RabGTPase活性化機構の構造的基盤

• 研究課題/領域番号: 19770078
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 構造生物化学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 深井 周也 東京大学, 放射光連携研究機構, 准教授 (10361792)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2008
• 研究課題ステータス: 完了 (2008年度)
• 配分額: 3,750千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 450千円); 2008年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円); 2007年度: 1,800千円 (直接経費: 1,800千円)
• キーワード: X線結晶構造解析 / 低分子量GTPase / 分子間相互作用 / 膜タンパク質 / 小胞輸送 / 膜融合 / グアニンヌクレオチド交換因子

研究概要

真核細胞は、脂質膜で囲まれた様々な細胞内小器官から構成されており、その間を多種多様な生体高分子が、小胞と呼ばれる小さな袋を介して行き来している。この小胞による輸送の制御には、分子スイッチとして機能するRabタンパク質が必要である。本研究では、Rabタンパク質のスイッチをONにする(活性化する)メカニズムを原子レベルで解明することを目的として、Rabタンパク質とその活性化タンパク質との複合体の立体構造を決定した。

研究成果

• [雑誌論文] Conformational transition of Sec machinery inferred from bacterial SecYE structures (2008)
  • 著者名/発表者名: Tsukazaki, T., Mori, H., Fukai, S., Ishitani, R., Mori, T., Dohmae, N., Perederina, A., Sugita, Y., Vassylyev, D. G., Ito, K., Nureki, O
  • 雑誌名: Nature 455 ページ: 988-991
• [雑誌論文] Structural basis for specific cleavage of Lys 63-linked polyubiquitin chains (2008)
  • 著者名/発表者名: Sato, Y., Yoshikawa, A., Yamagata, A., Mimura, H., Yamashita, M., Ookata, K., Nureki, O., Iwai, K., Komada, M., Fukai, S
  • 雑誌名: Nature 455 ページ: 358-362
• [雑誌論文] Biochemical characterization of the Rho GTPase-regulated actin assembly by diaphanous-related formins, mDia1 and Daam1, in platelets (2008)
  • 著者名/発表者名: Higashi, T. Ikeda, T., Shirakawa, R., Kondo, H., Kawato, M., Horiguchi, M. Okuda, T., Okawa, K., Fukai, S., Nureki, O., Kita, T., Horiuchi, H
  • 雑誌名: The Journal of Biological Chemistry 283 ページ: 8746-8756
• [雑誌論文] Regulation of platelet dense granule secretion by the Ral GTPase-Exocyst pathway (2008)
  • 著者名/発表者名: Kawato, M., Shirakawa, R., Kondo, H., Higashi, T., Ikeda, T., Okawa, K., Fukai, S., Kita, T., Horiuchi, H
  • 雑誌名: The Journal of Biological Chemistry 283 ページ: 166-174
• [雑誌論文] Conformational transition of Sec machinery inferred from bacterial SecYE structures (2008)
  • 著者名/発表者名: Tsukazaki, T., Mori, H., Fukai, S., Ishitani, R., Mori, T., Dohmae, N., Perederina, A., Sugita, Y., Vassylyev, D. G., Ito, K., Nureki, O.
  • 雑誌名: Nature 455 ページ: 988-991
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural basis for specific cleavage of Lys 63- linked polyubiquitin chains (2008)
  • 著者名/発表者名: Sato, Y., Yoshikawa, A., Yamagata, A., Mimura, H., Yamashita, M., Ookata, K., Nureki, O., Iwai, K., Komada, M., Fukai, S.
  • 雑誌名: Nature 455 ページ: 358-362
  • 査読あり
• [雑誌論文] Biochemical characterization of the Rho GTPase-regulated actin assembly by diaphanous-related formins, mDial and Daaml, in platelets (2008)
  • 著者名/発表者名: Higashi, T. Ikeda, T., Shirakawa, R., Kondo, H., Kawato, M., Horiguchi, M. Okuda, T., Okawa, K., Fukai, S., Nureki, O., Kita, T., Horiuchi, H.
  • 雑誌名: The Journal of Biological Chemistry 283 ページ: 8746-8755
  • 査読あり
• [雑誌論文] Regulation of platelet dense granule secretion by the Ral GTPase-Exocyst pathway (2008)
