ値が存在しても妥当性を失わない統計的手法はロバスト推測と言われている.特に,外れ値が存在したとしても潜在バイアスを小さく抑えて,手法の妥当性を保つことが,大きな目的の一つとなっている.本申請課題では,ロバスト推測の研究を発展させ,その手法をゲノムデータの解析に応用した.

研究成果

• [雑誌論文] SNEP: Simultaneous detection of nucleotide and expression polymorphisms using Affymetrix GeneChip. (2009)
  • 著者名/発表者名: Fujisawa, H., Horiuchi, Y., Harushima, Y., Takada, T., Eguchi, S., Mochizuki, T., Sakaguchi, T., Shiroishi, T., Kurata, N.
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics Vol.10,No.131
  • 査読あり
• [雑誌論文] SNEP : Simultaneous detection of nucleotide and expression polymorphisms using Affymetrix GeneChip (2009)
  • 著者名/発表者名: Fujisawa, Hironori
  • 雑誌名: BMC Bioinformatics 10
  • 査読あり
• [雑誌論文] Robust parameter estimation with a small bias against heavy contamination. (2008)
  • 著者名/発表者名: Fujisawa, H., Eguchi, S.
  • 雑誌名: Journal of Multivariate Analysis Vol.99 ページ: 2053-2081
  • 査読あり
• [雑誌論文] Robust parameter estimation with a small bias against heavy contamination (2008)
  • 著者名/発表者名: Fujisawa, H.
  • 雑誌名: Journal of Multivariate Analysis 99 ページ: 2053-2081
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identifying haplotype block structure by using ancestor-derived model. (2007)
  • 著者名/発表者名: Fujisawa, H., Isomura, M., Eguchi, S., Ushijima, M., Miyata, S., Miki, Y., Matsuura, M.
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics Vol.52 ページ: 738-746
  • NAID: 10019812610
  • 査読あり
• [雑誌論文] A conservative test for multiple comparison based on highly correlated test statistics. (2007)
  • 著者名/発表者名: Ninomiya, Y., Fujisawa, H.
  • 雑誌名: Biometrics Vol.63 ページ: 1135-1142
  • 査読あり
• [雑誌論文] A conservative test for multiple comparison based on highly correlated test statistics. (2007)
  • 著者名/発表者名: Ninomiya, Y.
  • 雑誌名: Biometrics 63 ページ: 1135-1142
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identifying haplotype block structure by using ancestor-derived model. (2007)
  • 著者名/発表者名: Fujisawa, H.
  • 雑誌名: Journal of Human Genetics 52 ページ: 738-746
  • NAID: 10019812610
  • 査読あり
• [学会発表] Affymetrix GeneChipを利用した塩基多型と発現多型の同時同定 (2010)
  • 著者名/発表者名: 藤澤洋徳
  • 学会等名: 統計的推測法の発展と応用
  • 発表場所: 広島
  • 年月日: 2010-03-17
• [学会発表] Affymetrix GeneChip を利用した塩基多型と発現多型の同時同定 (2010)
  • 著者名/発表者名: 藤澤洋徳
  • 学会等名: 統計的推測法の発展と応用
  • 発表場所: 広島
  • 年月日: 2010-03-17
• [学会発表] SNEP: Simultaneous detection of nucleotide and expression polymorphisms using Affymetrix GeneChip (2010)
  • 著者名/発表者名: 藤澤洋徳
  • 学会等名: 統計科学セミナー
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2010-01-08
• [学会発表] SNEP : Simultaneous detection of nucleotide and expression polymorphisms using Affymetrix GeneChip (2010)
  • 著者名/発表者名: 藤澤洋徳
  • 学会等名: 統計科学セミナー
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2010-01-08
• [学会発表] Statistical Analysis of Affymetrix GeneChip Data (2009)
  • 著者名/発表者名: Fujisawa, Hironori
  • 学会等名: 2nd joint research meeting of ISI, ISM and ISSAS
  • 発表場所: Mishima, Japan
  • 年月日: 2009-10-12
• [学会発表] A simple selection of smoothing parameter in penalized spline regression (2009)
  • 著者名/発表者名: Fujisawa, Hironori
  • 学会等名: Joint Statistical Meting 2009
  • 発表場所: Washington, D.C., USA
  • 年月日: 2009-08-04
• [学会発表] Multiplicity adjustments in detecting reproductive barriers caused by Loci interactions (2009)
  • 著者名/発表者名: Kuriki, Satoshi
  • 学会等名: BIRS Workshop 09w5040 Random Fields and Stochastic Geometry
  • 発表場所: Banff, Canada
  • 年月日: 2009-02-26
• [学会発表] Robust parameter estimation with a small bias against heavy contamination (2009)
  • 著者名/発表者名: Fujisawa, Hironori
  • 学会等名: Statistical Science's colloquium series at Cornell University
