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生体高分子とコソルベントが操る水分子ネットワークの分子情報論的解明

研究課題

研究課題/領域番号 19750004
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 物理化学
研究機関青山学院大学 (2008-2009)
名古屋大学 (2007)

研究代表者

優 乙石  青山学院大学, 理工学部, 助教 (90402544)

研究期間 (年度) 2007 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
3,730千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 330千円)
2009年度: 260千円 (直接経費: 200千円、間接経費: 60千円)
2008年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2007年度: 2,300千円 (直接経費: 2,300千円)
キーワード分子動力学 / タンパク質 / エクトイン / 溶媒効果 / 選択的水和 / Kirkwood-Buff理論 / 計算化学 / 理論化学 / 生物物理
研究概要

極限環境に生息する生物の細胞内には、アミノ酸や糖など、様々な有機低分子(コソルベント)が高濃度で共存している。本研究は、コソルベントが水分子の性質や、生体高分子の機能に及ぼす効果を分子レベルで解明することを目的としている。分子動力学シミュレーション法と液体統計力学を組み合わせて用い、コソルベントが高温などの環境ストレスからタンパク質の立体構造を保護する微視的機構の一部を明らかにした。

報告書

(4件)
  • 2009 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2008 実績報告書
  • 2007 実績報告書
  • 研究成果

    (32件)

すべて 2009 2008 2007

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 7件) 学会発表 (21件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Intrinsic Alterations in the Partial Molar Volume on the Protein Denaturation: Surficial Kirkwood-Buff Approach2009

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Masayoshi Takayanagi, Masataka Nagaoka
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry B 113

      ページ: 3543-3547

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [雑誌論文] Energy Flow Analysis in Proteins via Ensemble Molecular Dynamics Simulations: Time-Resolved Vibrational Analysis and Surficial Kirkwood-Buff Theory2009

    • 著者名/発表者名
      Masataka Nagaoka, Isseki Yu, Masayoshi Takayanagi
    • 雑誌名

      Proteins: Energy, Heat and Signal Flow (D.M. Leitner and I.E. Straub, Eds. )

      ページ: 169-196

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Energy Flow Analysis in Proteins via Ensemble Molecular Dynamics Simulations : Time-Resolved Vibrational Analysis and Surficial Kirkwood-Buff Theory2009

    • 著者名/発表者名
      Masataka Nagaoka, Isseki Yu, Masayoshi Takayanagi
    • 雑誌名

      Proteins : Energy, Heat and Signal Flow

      ページ: 169-196

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [雑誌論文] IntrinSiC Alterations in the Partial Molar Volume on the Protein Denaturation : Surficial Kirkwood-Buff Approach2009

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Masayoshi Takayanagi and Masataka Nagaoka
    • 雑誌名

      Journal of PhySiCal Chemistry B 113

      ページ: 3543-3547

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Carrier Method for the General Evaluation and Control of Pose, Molecular Conformation, Tracking, and the Like2009

    • 著者名/発表者名
      Eckhard Hitzer, Kanta Tachibana, Sven Buchholz and Isseki Yu
    • 雑誌名

      Advances in Applied Clifford Algebras (印刷中)

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Surficial Kirkwood-Buff Approach on the Preferential Interaction of Urea and Ectoine with Protein2008

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Masataka Nagaoka
    • 雑誌名

      Proceedings of International Symposium on Frontiers of Computational Science

      ページ: 9-14

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書 2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Carrier Method for the General Evaluation and Control of Pose, Molecular Conformation, Tracking, etc.2008

    • 著者名/発表者名
      Eckhard Hitzer, Kanta Tachibana, Sven Buchholz, Isseki Yu
    • 雑誌名

      Advances in Applied Clifford Algebras 19

      ページ: 339-364

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Microscopic Understanding of Preferential Exclusion of Compatible Solute Ectoine: Direct Interaction and Hydration Alteration2007

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Masataka Nagaoka
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry B 111

      ページ: 10231-10238

    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Microscopic Understanding of Preferential Exclusion of Compatible Solute Ectoine: Direct Interaction and Hydration Alteration.2007

    • 著者名/発表者名
      優 乙石, 長岡 正隆
    • 雑誌名

      Journal of Physical Chemistry B 111

      ページ: 10231-10238

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Molecular Picture of Protein Volume Paradox: A Study by Surficial Kirkwood-Buff Integral Method2009

    • 著者名/発表者名
      Isseki YU, Masataka Nagaoka
    • 学会等名
      The fourth Asian Pacific Conference on Theoretical & Computational Chemistry
    • 発表場所
      クアラルンプール
    • 年月日
      2009-12-22
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Molecular Picture of Protein Volume Paradox : A Studv by Surficial Kirkwood-Buff Integral Method2009

    • 著者名/発表者名
      優乙石, 長岡正隆
    • 学会等名
      The fourth Asian Pacific Conference on Theoretical & Computational Chemistry
    • 発表場所
      ポートディクソンマレーシア
    • 年月日
      2009-12-22
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Protein Volume Paradox and its Molecular Picture: A Study by Surficial Kirkwood-Buff Integral Method2009

    • 著者名/発表者名
      優乙石長岡正隆
    • 学会等名
      第47回生物物理学会年会
    • 発表場所
      徳島
    • 年月日
      2009-11-01
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Protein Volume Paradox and its Molecular Picture : A Study by Surficial Kirkwood-Buff Integral Method2009

