• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

CAGE絶対値遺伝子発現プロファイルによるヒトとマウスの組織特異性の網羅的解析

研究課題

研究課題/領域番号 19710166
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 基礎ゲノム科学
研究機関大阪大学

研究代表者

竹中 要一  大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 准教授 (00324830)

研究期間 (年度) 2007 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
2,560千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 360千円)
2009年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2008年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2007年度: 1,000千円 (直接経費: 1,000千円)
キーワードCAGE / バイオインフォマティクス / 発現プロファイル / 組織特異性 / 種間比較
研究概要

タンパク質の設計図である遺伝子は、染色体という形で全ての細胞に存在します。その設計図である遺伝子は、心臓と目といった組織ごとに異なります。これが遺伝子の量に基づくその組織の特徴です。本研究では組織ごとに遺伝子の利用された回数を測定可能な技術であるCAGEを用い、ヒトとマウスにおける組織特性、および組織特異性を調べる方法について研究しました。その結果、情報量という評価尺度を用いることが有効なことを明らかにしました。

報告書

(4件)
  • 2009 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2008 実績報告書
  • 2007 実績報告書
  • 研究成果

    (23件)

すべて 2010 2009 2008 2007 その他

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (14件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] mproved prediction method for protein interactions using both structural and functional characteristics of proteins2010

    • 著者名/発表者名
      Tatsuya Yoshikawa
    • 雑誌名

      IPSJ transactions on Bioinformatics 3

      ページ: 10-23

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line2009

    • 著者名/発表者名
      Harukazu Suzuki, Alistair R R Forrest,Erik van Nimwegen, Carsten O Daub, PiotrJ Balwierz, Katharine M Irvine, TimoLassmann, Timothy Ravasi, Yuki Hasegawa,Michiel J L de Hoon, Shintaro Katayama,Kate Schroder, Piero Carninci, YasuhiroTomaru, Mutsumi Kanamori-Katayama,Atsutaka Kubosaki, Altuna Akalin,Yoshinari Ando, Erik Arner, Maki Asada,Hiroshi Asahara, Timothy Bailey, VladimirB Bajic, Denis Bauer, Anthony G Beckhouse,intracellularjunctioncell-cell adhegapjunction rensjunctiondesmosome tight junctionplasmodesma subapical complexapical complexconnexsoncomplexspot adherensjunctionzonulaadherensfasciaadherensinter cellularcanaliculus468403112717929278233802138114420133588193782742632424GO term liverlungNicolas Bertin, Johan Bjoerkegren, FrankBrombacher, Erika Bulger, Alistair M Chalk,Joe Chiba, Nicole Cloonan, Adam Dawe,Josee Dostie, Paer G Engstroem, MagbubahEssack, Geoffrey J Faulkner, J Lynn Fink,David Fredman, Ko Fujimori, Masaaki Furuno,Takashi Gojobori, Julian Gough, Sean MGrimmond, Mika Gustafsson, MegumiHashimoto, Takehiro Hashimoto, MarikoHatakeyama, Susanne Heinze, Winston Hide,Oliver Hofmann, Michael Hoernquist,Lukasz Huminieck, Kazuho Ikeo, NaokoImamoto, Satoshi Inoue, Yusuke Inoue,Ryoko Ishihara, Takao Iwayanagi, AndersJacobsen, Mandeep Kaur, Hideya Kawaji,Markus C Kerr1, Ryuichiro Kimura, SyuheiKimura, Yasumasa Kimura, Hiroaki Kitano,Hisashi Koga, Toshio Kojima, Shinji Kondo,Takeshi Konno, Anders Krogh, Adele Kruger,Ajit Kumar, Boris Lenhard, AndreasLennartsson, Morten Lindow, Marina Lizio,Cameron MacPherson, Norihiro Maeda,Christopher A Maher, Monique Maqungo,Jessica Mar, Nicholas A Matigian, HideoMatsuda, John S Mattick, Stuart Meier, SeiMiyamoto, Etsuko Miyamoto-Sato, KazuhikoNakabayashi, Yutaka Nakachi, Mika Nakano,Sanne Nygaard, Toshitsugu Okayama,Yasushi Okazaki, Haruka Okuda-Yabukami,Valerio Orlando, Jun Otomo, MikhailPachkov, Nikolai Petrovsky, CharlesPlessy, John Quackenbush, AleksandarRadovanovic, Michael Rehli, Rintaro Saito,Albin Sandelin, Sebastian Schmeier,Christian Schoenbach, Ariel S Schwartz,Colin A Semple, Miho Sera, Jessica Severin,Katsuhiko Shirahige, Cas Simons, George St.Laurent, Masanori Suzuki, Takahiro Suzuki,Matthew J Sweet, Ryan J Taft, Shizu Takeda,Yoichi Takenaka, Kai Tan, Martin S Taylor,Rohan D Teasdale, Jesper Tegne'r, SarahTeichmann, Eivind Valen, Claes Wahlestedt,Kazunori Waki, Andrew Waterhouse,Christine A Wells, Ole Winther, Linda Wu,Kazumi Yamaguchi, Hiroshi Yanagawa, JunYasuda, Mihaela Zavolan, David A Hume,Takahiro Arakawa, Shiro Fukuda, KengoImamura, Chikatoshi Kai, Ai Kaiho, TsugumiKawashima, Chika Kawazu, Yayoi Kitazume,Miki Kojima, Hisashi Miura, KayokoMurakami, Mitsuyoshi Murata, NorikoNinomiya, Hiromi Nishiyori, Shohei Noma,Chihiro Ogawa, Takuma Sano, ChristopheSimon, Michihira Tagami, Yukari Takahashi,Jun Kawai, Yoshihide Hayashizaki
    • 雑誌名

