シロイヌナズナ胚乳特異的small RNAsの同定と解析

• 研究課題/領域番号: 19770043
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 植物生理・分子
• 研究機関: 基礎生物学研究所 (2008); 独立行政法人理化学研究所 (2007)
• 研究代表者: 立松 圭 基礎生物学研究所, 植物器官形成学研究室, 助教 (00373324)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2008
• 研究課題ステータス: 完了 (2008年度)
• 配分額: 3,220千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 420千円); 2008年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円); 2007年度: 1,400千円 (直接経費: 1,400千円)
• キーワード: 種子発芽 / 小分子RNA / 胚乳特異的 / 次世代シーケンス技術 / AP2転写因子 / miR172 / AtABA2 / エクスパンシン遺伝子 / small RNA / 胚乳軟弱化 / ABA生合成

研究概要

シロイヌナズナ種子吸水時に胚乳で遺伝子発現制御に関与する小分子RNAの同定を行った。胚乳で特異的に発現する小分子RNAを次世代シーケンス技術により塩基配列決定を行った。その結果、胚乳特異的に発現するAP2転写因子群を認識する既知のmiR172や、アブシジン酸の生合成酵素AtABA2や細胞壁成分の加水分解に関わるエクスパンシン遺伝子をターゲットとする新奇小分子RNA候補が得られた。こうした遺伝子群が胚乳で機能することで種子発芽が制御されていると予想された。