    • 著者名/発表者名
      優乙石, 長岡正隆
    • 学会等名
      第47回生物物理学会
    • 発表場所
      徳島
    • 年月日
      2009-10-31
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 部分モル体積の空間分布から見たタンパク質変性:カークウツド-パフ積分法による考察2009

    • 著者名/発表者名
      優乙石、長岡正隆
    • 学会等名
      第3回分子科学討論会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-09-22
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 表面カークウツド. パフ積分法によるタンパク質部分モル体積不変性の微視的理解2009

    • 著者名/発表者名
      優乙石、長岡正隆
    • 学会等名
      理論化学討論会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-05-30
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 表面カークウッド-バフ積分法によるタンパク質部分モル体積不変性の微視的理解2009

    • 著者名/発表者名
      優乙石, 長岡正隆
    • 学会等名
      第12回理論化学討論会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-05-28
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] 部分モル体積の空間分布から見たタンパク質変性:カークウッド-パフ積分法による考察2009

    • 著者名/発表者名
      優乙石, 長岡正隆
    • 学会等名
      第3回分子科学討論会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-05-28
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Solvent Effect on the Protein Structure : Surficial Kirkwood?Buff Approach2009

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Masataka Nagaoka
    • 学会等名
      International Symposium on Frontiers of Computational Science
    • 発表場所
      Nagoya, Japan
    • 年月日
      2009-03-16
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Surficial Kirkwood-Buff Approach on the Preferential Interaction of Urea and Ectoine with Protein2008

    • 著者名/発表者名
      Isseki YU, Masataka Nagaoka
    • 学会等名
      Intemational Symposium on Frontiers of Computational Science
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2008-11-29
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Surficial Kirkwood?Buff Approach Combined with All-Atom Molecular Dynamics Simulation : Analysis of Solvent Structure around Biomolecules2008

    • 著者名/発表者名
      Isseki Yu, Masataka Nagaoka
    • 学会等名
      International Symposium on Frontiers of Computational Science
    • 発表場所
      Nagoya, Japan
    • 年月日
      2008-11-28
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] 表面Kirkwood-Buff法による補償溶質エクトイン選択的排除の分子論的理解2008

    • 著者名/発表者名
      優乙石、長岡正隆
    • 学会等名
      日本化学会第88回春季会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-03-28
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] 表面Kirkwood-Buff法による補償溶質エクトイン選択的排除の分子論的理解2008

    • 著者名/発表者名
      優 乙石, 長岡 正隆
    • 学会等名
      日本化学会第88春季年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-03-28
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Molecular Mechanism of the Preferential Exclusion of Compatible Solute Ectoine on the Protein Surface2007

    • 著者名/発表者名
      優乙石、長岡正隆
    • 学会等名
      第45回生物物理学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2007-12-23
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Molecular Mechanism of the Preferential Exclusion of Compatible Solute Ectoine on the Protein Surface2007

    • 著者名/発表者名
      優 乙石, 長岡 正隆
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2007-12-23
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Microscopic Understanding of Preferential Exclusion of Compatible Solute Ectoine: Surficial Kirkwood-Buff Approach2007

    • 著者名/発表者名
      Isseki YU, Masataka Nagaoka
    • 学会等名
      The 3rd Asian Pacific Conference on Theoretical & Computational Chemistry
    • 発表場所
      北京
    • 年月日
      2007-09-23
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] Microscopic Understanding of Preferential Exclusion of Compatible Solute Ectoine: Surficial Kirkwood-Buff Approach2007

    • 著者名/発表者名
      優 乙石, 長岡 正隆
    • 学会等名
      The 3rd Asian Pacific Conference of Theoretical and Computational Chemistry (APCTCIII)
    • 発表場所
      北京
    • 年月日
      2007-09-23
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] エクトイン水溶液中のタンパク質および小ペプチド表面における選択的水和の微視的描像2007

    • 著者名/発表者名
      優 乙石, 長岡 正隆
    • 学会等名
      第1回分子科学討論会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2007-09-20
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] エクトイン水溶液中のタンパク質および小ペプチド表面における選択的水和2007

    • 著者名/発表者名
      優乙石、長岡正隆
    • 学会等名
      第1回分子科学討論会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2007-09-19
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] エクトイン水溶液中のタンパク質表面における選択的水和発現機構の分子論的考察2007

    • 著者名/発表者名
      優乙石、長岡正隆
    • 学会等名
      第10回理論化学討論会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2007-05-15
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [学会発表] エクトイン水溶液中のタンパク質表面における選択的水和発現機構の分子論的考察2007

    • 著者名/発表者名
      優 乙石, 長岡 正隆
    • 学会等名
      第10同理論化学討論会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2007-05-14
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [図書] すぐできる分子シミュレーションビギナーズマニュアル2008

    • 著者名/発表者名
      長岡正隆編・著優乙石, 他7名著
    • 出版者
      講談社
    • 関連する報告書
      2009 研究成果報告書
  • [図書] すぐできる分子シミュレーションビギナーズマニュアル2008

    • 著者名/発表者名
      長岡正隆(編・著)優乙石, 他(著)
    • 総ページ数
      291
    • 出版者
      講談社サイエンティフィク
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書

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公開日: 2007-04-01   更新日: 2016-04-21  

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