      Nature Genetics Vol.41,No.5

      ページ: 553-562

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line2009

    • 著者名/発表者名
      The FANTOM Consortium, Riken Omics Science Center
    • 雑誌名

      Nature Genetics 41

      ページ: 553-562

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Distributed-Processing System for Accelerating Biological Research using Data-Staging2008

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Kido, Shigeto Seno, Susumu Date, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Bioinformatics Vol.49,No.SIG5(TBIO4)

      ページ: 58-64

    • NAID

      110006684910

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Distributed-Processing System for Accelerating Biological using Data-Staging2008

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Kido
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Bioinformatics 49(印刷中)

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A Combination Method of the Tanimoto Coefficient and Proximity Measure of andom Forest for Compound Activity Prediction2008

    • 著者名/発表者名
      Gen Kawamura
    • 雑誌名

      IPSJ Transactions on Bioinformatics 49(印刷中)

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Tissue-specific functions based on information content of gene ontology using cap analysis gene expression2007

    • 著者名/発表者名
      Sami Maekawa, Atsuko Matsumoto, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 雑誌名

      Medical and Biological Engineering and Computing Vol.45,No.11

      ページ: 1029-1036

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Tissue-Specific Functions based on Infomation Content of Gane Ontology using Cap Analyis Gene Expression2007

    • 著者名/発表者名
      Sami Maekawa
    • 雑誌名

      Medical and Biological Engineering and Computing 45

      ページ: 1029-1036

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] A Method for the Inference of Gene Regulatory Networks based on Dynamic Bayesian Network with Clustering of Time-Series Subsequences2009

    • 著者名/発表者名
      Yuya Shuto
    • 学会等名
      20th International Conference on Genome Informatics (GIW2009)
    • 発表場所
      Yokohama
    • 年月日
      2009-12-15
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] A Method of Estimation of Crosstalk Genes with Multiple Time-Series Gene Expression Profiles2009

    • 著者名/発表者名
      Kiyoshi Yoshizawa
    • 学会等名
      20th International Conference on Genome Informatics (GIW2009)
    • 発表場所
      Yokohama
    • 年月日
      2009-12-14
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] A Method for Analyzing Gene Expression Profiles based on the Underlying Structures2009

    • 著者名/発表者名
      Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      Proceedings of 17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 8th European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB2009)
    • 発表場所
      Stockholm, Sweden
    • 年月日
      2009-06-29
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] A Method for Inference of Gene Regulatory Networks based on Bayesian Network with Clustering of Time-Series Subsequences2009

    • 著者名/発表者名
      Yuya Shuto
    • 学会等名
      17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology
    • 発表場所
      Stockholm, Sweden
    • 年月日
      2009-06-29
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] A Method for Analysis of Tissue-Specific Transcriptional Control Using Distributions of Transcription Starting Sites2008

    • 著者名/発表者名
      Mitsuru Jikeya, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      Proceedings of the 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008)
    • 発表場所
      Senri-Chuo
    • 年月日
      2008-12-15
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] A method for analysis of tissue-specific transcriptional control using distributions of transcription starting sites2008

    • 著者名/発表者名
      Mitsuru Jikeya
    • 学会等名
      The 2008 Annual Conference of the Japan Society for Bioinformatics
    • 発表場所
      Senri-Chuo, Osaka, Japan
    • 年月日
      2008-12-15
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Tissue specificity measured by differences in information content between target tissue and whole tissue2008

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      Proceedings of 16th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2008)
    • 発表場所
      Toronto
    • 年月日
      2008-07-21
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Tissue specificity measured by differences in information content between target tissue and whole tissue2008

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka
    • 学会等名
      International Society for Computational Biology 2008
    • 発表場所
      Toronto, Canada
    • 年月日
      2008-07-20
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] A Combination methoed between Tanimoto coefficient and Proximity measureof Random Forest for Compound Activity Prediction2008

    • 著者名/発表者名
      河村元
    • 学会等名
      情報処理学会バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      九州大学伊都キャンパス
    • 年月日
      2008-03-04
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Tanimoto係数の性質に基づく化合物の類似度検索の高速化手法2008

    • 著者名/発表者名
      清水隆史
    • 学会等名
      情報処理学会バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      九州大学伊都キャンパス
    • 年月日
      2008-03-04
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] TF-IDFフィルタリングによる機能的に類似した生物情報解析ワークフローの検索手法2007

    • 著者名/発表者名
      瀬尾淳哉
    • 学会等名
      情報処理学会バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      産業技術総合研究所 臨海副都心センター
    • 年月日
      2007-12-21
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] A Methoed for Retrieving Functionally Similar Bioinformatics Work flows2007

    • 著者名/発表者名
      Junya Seo
    • 学会等名
      Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics
    • 発表場所
      東京 日本科学未来館
    • 年月日
      2007-12-17
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] GO based Tissue Specific Functions of Mouse using Countable Gene Expression Profiles2007

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka, Akiko Matsumoto, Hideo Matsuda
    • 学会等名
      Genome Informatics
    • 発表場所
      Singapore
    • 年月日
      2007-12-04
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] GO based Tissue Specific Functions of Mouse using Countable Gene Ex pression Profiles2007

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Takenaka
    • 学会等名
      18th International Conference on Genome Infomatics
    • 発表場所
      シンガポール
    • 年月日
      2007-12-04
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://tsf.ics.es.osaka-u.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書

URL: 

公開日: 2007-04-01   更新日: 2016-04-21  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi