マルチプルエッジを用いたシグネチャ解析によるパスウェイ変動予測

• 研究課題/領域番号: 19800009
• 研究種目: 若手研究(スタートアップ)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 大田 佳宏 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任研究員 (80436592)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2008
• 研究課題ステータス: 完了 (2008年度)
• 配分額: 322千円 (直接経費: 280千円、間接経費: 42千円); 2008年度: 182千円 (直接経費: 140千円、間接経費: 42千円); 2007年度: 140千円 (直接経費: 140千円)
• キーワード: マルチプルエッジ / シグネチャ解析 / シグネチャパスウェイ / ハブ遺伝子 / シグネチャ / テキストマイニング / パスウェイ / ネットワーク

研究概要

生物系公開データベースと文献情報から時間的・空間的に関連の深いパスウェイを高精度に抽出する研究を行った。また、属性となる情報を取得し、関係の近いパスウェイをクラスタリングすることで、高精度で網羅性の高いシグネチャパスウェイ知識ベースの構築を可能とした。さらに、ここで構築された知識ベースを用いて、発現データを入力とし変動しているパスウェイを自動的に同定するための予測実験を行った。

研究成果

• [学会発表] MultipleSnapshots Obtained Using Genomic TilingArrays Reveal the Dynamics ofTranscription in Human UmbilicalEndothelial Cells (2008)
  • 著者名/発表者名: Tatsuhiko Kodama, Yoshihiro Ohta, MengXu, Takashi Minami1, Youichiro Wada, Shu-ichi Tsutsumi, Shumpei Ishikawa,Takao HamakuboHiroyuki Aburatani, PeterR Cook, and Sigeo Ihara
  • 発表場所: SydneyAustralia
• [学会発表] High-resolution targetedproteomics of endogenousnuclear receptorcomprex using high-quality immunomagneticbeads (2007)
  • 著者名/発表者名: Kenji Daigo, Takeshi Kawamura, SatoshiKatayose, Yoshihiro Ohta, Toshiya Tanaka, Sigeo Ihara, Tatsuhiko Kodama, TakaoHamakubo
  • 学会等名: Cold Spring Harbor LaboratoryMechanisms of Eukaryotic Transcriptionmeeting
  • 発表場所: cold Spring Harbor, NY.
  • 年月日: 2007-08-31
• [学会発表] Robustness of the proteininteraction network (2007)
  • 著者名/発表者名: Nobuhiko Oshida, Jun-ichi Kitakami, Naoko S. Nishikawa, Yoshihiro Ohta, and Sigeo Ihara
  • 学会等名: The 7thinternational workshop on advancedgenomics
  • 発表場所: Tokyo, Japan
• [学会発表] Robustness of the protein interaction network. (2007)
  • 著者名/発表者名: Nobuhiko Oshida, Jun-ichi Kitakami, Naoko S. Nishikawa, Yoshihiro Ohta, and Sigeo Ihara and Sigeo Ihara
  • 学会等名: The 7th international workshop on advanced genomics.
  • 発表場所: Tokyo, Japan.
• [備考]
  • URL: http://www.lsbm.org/