  • 発表場所: New York, USA
  • 年月日: 2009-02-25
• [学会発表] Robust parameter estimation with a small bias against heavy contamination (2009)
  • 著者名/発表者名: Fujisawa, Hironori
  • 学会等名: Statistical Science's colloquium series at Cornell University
  • 発表場所: Ithaca, USA
  • 年月日: 2009-02-25
• [学会発表] 罰則付スプライン回帰におけるスムージングパラメータの簡単な選択法 (2008)
  • 著者名/発表者名: 藤澤洋徳
  • 学会等名: 統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2008-09-08
• [学会発表] 罰則付スプライン回帰におけるスムージングパラメータの簡単な選択法 (2008)
  • 著者名/発表者名: 藤澤洋徳
  • 学会等名: 統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2008-09-08
• [学会発表] A sequential selection of smoothing parameter in penalized spline regression (2008)
  • 著者名/発表者名: Fujisawa, Hironori
  • 学会等名: 2008 Joint Meeting of ISI, ISM and ISSAS
  • 発表場所: Taipei, Taiwan
  • 年月日: 2008-06-19
• [学会発表] A sequential selection of smoothing parameter in penalized spline regression (2008)
  • 著者名/発表者名: Fujisawa, Hironori
  • 学会等名: 2nd joint research meeting of ISI, ISM and ISSAS
  • 発表場所: Taipei, Taiwan
  • 年月日: 2008-06-19
• [学会発表] SNPを考慮に入れた遺伝子発現データ解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 藤澤洋徳
  • 学会等名: シンポジウム「バイオインフォマティックスおよび経時観察データの解析」
  • 発表場所: 廿日市
  • 年月日: 2008-02-08
• [学会発表] SNPを考慮に入れた遺伝子発現データ解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 藤澤 洋徳
  • 学会等名: バイオインフォマティックスおよび経時観察データの解析
  • 発表場所: 広島
  • 年月日: 2008-02-08
• [学会発表] A unified method for detecting single feature polymorphisms and gene expression level differences (2008)
  • 著者名/発表者名: Fujisawa, Hironori
  • 学会等名: Pasific Symposium on Biocomputing
  • 発表場所: Hawaii, USA
  • 年月日: 2008-01-06
• [学会発表] A unified method for detecting single feature polymorphisms and gene expression level differences (2008)
  • 著者名/発表者名: Fujisawa, Hironori
  • 学会等名: Pacific Symposium on Biocomputing
  • 発表場所: Hawaii, USA
  • 年月日: 2008-01-06
• [学会発表] A unified method for detecting single feature polymorphisms and gene expression level differences (2007)
  • 著者名/発表者名: Fujisawa, Hironori
  • 学会等名: 1st joint research meeting of ISM and ISSAS (on Bioinfomatics)
  • 発表場所: Tokyo, Japan
  • 年月日: 2007-11-30
• [学会発表] A unified method for detecting single feature polymorphisms and gene expression level differences (2007)
  • 著者名/発表者名: Fujisawa, Hironori
  • 学会等名: 1st joint research meeting of ISM and ISSAS(on Bioinfomatics)
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2007-11-30
• [学会発表] 異分野コミュニケーション～円滑にするコツは?～ (2007)
  • 著者名/発表者名: 藤澤洋徳
  • 学会等名: 情報・システム研究機構若手クロストーク研究会
  • 発表場所: 三島
  • 年月日: 2007-11-26
• [学会発表] 遺伝子座間の相互作用による生殖的隔離障壁の検出と多重性調整 (2007)
  • 著者名/発表者名: 栗木哲
  • 学会等名: 統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2007-09-07
• [学会発表] SNPを考慮した遺伝子発現データ解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 藤澤洋徳
  • 学会等名: 統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2007-09-07
• [学会発表] 数理統計学とデータ解析, 統計数理研究所 (2007)
  • 著者名/発表者名: 藤澤洋徳
  • 学会等名: 統計数理研究所外部評価シンポジウム
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2007-08-13
• [学会発表] 数理統計学とデータ解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 藤澤 洋徳
  • 学会等名: 外部評価シンポジウム
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2007-08-13
• [学会発表] SNPを考慮した遺伝子発現データ解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 藤澤洋徳
  • 学会等名: 統計若手サマーセミナー
  • 発表場所: 指宿
  • 年月日: 2007-08-07
• [学会発表] SNPを考慮した遺伝子発現データ解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 藤澤 洋徳
  • 学会等名: 統計サマーセミナー
  • 発表場所: 鹿児島
  • 年月日: 2007-08-07
• [備考] Fujisawa et al. (2009, BMC Bioinformatics)で開発したソフトウェア「SNEP」のホームページ
  • URL: http://www.ism.ac.jp/~fujisawa/SNEP/
• [備考]
  • URL: http://www.ism.ac.jp/~fujisawa/SNEP/