研究成果

• [雑誌論文] CHOTTO1, a double AP2 domain protein of Arabidopsis thaliana, regulates germination and seedling growth under excess supply of glucose and nitrate (2009)
  • 著者名/発表者名: Yamagishi, K. *, Tatematsu, K.*, Yano, R., Preston, J., Kitamura, S., Takahashi, H., McCourt, P., Kamiya, Y., and Nambara, E
  • 雑誌名: Plant Cell Physiol 50 ページ: 330-340
  • NAID: 10027337592
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Arabidopsis abscisic acid catabolic gene CYP707A2 plays a key role in nitrate control of seed dormancy (2009)
  • 著者名/発表者名: Matakiadis, T., Alboresi, A., Jikumaru, Y., Tatematsu, K., Pichon, O., Renou, J.-P., Kamiya, Y., Nambara, E., and Truong, H.-N.
  • 雑誌名: Plant Physiol 149 ページ: 949-960
  • 査読あり
• [雑誌論文] The Arabidopsis abscisic acid catabolic gene CYP707A2 plays a key role in nitrate control of seed dormancy (2009)
  • 著者名/発表者名: Matakiadis, et.al.
  • 雑誌名: Plant Physiology 149 ページ: 949-960
  • 査読あり
• [雑誌論文] CHOTTO1, a double AP2 domain protein of Arabidopsis thaliana, regulates germination and seedling growth under excess supply of glucose and nitrate (2009)
  • 著者名/発表者名: Yamagishi and Tatematsu, et.al.
  • 雑誌名: Plant and Cell Physiology 50 ページ: 330-340
  • NAID: 10027337592
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phytochrome-and gibberellin-mediated regulation of abscisic acid metabolism during germination of photoblastic lettuce seeds (2008)
  • 著者名/発表者名: Sawada, Y., Aoki, M., Nakaminami, K., Mitsuhashi, W., Tatematsu, K., Kushiro, T., Koshiba, T., Kamiya, Y., Inoue, Y., Nambara, E., and Toyomasu, T.
  • 雑誌名: Plant Physiol 146 ページ: 1386-1396
  • 査読あり
• [雑誌論文] Co-regulation of ribosomal protein genes as an indicator of growth status : Comparative transcriptome analysis on axillary shoots and seeds in Arabidopsis (2008)
  • 著者名/発表者名: Tatematsu, K., Kamiya, Y., and Nambara, E.
  • 雑誌名: Plant Signal. Behav 3 ページ: 450-452
• [雑誌論文] Transcription factor AtTCP14 regulates embryonic growth potential during seed germination in Arabidopsis thaliana (2008)
  • 著者名/発表者名: Tatematsu, K., Nakabayashi, K., Kamiya, Y., and Nambara, E
  • 雑誌名: Plant J. 53 ページ: 42-52
  • 査読あり
• [雑誌論文] Phytochrome and gibberellin-mediated regulation of abscisic acid metabolism during germination of photoblastic lettuce seeds (2008)
  • 著者名/発表者名: Sawada, et.al.
  • 雑誌名: Plant Physiology 146 ページ: 1386-1396
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transcription factor AtTCP14 regulates embryonic growth potential during seed germination in Arabidopsis thaliana (2008)
  • 著者名/発表者名: Kiyoshi Tatematsu
  • 雑誌名: The Plant Journal 53 ページ: 45-52
  • 査読あり
• [雑誌論文] 発芽過程のホルモン調節-胚の生長ポテンシャルと胚乳の軟弱化の調節- (2007)
  • 著者名/発表者名: 立松圭、南原英司
  • 雑誌名: 植物の生長調節 Vol.42 No.2 ページ: 139-145
  • NAID: 110006533779
• [雑誌論文] 発芽過程のホルモン調節-胚の生長ポテンシャルと胚乳の軟弱化の調節 (2007)
  • 著者名/発表者名: 立松 圭
  • 雑誌名: 植物の生長調節 42 ページ: 139-145
  • NAID: 110006533779
• [学会発表] Small RNA expression profiling during seed germination in Arabidopsis thaliana (2008)
  • 著者名/発表者名: Tatematsu, K., Matsui, A., Morosawa, T., Kaminuma, E., Okamoto, M., Toyoda, T., Shinozaki, K., Kamiya, Y., Seki, M., and Nambara, E
  • 学会等名: The 55th NIBB Conference Arabidopsis Workshop 2008
  • 発表場所: Okazaki
• [学会発表] Comparative studies on non-dormant Col and dormant Cvi seeds: Common and polymorphic regulations on molecular mechanism of seed imbibition in Arabidopsis (2008)
  • 著者名/発表者名: Kimura, M., Preston, J., Tatematsu, K., Kanno, Y., Toh, S., Kawakami, N., Kamiya, Y., and Nambara, E.
  • 学会等名: 19th Intl. Conf
  • 発表場所: Arabidopsis Res., Montreal
• [学会発表] Functional genomics on seed germination in Arabidopsis (2008)
  • 著者名/発表者名: Nambara, E., Tatematsu, K., and Kamiya, Y.
  • 学会等名: 6th Canadian Plant Genomics Workshop
  • 発表場所: Toronto
• [学会発表] シロイヌナズナ種子吸水時の遺伝子発現解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 立松圭、Jeremy Preston、菅野裕理、藤茂雄、川上直人、神谷勇治、南原英司
  • 学会等名: 第49回日本植物生理学会年会
  • 発表場所: 札幌
• [学会発表] Functional genomics on seed germination in Arabidopsis (2008)
  • 著者名/発表者名: Nambara, et.al.
  • 学会等名: 6th Canadian Plant Genomics Workshop
  • 発表場所: Toronto, Canada
• [学会発表] Comparative studies on non-dormant Col and dormant Cvi seeds : Common and polymorphic regulations on molecular mechanism of seed imbibition in Arabidopsis (2008)
  • 著者名/発表者名: Kimura, et.al.
  • 学会等名: 19th Intl. Conf. Arabidopsis Res.
  • 発表場所: Montreal, Canada
• [学会発表] Small RNA expression profiling during seed germination in Arabidopsis thaliana (2008)
  • 著者名/発表者名: Tatematsu, et.al.
  • 学会等名: The 55th NIBB Conference Arabidopsis Workshop 2008
  • 発表場所: Okazaki, Aichi, Japan
• [学会発表] Regulation of endogenous levels of abscisic acid in photoblastic lettuce seeds (2007)
  • 著者名/発表者名: Sawada, Y., Aoki, M., Nakaminami, K., Mitsuhashi, W., Tatematsu, K., Jikumaru, Y., Kushiro, T., Kamiya, Y., Inoue, Y., Nambara, E., and Toyomasu, T
  • 学会等名: 19th Intl. Conf. Plant Growth Substances Association Meeting
  • 発表場所: Puerto Vallarta
• [学会発表] Studies on early events in response to seed imbibition in Arabidopsis (2007)
  • 著者名/発表者名: Preston, J., Tatematsu, K., Kamiya, Y., and Nambara, E
  • 学会等名: 2nd ISSS Workshop on Molecular Aspects of Seed Dormancy and Germination
  • 発表場所: Salamanca
• [学会発表] Studies on early events in response to seed imbibition in Arabidopsis (2007)
  • 著者名/発表者名: Preston Jeremy
  • 学会等名: 2nd ISSS Workshop on Molecular Aspects of Seed Dormancy and Germination
  • 発表場所: スペイン・サラマンカ
• [図書] 第15章発芽関連遺伝子の解析発芽生物学種子発芽の生理・生体・分子機構,種生物学会編 (2009)
  • 著者名/発表者名: 南原英司、立松圭、内藤哲
  • 出版者: 文一総合出版
• [図書] 発芽生物学種子発芽の生理・生体・分子機構, 種生物学会編 (2009)
  • 著者名/発表者名: 南原ら
  • 総ページ数: 465
  • 出版者: 文一総合出版