全生物種のトランスクリプトーム解析を加速するHiCEPデータ高速解析手法の開発

• 研究課題/領域番号: 19700273
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 門田 幸二 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 特任助教 (60392221)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2008
• 研究課題ステータス: 完了 (2008年度)
• 配分額: 1,150千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 150千円); 2008年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円); 2007年度: 500千円 (直接経費: 500千円)
• キーワード: バイオインフォマティクス / AFLP / HiCEP / マイクロアレイ

研究概要

HiCEP法は、マイクロアレイなど他の技術では不可能であった未知遺伝子を含む転写物の網羅的単離およびプロファイリングが全ての生物で可能な唯一の実験技術であるが、一次元電気泳動(1-DE)パターン比較に基づく発現プロファイル解析法であるため、データ解析に多くの手間と時間がかかっていた。本研究課題によって開発された手法の適用により、データ解析の大部分において自動化が達成できた。

研究成果

• [雑誌論文] Effect of Quercetin on the Gene Expression Profile of the Mouse Intestine (2009)
  • 著者名/発表者名: Natsume Y, Kadota K, Satsu H, Shimizu M.
  • 雑誌名: Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 73(3) ページ: 722-725
  • NAID: 10027539109
• [雑誌論文] A weighted average difference method for detecting differentially expressed genes from microarray data (2008)
  • 著者名/発表者名: Kadota K, Nakai Y, Shimizu K.
  • 雑誌名: Algorithms for Molecular Biology 3 ページ: 8-8
• [雑誌論文] Biochemical and Genomic Analysis of Neoculin Compared to Monocot Mannose-Binding Lectins (2008)
  • 著者名/発表者名: Shimizu-Ibuka A, Nakai Y, Nakamori K, Morita Y, Nakajima KI, Kadota K, Watanabe H, Okubo S, Terada T, Asakura T, Misaka T, Abe K.
  • 雑誌名: Journal of Agricultural and Food Chemistry 56(13) ページ: 5338-5344
• [雑誌論文] Up-regulation of genes related to the ubiquitin-proteasome system in the brown adipose tissue of 24-h-fasted rats (2008)
  • 著者名/発表者名: Nakai Y, Hashida H., Kadota K, Minami M, Shimizu K, Matsumoto I, Kato H, Abe K.
  • 雑誌名: Bioscience, Biotechnolgy, and Biochemistry 72(1) ページ: 139-148
  • NAID: 10027523175
• [雑誌論文] A weighted average difference method for detecting differentially expressed genes from microarrav data (2008)
  • 著者名/発表者名: Kadota, K.
  • 雑誌名: Algorithms for Molecular Biology 3 ページ: 5-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Biochemical and Genomic Analysis of Neoculin Compared to Monocot Mannose-Binding Lectins (2008)
  • 著者名/発表者名: Shimizu-Ibuka, A.
  • 雑誌名: Journal of Agricultural and Food Chemistry 56 ページ: 5338-5344
  • 査読あり
• [雑誌論文] Up-regulation of genes related to the ubiquitin-proteasome system in the brown adipose tissue of 24-h-fasted rats (2008)
  • 著者名/発表者名: Nakai, Y.
  • 雑誌名: Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 72 ページ: 139-148
  • 査読あり
• [雑誌論文] GOGOT : a method for the identification of differentially expressed fragments from cDNA-AFLP data (2007)
  • 著者名/発表者名: Kadota K, Araki R, Nakai Y, Abe M.
  • 雑誌名: Algorithms for Molecular Biology 2 ページ: 5-5
• [雑誌論文] Evaluation of two outlier-detection-based methods for detecting tissue-selective genes from microarray data (2007)
  • 著者名/発表者名: Kadota K, Konishi T, Shimizu K.
  • 雑誌名: Gene Regulation and Systems Biology 1 ページ: 9-15
• [雑誌論文] Circadian variations in coagulation and fibrinolytic factors among four different strains of mice (2007)
  • 著者名/発表者名: Ohkura N, Oishi K, Sakata T, Kadota K, Kasamatsu M, Fukushima N, Kurata A, Tamai Y, Shirai H, Atsumi G Ishida N, Matsuda J, Horie S.
  • 雑誌名: Chronobiology International 24(4) ページ: 651-669
• [雑誌論文] GOGOT : a method for the identification of differentially expressed fragments from cDNA-AFLP data (2007)
  • 著者名/発表者名: Kadota, K.
  • 雑誌名: Algorithms for Molecular Biology 2 ページ: 5-5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Circadian variations in coagulation and fibrinolytic factors among four different strains of mice (2007)
  • 著者名/発表者名: Ohkura, N.
  • 雑誌名: Chronobiology International 24 ページ: 651-669
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evaluation of two outlier-detection-based methods for detecting tissue-selective genes from microarray data (2007)
  • 著者名/発表者名: Kadota, K.
  • 雑誌名: Gene Regulation and Systems Biology 1 ページ: 9-15
  • 査読あり
• [学会発表] マイクロアレイ解析の話 : 発現変動遺伝子検出あたりを中心に (2009)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 日本バイオインフォマティクス学会・第5回九州地域部会講習会
  • 発表場所: 福岡
