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イカロドプシンのX線結晶構造解析

研究課題

研究課題/領域番号 19770129
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 生物物理学
研究機関名古屋大学

研究代表者

村上 緑  名古屋大学, 大学院・理学研究科, 助教 (20324387)

研究期間 (年度) 2007 – 2008
研究課題ステータス 完了 (2008年度)
配分額 *注記
3,530千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 330千円)
2008年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2007年度: 2,100千円 (直接経費: 2,100千円)
キーワードロドプシン / X線結晶構造解析 / GPCR
研究概要

視物質ロドプシンは網膜視細胞に存在する光受容膜蛋白質である。無脊椎動物のロドプシンは、脊椎動物のロドプシンとは対照的に光活性型アシッドメタ中間体が安定であり、また、生体内に普遍的に存在するGq型G蛋白質と共役するという特徴をもつ。研究代表者らはスルメイカのロドプシンについてX線結晶構造解析を行い、2007年度までに基底状態の立体構造を2.5Å分解能で決定し、無脊椎動物型ロドプシンの機能を裏付ける以下のような特徴的な構造を解明した。1)GPCRの膜貫通領域はほぼ保存されている、2)細胞質側のG蛋白質共役部位が堅いドメイン構造である、3)9個の水分子クラスタが活性部位とG蛋白質共役部位を結ぶ水素結合網を形成し、細胞内シグナル伝達に寄与している、4)発色団レチナールのプロトン化シッフ塩基とその対イオンGlu180は5Å離れている、5)GPCRの生理的な二量体がへリックス4と5を接合面として会合している、6)細胞外側領域どうしの塩橋による相互作用が無脊椎動物の目が偏光を検出するのに寄与している。2008年度は光反応初期中間体であるバソロドプシンの結晶構造解析を目指し、イカロドプシン結晶中でバソ反応中間体を捕捉する条件検討を行った。すなわち、液体窒素温度に冷却した結晶に対し、青色光照射によりバソ反応中間体(全トランス型)と、橙色光照射によりロドプシン(11-cis 型)とイソロドプシン(9-cis型)の混合状態とを可逆的に生成することを見出した。バソ中間体の生成率が高めた結晶を用いて回折データセットを収集し、構造解析に着手した。

報告書

(3件)
  • 2008 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2007 実績報告書
  • 研究成果

    (43件)

すべて 2009 2008 2007 その他

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 10件) 学会発表 (29件) 備考 (2件) 産業財産権 (2件)

  • [雑誌論文] Functionally important structural elements of the cyanobacterial clock-related protein Pex2009

    • 著者名/発表者名
      S. Kurosawa, R. Murakami, K. Onai, M. Morishita, D. Hasegawa, R. Iwase, T. Uzumaki, F. Hayashi, T. Kitajima-Ihara, S. Sakata, M. Murakami, T. Kouyama and M. Ishiura
    • 雑誌名

      Genes Cells 14

      ページ: 1-16

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] イカロドプシンの結晶構造と無脊椎動物の視覚2009

    • 著者名/発表者名
      村上緑
    • 雑誌名

      生物物理 49

      ページ: 15-16

    • NAID

      110007044738

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書 2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Functionally important structural elements of the cyanobacterial clock-related protein Pex2009

    • 著者名/発表者名
      S. Kurosawa, R. Murakami, K. Onei, M. Morishita, D. Hasegalira, R. Iwase, T. Uzumaki, F. Hayashi, T. Kitajima-Ihara, S. Sakata, M. Murakami, T. Kouyama and M. Ishiura
    • 雑誌名

      Genes Cells 14

      ページ: 1-16

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effect of xenon binding to a hydrophobic cavity on the proton pumping cycle in bacteriorhodopsin2008

    • 著者名/発表者名
      N. Hayakawa, T. Kasahara, D. Hasegawa, K. Yoshimura, M. Murakami and T. Kouyama
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol. 384

      ページ: 812-823

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書 2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] スルメイカロドプシンのX線結晶構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      村上緑, 神山勉
    • 雑誌名

      実験医学 26

      ページ: 2237-2240

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of squid rhodopsin2008

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami and T. Kouyama
    • 雑誌名

      Nature 453

      ページ: 363-367

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of squid rhodopsin2008

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami and T. Kouyaina
    • 雑誌名

