RNA分解酵素とその複合体の構造機能解析によるRNA分解系の研究

• 研究課題/領域番号: 19770083
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 構造生物化学
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: 中川 紀子 大阪大学, 大学院・理学研究科, 助教 (50379278)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2009
• 研究課題ステータス: 完了 (2009年度)
• 配分額: 3,960千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 660千円); 2009年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円); 2008年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円); 2007年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
• キーワード: RNA / RNA分解 / 酵素反応 / 立体構造 / トランスクリプトーム解析 / 相互作用解析 / 高度好熱菌 / 立体構造解析

研究概要

遺伝子の発現調節において、mRNAの分解はどの生物でも必須な因子の一つであり、これに異変のある生物は致死的な状態になる危険性がある。mRNAの分解には様々なRNA切断酵素が働くが、その一つのグループとしてβ-CASP familyタンパク質が存在する。本研究では、β-CASP familyタンパク質による普遍的なRNA分解系と、新規なRNA分解系の解析を行った。

研究成果

• [雑誌論文] Crystal Structure of An Archaeal Cleavage and Polyadenylation Specificity Factor Subunit from Pyrococcus horikoshii (2010)
  • 著者名/発表者名: Nishida, Y., Ishikawa, H., Baba, S., Nakagawa, N., Kuramitsu, S., Masui, R.
  • 雑誌名: Proteins (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Novel Single-Stranded DNA-Specific 3′-5′Exonuclease, Thermus thermophilus Exonuclease I, Is Involved in Several DNA Repair Pathways (2010)
  • 著者名/発表者名: Shimada, A., Masui, R., Nakagawa, N., Takahata, Y., Kim, K., Kuramitsu, S., Fukui, K.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] The First Crystal Structure of An Archaeal Metallobeta- Lactamase Superfamily Protein; ST1585 from Sulfolobus tokodai (2010)
  • 著者名/発表者名: Shimada, A., Ishikawa, H., Nakagawa, N., Kuramitsu, S., Masui, R.
  • 雑誌名: Proteins (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure of RecJ Exonuclease Defines Its Specificity for Single-Stranded DNA (2010)
  • 著者名/発表者名: Wakamatsu, T., Kitamura, Y., Kotera, Y., Nakagawa, N., Kuramitsu, S., Masui, R.
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. Vol.285,No.13 ページ: 9762-9769
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure of RecJ Exonuclease Defines Its Specificity for Single-stranded DNA. (2010)
  • 著者名/発表者名: Wakamatsu, T.
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 285 ページ: 9762-9769
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization of DNA Polymerase X from Thermus thermophilus HB8 Reveals the POLXc and PHP Domains are both Required for 3'-5' Exonuclease Activity (2009)
  • 著者名/発表者名: Nakane, S., Nakagawa, N., Kuramitsu, S., Masui, R.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. Vol.37,No.6 ページ: 2037-2052
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure of TTHA1623, A Novel Metallo-betalactamase Superfamily protein from Thermus thermophilus HB8 (2009)
  • 著者名/発表者名: Yamamura, A., Okada, A., Kameda, Y., Ohtsuka, J., Nakagawa, N., Ebihara, A., Nagata, K., Tanokura, M.
  • 雑誌名: Acta Cryst. Vol.F65,No.5 ページ: 455-459
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure of TTHA1623, a novel metallo-beta-lactamase superfamily protein from Thermus thermophilus HB8. (2009)
  • 著者名/発表者名: Yamamura, A.
  • 雑誌名: Acta Cryst. F65 ページ: 455-459
  • 査読あり
• [雑誌論文] Insights into Different Dependence of dNTP Triphosphohydrolase on Metal Ion Species from Intracellular Ion Concentrations in Thermus thermophilus (2008)
  • 著者名/発表者名: Kondo, N., Nishikubo, T., Wakamatsu, T., Ishikawa, H., Nakagawa, N., Kuramitsu, S., Masui, R.
  • 雑誌名: Extremophiles Vol.12,No.2 ページ: 217-223
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal Structure of TTHA1429, A Novel Metallobeta- lactamase Superfamily Protein from Thermus thermophilus HB8 (2008)
  • 著者名/発表者名: Yamamura, A., Ohtsuka, J., Kubota, K., Agari, Y., Ebihara, A., Nakagawa, N., Nagata, K., Tanokura, M.
  • 雑誌名: Proteins Vol.73,No.4 ページ: 1953-1057
  • 査読あり
• [雑誌論文] Bound Nucleotide Controls the Endonuclease Activity of Mismatch Repair Enzyme MutL (2008)
  • 著者名/発表者名: Fukui, K., Nishida, M., Nakagawa, N., Masui, R., Kuramitsu, S.
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. Vol.283,No.18 ページ: 12136-12145
  • 査読あり
• [雑誌論文] An O6-Methylguanine-DNA Methyltransferase-Like Protein from Thermus thermophilus Interacts with A Nucleotide Excision Repair Protein (2008)
  • 著者名/発表者名: Morita, R., Nakagawa, N., Kuramitsu, S., Masui, R.
  • 雑誌名: J. Biochem. Vol.144,No.2 ページ: 267-277
  • NAID: 10024911935
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal Structure of a Putative DNA Methylase TTHA0409 from Thermus thermophilus HB8 (2008)
  • 著者名/発表者名: Morita, R., Ishikawa, H., Nakagawa, N., Kuramitsu, S., Masui, R.
  • 雑誌名: Proteins Vol.73,No.1 ページ: 259-264
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal structure of a putative DNA methylase TTHA0409 from Thermus thermophilus HB8 (2008)
  • 著者名/発表者名: Morita, R.
  • 雑誌名: Proteins 73 ページ: 259-264
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystallization screening test for the whole-cell project on Thermus thermophilus HB8 (2008)
  • 著者名/発表者名: Iino, H.
  • 雑誌名: Acta crystallographica. Section F 64 ページ: 487-491
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of a Nuclease Activity of Catalytic Domain of Thermus thermophilus MutS2 by High-Accuracy Mass Spectrometry (2007)
  • 著者名/発表者名: Fukui, K., Takahata, Y., Nakagawa, N., Kuramitsu, S., Masui, R.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. Vol.35,No.15
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal Structure of Family 5 Uracil-DNA Glycosylase Bound to DNA (2007)
  • 著者名/発表者名: Kosaka, H., Hoseki, J., Nakagawa, N., Kuramitsu, S., Masui, R.
  • 雑誌名: J. Mol. Biol. Vol.373,No.4 ページ: 839-850
  • 査読あり
• [雑誌論文] UvrA and UvrB Enhance Mutations Induced by Oxidized Deoxyribonucleotides (2007)
  • 著者名/発表者名: Hori, M., Ishiguro, C., Suzuki, T., Nakagawa, N., Nunoshiba, T., Kuramitsu, S., Yamamoto, K., Kasai, H., Harashima, H., Kamiya, H.
  • 雑誌名: DNA Repair Vol.6,No.12 ページ: 1786-1793
  • NAID: 120000950256
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transcription activation mediated by a cyclic AMP recptor protein from Thermus (2007)
  • 著者名/発表者名: Shinkai, A.
  • 雑誌名: Journal of Bacteriology 189 ページ: 3891-3901
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal structure of farnily 5 uracil-DNA glycosylase bound to DAN. (2007)
  • 著者名/発表者名: Kosaka, H.
  • 雑誌名: Journal of Molecular Bolecular Biology 373 ページ: 839-850
  • 査読あり
• [学会発表] Interaction analysis of a novel ribonuclease from Thermus thermophilus HB8 (2009)
  • 著者名/発表者名: 大山礼雅, 石川大仁, 中川紀子, 増井良治, 倉光成紀
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-12
• [学会発表] Structural and functional analysis of TTHA0252, a novel RNase of the beta- CASP family (2009)
  • 著者名/発表者名: 石川大仁, 中川紀子, 倉光成紀, 増井良治
  • 学会等名: 第82回日本生化学会大会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2009-10-22
• [学会発表] Structural and functional analysis of TTHA0252, a novel RNase of the beta-CASP family (2009)
  • 著者名/発表者名: 石川大仁, 中川紀子, 倉光成紀, 増井良治
  • 学会等名: 第9回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 熊本
  • 年月日: 2009-05-20
• [学会発表] Structural and functional analysis of TTHA0252, a novel RNase of the beta- CASP family (2008)
  • 著者名/発表者名: 石川大仁, 中川紀子, 倉光成紀, 増井良治
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会(BMB2008)
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2008-12-12
• [学会発表] Structural and functional analysis of TTHA0252, a novel RNase of the beta-CASP family (2008)
  • 著者名/発表者名: 石川大仁, 中川紀子, 倉光成紀, 増井良治
  • 学会等名: 第8回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 2008-06-12
• [学会発表] Structural Analysis of the Beta-CASP Family, A New Member of the Metallo-beta-lactamase Superfamily (2008)
  • 著者名/発表者名: 石川大仁, 中川紀子, 倉光成紀, 増井良治
  • 学会等名: ISGO International Conference On Structural Genomics Oxford 2008 (ICSG2008)
  • 発表場所: イギリス・オックスフォード
• [学会発表] Structural and functional analysis of TTHA0252, a novel RNase of the beta-CASP family (2008)
  • 著者名/発表者名: 石川大仁, 中川紀子, 倉光成紀, 増井良治
  • 学会等名: XXI Congress and Assembly of the International Union of Crystallography (IUCr2008)
  • 発表場所: 大阪
• [学会発表] Thermus thermophilusを用いた生物界に普遍的な新規RNA分解系の探求 (2008)
  • 著者名/発表者名: 石川大仁, 若松泰介, 中川紀子, 倉光成紀, 増井良治
  • 学会等名: 第2回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 大阪
• [学会発表] Functional identification of protein from Thermus thermophilus HB8:Structural and functional analysis of TTHA0252, a novel RNase of the beta-CASP family (2007)
  • 著者名/発表者名: 石川大仁, 中川紀子, 倉光成紀, 増井良治
  • 学会等名: 第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会合同大会(BMB2007)
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2007-12-11
• [学会発表] Structural and functional analysis of TTHA0252 from Thermus thermophilus HB8, a novel RNase of the beta-CASP family (2007)
  • 著者名/発表者名: 石川大仁, 中川紀子, 倉光成紀, 増井良治
  • 学会等名: 第7回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 仙台
  • 年月日: 2007-05-26
• [図書] 酵素ハンドブック (2008)
  • 著者名/発表者名: 中川紀子, 増井良治, 倉光成紀, 他
  • 出版者: 朝倉書店
• [図書] 構造生物学-ポストゲノム時代のタンパク質研究- (2007)
  • 著者名/発表者名: 中川紀子, 他
  • 出版者: 共立出版
• [備考]
  • URL: http://www.bio.sci.osaka-u.ac.jp/bio_web/lab_page/kuramitu/