  • 年月日: 2009-02-26
• [学会発表] 食餌性亜鉛の欠乏がラット小腸の遺伝子発現に与える影響 (2009)
  • 著者名/発表者名: 成川真隆,中井雄治,南道子,門田幸二,三坂巧,阿部啓子
  • 学会等名: 日本農芸化学会2009年度大会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] pCAR1を有することが宿主であるPseudomonas属細菌に鉄欠乏を生じさせる (2009)
  • 著者名/発表者名: 新谷政己,高橋裕里香,徳丸裕樹,門田幸二,原啓文,宮腰昌利,西田洋巳,山根久和,野尻秀昭
  • 学会等名: 第3回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] IncP-7群プラスミドpCAR1を保持する異種Pseudomonas属細菌の形質およびトランスクリプトーム比較 (2009)
  • 著者名/発表者名: 高橋裕里香,新谷政己,徳丸裕樹,門田幸二,原啓文,宮腰昌利,西田洋巳,山根久和,野尻秀昭
  • 学会等名: 第3回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] マイクロアレイ解析の話:発現変動遺伝子検山あたりを中心に (2009)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 日本バイオインフォマティクス学会第5回九州地域部会講習会
  • 発表場所: 福岡
• [学会発表] マイクロアレイデータからの発現変動遺伝子検出法WAD (2008)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 日本分子生物学会第31回年会(BMB2008)
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2008-12-12
• [学会発表] トランスクリプトーム解析手法の開発 (2008)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: アグリバイオインフォマティクス成果報告シンポジウム
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-12-08
• [学会発表] ニュートリゲノミクス研究におけるDNAマイクロアレイ解析戦略 (2008)
  • 著者名/発表者名: 中井雄治,門田幸二
  • 学会等名: 日本農芸化学会2008年度大会
  • 発表場所: 名古屋
  • 年月日: 2008-03-29
• [学会発表] Comparison of methods for detecting differentially expressed genes from microarray data (2008)
  • 著者名/発表者名: Kadota K., Nakai Y, Shimizu K.
  • 学会等名: 日本バイオインフォマティクス学会年会
  • 発表場所: 大阪
• [学会発表] マイクロアレイデータからの発現変動遺伝子検出法WAD (2008)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二,中井雄治,清水謙多郎
  • 学会等名: 日本分子生物学会第31会年会(BMB2008)
  • 発表場所: 神戸
• [学会発表] Comparison of methods for detecting differentially expressed genes from microarray data (2008)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 2008年日本バイオインフォマティクス学会年会
  • 発表場所: 大阪
• [学会発表] HiCEPデータのマイクロアレイ様データへの変換:HiCEPもアレイ用解析手法が利用可能です (2007)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 放射線医学総合研究所第14回重粒子医科学センター研究交流会
  • 発表場所: 千葉
  • 年月日: 2007-07-19
• [学会発表] HiCEPデータのマイクロアレイ様データへの変換 : HiCEPもアレイ用解析手法が利用可能です (2007)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 放射線医学総合研究所第14回重粒子医科学センター研究交流会
  • 発表場所: 千葉
  • 年月日: 2007-07-19
• [学会発表] マイクロアレイ解析手法あれこれ (2007)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 日本バイオインフォマティクス学会第2会機能ゲノミクス研究会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2007-04-12
• [学会発表] Genes Related to the Ubiquitin-Proteasome System Are Up-regulated in the Brown Adipose Tissue of 24 h-Fasted Rats (2007)
  • 著者名/発表者名: Nakai Y, Hashida H, Kadota K, Minami M, Shimizu K, Matsumoto I, Kato H, Abe K.
  • 学会等名: The University of Tokyo International Symposium "Frontier of Microbial and Plant Biotechnology in Environmental and Life Sciences"
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] A new method for detecting tissue-selective genes from microarray data and its comparative study (2007)
  • 著者名/発表者名: Kadota K, Ye J, Nakai Y, Terada T, Shimizu K.
  • 学会等名: The University of Tokyo International Symposium "Frontier of Microbial and Plant Biotechnology in Environmental and Life Sciences"
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] The effect of quercetin on ER stress at intestinal epithelia (2007)
  • 著者名/発表者名: Natsume Y, Ito S, Satsu H, Kadota K, Ohsawa K, Shimizu M.
  • 学会等名: 3rd International Conference on Polyphenols and Health (ICPH2007)
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] Rでお手軽にアレイ解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 学会等名: 特定領域研究「植物ゲノム障壁」マイクロアレイワークショップ
  • 発表場所: 東京
• [図書] 有意差検定とマーカー遺伝子の意義(他),(藤渕航・堀本勝久/編)実験医学別冊 マイクロアレイデータ統計解析プロトコール (2008)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 出版者: 羊土社
• [図書] マイクロアレイデータ統計解析プロトコール (2008)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 出版者: 羊土社
• [図書] 書評(統計解析環境Rによるバイオインフォマティクスデータ解析),バイオサイエンスとインダストリー65(11),28 (2007)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 総ページ数: 28
• [図書] バイオサイエンスとインダストリー (2007)
  • 著者名/発表者名: 門田幸二
  • 出版者: バイオインダストリー協会
• [備考] 研究代表者ホームページ
  • URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/
• [備考]
  • URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/
• [備考]
  • URL: http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/