      Nature 453

      ページ: 363-367

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] スルメイカロドプシンのX線結晶構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      村上緑、神山勉
    • 雑誌名

      実験医学 26

      ページ: 2237-2240

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and crystal properties of squid rhodopsin2007

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami, R. Kitahara, T. Gotoh and T. Kouyama
    • 雑誌名

      Acta Cryst F63

      ページ: 475-479

    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and crystal properties of squid rhodopsin2007

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami, R. Kitahara, T. Gotoh and T. Kouyama
    • 雑誌名

      Acta Cryst. F63

      ページ: 475-279

    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] イカロドプシン光反応初期中間体の構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      村上緑、神山勉
    • 学会等名
      第4回日本生物物理学会中部支部討論会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-03-31
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書 2008 研究成果報告書
  • [学会発表] イカロドプシン光異性化反応の構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      村上緑
    • 学会等名
      シンポジウム : 名大の生物物理の生誕50周年
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-03-26
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書 2008 研究成果報告書
  • [学会発表] X-ray structure of squid rhodopsin2008

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami
    • 学会等名
      International symposium on membrane proteins and high resolution X-ray structural analysis
    • 発表場所
      Hyogo
    • 年月日
      2008-09-01
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書 2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Crystal Structure of Squid Rhodopsin2008

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami
    • 学会等名
      Gordon Research Conference on "LIGAND RECOGNITION&MOLECULAR GATING"
    • 発表場所
      Ventura, CA, USA
    • 年月日
      2008-03-06
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] Crystal Structure of Squid Rhodopsin at 2.5Å resolution2008

    • 著者名/発表者名
      T. Kouyama and M. Murakami
    • 学会等名
      GPCR symposium -Frontier on Integral Membrane Proteins in Crystal Structure Determination-
    • 発表場所
      Hyogo
    • 年月日
      2008-02-26
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] バクテリオロドプシンのアルカリpHでの光誘起構造変化2008

    • 著者名/発表者名
      山本昌孝、村上緑、神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      福岡
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書 2008 研究成果報告書
  • [学会発表] イカロドプシンのX線結晶構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      村上緑、神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第46回年会
    • 発表場所
      福岡
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書 2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Crystallization of visual pigments and archaeal rhodopsins2008

    • 著者名/発表者名
      T. Kouyama, M. Murakami, K. Yoshimura and M. Yamamoto
    • 学会等名
      XXI Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography
    • 発表場所
      Osaka
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書 2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Dimeric structure of squid rhodopsin2008

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami and T. Kouyama
    • 学会等名
      13th International conference of retinal proteins
    • 発表場所
      Barcelona
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Protein-lipid interactions in 3D crystals of squid rhodopsin and archaeal rhodopsins2008

    • 著者名/発表者名
      T. Kouyama, M. Murakami and K. Yoshimura
    • 学会等名
      13th International conference of retinal proteins
    • 発表場所
      Barcelona
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] スルメイカロドプシンのX線結晶構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      村上緑、神山勉
    • 学会等名
      第8回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書 2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Crystal Structure of Squid Rhodopsin2008

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami
    • 学会等名
      Gordon Research Conference on "LIGAND RECOGNITION & MOLECULAR GATING"
    • 発表場所
      Ventura, CA
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Protein-lipid interactions in 3D crystals of squid rhodopsin and archaeal rhodopsins2008

    • 著者名/発表者名
      T. Kouyama, M. Murakami and K. Yoshimura
    • 学会等名
      13 th International conference of retinal proteins
    • 発表場所
      Barcelona
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Dimeric structure of squid rhodopsin2008

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami and T. Kouyama
    • 学会等名
      13 th International conference of retinal proteins
    • 発表場所
      Barcelona
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Crystal Structure of Squid Rhodopsin2007

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami and T. Kouyama
    • 学会等名
      International Symposium on RETINAL PROTEINS: EXPERIMENTS AND THEORY
    • 発表場所
      Bremen, Germany
    • 年月日
      2007-09-24
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] X-ray crystallographic study of squid rhodopsin2007

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami and T. Kouyama
    • 学会等名
      2nd International Symposium on Diffraction Structural Biology 2007
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2007-09-10
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書
  • [学会発表] バクテリオロドプシンの疎水キャビティに結合する希ガスとその効果2007

