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イネ窒素利用に関するGxE GWASによる研究

研究課題

研究課題/領域番号 19F19103
研究種目

特別研究員奨励費

配分区分補助金
応募区分外国
審査区分 小区分39010:遺伝育種科学関連
研究機関名古屋大学

研究代表者

松岡 信  名古屋大学, 生物機能開発利用研究センター, 教授 (00270992)

研究分担者 WANG FANMIAO  名古屋大学, 生物機能開発利用研究センター, 外国人特別研究員
研究期間 (年度) 2019-04-25 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
2,300千円 (直接経費: 2,300千円)
2020年度: 1,100千円 (直接経費: 1,100千円)
2019年度: 1,200千円 (直接経費: 1,200千円)
キーワードイネ / QTL / GWAS / ゲノム解析 / 収量 / 環境変動
研究開始時の研究の概要

本研究は、環境に呼応して機能を変化させる農業関連遺伝子の単離・解析手法の確立とそれを利用した分子育種を目指す。農業関連形質の多くは量的形質(QTL)であり、その研究はQTL解析により研究が進められてきた。しかし、QTL解析には圃場作業に多くの労力と時間を要し解析の対象が両親に限られるため、多様なゲノムについて同時に検討できない欠点がある。申請者の所属研究室はQTL解析ではなくより効率的にQTL遺伝子を単離するゲノムワイド関連(GWA)解析技術を構築した。本研究はこのGWA解析を用いて、外的環境に呼応してその機能をダイナミックに変化させるQTL遺伝子の単離・解析技術を目指す。

研究実績の概要

窒素(N)は作物に取って必須な元素であり、作物収量を向上させるために肥料として膨大量が毎年土壌中に投入され続けている。しかし近年、環境保持の観点から、N低投与でも収量が維持出来る新品種開発が希求されている。本研究はこの課題に答えるために、N肥料の投与に呼応して収量増減を制御する遺伝子についてゲノムワイド相関解析(GWAS)により単離及び解析し、機能について研究を行い、N量変動がどのような機構で収量に影響を与えるかについて分子生物学的、分子遺伝学的レベルでの解明を目指す。
2020年シーズンおよびそれ以前の穂形質に関わる様々なデータを改めて纏めなおした結果、「一穂当たりの二次枝梗数」について、多肥料区と低肥料区において有意に反応性を変化させる座を染色体4番長腕に見出した。このピークに着目して候補領域を詳細に解析した結果、葉幅を制御するQTLとして報告されていたNAL1遺伝子の関与が期待された。N多肥区では収量は全体的に増加する一方、小肥区は減少する。ここでNAL1が窒素施肥に応答して「一穂当たりの二次枝梗数」を変化させたと言うことは、施肥効果が「二次枝梗数の増加」を介して着粒数に影響を与えることを示唆する。一方、これまでの作物学的知見から、N施肥は穂数増加に大きく貢献することが知られている。実際、我々の異なるパネルを使ったGWAS結果は、NAL1が「草型(穂重型か穂数型か)」や「一株穂数」を制御することが確認された。
以上の結果はNAL1が窒素応答の鍵となる遺伝子であること、さらにはその効果は「一穂当たりの二次枝梗数」を介して「着粒数」増加をもたらすことを示唆したが、一方で「一株穂数」にも同遺伝子が関与することを示唆するデータも得られた。今後は、NAL1が両方の形質に直接的に関与するのか、何らかの機構を介してどちらかの形質については二次的に制御しているかを検討する必要がある。

現在までの達成度 (段落)

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

報告書

(2件)
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2020 2019

すべて 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (3件)

  • [雑誌論文] Genome‐wide expression quantitative trait loci studies facilitate isolation of causal genes controlling panicle structure2020

    • 著者名/発表者名
      Wang Fanmiao、Yano Kenji、Nagamatsu Shiro、Inari‐Ikeda Mayuko、Koketsu Eriko、Hirano Ko、Aya Koichiro、Matsuoka Makoto
    • 雑誌名

      The Plant Journal

      巻: ahead of print 号: 1 ページ: 266-278

    • DOI

      10.1111/tpj.14726

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] GWAS with principal component analysis identifies a gene comprehensively controlling rice architecture2019

    • 著者名/発表者名
      Yano Kenji、Morinaka Yoichi、Wang Fanmiao、Huang Peng、Takehara Sayaka、Hirai Takaaki、Ito Aya、Koketsu Eriko、Kawamura Mayuko、Kotake Kunihiko、Yoshida Shinya、Endo Masaki、Tamiya Gen、Kitano Hidemi、Ueguchi-Tanaka Miyako、Hirano Ko、Matsuoka Makoto
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 116 号: 42 ページ: 21262-21267

    • DOI

      10.1073/pnas.1904964116

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Genome-wide association study using whole-genome sequencing rapidly identifies new genes regulating agronomic traits in rice.2019

    • 著者名/発表者名
      Matsuoka, M.
    • 学会等名
      2019全基因體關聯性分析及譜系圖譜分析-以自然種原探勘有用基因應用於作物育種研討會
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] GWAS with principal component analysis (PCA) reveals a novel gene comprehensively controlling rice architecture.2019

    • 著者名/発表者名
      Matsuoka, M.
    • 学会等名
      Workshop of Rice Functional Genome and Breeding by Molecular Design
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] GWAS with PCA for isolating novel genes comprehensively controlling rice architecture.2019

    • 著者名/発表者名
      Matsuoka, M.
    • 学会等名
      Rice Breeding Workshop
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2019-05-29   更新日: 2024-03-26  

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