  • 著者名/発表者名: Kawato, M., Shirakawa, R., Kondo, H., Higashi, T., Ikeda, T., Okawa, K., Fukai, S., Kita, T., Horiuchi, H.
  • 雑誌名: The Journal of Biological Chemistry 283 ページ: 166-174
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal structure of human DAAM1 formin homology 2 domain (2007)
  • 著者名/発表者名: Yamashita, M., Higashi, T., Suetsugu, S., Sato, Y., Ikeda, T., Shirakawa, R., Kita, T., Takenawa, T., Horiuchi, H., Fukai, S., Nureki, O
  • 雑誌名: Genes to Cells 12巻 ページ: 1255-1265
• [雑誌論文] Crystal structure of the Sec2p-Sec4p complex in the intermediate state of the nucleotide exchange reaction (2007)
  • 著者名/発表者名: Sato, Y., Fukai, S., Ishitani, R.,Nureki, O
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 104巻 ページ: 8305-8310
• [雑誌論文] Crystallization and crystallographic analysis of yeast Sec2p, a guanine nucleotide-exchange factor for the yeast Rab GTPase Sec4p (2007)
  • 著者名/発表者名: Sato, Y., Fukai, S., Nureki, O
  • 雑誌名: Acta Crystallographica F63巻 ページ: 616-619
• [雑誌論文] Crystal structure of human DAAMI formin homology 2 domain (2007)
  • 著者名/発表者名: Yamashita, M., Higashi, T., Suetsugu, S., Sato, Y., Ikeda, T., Shirakawa, R., Kita, T., Takenawa, T., Horiuchi, H., Fukai, S., Nureki, O.
  • 雑誌名: Genes to Cells 12 ページ: 1255-1265
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal structure of the Sec2p-Sec4p complex in the intermediate state of the nucleotide exchange reaction (2007)
  • 著者名/発表者名: Sato, Y., Fukai, S., Ishitani, R., Nureki, O.
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 104 ページ: 8305-8310
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystallization and crystallographic analysis of yeast Sec2p, a guanine nucleotide-exchange factor for the yeast Rab GTPase Sec4p (2007)
  • 著者名/発表者名: Sato, Y., Fukai, S., Nureki, O.
  • 雑誌名: Acta Crystallographica F 63 ページ: 616-619
  • 査読あり
• [学会発表] AMSHファミリーによるK63結合型ポリユビキチン鎖特異的な切断活性機構の構造的基盤 (2008)
  • 著者名/発表者名: 佐藤裕介
  • 学会等名: BMB2008
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド
  • 年月日: 2008-12-12
• [学会発表] Structural basis of selective cleavage of Lys63-linked polyubiquitin chains by JAMM ubiquitin isopeptidase (2008)
  • 著者名/発表者名: 深井 周也
  • 学会等名: FASEB Summer Research Conferences -Ubiquitin and Cellular Regulation-
  • 発表場所: Saxton's River, Vermont, USA
  • 年月日: 2008-06-16
• [学会発表] Structural basis of selective cleavage of Lys63-linked polyubiquitin chains by JAMM ubiquitin isopeptidase (2008)
  • 著者名/発表者名: 深井周也
  • 学会等名: FASEB Summer Research Conferences Ubiquitin and Cellular Regulation
  • 発表場所: Saxton's River, Vermont, USA
  • 年月日: 2008-06-16
• [学会発表] 開口放出を制御するRabGTPase Sec4p活性化の構造的基盤 (2007)
  • 著者名/発表者名: 深井周也
  • 学会等名: BMB2007
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2007-12-13
• [学会発表] RalGAPの同定 (2007)
  • 著者名/発表者名: 白川龍太郎
  • 学会等名: BMB2007
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2007-12-13
• [学会発表] Rhoによって制御される細胞質中のForminタンパク質によるアクチン重合 (2007)
  • 著者名/発表者名: 東智仁
  • 学会等名: BMB2007
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2007-12-12
• [図書] 実験医学2月号 (2009)
  • 著者名/発表者名: 深井周也、佐藤裕介、吉川梓
  • 出版者: 羊土社