    • 著者名/発表者名
      早川直紀、村上緑、神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] バクテリオロドプシン3次元結晶のM中間体寿命に及ぼす格子力の影響2007

    • 著者名/発表者名
      山本昌孝、早川直紀、村上緑、神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] スルメイカロドプシンのX線結晶構造解析2007

    • 著者名/発表者名
      村上緑、神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書 2007 実績報告書
  • [学会発表] アーキロドプシン-2のM中間体のX線構造解析2007

    • 著者名/発表者名
      藤井隆道、吉村恵子、村上緑、神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第45 回年会
    • 発表場所
      横浜
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] イカロドプシンの結晶構造2007

    • 著者名/発表者名
      村上緑、神山勉
    • 学会等名
      日本結晶学会2007年度年会
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書 2007 実績報告書
  • [学会発表] バクテリオロドプシンの光反応サイクルに及ぼすXe ガスの影響2007

    • 著者名/発表者名
      早川直紀、笠原隆史、長谷川大祐、村上緑、神山勉
    • 学会等名
      日本結晶学会2007年度年会
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] バクテリオロドプシンの光誘起構造変化に及ぼす結晶格子力の影響2007

    • 著者名/発表者名
      山本昌孝、早川直紀、村上緑、神山勉
    • 学会等名
      日本結晶学会2007年度年会
    • 発表場所
      東京
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Binding of xenon to a hydrophobic cavity in the cytoplasmic half of bacteriorhodopsin & its effect to the absorption kinetics2007

    • 著者名/発表者名
      N. Hayakawa, M. Murakami, T. Kasahara, D. Hasegawa and T. Kouyama
    • 学会等名
      Nagoya International Symposium on Science of Molecular Assembly and Biomolecular Systems
    • 発表場所
      Naogya
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Decay kinetics of the M intermediate of bR in 3D crystals: Influence of the crystal lattice force2007

    • 著者名/発表者名
      M. Yamamoto, N. Hayakawa, M. Murakami and T. Kouyama
    • 学会等名
      Nagoya International Symposium on Science of Molecular Assembly and Biomolecular Systems, Nagoya
    • 発表場所
      Naogya
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Crystal Structure of Squid Rhodopsin2007

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami and T. Kouyama
    • 学会等名
      International Symposium on RETINAL PROTEINS:EXPERIMENTS AND THEORY
    • 発表場所
      Bremen, Germany
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Binding of Noble Gases to a Hydrophobic Cavity in the Cytoplasmic Half of Bacteriorhodopsin2007

    • 著者名/発表者名
      N. Hayakawa, M. Murakami, T. Kasahara, D. Hasegawa and T. Kouyama
    • 学会等名
      2nd International Symposium on Diffraction Structural Biology 2007
    • 発表場所
      Tokyo
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] X-ray crystallographic study of squid rhodopsin2007

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami and T. Kouyama
    • 学会等名
      2nd International Symposium on Diffraction Structural Biology 2007
    • 発表場所
      Tokyo
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [学会発表] Decay kinetics of the M intermediate of bR in 3D crystals: Influence of the crystal lattice force2007

    • 著者名/発表者名
      M. Yamamoto, N. Hayakawa, M. Murakami and T. Kouyama
    • 学会等名
      2nd International Symposium on Diffraction Structural Biology 2007
    • 発表場所
      Tokyo
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.nagoya-u.ac.jp/pdf/research/news/20080515_sci.pdf?20090424

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.spring8.or.jp/ja/current_result/press_release/2008/080515-2

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [産業財産権] イカロドプシン複合体結晶及びその製造方法2008

    • 発明者名
      神山勉、村上緑
    • 権利者名
      神山勉、村上緑
    • 産業財産権番号
      2008-058864
    • 出願年月日
      2008-03-09
    • 関連する報告書
      2008 研究成果報告書
  • [産業財産権] 特許権2008

    • 発明者名
      神山勉、村上緑
    • 権利者名
      神山勉、村上緑
    • 産業財産権番号
      2008-058864
    • 出願年月日
      2008-03-09
    • 関連する報告書
      2007 実績報告書

URL: 

公開日: 2007-04-01   更新日: 2016-04-21  

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